BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273N09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 77,164,504 - 77,272,846
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667906, Zfp533
Upstream genePde11a, Cyct, Drbp1, Osbpl6, Prkra, Dfnb59, Fkbp7, Plekha3, Ttn, 2610301F02Rik, Sestd1, LOC623706
Downstream geneBC003993, LOC667920, OTTMUSG00000016703
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273N09.bB6Ng01-273N09.g
ACCGA075301GA075302
length1,0911,108
definitionB6Ng01-273N09.b B6Ng01-273N09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,271,748 - 77,272,846)(77,164,504 - 77,165,617)
sequence
gaattcatgccaggcagctcacaaccacctacaactccagctccagaggc
tcccatgcctctggcttctttcagtacactcacatgcacacacccacaca
tagacacatacatacatatagttaataataataatgtactaataaaatga
accccaaatattacaaacatgtgatattggcaagaggtgtacaagtattt
tgcataatcaataagaaatacatgtttttcttatgtctcattcattataa
ctcagtggtaagcactgacattttgaatttttttactcctgtagcactgt
ctagaattaggcattcagaatcattgtccatggatgtttttctgcacact
ttgcataaagataggttaagatgttcccaggactcgagaatttctatctt
gacaatttgtaggcgcaaataaatgattatgagataatagaataattttg
tgaagaggattacgaaagctcattaggggagaagggaagaagatgtgatt
ctgaaacctaaccagcaaaattggtagagatgtctttttaaatagtgatt
cagaaagcgtcgaagacggtgtgcagtgagctgcagcatgcagtcgatgc
tagaggatgtgagctggaggaaagggtgaggatgctgatgggaaagatac
tgaaaagataaaatcagaagccttagctaactaaatactgaaagtccgat
ggggagagaacatggtggcccttgctgacacagcagcttagttgagatga
agacaagaggactccttggaatgttagggtacctcggtggggtagctggg
tccattgagtatcagtggtgttgagtttgaagattcttgagacatctaga
catagaagtgagggaagagtcttgaaccataagaagaggtaacctgttga
atttaggaatctgggtccatctggtagaggaagtccactagagttaatta
gagtatgcactgcccagagaggatgacagtaaggtgacccttccctaagc
atgccatcccttggcttagccaggagacactattcctgttgatgacctag
agtgaccactgtaatgactagagaaatcatcggtgggagga
gaattcctaatctttatctggatggggaaaactgtacttttctcagaagt
aaagcaggcatctgctgttctgtttattctttccactaatcaggaagaag
tttgtggtcaactactcagaccatgttatgctctgaaattctaagtcaaa
ttctgagatcttaggattttgtgggaaaggttctttacctgtaagaaaaa
agcatcctctaccatcagtaatgaaaaactcctcactactcaactcatca
aaagatttcgtaaatatactagcaaaagtgtatttactgttcacagaagt
ctctttggctatcgtgtgaaatgacttaactcccagtccgtagtgcttat
ttttaattcttaaatctagtagattcacacttacaaggagatactactgg
gacaagaatactgttgaaacattaaggtgactttgaagaagagacatgtg
ttttgttagaccattaaaacactaatggctgcattgttttctgggatcca
tcactgaagcacacctcagctaaattttcaggagaggattgttttattgt
aatctggggctgacctgaattagacaaatgcagtttctgtggctataatg
acccagaaacttaaagcaaggagaaaggaaacaacatggaagggaaaacc
gtttcaaagacctgggggccgggcagaaataactcataacaacttgtcta
gagcatgtttgaattgagtatggaggatatacaacctaacaggataaaac
acatggctgtgtacctgtataccctgcctccatgcagttaattttgctgc
aaatttacagcaaatggctttaaaggagacattggcttgctagctccaca
accctcttgccattgagttttgatccttaccctactgaaatggctgggtt
gtgagtcatcaatgctctcttcattacgaagcccagtgacttagctctga
tttcctgctctctctgcaggccagacactcaggattccctgggtctctat
ctgctgctccattgtcttctctcttcctgctactgaggactttgtcattc
tggtcctctcttcactctctgcgtgtgactacattttgcatagcgggtga
atctgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_77271748_77272846
seq2: B6Ng01-273N09.b_46_1136 (reverse)

seq1  TCCTCCCA-CGATGATTTCTCTAGTCATTCTACAGTGGTCCACTCTAGGT  49
      |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||
seq2  TCCTCCCACCGATGATTTCTCTAGTCAT--TACAGTGGT-CACTCTAGGT  47

seq1  CCTTCAACAGGGATTGTTGTTCTTCCTGGCCTTAGCCAAGGGATGGCATG  99
       | |||||||| || | |||   |||||| || |||||||||||||||||
seq2  -CATCAACAGGAATAG-TGT--CTCCTGG-CTAAGCCAAGGGATGGCATG  92

seq1  CTTTAGGGAGGGTCACCTTACTGTCATCCTCTTCTTGGGCAGTGCATACT  149
      |||  || ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  CTTAGGGAAGGGTCACCTTACTGTCATCCTCT--CTGGGCAGTGCATACT  140

seq1  CTAATTAACTCTAGT-GACTTCCTCTACCAGATGGACCCAGATTCCTAAA  198
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTAACTCTAGTGGACTTCCTCTACCAGATGGACCCAGATTCCTAAA  190

seq1  TTC-ACAGGTTACCTCTTCTTTATGGTTCAAGACTCTTCCCTCACTTCTA  247
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACAGGTTACCTCTTC-TTATGGTTCAAGACTCTTCCCTCACTTCTA  239

seq1  TGTCTAGATGTCTCAAGAATCTTCAAACTCAACACCACTGATACTCAATG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGATGTCTCAAGAATCTTCAAACTCAACACCACTGATACTCAATG  289

seq1  GACCCAGCTACCCCACCGAGGTACCCTAACATTCCAAGGAGTCCTCTTGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGCTACCCCACCGAGGTACCCTAACATTCCAAGGAGTCCTCTTGT  339

seq1  CTTCATCTCAACTAAGCTGCTGTGTCAGCAAGGGCCACCATGTTCTCTCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCTCAACTAAGCTGCTGTGTCAGCAAGGGCCACCATGTTCTCTCC  389

seq1  CCATCGGACTTTCAGTATTTAGTTAGCTAAGGCTTCTGATTTTATCTTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCGGACTTTCAGTATTTAGTTAGCTAAGGCTTCTGATTTTATCTTTT  439

seq1  CAGTATCTTTCCCATCAGCATCCTCACCCTTTCCTCCAGCTCACATCCTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATCTTTCCCATCAGCATCCTCACCCTTTCCTCCAGCTCACATCCTC  489

seq1  TAGCATCGACTGCATGCTGCAGCTCACTGCACACCGTCTTCGACGCTTTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCGACTGCATGCTGCAGCTCACTGCACACCGTCTTCGACGCTTTC  539

seq1  TGAATCACTATTTAAAAAGACATCTCTACCAATTTTGCTGGTTAGGTTTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCACTATTTAAAAAGACATCTCTACCAATTTTGCTGGTTAGGTTTC  589

seq1  AGAATCACATCTTCTTCCCTTCTCCCCTAATGAGCTTTCGTAATCCTCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCACATCTTCTTCCCTTCTCCCCTAATGAGCTTTCGTAATCCTCTT  639

seq1  CACAAAATTATTCTATTATCTCATAATCATTTATTTGCGCCTACAAATTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAATTATTCTATTATCTCATAATCATTTATTTGCGCCTACAAATTG  689

seq1  TCAAGATAGAAATTCTCGAGTCCTGGGAACATCTTAACCTATCTTTATGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATAGAAATTCTCGAGTCCTGGGAACATCTTAACCTATCTTTATGC  739

seq1  AAAGTGTGCAGAAAAACATCCATGGACAATGATTCTGAATGCCTAATTCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTGCAGAAAAACATCCATGGACAATGATTCTGAATGCCTAATTCT  789

seq1  AGACAGTGCTACAGGAGTAAAAAAATTCAAAATGTCAGTGCTTACCACTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTGCTACAGGAGTAAAAAAATTCAAAATGTCAGTGCTTACCACTG  839

seq1  AGTTATAATGAATGAGACATAAGAAAAACATGTATTTCTTATTGATTATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAATGAATGAGACATAAGAAAAACATGTATTTCTTATTGATTATG  889

seq1  CAAAATACTTGTACACCTCTTGCCAATATCACATGTTTGTAATATTTGGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATACTTGTACACCTCTTGCCAATATCACATGTTTGTAATATTTGGG  939

seq1  GTTCATTTTATTAGTACATTATTATTATTAACTATATGTATGTATGTGTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTTTATTAGTACATTATTATTATTAACTATATGTATGTATGTGTC  989

seq1  TATGTGTGGGTGTGTGCATGTGAGTGTACTGAAAGAAGCCAGAGGCATGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGGGTGTGTGCATGTGAGTGTACTGAAAGAAGCCAGAGGCATGG  1039

seq1  GAGCCTCTGGAGCTGGAGTTGTAGGTGGTTGTGAGCTGCCTGGCATGAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTCTGGAGCTGGAGTTGTAGGTGGTTGTGAGCTGCCTGGCATGAAT  1089

seq1  TC  1099
      ||
seq2  TC  1091

seq1: chr2_77164504_77165617
seq2: B6Ng01-273N09.g_65_1172

seq1  GAATTCCTAATCTTTATCTGGATGGGGAAAACTGTACTTTTCTCAGAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAATCTTTATCTGGATGGGGAAAACTGTACTTTTCTCAGAAGT  50

seq1  AAAGCAGGCATCTGCTGTTCTGTTTATTCTTTCCACTAATCAGGAAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGGCATCTGCTGTTCTGTTTATTCTTTCCACTAATCAGGAAGAAG  100

seq1  TTTGTGGTCAACTACTCAGACCATGTTATGCTCTGAAATTCTAAGTCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTCAACTACTCAGACCATGTTATGCTCTGAAATTCTAAGTCAAA  150

seq1  TTCTGAGATCTTAGGATTTTGTGGGAAAGGTTCTTTACCTGTAAGAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGATCTTAGGATTTTGTGGGAAAGGTTCTTTACCTGTAAGAAAAA  200

seq1  AGCATCCTCTACCATCAGTAATGAAAAACTCCTCACTACTCAACTCATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCTCTACCATCAGTAATGAAAAACTCCTCACTACTCAACTCATCA  250

seq1  AAAGATTTCGTAAATATACTAGCAAAAGTGTATTTACTGTTCACAGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTTCGTAAATATACTAGCAAAAGTGTATTTACTGTTCACAGAAGT  300

seq1  CTCTTTGGCTATCGTGTGAAATGACTTAACTCCCAGTCCGTAGTGCTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGGCTATCGTGTGAAATGACTTAACTCCCAGTCCGTAGTGCTTAT  350

seq1  TTTTAATTCTTAAATCTAGTAGATTCACACTTACAAGGAGATACTACTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATTCTTAAATCTAGTAGATTCACACTTACAAGGAGATACTACTGG  400

seq1  GACAAGAATACTGTTGAAACATTAAGGTGACTTTGAAGAAGAGACATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAATACTGTTGAAACATTAAGGTGACTTTGAAGAAGAGACATGTG  450

seq1  TTTTGTTAGACCATTAAAACACTAATGGCTGCATTGTTTTCTGGGATCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTAGACCATTAAAACACTAATGGCTGCATTGTTTTCTGGGATCCA  500

seq1  TCACTGAAGCACACCTCAGCTAAATTTTCAGGAGAGGATTGTTTTATTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAAGCACACCTCAGCTAAATTTTCAGGAGAGGATTGTTTTATTGT  550

seq1  AATCTGGGGCTGACCTGAATTAGACAAATGCAGTTTCTGTGGCTATAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGGGGCTGACCTGAATTAGACAAATGCAGTTTCTGTGGCTATAATG  600

seq1  ACCCAGAAACTTAAAGCAAGGAGAAAGGAAACAACATGGAAGGGAAAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAAACTTAAAGCAAGGAGAAAGGAAACAACATGGAAGGGAAAACC  650

seq1  GTTTCAAAGACCTGGGGGCCGGGCAGAAATAACTCATAACAACTTGTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAAGACCTGGGGGCCGGGCAGAAATAACTCATAACAACTTGTCTA  700

seq1  GAGCATGTTTGAATTGAGTATGGAGGATATACAACCTAACAGGATAAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATGTTTGAATTGAGTATGGAGGATATACAACCTAACAGGATAAAAC  750

seq1  ACATGGCTGTGTACCTGTATACCCTGCCTCCATGCAGTTAATTTTGCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCTGTGTACCTGTATACCCTGCCTCCATGCAGTTAATTTTGCTGC  800

seq1  AAATTTACAGCAAATGGCTTTAAAGGAGACATTGGCTTGCTAGCTCCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTACAGCAAATGGCTTTAAAGGAGACATTGGCTTGCTAGCTCCACA  850

seq1  ACCCTCTTGCCATTGAGTTTTGATCCTTACCCTACTGAAATGGCT-GGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCCTCTTGCCATTGAGTTTTGATCCTTACCCTACTGAAATGGCTGGGTT  900

seq1  GTGAGTCATCAATGCTCTCTTCATTACGAAGCCCAGTGACTTAGCTCTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCATCAATGCTCTCTTCATTACGAAGCCCAGTGACTTAGCTCTGA  950

seq1  TTTCCTGCTCTCTCTGCAGGCCAGAACACTCAGGGATTCCCTGGGTTCTC  999
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||
seq2  TTTCCTGCTCTCTCTGCAGGCCAG-ACACTCA-GGATTCCCTGGG-TCTC  997

seq1  TTATCTGCCTGCTCCATTGTC-TCTCTCTTCCTGCCTTACTGAAGACTTT  1048
       |||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||||
seq2  -TATCTG-CTGCTCCATTGTCTTCTCTCTTCCTGC--TACTGAGGACTTT  1043

seq1  GTCATTCTGGTCTCTCTCCCACCTCCTCTGCGTGTGACCTACATTTTGCA  1098
      |||||||||||| |||||    || |||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTCATTCTGGTC-CTCTCTTCACT-CTCTGCGTGTGA-CTACATTTTGCA  1090

seq1  TAGC-GGTG-ATCTGTGT  1114
      |||| |||| ||||||||
seq2  TAGCGGGTGAATCTGTGT  1108