BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280H15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 143,352,919 - 143,497,801
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcsk2
Upstream geneLOC668913, LOC668914, Kif16b, Snrpb2, Otor, LOC668915, LOC668916
Downstream geneBfsp1, LOC100043799, LOC100043534, Dstn, Rrbp1, 4930517K23Rik, LOC627160, EG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097, Csrp2bp, LOC100043552, 6330439K17Rik, Polr3f, Rbbp9, Sec23b, Gm561, Dtd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280H15.bB6Ng01-280H15.g
ACCGA080192GA080193
length1,1961,150
definitionB6Ng01-280H15.b B6Ng01-280H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,352,919 - 143,354,127)(143,496,641 - 143,497,801)
sequence
gaattcagcttgcagttatggaaggtgcttgggagagaagaatctgacaa
gcaaactggaatccctgggagaaacctccaactaccatcagaagcaagga
acagagtctttacatcttatctgagatcttggaagccgtctagcaagtag
agaggaccacagaaaggggtaggatagtctgtgggtcctgttatttcttg
atggctcgtgcttttcccggttggaagccaagagtccacttgtcaacata
gagttgctggaggcagcagaactgggaggtattgagaaatgatagcattt
gggataaaccaaaacctacctgtacatctgcctctctgcctgtggccacc
atgaccttcagagcatgaaggctccattcactcagatccttccataaact
cttatctgaagccctctaatctagacccgtaaagtgaaaagttttgtaga
taaatacattggtcattttagccaagtggtttgtgaacaaaagaaaaaag
ccacacagggcctctctccagccattctctgcagaaacacagaaaaaaaa
tatatggaagggagtcatgggctaaggccttataaagactagttttgcaa
gttgtgcctgtgtttctgtatctgatattagagacagcaattagtttgtt
ttgtgaccaatttatgtcaccctagcttgcagatgaaattccaagggatg
acacaaaatgtccacacagtacttggcttaatgcttgacctacccaaagc
ctgtggaatacagtgctgtgcaagccctttccctggtctatgaggctcaa
gccaagtctgaggctatgctggagagaaacagtgactaacacaaggtcat
gctgtcccaggagacctctaatgagaaaatgatagcagcaggttgagctg
actgactcttctgtttagtaaacataattacacatatagcagtgtaaatt
taactgtggctttagctatgcaaagccttcatatgctttatcttacttaa
tactcgtggtcctaaaggatttaacaaaagacaaaagacatggaaacttt
ataagctaaacttattttttcattttgcaatgtgttttctaaatatgaag
catatcagtggtttatagttttaactaggcatattctgaatatcatcata
catgagtgtgacaatgtcttattcctctaaaatccctacacgtgcc
gaattcacatcattttattcacctgtggttttgacaaccccccttattgg
tgaggaacatgtgaagaaatgccctaaaagacagagcaatctcaccagca
ttggaatggaataaaggctatttatctcacaaatattcattaggaacttt
atagttcacaacacagaacttattgggttgctttctgctttagggtagtc
caccccatctctcttttgggctgtttgctttgcttagctttgatatataa
agttctattctaacttctcttttctgaacattttctcttaacaaacaaga
actgaagaatgcccccacaacaaaagggctttaggaggggaagttgaaag
aggtgcttggttcacatgtgttaatgggtgctggcacttgaggcagacat
attacttagggatttacagttaaaaaatcaccaattcatgaggcttagag
gaattgtgtgccacactccagaccagccaagcatggttaggttttatgga
aactaaagctgaaccttaagttttaagactcagaggtccaaactattatt
gaagtcaaatccattgccaggattctctataacctagaataaaccgagtc
cttagtctaccatagttaaagactctttgactcttgtattgctggtcctt
ggatctgaggtggcaaaaaccaagagctgagtagtataaagaatggcttt
aactctgcacttcaaacttaccggtgggggcccacaccccatcttaggaa
tatttctaacagtattctaggaaaacaagcccacagagcactgaaataga
cacgaagaaacatgtttgtgcacacagactggaaggctcagcacatttca
gaaagatggagggcatgagatcaatattccagggaatagatgcacgaagg
gatagagaacagaatcccagaagcatccaagcagagagaagagtaaaaat
acaaaatcaggctccatcatttaaatgacaaaagcccaattagtaaatca
cctcaagtcatgattgtatccactactattgctgtataaacaggtgacca
atatttcaccatttgtattctatgatccacaaatttgagagtacatagat
ttgaaaaagtttcttttgaatgggtgggttgaacccagccaacgtgtgct

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_143352919_143354127
seq2: B6Ng01-280H15.b_43_1238

seq1  GAATTCAGCTTGCAGTTATGGAAGGTGCTTGGGAGAGAAGAATCTGACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTTGCAGTTATGGAAGGTGCTTGGGAGAGAAGAATCTGACAA  50

seq1  GCAAACTGGAATCCCTGGGAGAAACCTCCAACTACCATCAGAAGCAAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTGGAATCCCTGGGAGAAACCTCCAACTACCATCAGAAGCAAGGA  100

seq1  ACAGAGTCTTTACATCTTATCTGAGATCTTGGAAGCCGTCTAGCAAGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCTTTACATCTTATCTGAGATCTTGGAAGCCGTCTAGCAAGTAG  150

seq1  AGAGGACCACAGAAAGGGGTAGGATAGTCTGTGGGTCCTGTTATTTCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACCACAGAAAGGGGTAGGATAGTCTGTGGGTCCTGTTATTTCTTG  200

seq1  ATGGCTCGTGCTTTTCCCGGTTGGAAGCCAAGAGTCCACTTGTCAACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCGTGCTTTTCCCGGTTGGAAGCCAAGAGTCCACTTGTCAACATA  250

seq1  GAGTTGCTGGAGGCAGCAGAACTGGGAGGTATTGAGAAATGATAGCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGCTGGAGGCAGCAGAACTGGGAGGTATTGAGAAATGATAGCATTT  300

seq1  GGGATAAACCAAAACCTACCTGTACATCTGCCTCTCTGCCTGTGGCCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAAACCAAAACCTACCTGTACATCTGCCTCTCTGCCTGTGGCCACC  350

seq1  ATGACCTTCAGAGCATGAAGGCTCCATTCACTCAGATCCTTCCATAAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTTCAGAGCATGAAGGCTCCATTCACTCAGATCCTTCCATAAACT  400

seq1  CTTATCTGAAGCCCTCTAATCTAGACCCGTAAAGTGAAAAGTTTTGTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTGAAGCCCTCTAATCTAGACCCGTAAAGTGAAAAGTTTTGTAGA  450

seq1  TAAATACATTGGTCATTTTAGCCAAGTGGTTTGTGAACAAAAGAAAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACATTGGTCATTTTAGCCAAGTGGTTTGTGAACAAAAGAAAAAAG  500

seq1  CCACACAGGGCCTCTCTCCAGCCATTCTCTGCAGAAACACAGAAAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACAGGGCCTCTCTCCAGCCATTCTCTGCAGAAACACAGAAAAAAAA  550

seq1  TATATGGAAGGGAGTCATGGGCTAAGGCCTTATAAAGACTAGTTTTGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGAAGGGAGTCATGGGCTAAGGCCTTATAAAGACTAGTTTTGCAA  600

seq1  GTTGTGCCTGTGTTTCTGTATCTGATATTAGAGACAGCAATTAGTTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGCCTGTGTTTCTGTATCTGATATTAGAGACAGCAATTAGTTTGTT  650

seq1  TTGTGACCAATTTATGTCACCCTAGCTTGCAGATGAAATTCCAAGGGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACCAATTTATGTCACCCTAGCTTGCAGATGAAATTCCAAGGGATG  700

seq1  ACACAAAATGTCCACACAGTACTTGGCTTAATGCTTGACCTACCCAAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAATGTCCACACAGTACTTGGCTTAATGCTTGACCTACCCAAAGC  750

seq1  CTGTGGAATACAGTGCTGTGCAAGCCCTTTCCCTGGTCTATGAGGCTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGAATACAGTGCTGTGCAAGCCCTTTCCCTGGTCTATGAGGCTCAA  800

seq1  GCCAAGTCTGAGGCTATGCTGGAGAGAAACAGTGACTAACACAAGGTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGTCTGAGGCTATGCTGGAGAGAAACAGTGACTAACACAAGGTCAT  850

seq1  GCTGTCCCAGGAGACCTCTAATGAGAAAATGATAGCAGCAGGTTGAGCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCCCAGGAGACCTCTAATGAGAAAATGATAGCAGCAGGTTGAGCTG  900

seq1  ACTGACTCTTCTGTTTAGTAAACATAATTACACATATAGCAGTGTAAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACTGACTCTTCTGTTTAGTAAACATAATTACACATATAGCAGTGT-AAAT  949

seq1  TTAACTGTGGCTTTAGCTATGCAAAGCCTTCATATGCTTTATCTTACTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGTGGCTTTAGCTATGCAAAGCCTTCATATGCTTTATCTTACTTA  999

seq1  ATACTCGTGGTCCTAAAAGATTTAACAAAAGACAAAAAGACATGGAAACT  1050
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATACTCGTGGTCCTAAAGGATTTAACAAAAGAC-AAAAGACATGGAAACT  1048

seq1  TTATAAGCTTAAAACTTATTTTTTCATTTTTGCAAATGTGTTTTCTAAAT  1100
      |||||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  TTATAAGCT--AAACTTATTTTTTCA-TTTTGC-AATGTGTTTTCTAAAT  1094

seq1  AATGAAGCATATCAGTGGTTTTATTAATTTTTAACTAGGAATATTCTGAT  1150
       ||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||| ||||||||| 
seq2  -ATGAAGCATATCAGTGG-TTTAT--AGTTTTAACTAGGCATATTCTGAA  1140

seq1  AATCAATCATACACATGATGTGACACATTGTTCTTATTCCTCCTAAAT-C  1199
       ||| |||||  |||||| |||  ||| || |||||||||||  |||| |
seq2  TATC-ATCAT--ACATGA-GTGTGACAATG-TCTTATTCCTCTAAAATCC  1185

seq1  CTACAC-TGCC  1209
      |||||| ||||
seq2  CTACACGTGCC  1196

seq1: chr2_143496641_143497801
seq2: B6Ng01-280H15.g_66_1215 (reverse)

seq1  AGCACACGTGTGGTTTGGGGTTCCACACCCACCACAATCAAAAGAAATTT  50
      ||||||||| ||| |  ||||||   ||||||| || |||||||||| ||
seq2  AGCACACGT-TGGCT--GGGTTC--AACCCACC-CATTCAAAAGAAACTT  44

seq1  TTTTAAAAAATCTATGTACTCTTCAAATTTGTGATCCATAGAATACAAAT  100
      |||    |||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||
seq2  TTT---CAAATCTATGTACTC-TCAAATTTGTGGATCATAGAATACAAAT  90

seq1  GGTGAAATATTGGGTCAACTTGTTATACAGCAATAGTAGTTGGATACAAT  150
      ||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGTGAAATATT-GGTCACCTGTTTATACAGCAATAGTAG-TGGATACAAT  138

seq1  CATTGACCTTGA-GTGATTTACTAATT-GGCTTTTGTCATTT-AATGATG  197
      || ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  CA-TGA-CTTGAGGTGATTTACTAATTGGGCTTTTGTCATTTAAATGATG  186

seq1  GAGCCTGATTTTGTA-TTTTACTCCTTCTCTCTGCTTGGATGCTTCTGGG  246
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGATTTTGTATTTTTACT-CTTCTCTCTGCTTGGATGCTTCTGGG  235

seq1  ATTCTG-TCTCTATCCCTTCGTGCATCTATTCCCTGGAATATTGATCTCA  295
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTTCTCTATCCCTTCGTGCATCTATTCCCTGGAATATTGATCTCA  285

seq1  TGCCCTCCATCTTTCCTGAAATGTGCTGAGCCTTCCAGTCTGTGTGCACA  345
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCCATCTTT-CTGAAATGTGCTGAGCCTTCCAGTCTGTGTGCACA  334

seq1  AACATGTTTCTTCGTGTCTATTTCAGTGCTCTGTGGGCTTGTTTTCCTAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTTTCTTCGTGTCTATTTCAGTGCTCTGTGGGCTTGTTTTCCTAG  384

seq1  AATACTGTTAGAAATATTCCTAAGATGGGGTGTGGGCCCCCACCGGTAAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGTTAGAAATATTCCTAAGATGGGGTGTGGGCCCCCACCGGTAAG  434

seq1  TTTGAAGTGCAGAGTTAAAGCCATTCTTTATACTACTCAGCTCTTGGTTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGTGCAGAGTTAAAGCCATTCTTTATACTACTCAGCTCTTGGTTT  484

seq1  TTGCCACCTCAGATCCAAGGACCAGCAATACAAGAGTCAAAGAGTCTTTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACCTCAGATCCAAGGACCAGCAATACAAGAGTCAAAGAGTCTTTA  534

seq1  ACTATGGTAGACTAAGGACTCGGTTTATTCTAGGTTATAGAGAATCCTGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGTAGACTAAGGACTCGGTTTATTCTAGGTTATAGAGAATCCTGG  584

seq1  CAATGGATTTGACTTCAATAATAGTTTGGACCTCTGAGTCTTAAAACTTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGATTTGACTTCAATAATAGTTTGGACCTCTGAGTCTTAAAACTTA  634

seq1  AGGTTCAGCTTTAGTTTCCATAAAACCTAACCATGCTTGGCTGGTCTGGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCAGCTTTAGTTTCCATAAAACCTAACCATGCTTGGCTGGTCTGGA  684

seq1  GTGTGGCACACAATTCCTCTAAGCCTCATGAATTGGTGATTTTTTAACTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCACACAATTCCTCTAAGCCTCATGAATTGGTGATTTTTTAACTG  734

seq1  TAAATCCCTAAGTAATATGTCTGCCTCAAGTGCCAGCACCCATTAACACA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCCTAAGTAATATGTCTGCCTCAAGTGCCAGCACCCATTAACACA  784

seq1  TGTGAACCAAGCACCTCTTTCAACTTCCCCTCCTAAAGCCCTTTTGTTGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACCAAGCACCTCTTTCAACTTCCCCTCCTAAAGCCCTTTTGTTGT  834

seq1  GGGGGCATTCTTCAGTTCTTGTTTGTTAAGAGAAAATGTTCAGAAAAGAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCATTCTTCAGTTCTTGTTTGTTAAGAGAAAATGTTCAGAAAAGAG  884

seq1  AAGTTAGAATAGAACTTTATATATCAAAGCTAAGCAAAGCAAACAGCCCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGAATAGAACTTTATATATCAAAGCTAAGCAAAGCAAACAGCCCA  934

seq1  AAAGAGAGATGGGGTGGACTACCCTAAAGCAGAAAGCAACCCAATAAGTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGATGGGGTGGACTACCCTAAAGCAGAAAGCAACCCAATAAGTT  984

seq1  CTGTGTTGTGAACTATAAAGTTCCTAATGAATATTTGTGAGATAAATAGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTGTGAACTATAAAGTTCCTAATGAATATTTGTGAGATAAATAGC  1034

seq1  CTTTATTCCATTCCAATGCTGGTGAGATTGCTCTGTCTTTTAGGGCATTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTCCATTCCAATGCTGGTGAGATTGCTCTGTCTTTTAGGGCATTT  1084

seq1  CTTCACATGTTCCTCACCAATAAGGGGGGTTGTCAAAACCACAGGTGAAT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACATGTTCCTCACCAATAAGGGGGGTTGTCAAAACCACAGGTGAAT  1134

seq1  AAAATGATGTGAATTC  1161
      ||||||||||||||||
seq2  AAAATGATGTGAATTC  1150