BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280P08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 108,116,607 - 108,269,388
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKcna4
Downstream geneLOC100043078, LOC668790, LOC623003, LOC100043423, LOC623031, Mett5d1, Kif18a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280P08.bB6Ng01-280P08.g
ACCGA080559GA080560
length1,2001,077
definitionB6Ng01-280P08.b B6Ng01-280P08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,268,211 - 108,269,388)(108,116,607 - 108,117,667)
sequence
gaattcctatacatcacccctgagcatctattccctcattgcttgcccat
tctattttgctgtcaggcaatcagaagcaaaggaaagatagagcctagca
ttgtaaatctagcagactacatctatgggttggcatcatgagttgcctag
gattgtagcagccttttcatttatcccataaatgtcaccaacccactcag
gttaatcttttctccttaagacatggaactgccttccatctttgaccgtt
ttagttctgaaggaatgtatcaattattgtttctgccaactgaatcttgc
tttaacttctctcacatcaccacagggttatcttcaatccatatcaattc
ttgtttcatttcattctttaaagaagaatctgctgtgctatgaggtcctt
gaagatatttagtataatttgttcagcttttgtgtccaatttatttcttt
tattatggaattcacttcgaggcttactcaaatatatgtgttattcagac
atctaaccctactatttattctattacttttaacaattctagttatacta
aaaccttgtagaaatgtctctattgcttttaatccttgctataaagcaac
atttcaactatgtagccaaggttctccttcttccactcttacagaattct
gaaaacactgggaaaagattacaaaagattgtttggtctcaacaggcagc
aaggacaactcaacttgatattttagactaccttgacattttatgcttct
gttgggccttattagaacatattcctgttcatctttaagaacatctttta
tttataatctttagctcagaggaccttctaattacataccaagccctttg
ttgttcctaaaagcataactattttcctaaattcttgaactctacctatg
aaagtctccagtagcattgcattcttcatctcctgcacacactcttactg
ttcctatcgtccggtcagaaaatgcaacactgaacttaaataggctatga
tccttgtgttaaactggaggtagggataactggttaaattttaggtgcat
tcccctaaaaggttaagaaattgccttcctctccaatattttttcttcaa
ccctagtggatttataagagtatcaattctctaattcaatggtccagggc
tctctttcactgtcttttgcattggacaccagtatggaccttgtggggtt

gaattcttgcagctggtgccaataagtttcagtctgcagtttgtagagta
gctataaggaacacgccatcagtcttaagagtattgtaatgcccacactg
acaaatctttcaactttgttattaactccaatgattgacagctgctattt
tggatgaagctatcccttatgagtcactagatgtccttgagactcagagt
agtctcttacatgcttgagaactggttatactaatatgaaggctgacact
ggtggagatgtcagctttccagaagctgatctcgaatccatggggcagtc
actctaggacacattaataaaaaatgagggaaagacagattaccaaagga
tagtaaaaggattttcagacttaaaagcattcttgagattagtttcattg
aaaattatattggtccatgtagaacatgcagctaaaagttaactggagta
tttaaagaaattaaaacactttccaatttgcatttgtcattgattgagag
gtgtatcaaaaagctaaccttttttgtgtgtgtgtgaaataataggtcag
tagttaaggttctgtgggggctgcagtgaagatgaacctgtaaagggtct
tatcactgagcctaatgaccgaagtataatctctggaactcacaggatta
aggagaataaatcaagcagttgtgttctggcctcaatatacttactggaa
cgtgcattcatgcacacacatgtacatgaatgaatgaatgaatgaatgaa
tgaatgaatgaatgaatgaatgaatgaaaaacatatcttttagaaaattt
tttcagtgctttggaagtccagatcatgatgtggacagatgattcacagt
taggtttatatgtcttgtgctattctcttagtcttcaggtctattttcaa
agccaatctttgtgatatctcctaatattctctgctcctctggcagttat
agattgtttatcttaatggaataaaacccacctaacattctcttgttaag
ttaccttgaaagaacagactctatggaaattaagacttttcaagtctatt
ggccataaatattgttgtgaagtactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_108268211_108269388
seq2: B6Ng01-280P08.b_49_1248 (reverse)

seq1  AACCCCACAATGT-CATACTGG-GTGCCATGCAAAGGACAGTG-AAGAGA  47
      |||||||||| || |||||||| || | ||||||| ||||||| ||||||
seq2  AACCCCACAAGGTCCATACTGGTGTCCAATGCAAAAGACAGTGAAAGAGA  50

seq1  G-CCTGGGACATAGAAATATGAGAAAATGATA-TCTTATAATTCCATTAA  95
      | |||||  ||| ||| || ||| || ||||| |||||||| |||| || 
seq2  GCCCTGGACCATTGAATTA-GAG-AATTGATACTCTTATAAATCCACTAG  98

seq1  GGTT---GAGAAAATATTGG-GAGGAA-GCAATTTCTTGACTTTTTAGGG  140
      ||||   || |||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||
seq2  GGTTGAAGAAAAAATATTGGAGAGGAAGGCAATTTCTTAACCTTTTAGGG  148

seq1  --ATGCA-CTAAA--TTTACCAG-TATCCCTACCT-CAGTTTAACACAAG  183
        ||||| |||||  || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAATGCACCTAAAATTTAACCAGTTATCCCTACCTCCAGTTTAACACAAG  198

seq1  GATCATAG-CTATTT-AGTTCAGTG-TGCA-TTTCTGACCGGACGATAGG  229
      |||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  GATCATAGCCTATTTAAGTTCAGTGTTGCATTTTCTGACCGGACGATAGG  248

seq1  AACAGTAAGAGTGTGTGCAGGAGATGAAGAATGCAATGCTACTGGAGACT  279
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAAGAGTGTGTGCAGGAGATGAAGAATGCAATGCTACTGGAGACT  298

seq1  TTCATAGGTAGAGTTC-AGAATTTAGG-AAATAGTTATGCTTTTAGGAAC  327
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGGTAGAGTTCAAGAATTTAGGAAAATAGTTATGCTTTTAGGAAC  348

seq1  AAC-AAGGGCTTGGTATGTAATTAGAAGGTCCTCTGAGCTAAAGATTATA  376
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGGGCTTGGTATGTAATTAGAAGGTCCTCTGAGCTAAAGATTATA  398

seq1  AATAAAAGATGTTCTTAAAGATGAACAGGAATATGTTCTAATAAGGCCCA  426
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAGATGTTCTTAAAGATGAACAGGAATATGTTCTAATAAGGCCCA  448

seq1  ACAGAAGCATAAAATGTCAAGGTAGTCTAAAATATCAAGTTGAGTTGTCC  476
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGCATAAAATGTCAAGGTAGTCTAAAATATCAAGTTGAGTTGTCC  498

seq1  TTGCTGCCTGTTGAGACCAAACAATCTTTTGTAATCTTTTCCCAGTGTTT  526
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCCTGTTGAGACCAAACAATCTTTTGTAATCTTTTCCCAGTGTTT  548

seq1  TCAGAATTCTGTAAGAGTGGAAGAAGGAGAACCTTGGCTACATAGTTGAA  576
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATTCTGTAAGAGTGGAAGAAGGAGAACCTTGGCTACATAGTTGAA  598

seq1  ATGTTGCTTTATAGCAAGGATTAAAAGCAATAGAGACATTTCTACAAGGT  626
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGCTTTATAGCAAGGATTAAAAGCAATAGAGACATTTCTACAAGGT  648

seq1  TTTAGTATAACTAGAATTGTTAAAAGTAATAGAATAAATAGTAGGGTTAG  676
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTATAACTAGAATTGTTAAAAGTAATAGAATAAATAGTAGGGTTAG  698

seq1  ATGTCTGAATAACACATATATTTGAGTAAGCCTCGAAGTGAATTCCATAA  726
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGAATAACACATATATTTGAGTAAGCCTCGAAGTGAATTCCATAA  748

seq1  TAAAAGAAATAAATTGGACACAAAAGCTGAACAAATTATACTAAATATCT  776
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAAATAAATTGGACACAAAAGCTGAACAAATTATACTAAATATCT  798

seq1  TCAAGGACCTCATAGCACAGCAGATTCTTCTTTAAAGAATGAAATGAAAC  826
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGACCTCATAGCACAGCAGATTCTTCTTTAAAGAATGAAATGAAAC  848

seq1  AAGAATTGATATGGATTGAAGATAACCCTGTGGTGATGTGAGAGAAGTTA  876
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTGATATGGATTGAAGATAACCCTGTGGTGATGTGAGAGAAGTTA  898

seq1  AAGCAAGATTCAGTTGGCAGAAACAATAATTGATACATTCCTTCAGAACT  926
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGATTCAGTTGGCAGAAACAATAATTGATACATTCCTTCAGAACT  948

seq1  AAAACGGTCAAAGATGGAAGGCAGTTCCATGTCTTAAGGAGAAAAGATTA  976
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACGGTCAAAGATGGAAGGCAGTTCCATGTCTTAAGGAGAAAAGATTA  998

seq1  ACCTGAGTGGGTTGGTGACATTTATGGGATAAATGAAAAGGCTGCTACAA  1026
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGTGGGTTGGTGACATTTATGGGATAAATGAAAAGGCTGCTACAA  1048

seq1  TCCTAGGCAACTCATGATGCCAACCCATAGATGTAGTCTGCTAGATTTAC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGCAACTCATGATGCCAACCCATAGATGTAGTCTGCTAGATTTAC  1098

seq1  AATGCTAGGCTCTATCTTTCCTTTGCTTCTGATTGCCTGACAGCAAAATA  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTAGGCTCTATCTTTCCTTTGCTTCTGATTGCCTGACAGCAAAATA  1148

seq1  GAATGGGCAAGCAATGAGGGAATAGATGCTCAGGGGTGATGTATAGGAAT  1176
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGCAAGCAATGAGGGAATAGATGCTCAGGGGTGATGTATAGGAAT  1198

seq1  TC  1178
      ||
seq2  TC  1200

seq1: chr2_108116607_108117667
seq2: B6Ng01-280P08.g_74_1150

seq1  GAATTCTTGCAGCTGGTGCCAATAAGTTTCAGTCTGCAGTTTGTAGAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCAGCTGGTGCCAATAAGTTTCAGTCTGCAGTTTGTAGAGTA  50

seq1  GCTATAAGGAACACGCCATCAGTCTTAAGAGTATTGTAATGCCCACACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAAGGAACACGCCATCAGTCTTAAGAGTATTGTAATGCCCACACTG  100

seq1  ACAAATCTTTCAACTTTGTTATTAACTCCAATGATTGACAGCTGCTATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCTTTCAACTTTGTTATTAACTCCAATGATTGACAGCTGCTATTT  150

seq1  TGGATGAAGCTATCCCTTATGAGTCACTAGATGTCCTTGAGACTCAGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAAGCTATCCCTTATGAGTCACTAGATGTCCTTGAGACTCAGAGT  200

seq1  AGTCTCTTACATGCTTGAGAACTGGTTATACTAATATGAAGGCTGACACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTTACATGCTTGAGAACTGGTTATACTAATATGAAGGCTGACACT  250

seq1  GGTGGAGATGTCAGCTTTCCAGAAGCTGATCTCGAATCCATGGGGCAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGATGTCAGCTTTCCAGAAGCTGATCTCGAATCCATGGGGCAGTC  300

seq1  ACTCTAGGACACATTAATAAAAAATGAGGGAAAGACAGATTACCAAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGGACACATTAATAAAAAATGAGGGAAAGACAGATTACCAAAGGA  350

seq1  TAGTAAAAGGATTTTCAGACTTAAAAGCATTCTTGAGATTAGTTTCATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAAGGATTTTCAGACTTAAAAGCATTCTTGAGATTAGTTTCATTG  400

seq1  AAAATTATATTGGTCCATGTAGAACATGCAGCTAAAAGTTAACTGGAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATATTGGTCCATGTAGAACATGCAGCTAAAAGTTAACTGGAGTA  450

seq1  TTTAAAGAAATTAAAACACTTTCCAATTTGCATTTGTCATTGATTGAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGAAATTAAAACACTTTCCAATTTGCATTTGTCATTGATTGAGAG  500

seq1  GTGTATCAAAAAGCTAACCTTTTTTGTGTGTGTGTGAAATAATAGGTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATCAAAAAGCTAACCTTTTTTGTGTGTGTGTGAAATAATAGGTCAG  550

seq1  TAGTTAAGGTTCTGTGGGGGCTGCAGTGAAGATGAACCTGTAAAGGGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAGGTTCTGTGGGGGCTGCAGTGAAGATGAACCTGTAAAGGGTCT  600

seq1  TATCACTGAGCCTAATGACCGAAGTATAATCTCTGGAACTCACAGGATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTGAGCCTAATGACCGAAGTATAATCTCTGGAACTCACAGGATTA  650

seq1  AGGAGAATAAATCAAGCAGTTGTGTTCTGGCCTCAATATACTTACTGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAATAAATCAAGCAGTTGTGTTCTGGCCTCAATATACTTACTGGAA  700

seq1  CGTGCATTCATGCACACACATGTACATGAATGAATGAATGAATGAATGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATTCATGCACACACATGTACATGAATGAATGAATGAATGAATGAA  750

seq1  TGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAAAAACATATC-TTTAGAAAA-TT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  TGAATGAATGAATGAATGAATGAATGAAAAACATATCTTTTAGAAAATTT  800

seq1  TTTCAGTGC-TTGGAAGT-CAGATCATGATGTGGACAGATGATTCACAGT  846
      ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTGCTTTGGAAGTCCAGATCATGATGTGGACAGATGATTCACAGT  850

seq1  TA-GTTTATATGTC-TGTGCTATTCTCTTAGTCTTCAGGGTCTA-TTTCA  893
      || ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  TAGGTTTATATGTCTTGTGCTATTCTCTTAGTCTTCA-GGTCTATTTTCA  899

seq1  A--GCAATCTTTGTGATATCT-CTAATATTCTCTGCTCCTCTGGCAGTTA  940
      |   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAATCTTTGTGATATCTCCTAATATTCTCTGCTCCTCTGGCAGTTA  949

seq1  TAGATTGTTTAATCTAATGGAATAAAACC--ACTAACA-TCTCTGTTAAA  987
      |||||||||||   |||||||||||||||   |||||| |||||  | ||
seq2  TAGATTGTTTATCTTAATGGAATAAAACCCACCTAACATTCTCTTGTTAA  999

seq1  GTTACCTTGAAAG-ACAGA-ACTATGGAAATAAGGACTTTCCAAGTC-AT  1034
      ||||||||||||| |||||  |||||||||| | |||||| |||||| ||
seq2  GTTACCTTGAAAGAACAGACTCTATGGAAATTAAGACTTTTCAAGTCTAT  1049

seq1  TTGGCAT-AATATTTGTGTGAAGTACTG  1061
      | | ||| ||||||  ||||||||||||
seq2  TGGCCATAAATATTGTTGTGAAGTACTG  1077