BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275M06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 117,134,278 - 117,286,036
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRasgrp1
Upstream geneLOC433464, Tmco5, LOC100043557, LOC241621, Spred1, LOC624574, 2610510H03Rik
Downstream geneThbs1, Fsip1, Gpr176, 1700054M17Rik, Eif2ak4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275M06.bB6Ng01-275M06.g
ACCGA076715GA076716
length1,141622
definitionB6Ng01-275M06.b B6Ng01-275M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,134,278 - 117,135,420)(117,285,415 - 117,286,036)
sequence
gaattcacttgcaattcttcactttccctcgttcctgatccatcagtgag
tcttggttgtgtttctaaaacacgcctgtaaccttcccacttctctctag
ctttgctatctctctagagtagccaccatgatgcaacaagaaacctggtc
agcttccttctgctcttttctagccacaatctcttctccacacagctccc
aaagcctgggaaatcaggtcccattcttagaatgatccaagctacatagt
ctttatggtggccagcagagctctgcatgtcctggcctctttgaatatgg
cttacttcattttgaaatattttccccttctgtacttctgcttccactac
aaatactctgagcctgctgctagattatggcctttgcattttctttggcc
ctcaatgctatcttttcccccactggatctttcatagcacacaagtctca
tttcataagagttcttcctcggtctacctaatgtagccattgctctgctt
gaatttcttcatagcacatatgatctggttgtcccattagtctttaaaaa
tgttcaactttctacattttcaatagaatacagattttctaagtcctgag
tcttgtgtattccccaccacccacccccagtctattttcagagtctggtc
agagtgctgacagatggtgtgtactccaagaacatgggccaaataagaac
atgaactatgccaaataggaatccccctgacgatttgtgtctcttaggta
agtcacttggcttttgccatttggtaagaacattcctatgaaatgttcgt
tcaacttgattatggttttgtaaatgtcccacccataaattctttgaaat
ttgtattctggtaagataggatgaggatgggaactgttttctgtatgtat
gtcttatgccctgcatctacgggtctttgctctgctcatagctttggcta
tgtgctggttgacacaggtacttttgttgagggccagatcctataggtct
ccaggtttccttggaccagtaagctggtatgagtggtccttgtcatgatg
acagacaatgaagccaacatgggatattccatggcctcctaacctatgct
ggaagtggaccgctgttcatttgcctcattctgttggttaa

gaattctgatcatttatatcagcaaaaggcaccagtgttggctcagtgcg
ccaggggaatgttttaagcataattggaatctgtcaccttttaacttggg
tcagtggacatattcgcctcattgacagtctgtttaatcatttattctgt
ttgtttggatgtcagagtgttctctggtggaggctagctcaaaattgaaa
atgagatagaaaatggtttagaaaccacaaaaagttttacttgaaactca
caagccatgaatcagtggtgaagcatctttctgcaataatcaatgtttgc
agattctgtcctctgtcctctgctgggtactcatgcaccttcctttgaga
gttcgctcttcctgtcccctccccaaacactatgagttcaggaagtctct
ctcacagaaggaaaatatcagaatgaaagaaggtctgcttccacgcacat
ctggcatgatcacaagtgaacctcagcacctagcagagtaactcatagct
tgtacttgcagacagacagacagacagacagacagacagacagacagaga
aggaaggaaggaaggaaggaagagtggatggaaggaaggaaggaaggaag
gaaggaaggaaggaaggaagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_117134278_117135420
seq2: B6Ng01-275M06.b_45_1185

seq1  GAATTCACTTGCAATTCTTCACTTTCCCTCGTTCCTGATCCATCAGTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGCAATTCTTCACTTTCCCTCGTTCCTGATCCATCAGTGAG  50

seq1  TCTTGGTTGTGTTTCTAAAACACGCCTGTAACCTTCCCACTTCTCTCTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTTGTGTTTCTAAAACACGCCTGTAACCTTCCCACTTCTCTCTAG  100

seq1  CTTTGCTATCTCTCTAGAGTAGCCACCATGATGCAACAAGAAACCTGGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTATCTCTCTAGAGTAGCCACCATGATGCAACAAGAAACCTGGTC  150

seq1  AGCTTCCTTCTGCTCTTTTCTAGCCACAATCTCTTCTCCACACAGCTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCTTCTGCTCTTTTCTAGCCACAATCTCTTCTCCACACAGCTCCC  200

seq1  AAAGCCTGGGAAATCAGGTCCCATTCTTAGAATGATCCAAGCTACATAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTGGGAAATCAGGTCCCATTCTTAGAATGATCCAAGCTACATAGT  250

seq1  CTTTATGGTGGCCAGCAGAGCTCTGCATGTCCTGGCCTCTTTGAATATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGTGGCCAGCAGAGCTCTGCATGTCCTGGCCTCTTTGAATATGG  300

seq1  CTTACTTCATTTTGAAATATTTTCCCCTTCTGTACTTCTGCTTCCACTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTCATTTTGAAATATTTTCCCCTTCTGTACTTCTGCTTCCACTAC  350

seq1  AAATACTCTGAGCCTGCTGCTAGATTATGGCCTTTGCATTTTCTTTGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTCTGAGCCTGCTGCTAGATTATGGCCTTTGCATTTTCTTTGGCC  400

seq1  CTCAATGCTATCTTTTCCCCCACTGGATCTTTCATAGCACACAAGTCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGCTATCTTTTCCCCCACTGGATCTTTCATAGCACACAAGTCTCA  450

seq1  TTTCATAAGAGTTCTTCCTCGGTCTACCTAATGTAGCCATTGCTCTGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAAGAGTTCTTCCTCGGTCTACCTAATGTAGCCATTGCTCTGCTT  500

seq1  GAATTTCTTCATAGCACATATGATCTGGTTGTCCCATTAGTCTTTAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTTCATAGCACATATGATCTGGTTGTCCCATTAGTCTTTAAAAA  550

seq1  TGTTCAACTTTCTACATTTTCAATAGAATACAGATTTTCTAAGTCCTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAACTTTCTACATTTTCAATAGAATACAGATTTTCTAAGTCCTGAG  600

seq1  TCTTGTGTATTCCCCACCACCCACCCCCAGTCTATTTTCAGAGTCTGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGTATTCCCCACCACCCACCCCCAGTCTATTTTCAGAGTCTGGTC  650

seq1  AGAGTGCTGACAGATGGTGTGTACTCCAAGAACATGGGCCAAATAAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCTGACAGATGGTGTGTACTCCAAGAACATGGGCCAAATAAGAAC  700

seq1  ATGAACTATGCCAAATAGGAATCCCCCTGACGATTTGTGTCTCTTAGGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTATGCCAAATAGGAATCCCCCTGACGATTTGTGTCTCTTAGGTA  750

seq1  AGTCACTTGGCTTTTGCCATTTGGTAAGAACATTCCTATGAAATGTTCGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTTGGCTTTTGCCATTTGGTAAGAACATTCCTATGAAATGTTCGT  800

seq1  TCAACTTGATTATGGTTTTGTAAATGTCCCACCCATAAATTCTTTGAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTGATTATGGTTTTGTAAATGTCCCACCCATAAATTCTTTGAAAT  850

seq1  TTGTATTCTGGTAAGATAGGATGAGGATGGGAACTGTTTTCTGTATGTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTCTGGTAAGATAGGATGAGGATGGGAACTGTTTTCTGTATGTAT  900

seq1  GTCTTATGCCCTGCATCTACGGGTCTTTGCTCTGCTCATAGCTTTGGCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATGCCCTGCATCTACGGGTCTTTGCTCTGCTCATAGCTTTGGCTA  950

seq1  TGTGCTGGTTGACACAGGTACCTTTGTTGAGGGCCAGATCCTATAGGTCT  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGGTTGACACAGGTACTTTTGTTGAGGGCCAGATCCTATAGGTCT  1000

seq1  CCAGGTTTCCTTGGACCAGTAAGCTGGTATGAGTGGGTTCTTGTCATGAT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  CCAGGTTTCCTTGGACCAGTAAGCTGGTATGAGT-GGTCCTTGTCATGAT  1049

seq1  GACAGGACAATGGAAGCAACATGGGAATATCCATGGCCTCCTAAACTATG  1100
      |||| ||||||| |  ||||||||||   ||||||||||||||| |||||
seq2  GACA-GACAATGAAGCCAACATGGGATATTCCATGGCCTCCTAACCTATG  1098

seq1  CTGGGAAGTGGCCCGCTG-TCATTTGCCTCATTCTGTTGGTTAA  1143
      || |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CT-GGAAGTGGACCGCTGTTCATTTGCCTCATTCTGTTGGTTAA  1141


seq1: chr2_117285415_117286036
seq2: B6Ng01-275M06.g_65_686 (reverse)

seq1  TCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCATCCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCATCCACT  50

seq1  CTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTC  100

seq1  TGTCTGTCTGTCTGCAAGTACAAGCTATGAGTTACTCTGCTAGGTGCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCTGTCTGCAAGTACAAGCTATGAGTTACTCTGCTAGGTGCTGA  150

seq1  GGTTCACTTGTGATCATGCCAGATGTGCGTGGAAGCAGACCTTCTTTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCACTTGTGATCATGCCAGATGTGCGTGGAAGCAGACCTTCTTTCAT  200

seq1  TCTGATATTTTCCTTCTGTGAGAGAGACTTCCTGAACTCATAGTGTTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATATTTTCCTTCTGTGAGAGAGACTTCCTGAACTCATAGTGTTTGG  250

seq1  GGAGGGGACAGGAAGAGCGAACTCTCAAAGGAAGGTGCATGAGTACCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGACAGGAAGAGCGAACTCTCAAAGGAAGGTGCATGAGTACCCAG  300

seq1  CAGAGGACAGAGGACAGAATCTGCAAACATTGATTATTGCAGAAAGATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGACAGAGGACAGAATCTGCAAACATTGATTATTGCAGAAAGATGC  350

seq1  TTCACCACTGATTCATGGCTTGTGAGTTTCAAGTAAAACTTTTTGTGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCACTGATTCATGGCTTGTGAGTTTCAAGTAAAACTTTTTGTGGTT  400

seq1  TCTAAACCATTTTCTATCTCATTTTCAATTTTGAGCTAGCCTCCACCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACCATTTTCTATCTCATTTTCAATTTTGAGCTAGCCTCCACCAGA  450

seq1  GAACACTCTGACATCCAAACAAACAGAATAAATGATTAAACAGACTGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTCTGACATCCAAACAAACAGAATAAATGATTAAACAGACTGTCA  500

seq1  ATGAGGCGAATATGTCCACTGACCCAAGTTAAAAGGTGACAGATTCCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGCGAATATGTCCACTGACCCAAGTTAAAAGGTGACAGATTCCAAT  550

seq1  TATGCTTAAAACATTCCCCTGGCGCACTGAGCCAACACTGGTGCCTTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTAAAACATTCCCCTGGCGCACTGAGCCAACACTGGTGCCTTTTG  600

seq1  CTGATATAAATGATCAGAATTC  622
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATAAATGATCAGAATTC  622


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |