BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280H03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 34,840,000 - 34,999,124
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHc, AI182371
Upstream genePbx3, LOC665948, Mapkap1, LOC623448, LOC623269, Gapvd1, Hspa5, Rabepk, Fbxw2, EG623370, Psmd5, D730039F16Rik, Phf19, Traf1
Downstream geneRab14, Gsn, Stom, LOC654354, 4930568D16Rik, 4930402F06Rik, Ggta1, LOC666042, LOC100042194, Dab2ip, Ttll11, Ndufa8, 1700010A17Rik, Lhx6, Rbm18, LOC100042236, Mrrf
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280H03.bB6Ng01-280H03.g
ACCGA080168GA080169
length1,109982
definitionB6Ng01-280H03.b B6Ng01-280H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,840,000 - 34,841,111)(34,998,541 - 34,999,124)
sequence
gaattctttgcatatgagggtgcaggctggtggatgtagacatgtattct
caatttccatcaggctcttggttggttgatccctcagccaaggctttagg
tacagtgatggtagccaattctaatgattcacttgctggtcgaaattaag
gtaccaatggaacgcgaatgtattaaaggacagtgaagccagagaggcag
ttaatgctggtgacttacttgaaactgaaattgtgtttgatctgcagaac
ctctttgcccatgattaaatactgcttccctttcaccaggttggcattgg
tacagctcatctttttaatgaaggtgacctccgaattctcatcagcagct
tcccctgagacatacacacaaggcagcttatcacagtcacattaatcttt
agttatgacctctctcgagctgctcctatcctcagagaggtgaaaattgc
tgaagatgttctactcctgtggttgactgagactctggagccagactgtc
cgggttaaaacccagcagtgctggttcccactgcgtggctctggccactg
acttaaactccctgtagtaaggccttagcctctcctcggaacgctgactc
ggcattactgcagaactactagggagaatgggcgataccacaggaaaagt
gccaagagcaaagcaagagccacggagtggtatagcctctcaaagcctca
ggaccactgtttaagagctgtgcattacttatgtacccaattaacaaagt
atttggtagctgacacaggtcagctttctagaaaggcatatggtgtgaag
ggattacaaatttaagggaagataactctgggactcctaaagggactcag
aagtagctatgacttgatacttctgcccagaacacagtcttccccatgtt
tgacctgtcgagtttccccttttgtttaagcctactttcatgtctcagag
tattagctaagccccccttgttcactctgtgtaatagtaacatacattga
atttggggtcttgaacagattagtaagcatctagcacttatacctagccc
cccgtttttttatatctgtatacttcatctatcttccctccccctccccc
tcccctacc
gaattcattactaacaaatgcataaacatatcttggctacagaatgaaac
tcatatgatgcctccttcaaatacaaagaattgctaaaacatccccacag
tataaagaaaaacgtttatatatcctaagtgatgaatgctactcccctga
acgtccctaacgacctcagggtcactctcctgcacatccagtgcagcacc
tacaagggcacacccatttttaagggcctatggcatttagaggtctcatc
tgtagactgactccctagtaccctgagacagccttctctggacaagagat
tgtcctcccctacttagcagcttttcaactttcagaagaaaccatacttt
gtggtgtgagagacccacaagaagctccagctcatagacaaacaggccat
cagggtaacaaccactctacagagcaccgagatgccaagttctttacagt
ctttcttgtgtttttgtgtaccatcgtgtttctgataaatcacatcagag
agtcagtatttcattaaaaaataagctttgtgttaaggtaatttttcctt
actataataaatgtcaagaagactctcgcacacagtgggggttccccttc
tggccctgatgaggcacaaaccacacccaaacacccgtttacagagagag
cctttactaagttggggaagaaaattaaagtggctgccttctgatacaag
caggaaaatagcagcaaatgaccttgcaggtgtaatttttaagtagagaa
aaagtggtagtctgtgttagaatgggctacaatgtggtagcatattttaa
ctgggcatgttagatgacccaaagggggcttttaagggttcctttcttcc
ttcctaatgtatataaattctctacctgaatgtatgcttacatgccagag
aggataccatatcccagtatggatggttgtgagccaccatgtggttgctg
ggacttgaactcaggacccctggaagagcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_34840000_34841111
seq2: B6Ng01-280H03.b_45_1153

seq1  GAATTCTTTGCATATGAGGGTGCAGGCTGGTGGATGTAGACATGTATTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCATATGAGGGTGCAGGCTGGTGGATGTAGACATGTATTCT  50

seq1  CAATTTCCATCAGGCTCTTGGTTGGTTGATCCCTCAGCCAAGGCTTTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTCCATCAGGCTCTTGGTTGGTTGATCCCTCAGCCAAGGCTTTAGG  100

seq1  TACAGTGATGGTAGCCAATTCTAATGATTCACTTGCTGGTCGAAATTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGATGGTAGCCAATTCTAATGATTCACTTGCTGGTCGAAATTAAG  150

seq1  GTACCAATGGAACGCGAATGTATTAAAGGACAGTGAAGCCAGAGAGGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAATGGAACGCGAATGTATTAAAGGACAGTGAAGCCAGAGAGGCAG  200

seq1  TTAATGCTGGTGACTTACTTGAAACTGAAATTGTGTTTGATCTGCAGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGCTGGTGACTTACTTGAAACTGAAATTGTGTTTGATCTGCAGAAC  250

seq1  CTCTTTGCCCATGATTAAATACTGCTTCCCTTTCACCAGGTTGGCATTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGCCCATGATTAAATACTGCTTCCCTTTCACCAGGTTGGCATTGG  300

seq1  TACAGCTCATCTTTTTAATGAAGGTGACCTCCGAATTCTCATCAGCAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTCATCTTTTTAATGAAGGTGACCTCCGAATTCTCATCAGCAGCT  350

seq1  TCCCCTGAGACATACACACAAGGCAGCTTATCACAGTCACATTAATCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTGAGACATACACACAAGGCAGCTTATCACAGTCACATTAATCTTT  400

seq1  AGTTATGACCTCTCTCGAGCTGCTCCTATCCTCAGAGAGGTGAAAATTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGACCTCTCTCGAGCTGCTCCTATCCTCAGAGAGGTGAAAATTGC  450

seq1  TGAAGATGTTCTACTCCTGTGGTTGACTGAGACTCTGGAGCCAGACTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGTTCTACTCCTGTGGTTGACTGAGACTCTGGAGCCAGACTGTC  500

seq1  CGGGTTAAAACCCAGCAGTGCTGGTTCCCACTGCGTGGCTCTGGCCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTTAAAACCCAGCAGTGCTGGTTCCCACTGCGTGGCTCTGGCCACTG  550

seq1  ACTTAAACTCCCTGTAGTAAGGCCTTAGCCTCTCCTCGGAACGCTGACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAACTCCCTGTAGTAAGGCCTTAGCCTCTCCTCGGAACGCTGACTC  600

seq1  GGCATTACTGCAGAACTACTAGGGAGAATGGGCGATACCACAGGAAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTACTGCAGAACTACTAGGGAGAATGGGCGATACCACAGGAAAAGT  650

seq1  GCCAAGAGCAAAGCAAGAGCCACGGAGTGGTATAGCCTCTCAAAGCCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGAGCAAAGCAAGAGCCACGGAGTGGTATAGCCTCTCAAAGCCTCA  700

seq1  GGACCACTGTTTAAGAGCTGTGCATTACTTATGTACCCAATTAACAAAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCACTGTTTAAGAGCTGTGCATTACTTATGTACCCAATTAACAAAGT  750

seq1  ATTTGGTAGCTGACACAGGTCAGCTTTCTAGAAAGGCATATGGTGTGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTAGCTGACACAGGTCAGCTTTCTAGAAAGGCATATGGTGTGAAG  800

seq1  GGATTACAAATTTAAGGGAAGATAACTCTGGGACTCCT-AAGGGACTCAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGATTACAAATTTAAGGGAAGATAACTCTGGGACTCCTAAAGGGACTCAG  850

seq1  AAGTAGCTATGACTTGATACTTCTGCCCAGAACACAGTCTTCCCCATGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGCTATGACTTGATACTTCTGCCCAGAACACAGTCTTCCCCATGTT  900

seq1  TGACCTGTCGAGTTTCCCC-TTTGTTTAAGCCTACTTTCATGTCTCAGAG  948
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGTCGAGTTTCCCCTTTTGTTTAAGCCTACTTTCATGTCTCAGAG  950

seq1  TATTAGCTAAGCCCCCCTTGTTCACTTCTGTGTAATAGTAACATACATTG  998
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCTAAGCCCCCCTTGTTCAC-TCTGTGTAATAGTAACATACATTG  999

seq1  AATTTGGGGTCTTGAACAGATTAGGTAAGCATTCTAGCAC-TATACCCTA  1047
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||
seq2  AATTTGGGGTCTTGAACAGATTA-GTAAGCA-TCTAGCACTTATA-CCTA  1046

seq1  GCCCCCCCTTTTTTTATATCTGTATACCTCAATCTAATCTTCCCTCCCCC  1097
      ||||||| ||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||
seq2  GCCCCCCGTTTTTTTATATCTGTATACTTC-ATCT-ATCTTCCCTCCCCC  1094

seq1  TCCCCCTCCCCTCCC  1112
      |||||||||||| ||
seq2  TCCCCCTCCCCTACC  1109

seq1: chr2_34998541_34999124
seq2: B6Ng01-280H03.g_66_649 (reverse)

seq1  TGTGTGCGAGAGTCTTCTTGACATTTATTATAGTAAGGAAAAATTACCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCGAGAGTCTTCTTGACATTTATTATAGTAAGGAAAAATTACCTT  50

seq1  AACACAAAGCTTATTTTTTAATGAAATACTGACTCTCTGATGTGATTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAAGCTTATTTTTTAATGAAATACTGACTCTCTGATGTGATTTAT  100

seq1  CAGAAACACGATGGTACACAAAAACACAAGAAAGACTGTAAAGAACTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACACGATGGTACACAAAAACACAAGAAAGACTGTAAAGAACTTGG  150

seq1  CATCTCGGTGCTCTGTAGAGTGGTTGTTACCCTGATGGCCTGTTTGTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCGGTGCTCTGTAGAGTGGTTGTTACCCTGATGGCCTGTTTGTCTA  200

seq1  TGAGCTGGAGCTTCTTGTGGGTCTCTCACACCACAAAGTATGGTTTCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGGAGCTTCTTGTGGGTCTCTCACACCACAAAGTATGGTTTCTTC  250

seq1  TGAAAGTTGAAAAGCTGCTAAGTAGGGGAGGACAATCTCTTGTCCAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTTGAAAAGCTGCTAAGTAGGGGAGGACAATCTCTTGTCCAGAGA  300

seq1  AGGCTGTCTCAGGGTACTAGGGAGTCAGTCTACAGATGAGACCTCTAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTCTCAGGGTACTAGGGAGTCAGTCTACAGATGAGACCTCTAAAT  350

seq1  GCCATAGGCCCTTAAAAATGGGTGTGCCCTTGTAGGTGCTGCACTGGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGGCCCTTAAAAATGGGTGTGCCCTTGTAGGTGCTGCACTGGATG  400

seq1  TGCAGGAGAGTGACCCTGAGGTCGTTAGGGACGTTCAGGGGAGTAGCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGAGAGTGACCCTGAGGTCGTTAGGGACGTTCAGGGGAGTAGCATT  450

seq1  CATCACTTAGGATATATAAACGTTTTTCTTTATACTGTGGGGATGTTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTTAGGATATATAAACGTTTTTCTTTATACTGTGGGGATGTTTTA  500

seq1  GCAATTCTTTGTATTTGAAGGAGGCATCATATGAGTTTCATTCTGTAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTCTTTGTATTTGAAGGAGGCATCATATGAGTTTCATTCTGTAGCC  550

seq1  AAGATATGTTTATGCATTTGTTAGTAATGAATTC  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATGTTTATGCATTTGTTAGTAATGAATTC  584