BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277C03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 104,146,508 - 104,258,707
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD430041D05Rik, LOC100043349
Upstream geneElf5, Cat, Abtb2, Nat10, Caprin1, LOC433458, LOC100042961, LOC100042965, Lmo2, Fbxo3, Cd59b, Cd59a, A930018P22Rik
Downstream geneHipk3, LOC383735, LOC668733, Cstf3, Tcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7, Qser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4, Ccdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356, Wt1, 0610012H03Rik, Rcn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277C03.bB6Ng01-277C03.g
ACCGA077734GA077735
length1,0891,079
definitionB6Ng01-277C03.b B6Ng01-277C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,146,508 - 104,147,605)(104,257,626 - 104,258,707)
sequence
gaattctagggagtcggaacccaacaggaggagtggagacttagtcatgg
aaaccaagggtgctctcttcagcaatggctctacgctaggggtatgcagg
gaacatcaggggagagctttaagtttgtggagaatgttgatatgttgacc
cccttctcggagactctggtgtcttagctgtgaagagacaccatgaccat
agcaactcttataaaagaaagcatttcattagggctggcttataggttca
gaggtttagcctccccacttctcctcctcctcttcttccttcttccccca
cccctggcctcagacagggtttctctgtatagccctggctgtcctgaaac
tcgcaatgtagaccaggctggcctcaaactcagagatccacctgactctg
tctcctgaatgctggtattaaagatgtgtgccaccaccacccagatatgt
taagtccattttcttcatagcggggagcattgtggtacacagacagagaa
gtagctgagagctctaccccaaattttcagacagcaggaaaagagagcta
ctaggcctggcttaggcttcctcttgaaacctcaaagcccacccacagtg
acaaacttcctccaacaaggacatatctcctactcctttcaaataaagcc
actcactggtggccaggcatgtaaagctatgagcctatggggaccatgat
tatccaaaccacacttggtatcactgaccctggatgttgctgctcctgtg
gtctctccagtcttcagtccctgagtctgtggagaacgcatgtttcaggg
aggcggggtcgtgttggcttaatttgctttgcaagctctctctgtggtta
gaggtcagggtacctctctccaggcccaccaggctgcagcatgagggaag
agctaattcccctaaaggagacaatcagtactcttaggagggaaagcaga
tgttcaacaggcaaagtgccattcccctccattcatgtacagtaataatt
taactcatgggcaaagtgttttacgcttcacaggagacagcaatcatgat
ctagaactctgttttattcagatcattgctttacactga
tccgcggaattctctcttcctctctctactttctctgcattctcagatat
atggcttccttgactctcttctctcttccttccccctctacttggcatca
ttaggtttccactgttgagtcaacaccgttcctttcctctcccctcccct
ccttgccttggctcagacctgagactttcgtgttatgtgaccgccatcct
gtcccctaagctgtccatgtgttcctaccttattttctgcccacgtgatc
tttctagaatttacttttcatccatttagtggcagtggagatgacaagaa
atttggagccaggggaggaggtgatacacatgtacggtgtagacccaaag
cgagctctgcctaacaaaattagcatcgagaaaagtcccaaccagttcag
aaatcttcagttcagcaacattcagttgctgtccagccctgaggaggtcg
tcagcttccctatgatgtgtgctccctcggaacttgtggtttcttgtaca
gaagagctacattagcaatcgtggattggtccttctgcaccttcacatgg
tggcaatgcccccattcttgcccttatctgcttgccaaggctcagcttgc
tgtcctttgtgaaccttgcccaacacgggaagtaaccaaacctcatacat
ccttaaccatagcataggtaatgctttatcattttatttttcccttgcgc
taatctgagatccctgaaggtatggattttgcctgacctatcttcacaac
cccatagaacatcatgctgaacatagaagggacaatcaaaattgacctca
tgcatagattaaaggccaaaatgatgactcaatagccattgtgaagaaat
ggcaaacatgattgggttggtatacaaatagcatctattgtcagacactt
aattggcagtctagaatgaaaatggtacttaaggtttcacctgttttttt
tctaatggatgttggactcctctggtccagatgttgaatcagaactcctt
gtaagcagacgttttggccaatgaagggagctctgggtgtacaggggatg
acagtattggctgatgtgtaatatctttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_104146508_104147605
seq2: B6Ng01-277C03.b_45_1133

seq1  GAATTCTAGGGAGTCGGAACCCAACAGGAGGAGTGGAGACTTAGTCATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGGAGTCGGAACCCAACAGGAGGAGTGGAGACTTAGTCATGG  50

seq1  AAACCAAGGGTGCTCTCTTCAGCAATGGCTCTACGCTAGGGGTATGCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAGGGTGCTCTCTTCAGCAATGGCTCTACGCTAGGGGTATGCAGG  100

seq1  GAACATCAGGGGAGAGCTTTAAGTTTGTGGAGAATGTTGATATGTTGACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATCAGGGGAGAGCTTTAAGTTTGTGGAGAATGTTGATATGTTGACC  150

seq1  CCCTTCTCGGAGACTCTGGTGTCTTAGCTGTGAAGAGACACCATGACCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTCGGAGACTCTGGTGTCTTAGCTGTGAAGAGACACCATGACCAT  200

seq1  AGCAACTCTTATAAAAGAAAGCATTTCATTAGGGCTGGCTTATAGGTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTCTTATAAAAGAAAGCATTTCATTAGGGCTGGCTTATAGGTTCA  250

seq1  GAGGTTTAGCCTCCCCACTTCTCCTCCTCCTCTTCTTCCTTCTTCCCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTTAGCCTCCCCACTTCTCCTCCTCCTCTTCTTCCTTCTTCCCCCA  300

seq1  CCCCTGGCCTCAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGCCTCAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGAAAC  350

seq1  TCGCAATGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGATCCACCTGACTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCAATGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAGATCCACCTGACTCTG  400

seq1  TCTCCTGAATGCTGGTATTAAAGATGTGTGCCACCACCACCCAGATATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGAATGCTGGTATTAAAGATGTGTGCCACCACCACCCAGATATGT  450

seq1  TAAGTCCATTTTCTTCATAGCGGGGAGCATTGTGGTACACAGACAGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCATTTTCTTCATAGCGGGGAGCATTGTGGTACACAGACAGAGAA  500

seq1  GTAGCTGAGAGCTCTACCCCAAATTTTCAGACAGCAGGAAAAGAGAGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTGAGAGCTCTACCCCAAATTTTCAGACAGCAGGAAAAGAGAGCTA  550

seq1  CTAGGCCTGGCTTAGGCTTCCTCTTGAAACCTCAAAGCCCACCCACAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCTGGCTTAGGCTTCCTCTTGAAACCTCAAAGCCCACCCACAGTG  600

seq1  ACAAACTTCCTCCAACAAGGACATATCTCCTACTCCTTTCAAATAAAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTTCCTCCAACAAGGACATATCTCCTACTCCTTTCAAATAAAGCC  650

seq1  ACTCACTGGTGGCCAGGCATGTAAAGCTATGAGCCTATGGGGACCATGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTGGTGGCCAGGCATGTAAAGCTATGAGCCTATGGGGACCATGAT  700

seq1  TATCCAAACCACACTTGGTATCACTGACCCTGGATGTTGCTGCTCCTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAACCACACTTGGTATCACTGACCCTGGATGTTGCTGCTCCTGTG  750

seq1  GTCTCTCCAGTCTTCAGTCCCTGAGTCTGTGGAGAACGCATGTTTCAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCCAGTCTTCAGTCCCTGAGTCTGTGGAGAACGCATGTTTCAGGG  800

seq1  AGGCGGGGTCGTGTTGGCTTAATTTGCTTTGCAAGCTCTCTCTGTGGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGGGGTCGTGTTGGCTTAATTTGCTTTGCAAGCTCTCTCTGTGGTTA  850

seq1  GAGGTCAGGGTACCTCTCTCCAGGCCCACCAGGCTGCAGCATGAGGGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAGGGTACCTCTCTCCAGGCCCACCAGGCTGCAGCATGAGGGAAG  900

seq1  AGCTAATTCCCCTAAAAGGAGACAATCAGTACTCTTAGGAGGGAAAGCAG  950
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATTCCCCT-AAAGGAGACAATCAGTACTCTTAGGAGGGAAAGCAG  949

seq1  ATGTTCAACAGGCAAAGTGCCAATTCCCCTCCATTCCATGTAACAGTAAT  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  ATGTTCAACAGGCAAAGTGCC-ATTCCCCTCCATT-CATGT-ACAGTAAT  996

seq1  AATTTAACTCATGGGCAAAAGGTGTTTTTACGCCTTCACAGGAGACAGCA  1050
      |||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATTTAACTCATGGGCAAA--GTG-TTTTACG-CTTCACAGGAGACAGCA  1042

seq1  ATCATGATCCTAGAACTCTGTTTTATCAGGATCA-TGCTTTACCACTGA  1098
      |||||||| |||||||||||||||||   ||||| ||||||| ||||||
seq2  ATCATGAT-CTAGAACTCTGTTTTATTCAGATCATTGCTTTA-CACTGA  1089

seq1: chr2_104257626_104258707
seq2: B6Ng01-277C03.g_68_1141 (reverse)

seq1  AAAAGATATTAACACATCAGCAATAACTGTCATCCCCTGTAACACCCAGA  50
      |||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAAAGATATT-ACACATCAGCCAATACTGTCATCCCCTGT-ACACCCAGA  48

seq1  GCTCCCTTTCATTTGCCAAAACGTCTGCTTTACAAGGAGTTCTGATTCAA  100
      |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  GCTCCC-TTCATTGGCCAAAACGTCTGC-TTACAAGGAGTTCTGATTC-A  95

seq1  ACATCTGGAACCAGAGGAGTCCAACATCCATTTAGAAAAAAAACAGGTGA  150
      |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGG-ACCAGAGGAGTCCAACATCCA-TTAGAAAAAAAACAGGTGA  143

seq1  AACCTTAAGTACCATTTTTCATTCTAGACTGCCAATTAAGTGTCTGACAA  200
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTAAGTACCA-TTTTCATTCTAGACTGCCAATTAAGTGTCTGACAA  192

seq1  TAGATGCTATTTGTATACCAACCCAATCATGTTTGCCATTTCTTCACAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCTATTTGTATACCAACCCAATCATGTTTGCCATTTCTTCACAAT  242

seq1  GGCTATTGAGTCATCATTTTGGCCTTTAATCTATGCATGAGGTCAATTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTGAGTCATCATTTTGGCCTTTAATCTATGCATGAGGTCAATTTT  292

seq1  GATTGTCCCTTCTATGTTCAGCATGATGTTCTATGGGGTTGTGAAGATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTCCCTTCTATGTTCAGCATGATGTTCTATGGGGTTGTGAAGATAG  342

seq1  GTCAGGCAAAATCCATACCTTCAGGGATCTCAGATTAGCGCAAGGGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGCAAAATCCATACCTTCAGGGATCTCAGATTAGCGCAAGGGAAAA  392

seq1  ATAAAATGATAAAGCATTACCTATGCTATGGTTAAGGATGTATGAGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGATAAAGCATTACCTATGCTATGGTTAAGGATGTATGAGGTTT  442

seq1  GGTTACTTCCCGTGTTGGGCAAGGTTCACAAAGGACAGCAAGCTGAGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACTTCCCGTGTTGGGCAAGGTTCACAAAGGACAGCAAGCTGAGCCT  492

seq1  TGGCAAGCAGATAAGGGCAAGAATGGGGGCATTGCCACCATGTGAAGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGCAGATAAGGGCAAGAATGGGGGCATTGCCACCATGTGAAGGTG  542

seq1  CAGAAGGACCAATCCACGATTGCTAATGTAGCTCTTCTGTACAAGAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGACCAATCCACGATTGCTAATGTAGCTCTTCTGTACAAGAAACC  592

seq1  ACAAGTTCCGAGGGAGCACACATCATAGGGAAGCTGACGACCTCCTCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTTCCGAGGGAGCACACATCATAGGGAAGCTGACGACCTCCTCAGG  642

seq1  GCTGGACAGCAACTGAATGTTGCTGAACTGAAGATTTCTGAACTGGTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACAGCAACTGAATGTTGCTGAACTGAAGATTTCTGAACTGGTTGG  692

seq1  GACTTTTCTCGATGCTAATTTTGTTAGGCAGAGCTCGCTTTGGGTCTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTTCTCGATGCTAATTTTGTTAGGCAGAGCTCGCTTTGGGTCTACA  742

seq1  CCGTACATGTGTATCACCTCCTCCCCTGGCTCCAAATTTCTTGTCATCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTACATGTGTATCACCTCCTCCCCTGGCTCCAAATTTCTTGTCATCTC  792

seq1  CACTGCCACTAAATGGATGAAAAGTAAATTCTAGAAAGATCACGTGGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCACTAAATGGATGAAAAGTAAATTCTAGAAAGATCACGTGGGCA  842

seq1  GAAAATAAGGTAGGAACACATGGACAGCTTAGGGGACAGGATGGCGGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAAGGTAGGAACACATGGACAGCTTAGGGGACAGGATGGCGGTCA  892

seq1  CATAACACGAAAGTCTCAGGTCTGAGCCAAGGCAAGGAGGGGAGGGGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACACGAAAGTCTCAGGTCTGAGCCAAGGCAAGGAGGGGAGGGGAGA  942

seq1  GGAAAGGAACGGTGTTGACTCAACAGTGGAAACCTAATGATGCCAAGTAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAACGGTGTTGACTCAACAGTGGAAACCTAATGATGCCAAGTAG  992

seq1  AGGGGGAAGGAAGAGAGAAGAGAGTCAAGGAAGCCATATATCTGAGAATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGAAGGAAGAGAGAAGAGAGTCAAGGAAGCCATATATCTGAGAATG  1042

seq1  CAGAGAAAGTAGAGAGAGGAAGAGAGAATTCC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAAGTAGAGAGAGGAAGAGAGAATTCC  1074