BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273G19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 130,841,317 - 131,008,766
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAtrn, Gfra4, Adam33, Siglec1, LOC100043457, Hspa12b, 1700037H04Rik, Spef1, Cenpb
Upstream geneTgm3, AU015228, LOC100043438, Tgm6, Snrpb, Tmc2, Nol5a, Idh3b, Ebf4, LOC668899, Cpxm1, LOC100043446, 1700020A23Rik, 4933425O20Rik, A930025D01Rik, Vps16, Ptpra, Mrps26, Oxt, Avp, 1700012O15Rik, Ubox5, Fastkd5, Prosapip1, 2600009E05Rik, Itpa, Slc4a11, 4930402H24Rik, LOC100043766, C030014O09Rik, LOC627316, LOC100043768
Downstream geneCdc25b, 2310035K24Rik, D430028G21Rik, Pank2, Rnf24, LOC100043463, Smox, Adra1d, Lamr1-ps1, Prnp, Prnd, Rassf2, Slc23a2, LOC626513, LOC100043470
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273G19.bB6Ng01-273G19.g
ACCGA075001GA075002
length1,1611,005
definitionB6Ng01-273G19.b B6Ng01-273G19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,007,617 - 131,008,766)(130,841,317 - 130,842,261)
sequence
gaattcataccagcctgttctacacagagttccaagacagctagggctac
atagtgagaccttgtctcaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaagcc
ccaaaccaaaccacacaaaacaacaacaaaacccagactattttagaaga
atgcttttgtccttgagtttctgagtcacgggttctctctgtagaacttg
ccctgtagaccagacaggcttcagaaattggcctcttgaatgctgggatt
aaaggtgtgtgccaatacacccagcttagaataatgctttttatatcttg
ggtgggaaaggcctctgtgtaagatccaaaaccagaagcaatatagcaga
gtgtgtagccagatcggccaacttggagattgcaagtagtctcataaact
tggaaatcacaagtagtctctaaaacgttttctaagctcagagatgtgtg
gcaactcaagagagacttttataatatacctatcagagattttacattca
gagcacatgtggggtctttttgttttgttttgttttgttttgttttttga
gacacggtttctttgtgtagttctagcagtcctggaactctgtgtagacc
aggctagtcttgaactcacagaaattcacttgcttctgcctcccaagcac
tgagattaaaggtctgtgccaccactatttgactaaagtggagttcttaa
aggtcggaaaaatacggttgggggtagagcatacaattggcaaacatgag
gccctaagtttgatccttatggcacatgtagaagggaaaagaccagcatg
agaaatgtggacaaaggcagagacactcaggatccaatatgtacatggaa
agtgaaatgtgtatccgaagagtagggagtcacactctcttctctgggcc
tcgcagaacacaacactgacctgatttctgattctgtctttatcagtttc
tcctaagtgtgttgttctagagcccttaacctcagaagctcccagggctc
tatcctttggttctcttttgtttcttgaccttaaagccttgtctacccag
gctcctcagcccgttattcttggaggctgcttctttcaagacctttttta
aaaccatggcaactatattcaaactcaccaatggctctaagggttctcta
tggcgaaagaa
gaattctctcccatttctaccttccaaatgtgtgctactgcatctggctt
taagcaagttctgggaatctgaggtcaggtccttacacctatgtagcaac
tctgcctactgagtcatcttactagtattcacaaggtcaaaggttgggac
caacagccaaggttgtcctcagatctccacacagatgtacccacaattat
acaaacactcaacataaacctatttacacacccacatcacacgcacacac
atacatgcacatacaaaaaaatgctttttgaaagaagtagagaatgctag
atatggtattacacgtatataatccaagccactctggaagctgaggcagg
aggatttcaagtttgaaaccagcttgaccacataattataccatgcctca
aaaattgtatagagaataagaatgaatatgaatgagactaaagtcatatc
tcagttacttttctattgctgtggcaaaacaccatgacaaaggtaattta
cagaagagattattggggcatatagtttcagagggtgagtccatgacaat
tatgatatggcactgaagtaatagctgagagcttaaatctggtccacaac
attaggcagacagagagctaactggaaatagccatgagattttgaaacct
caagccccactcctagtgatgtcccacacctcctaatccttcccaaacag
ttccatcagctgggaacaagatattcaacatataagcctatgggggtcat
tctcattcaaaccaccagtagtaattattagagcccagcaaagaaggaag
ggatagaaagaaatgattgatgggaactggggtgaagtctgatacagaga
gatctttatgtactgcagcgtagctcaggaagataactatggttaaagga
caattagctaagtgattagtagagaggattttaatattccaatacaaaga
aaatgctgcaggcctgaaatagggtacgttcagtgacccagatctgatta
ttaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_131007617_131008766
seq2: B6Ng01-273G19.b_42_1202 (reverse)

seq1  TTCTTTTCTGCATAG---ACCCTT-GAGCCCTTTGGTGAGGGTTTTGATA  46
      ||| ||||  |||||   |||||| ||| || |||||||  ||||  |||
seq2  TTC-TTTCGCCATAGAGAACCCTTAGAG-CCATTGGTGA--GTTTGAATA  46

seq1  -GGTTGCCAT-GTTTTAAAAA--GTCTTGAAAG-AGCAGCCTCC-AGGAT  90
        |||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||||||| || ||
seq2  TAGTTGCCATGGTTTTAAAAAAGGTCTTGAAAGAAGCAGCCTCCAAGAAT  96

seq1  AACGGGCTGAGGAGCTGGGGTAGACAAAGCTTT-AGGTCAAGAAAC-AAA  138
      |||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||| |||
seq2  AACGGGCTGAGGAGCCTGGGTAGACAAGGCTTTAAGGTCAAGAAACAAAA  146

seq1  GAGAACC-AAGGATAGAGCCCTGGGAGCTTCTG-GGTTAAGGGCTCTAGA  186
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAGAACCAAAGGATAGAGCCCTGGGAGCTTCTGAGGTTAAGGGCTCTAGA  196

seq1  ACAACACACTTAGGAGAAACTGATAAAGACAGAATCAGAAATCAGGTCAG  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACACTTAGGAGAAACTGATAAAGACAGAATCAGAAATCAGGTCAG  246

seq1  TGTTGTGTTCTGCGAGG-CCAGAGAAGAGAGTGTGACTCCCTACTCTTCG  285
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGTTCTGCGAGGCCCAGAGAAGAGAGTGTGACTCCCTACTCTTCG  296

seq1  GATACACATTTCACTTTCCATGTACATATTGGATCCTGAGTGTCTCTGCC  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACATTTCACTTTCCATGTACATATTGGATCCTGAGTGTCTCTGCC  346

seq1  TTTGTCCACATTTCTCATGCTGGTCTTTTCCCTTCTACATGTGCCATAAG  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCACATTTCTCATGCTGGTCTTTTCCCTTCTACATGTGCCATAAG  396

seq1  GATCAAACTTAGGGCCTCATGTTTGCCAATTGTATGCTCTACCCCCAACC  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAACTTAGGGCCTCATGTTTGCCAATTGTATGCTCTACCCCCAACC  446

seq1  GTATTTTTCCGACCTTTAAGAACTCCACTTTAGTCAAATAGTGGTGGCAC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTTCCGACCTTTAAGAACTCCACTTTAGTCAAATAGTGGTGGCAC  496

seq1  AGACCTTTAATCTCAGTGCTTGGGAGGCAGAAGCAAGTGAATTTCTGTGA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTTTAATCTCAGTGCTTGGGAGGCAGAAGCAAGTGAATTTCTGTGA  546

seq1  GTTCAAGACTAGCCTGGTCTACACAGAGTTCCAGGACTGCTAGAACTACA  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGACTAGCCTGGTCTACACAGAGTTCCAGGACTGCTAGAACTACA  596

seq1  CAAAGAAACCGTGTCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAG  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAACCGTGTCTCAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAG  646

seq1  ACCCCACATGTGCTCTGAATGTAAAATCTCTGATAGGTATATTATAAAAG  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACATGTGCTCTGAATGTAAAATCTCTGATAGGTATATTATAAAAG  696

seq1  TCTCTCTTGAGTTGCCACACATCTCTGAGCTTAGAAAACGTTTTAGAGAC  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTGAGTTGCCACACATCTCTGAGCTTAGAAAACGTTTTAGAGAC  746

seq1  TACTTGTGATTTCCAAGTTTATGAGACTACTTGCAATCTCCAAGTTGGCC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTGATTTCCAAGTTTATGAGACTACTTGCAATCTCCAAGTTGGCC  796

seq1  GATCTGGCTACACACTCTGCTATATTGCTTCTGGTTTTGGATCTTACACA  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGGCTACACACTCTGCTATATTGCTTCTGGTTTTGGATCTTACACA  846

seq1  GAGGCCTTTCCCACCCAAGATATAAAAAGCATTATTCTAAGCTGGGTGTA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTTTCCCACCCAAGATATAAAAAGCATTATTCTAAGCTGGGTGTA  896

seq1  TTGGCACACACCTTTAATCCCAGCATTCAAGAGGCCAATTTCTGAAGCCT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCACACACCTTTAATCCCAGCATTCAAGAGGCCAATTTCTGAAGCCT  946

seq1  GTCTGGTCTACAGGGCAAGTTCTACAGAGAGAACCCGTGACTCAGAAACT  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGTCTACAGGGCAAGTTCTACAGAGAGAACCCGTGACTCAGAAACT  996

seq1  CAAGGACAAAAGCATTCTTCTAAAATAGTCTGGGTTTTGTTGTTGTTTTG  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACAAAAGCATTCTTCTAAAATAGTCTGGGTTTTGTTGTTGTTTTG  1046

seq1  TGTGGTTTGGTTTGGGGCTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGAG  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTTGGTTTGGGGCTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTGAG  1096

seq1  ACAAGGTCTCACTATGTAGCCCTAGCTGTCTTGGAACTCTGTGTAGAACA  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTCTCACTATGTAGCCCTAGCTGTCTTGGAACTCTGTGTAGAACA  1146

seq1  GGCTGGTATGAATTC  1150
      |||||||||||||||
seq2  GGCTGGTATGAATTC  1161

seq1: chr2_130841317_130842261
seq2: B6Ng01-273G19.g_65_1009

seq1  GAATTCTCTCCCATTTCTACCTTCCAAATGTGTGCTACTGCATCTGGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCCATTTCTACCTTCCAAATGTGTGCTACTGCATCTGGCTT  50

seq1  TAAGCAAGTTCTGGGAATCTGAGGTCAGGTCCTTACACCTATGTAGCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAGTTCTGGGAATCTGAGGTCAGGTCCTTACACCTATGTAGCAAC  100

seq1  TCTGCCTACTGAGTCATCTTACTAGTATTCACAAGGTCAAAGGTTGGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTACTGAGTCATCTTACTAGTATTCACAAGGTCAAAGGTTGGGAC  150

seq1  CAACAGCCAAGGTTGTCCTCAGATCTCCACACAGATGTACCCACAATTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCCAAGGTTGTCCTCAGATCTCCACACAGATGTACCCACAATTAT  200

seq1  ACAAACACTCAACATAAACCTATTTACACACCCACATCACACGCACACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACTCAACATAAACCTATTTACACACCCACATCACACGCACACAC  250

seq1  ATACATGCACATACAAAAAAATGCTTTTTGAAAGAAGTAGAGAATGCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGCACATACAAAAAAATGCTTTTTGAAAGAAGTAGAGAATGCTAG  300

seq1  ATATGGTATTACACGTATATAATCCAAGCCACTCTGGAAGCTGAGGCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTATTACACGTATATAATCCAAGCCACTCTGGAAGCTGAGGCAGG  350

seq1  AGGATTTCAAGTTTGAAACCAGCTTGACCACATAATTATACCATGCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTCAAGTTTGAAACCAGCTTGACCACATAATTATACCATGCCTCA  400

seq1  AAAATTGTATAGAGAATAAGAATGAATATGAATGAGACTAAAGTCATATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTATAGAGAATAAGAATGAATATGAATGAGACTAAAGTCATATC  450

seq1  TCAGTTACTTTTCTATTGCTGTGGCAAAACACCATGACAAAGGTAATTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTACTTTTCTATTGCTGTGGCAAAACACCATGACAAAGGTAATTTA  500

seq1  CAGAAGAGATTATTGGGGCATATAGTTTCAGAGGGTGAGTCCATGACAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGATTATTGGGGCATATAGTTTCAGAGGGTGAGTCCATGACAAT  550

seq1  TATGATATGGCACTGAAGTAATAGCTGAGAGCTTAAATCTGGTCCACAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATATGGCACTGAAGTAATAGCTGAGAGCTTAAATCTGGTCCACAAC  600

seq1  ATTAGGCAGACAGAGAGCTAACTGGAAATAGCCATGAGATTTTGAAACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGCAGACAGAGAGCTAACTGGAAATAGCCATGAGATTTTGAAACCT  650

seq1  CAAGCCCCACTCCTAGTGATGTCCCACACCTCCTAATCCTTCCCAAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCCACTCCTAGTGATGTCCCACACCTCCTAATCCTTCCCAAACAG  700

seq1  TTCCATCAGCTGGGAACAAGATATTCAACATATAAGCCTATGGGGGTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCAGCTGGGAACAAGATATTCAACATATAAGCCTATGGGGGTCAT  750

seq1  TCTCATTCAAACCACCAGTAGTAATTATTAGAGCCCAGCAAAGAAGGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTCAAACCACCAGTAGTAATTATTAGAGCCCAGCAAAGAAGGAAG  800

seq1  GGATAGAAAGAAATGATTGATGGGAACTGGGGTGAAGTCTGATACAGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGAAAGAAATGATTGATGGGAACTGGGGTGAAGTCTGATACAGAGA  850

seq1  GATCTTTATGTACTGCAGCGTAGCTCAGGAAGATAACTATGGTT-AAGGA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GATCTTTATGTACTGCAGCGTAGCTCAGGAAGATAACTATGGTTAAAGGA  900

seq1  CAATTAGCTAAGTGATTAGTAGAGAGGATTTTAATATTTCCAATAC  945
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAATTAGCTAAGTGATTAGTAGAGAGGATTTTAATA-TTCCAATAC  945