BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279M12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 130,982,121 - 131,114,702
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700037H04Rik, Spef1, Cenpb, Cdc25b, 2310035K24Rik, D430028G21Rik, Pank2
Upstream geneSnrpb, Tmc2, Nol5a, Idh3b, Ebf4, LOC668899, Cpxm1, LOC100043446, 1700020A23Rik, 4933425O20Rik, A930025D01Rik, Vps16, Ptpra, Mrps26, Oxt, Avp, 1700012O15Rik, Ubox5, Fastkd5, Prosapip1, 2600009E05Rik, Itpa, Slc4a11, 4930402H24Rik, LOC100043766, C030014O09Rik, LOC627316, Atrn, LOC100043768, Gfra4, Adam33, Siglec1, LOC100043457, Hspa12b
Downstream geneRnf24, LOC100043463, Smox, Adra1d, Lamr1-ps1, Prnp, Prnd, Rassf2, Slc23a2, LOC626513, LOC100043470, EG329521, 5730494N06Rik, Pcna, Cds2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279M12.bB6Ng01-279M12.g
ACCGA079675GA079676
length1,1331,115
definitionB6Ng01-279M12.b B6Ng01-279M12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,113,569 - 131,114,702)(130,982,121 - 130,983,246)
sequence
gaattcccgagtccacataggaaagcagtggcattggcacatttataatc
ccagcgctagaaattgaggcaggcagatcctagggattcactggacagtt
acccagcctaatcaacaagtttcaactggtgagagaccttgtctcaaaaa
ctaaggtgagccaggcattgtggcatacacctttaatcccagcactaggg
aagcagacacagcaaggtctctaggagtttgaggtccttaaccagtttaa
aaataaaaagccgggcagtggtaatacacacctttaaccccagcacttgg
gaaacagaagcacacaagtctgagctggaggccagtctagtatacaaagg
aagttccaggatagccaggcctacacagagaaaacctgtttcaaaaagcc
aaaaccaaaataaaataaaacaaacaaggtagacagaacctgagaaacac
cctaggttgacctctaacctccacacctacacatgtatacacatgtattc
acataaacaaaatgtagccacaaaccatgtatttcaattaaaagcataaa
atgtatgcacaacaactaaaagtttttgatacttaagcccaggaaagcaa
acatataagagtgatgttattcaaatgaagatggaatttttaaaatctgg
tgtttaataacttctaaataaattaaaatttagacaaatccttttaggtc
ttgaggtctctttttaaggcacatgcctatattattaaaagaattattgt
aaaccaaagtgtataaatagggacaagccataagctgcaccaactggatc
ctagatcctctttccctaaagggcagcccattcttggttctttcatagcc
ctgtacaatgctgcttgacctgaatgctacaaggcagcactgtaaagaag
ctgaaagcacgaagacagctctgctgaggtggagaagaaccaaagtgggc
ccttcctctgaccgctcagtcttctcccagctccagtggcttcctgtggc
tttcctgtccacactcaacagcacccagcaaaacaacaagcgtctagtca
cattgtgacccgtcatcatccatcagtagctcaggactgacttcctcctg
actcctctagagtctcctcaaagaatcattcac
gaattccaagactccagactctgggatgcagaagcagccagtactgaaac
atgcaccatcaacgccctcacagaagctcgctcacaggccccggaatgaa
gagcagcagactctgccctaagcatccggcgagggttgctgatggtcagc
ttgcctccagggaacctagccttagaaaacattccagtcatttcctaaag
tggtaggctccaggctgtgacaagtgaccagggaggctgctcttcttcac
actgctacagccatagggacagccacagcccagcgtctgtaaggttctcc
atatctctagacactttcttagagaggtggatgaccagtggctggtgagc
agagactcccacaagcccttttaacaaaacagtctgacctggagtcgtcc
cagtctacctttgtccaggccctcagctggaagttccccagtgcccatca
acacctgagctcagctcagctccagccccaccatcttaggaaagcagctc
acactccaccctaaccccagggaaggcctagccgtgtcccctctcactat
gtaatagcttattttaatctttcttgtcattaagggcagtggctgtggct
ttgccaaatgtccccagcatccatcaggacactggagaggaagacgaatt
cagtttacatttattgactgaattaatgaatgacatcctgaggcaagccc
aactgggctagatatggtgtgcttggggctggtgactctcaggaactttt
caccctcatctcttagccaactcttgctctggaaggcaacctcctcccaa
gtgaggtttccgtccactctccctctgagggttacgacagtcagtcagtt
cctgcccatgcgcaccccaagatgaacaagctgctgaaagcaagacctcc
atttcctgcagaggccagactctgaaggcgagccatcgtgcaggaaccgc
ctgtaaccctaagaatggtaaggcaagtaacagcagggaccatgagagcc
tgaaaaaccaactcctttcacacagacaactgctagtggccgccccatgg
gagctaacactcatcatacaaatcctcatagagcaagaaaagagccactg
gccttctccgctgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_131113569_131114702
seq2: B6Ng01-279M12.b_46_1178 (reverse)

seq1  GTGAATGGTTTCTTTGAGGAGACTCTAGAGGGGGCCAGGAAGAAGGCCAG  50
      |||||| | |||||||||||||||||||| || | ||||| ||| | |||
seq2  GTGAAT-GATTCTTTGAGGAGACTCTAGA-GGAGTCAGGAGGAA-GTCAG  47

seq1  TCTTGAGCTACTGATGGGATGAATGACGGGTCACAATGGTGACTAGACGC  100
      || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCTGAGCTACTGAT-GGATG-ATGACGGGTCACAAT-GTGACTAGACGC  94

seq1  -TGT--GTTTGCTGGGTGCTGTTGAGGTGTGGACAGG-AAGCCACAGGAA  146
       |||   |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGTTGTTTTGCTGGGTGCTGTTGA-GTGTGGACAGGAAAGCCACAGGAA  143

seq1  GCCACTGGAGCTGGGAGAAGACTGAGCGGTCAGAGGAA-GGCCCACCTTG  195
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  GCCACTGGAGCTGGGAGAAGACTGAGCGGTCAGAGGAAGGGCCCACTTTG  193

seq1  GTTCTTCTCCACCTCAGCAGAGCTGTCTTCGTGCTTTCAGCTTCTTTACA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCTCCACCTCAGCAGAGCTGTCTTCGTGCTTTCAGCTTCTTTACA  243

seq1  GTGCTGCCTTGTAGCATTCAGGTCAAGCAGCATTGTACAGGGCTATGAAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCCTTGTAGCATTCAGGTCAAGCAGCATTGTACAGGGCTATGAAA  293

seq1  GAACCAAGAATGGGCTGCCC-TTAGGGAAAGAGGATCTAGGATCCAGTTG  344
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAGAATGGGCTGCCCTTTAGGGAAAGAGGATCTAGGATCCAGTTG  343

seq1  GTGCAGCTTATGGCTTGTCCCTATTTATACACTTTGGTTTACAATAATTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCTTATGGCTTGTCCCTATTTATACACTTTGGTTTACAATAATTC  393

seq1  TTTTAATAATATAGGCATGTGCCTTAAAAAGAGACCTCAAGACCTAAAAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATAATATAGGCATGTGCCTTAAAAAGAGACCTCAAGACCTAAAAG  443

seq1  GATTTGTCTAAATTTTAATTTATTTAGAAGTTATTAAACACCAGATTTTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTCTAAATTTTAATTTATTTAGAAGTTATTAAACACCAGATTTTA  493

seq1  AAAATTCCATCTTCATTTGAATAACATCACTCTTATATGTTTGCTTTCCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCCATCTTCATTTGAATAACATCACTCTTATATGTTTGCTTTCCT  543

seq1  GGGCTTAAGTATCAAAAACTTTTAGTTGTTGTGCATACATTTTATGCTTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTAAGTATCAAAAACTTTTAGTTGTTGTGCATACATTTTATGCTTT  593

seq1  TAATTGAAATACATGGTTTGTGGCTACATTTTGTTTATGTGAATACATGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGAAATACATGGTTTGTGGCTACATTTTGTTTATGTGAATACATGT  643

seq1  GTATACATGTGTAGGTGTGGAGGTTAGAGGTCAACCTAGGGTGTTTCTCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACATGTGTAGGTGTGGAGGTTAGAGGTCAACCTAGGGTGTTTCTCA  693

seq1  GGTTCTGTCTACCTTGTTTGTTTTATTTTATTTTGGTTTTGGCTTTTTGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGTCTACCTTGTTTGTTTTATTTTATTTTGGTTTTGGCTTTTTGA  743

seq1  AACAGGTTTTCTCTGTGTAGGCCTGGCTATCCTGGAACTTCCTTTGTATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTTTTCTCTGTGTAGGCCTGGCTATCCTGGAACTTCCTTTGTATA  793

seq1  CTAGACTGGCCTCCAGCTCAGACTTGTGTGCTTCTGTTTCCCAAGTGCTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTGGCCTCCAGCTCAGACTTGTGTGCTTCTGTTTCCCAAGTGCTG  843

seq1  GGGTTAAAGGTGTGTATTACCACTGCCCGGCTTTTTATTTTTAAACTGGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAAAGGTGTGTATTACCACTGCCCGGCTTTTTATTTTTAAACTGGT  893

seq1  TAAGGACCTCAAACTCCTAGAGACCTTGCTGTGTCTGCTTCCCTAGTGCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGACCTCAAACTCCTAGAGACCTTGCTGTGTCTGCTTCCCTAGTGCT  943

seq1  GGGATTAAAGGTGTATGCCACAATGCCTGGCTCACCTTAGTTTTTGAGAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTAAAGGTGTATGCCACAATGCCTGGCTCACCTTAGTTTTTGAGAC  993

seq1  AAGGTCTCTCACCAGTTGAAACTTGTTGATTAGGCTGGGTAACTGTCCAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTCTCACCAGTTGAAACTTGTTGATTAGGCTGGGTAACTGTCCAG  1043

seq1  TGAATCCCTAGGATCTGCCTGCCTCAATTTCTAGCGCTGGGATTATAAAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCCTAGGATCTGCCTGCCTCAATTTCTAGCGCTGGGATTATAAAT  1093

seq1  GTGCCAATGCCACTGCTTTCCTATGTGGACTCGGGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAATGCCACTGCTTTCCTATGTGGACTCGGGAATTC  1133

seq1: chr2_130982121_130983246
seq2: B6Ng01-279M12.g_65_1179

seq1  GAATTCCAAGACTCCAGACTCTGGGATGCAGAAGCAGCCAGTACTGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGACTCCAGACTCTGGGATGCAGAAGCAGCCAGTACTGAAAC  50

seq1  ATGCACCATCAACGCCCTCACAGAAGCTCGCTCACAGGCCCCGGAATGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACCATCAACGCCCTCACAGAAGCTCGCTCACAGGCCCCGGAATGAA  100

seq1  GAGCAGCAGACTCTGCCCTAAGCATCCGGCGAGGGTTGCTGATGGTCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCAGACTCTGCCCTAAGCATCCGGCGAGGGTTGCTGATGGTCAGC  150

seq1  TTGCCTCCAGGGAACCTAGCCTTAGAAAACATTCCAGTCATTTCCTAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCCAGGGAACCTAGCCTTAGAAAACATTCCAGTCATTTCCTAAAG  200

seq1  TGGTAGGCTCCAGGCTGTGACAAGTGACCAGGGAGGCTGCTCTTCTTCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGCTCCAGGCTGTGACAAGTGACCAGGGAGGCTGCTCTTCTTCAC  250

seq1  ACTGCTACAGCCATAGGGACAGCCACAGCCCAGCGTCTGTAAGGTTCTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTACAGCCATAGGGACAGCCACAGCCCAGCGTCTGTAAGGTTCTCC  300

seq1  ATATCTCTAGACACTTTCTTAGAGAGGTGGATGACCAGTGGCTGGTGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTCTAGACACTTTCTTAGAGAGGTGGATGACCAGTGGCTGGTGAGC  350

seq1  AGAGACTCCCACAAGCCCTTTTAACAAAACAGTCTGACCTGGAGTCGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACTCCCACAAGCCCTTTTAACAAAACAGTCTGACCTGGAGTCGTCC  400

seq1  CAGTCTACCTTTGTCCAGGCCCTCAGCTGGAAGTTCCCCAGTGCCCATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTACCTTTGTCCAGGCCCTCAGCTGGAAGTTCCCCAGTGCCCATCA  450

seq1  ACACCTGAGCTCAGCTCAGCTCCAGCCCCACCATCTTAGGAAAGCAGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGAGCTCAGCTCAGCTCCAGCCCCACCATCTTAGGAAAGCAGCTC  500

seq1  ACACTCCACCCTAACCCCAGGGAAGGCCTAGCCGTGTCCCCTCTCACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCCACCCTAACCCCAGGGAAGGCCTAGCCGTGTCCCCTCTCACTAT  550

seq1  GTAATAGCTTATTTTAATCTTTCTTGTCATTAAGGGCAGTGGCTGTGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGCTTATTTTAATCTTTCTTGTCATTAAGGGCAGTGGCTGTGGCT  600

seq1  TTGCCAAATGTCCCCAGCATCCATCAGGACACTGGAGAGGAAGACGAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAAATGTCCCCAGCATCCATCAGGACACTGGAGAGGAAGACGAATT  650

seq1  CAGTTTACATTTATTGACTGAATTAATGAATGACATCCTGAGGCAAGCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTACATTTATTGACTGAATTAATGAATGACATCCTGAGGCAAGCCC  700

seq1  AACTGGGCTAGATATGGTGTGCTTGGGGCTGGTGACTCTCAGGAACTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGCTAGATATGGTGTGCTTGGGGCTGGTGACTCTCAGGAACTTTT  750

seq1  CACCCTCATCTCTTAGCCAACTCTTGCTCTGGAAGGCAACCTCCTCCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCATCTCTTAGCCAACTCTTGCTCTGGAAGGCAACCTCCTCCCAA  800

seq1  GTGAGGTTTCCGTCCACTCTCCCTCTGAGGGTTACGACAGTCAGTCAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTTTCCGTCCACTCTCCCTCTGAGGGTTACGACAGTCAGTCAGTT  850

seq1  CCTGCCCATGCGCACCCCAAGATGAACAAGCTGCTGAAAGCAAGACCTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCATGCGCACCCCAAGATGAACAAGCTGCTGAAAGCAAGACCTCC  900

seq1  ATTTCCTGCAGAGGCCAGACTCTGAAGGCGAGCCATCGTGCAGGAACCGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTGCAGAGGCCAGACTCTGAAGGCGAGCCATCGTGCAGGAACCGC  950

seq1  CTGTAACCCTAAGAATGGTAAGGCAAGTAACAGCAGGGACCCATGAGAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGTAACCCTAAGAATGGTAAGGCAAGTAACAGCAGGGA-CCATGAGAGC  999

seq1  CTGAAAAAACCAAACCTCCTTTCACACCAGACAACCTGCTAGTGGCCGCC  1050
      ||| |||||||||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
seq2  CTG-AAAAACCAA--CTCCTTTCACA-CAGACAA-CTGCTAGTGGCCGCC  1044

seq1  CCATGGGAGCT-ACACTCATCCATACAAATTCCTCATTAGAAGCAGGAAA  1099
      ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||| |||| ||||
seq2  CCATGGGAGCTAACACTCAT-CATACAAA-TCCTCA-TAG-AGCAAGAAA  1090

seq1  AGAGGCCACTGGGCCTCTCCCGCTGTA  1126
      ||| |||||||| | ||| ||||||||
seq2  AGA-GCCACTGGCCTTCT-CCGCTGTA  1115