BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281B06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 67,130,085 - 67,360,754
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCmya3
Upstream geneScn1a, LOC100039486, LOC383706, Scn9a, Scn7a, LOC383707, LOC100039540, Gm1322
Downstream geneLOC621171, LOC227995, B3galt1, Stk39
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281B06.bB6Ng01-281B06.g
ACCGA080646GA080647
length1,1361,066
definitionB6Ng01-281B06.b B6Ng01-281B06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,130,085 - 67,131,219)(67,359,679 - 67,360,754)
sequence
gaattctgtgattaactatgtaaaacgattcatttgaagaaataacttat
tgtcttaaagtaatctcacttagctttgaaggctcagagagctcaaataa
agtcctaggttgaaaaatgaataaatattctaattttattttgtaatact
ttctaaagatatgctctcaactttagcttttgcatgtgtaaaaatatata
cttaaatatacttaagataaaatataggtttcaaatttatttgagatatt
ctagaggttttaaatgcattcttgagcatcagagactaatgttctaaagc
tctgcatttgaaaagttcacattatagtaaggaagatatattaagggaaa
tctgtgctaaataaagcaaaatgtacttctaatgatgacaaagttgctag
tatcaaacatgcttgtaaaatatttgaataaaatggttgcatgagttgga
attttgtcacgcaaataaaaactgacatctgggctaaagaatcagacaaa
ggccgtggcatccatatgctaacaaacttctaggttcctactgactttgt
aagattgactcaaagttcactttttaaaattaccttcaactgctgtgttg
aacaccttgccccctgacaaggtgctctcatacaatgttaatcattctga
tttattgatggtttcattaaacatgatgattacctaggtgttctgtactc
tcccaagctcttaatgacagatgtgttacacaattattttgtttcgcatc
ctttagaaaaattggtcactagtcagtattgataggagtaatactagcca
catgatacaactcttttccaccattgtcatcatcaaaagtggaaatcaat
tagaatagataacaaaacaattaaagcatttacagctacagctaagtaac
tccagctaacataaaggccagataaagataagacagcactcttcttttaa
gaacttgtgaccatgtgaataactcaattatgtcacttacctcactggct
aacattgctaacatgtggtatttagggtttatttttttttccacttcata
atgttatatagtcttaagctcaatgtcttttgtagacattagatggaatg
atctaggtgccatggtaatattggagacttctggta

gaattccataaaatctattacagtcattgcaaaagtcccctttagatgac
tgaaaagagaggaaatttctctgaccagggagaagaagaggtgagcacct
gtcaatgcatttgactgaaggcaatcaacaatccaccccacccccccccc
acacacacgtttagtaagattatgaagaccatcctttttatttcccatct
aaaaagtggctacttagccagtgtactggctagttttgtgtcaacttgac
acagactggagttatcacagagaaaggagcttcagttggggaaatgcctc
cacgagatccagctgtaaggcattttctcaattagtgatcaagaggggaa
aggacccttgtgggtggtgccatctctgggctggtagtcttggttctata
agagagcaggctgagcaagccaggggaagcaagcccgtaagtaacatccc
tccgtggcccctgcatcagctcctgcttcctgacctgcttgagttccagt
cctgacttccttcggtgatgaacagcaatgtggaagtgtaagctgaataa
accctttcctctccaacctgcttcttggtcatgatgtttgtgcaggaata
gaaatcctgactaagacagcctggtatagtgtacacctgtatgtctaatc
caaaatctagtgctgtcggtttgggagtatgcaggacaacaagaagccta
aactacttggtgagtatgtgataggcgacttcagacaggaacattccaca
ggccaaatgttctgtgctctaaagaaacatgttgtgagtcaagaagggaa
tgcactgggagataaaaatgattacaatatgcaacaaaataaaaaataaa
taaattgctagaacacacacagggcagcaacaaggaaaggaaaaaccatg
atcacttgagtgaatatttagtcatgggaatgagtgcatgttctgttaaa
tggagaacacaaaaaagtcttccaaagaagcttgcaaagtagtacttcat
tacctcggtagtgggtaaattgtgtcgtgctgcaaatgatcagatacctt
gcatttgctgtttgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_67130085_67131219
seq2: B6Ng01-281B06.b_45_1180

seq1  GAATTCTGTGATTAACTATGTAAAACGATTCATTTGAAGAAATAACTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGATTAACTATGTAAAACGATTCATTTGAAGAAATAACTTAT  50

seq1  TGTCTTAAAGTAATCTCACTTAGCTTTGAAGGCTCAGAGAGCTCAAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAAAGTAATCTCACTTAGCTTTGAAGGCTCAGAGAGCTCAAATAA  100

seq1  AGTCCTAGGTTGAAAAATGAATAAATATTCTAATTTTATTTTGTAATACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAGGTTGAAAAATGAATAAATATTCTAATTTTATTTTGTAATACT  150

seq1  TTCTAAAGATATGCTCTCAACTTTAGCTTTTGCATGTGTAAAAATATATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAGATATGCTCTCAACTTTAGCTTTTGCATGTGTAAAAATATATA  200

seq1  CTTAAATATACTTAAGATAAAATATAGGTTTCAAATTTATTTGAGATATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATATACTTAAGATAAAATATAGGTTTCAAATTTATTTGAGATATT  250

seq1  CTAGAGGTTTTAAATGCATTCTTGAGCATCAGAGACTAATGTTCTAAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGTTTTAAATGCATTCTTGAGCATCAGAGACTAATGTTCTAAAGC  300

seq1  TCTGCATTTGAAAAGTTCACATTATAGTAAGGAAGATATATTAAGGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATTTGAAAAGTTCACATTATAGTAAGGAAGATATATTAAGGGAAA  350

seq1  TCTGTGCTAAATAAAGCAAAATGTACTTCTAATGATGACAAAGTTGCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCTAAATAAAGCAAAATGTACTTCTAATGATGACAAAGTTGCTAG  400

seq1  TATCAAACATGCTTGTAAAATATTTGAATAAAATGGTTGCATGAGTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAACATGCTTGTAAAATATTTGAATAAAATGGTTGCATGAGTTGGA  450

seq1  ATTTTGTCACGCAAATAAAAACTGACATCTGGGCTAAAGAATCAGACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTCACGCAAATAAAAACTGACATCTGGGCTAAAGAATCAGACAAA  500

seq1  GGCCGTGGCATCCATATGCTAACAAACTTCTAGGTTCCTACTGACTTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGTGGCATCCATATGCTAACAAACTTCTAGGTTCCTACTGACTTTGT  550

seq1  AAGATTGACTCAAAGTTCACTTTTTAAAATTACCTTCAACTGCTGTGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGACTCAAAGTTCACTTTTTAAAATTACCTTCAACTGCTGTGTTG  600

seq1  AACACCTTGCCCCCTGACAAGGTGCTCTCATACAATGTTAATCATTCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCTTGCCCCCTGACAAGGTGCTCTCATACAATGTTAATCATTCTGA  650

seq1  TTTATTGATGGTTTCATTAAACATGATGATTACCTAGGTGTTCTGTACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGATGGTTTCATTAAACATGATGATTACCTAGGTGTTCTGTACTC  700

seq1  TCCCAAGCTCTTAATGACAGATGTGTTACACAATTATTTTGTTTCGCATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGCTCTTAATGACAGATGTGTTACACAATTATTTTGTTTCGCATC  750

seq1  CTTTAGAAAAATTGGTCACTAGTCAGTATTGATAGGAGTAATACTAGCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGAAAAATTGGTCACTAGTCAGTATTGATAGGAGTAATACTAGCCA  800

seq1  CATGATACAACTCTTTTCCACCATTGTCATCATCAAAAGTGGAAATCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATACAACTCTTTTCCACCATTGTCATCATCAAAAGTGGAAATCAAT  850

seq1  TAGAATAGATAACAAAACAATTAAAGCATTTACAGCTACAGCTAAGTAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATAGATAACAAAACAATTAAAGCATTTACAGCTACAGCTAAGTAAC  900

seq1  TCCAGCTAACATAAAGGCCAGATAAAGATAAGACAGCACTCTTCTTTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTAACATAAAGGCCAGATAAAGATAAGACAGCACTCTTCTTTTAA  950

seq1  GAACTTGTGACCATGTGAATAACTCAATTATGTCACTTACCTCACTGGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGTGACCATGTGAATAACTCAATTATGTCACTTACCTCACTGGCT  1000

seq1  AACATTGCTAACATGTGGTATTTAGGGTTTTATTTTTTTTCACTTTCATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   ||||||
seq2  AACATTGCTAACATGTGGTATTTAGGGTTTATTTTTTTTTCCACTTCATA  1050

seq1  ATTGTTATATAGTCTTTAGCTCAATGTCTTTTGTAG-CATTTAGTTGATT  1099
      | |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||   | || |
seq2  A-TGTTATATAGTCTTAAGCTCAATGTCTTTTGTAGACATTAGATGGAAT  1099

seq1  GATCTAGGTG-CATGGTAATATTGAGAATTTCTGGTA  1135
      |||||||||| |||||||||||||   | ||||||||
seq2  GATCTAGGTGCCATGGTAATATTGGAGACTTCTGGTA  1136


seq1: chr2_67359679_67360754
seq2: B6Ng01-281B06.g_67_1132 (reverse)

seq1  GTCAAACAAGCCAAATGCAAGGTATCCCGAATCATTTGCAGCACGACCAC  50
      ||||||||   ||||||||||||||  |  |||||||||||||||| |||
seq2  GTCAAACA--GCAAATGCAAGGTAT--CTGATCATTTGCAGCACGA-CAC  45

seq1  ATTTTACCCACTAACCGAGGTAATGAAGTACTACTTTGCAAGCCTTCTTT  100
      | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AATTTACCCACT-ACCGAGGTAATGAAGTACTACTTTGCAAG-CTTCTTT  93

seq1  GGAAGACTTTTTTGTGTTCTCCATTTTAAACAGAACATGCACTCATTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACTTTTTTGTGTTCTCCATTT--AACAGAACATGCACTCATTCCC  141

seq1  ATGACTAAAATATTCACTCAAGTGATCATGGTTTTTCCTTTCCTTGTTGC  200
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACT-AAATATTCACTCAAGTGATCATGGTTTTTCCTTTCCTTGTTGC  190

seq1  TGCCCTGTGTGTGTTCTAGCAATTTATTTATTTTTTATTTTGTTGCATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGTGTGTGTTCTAGCAATTTATTTATTTTTTATTTTGTTGCATAT  240

seq1  TGTAATCATTTTTATCTCCCAGTGCATTCCCTTCTTGACTCACAACATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATCATTTTTATCTCCCAGTGCATTCCCTTCTTGACTCACAACATGT  290

seq1  TTCTTTAGAGCACAGAACATTTGGCCTGTGGAATGTTCCTGTCTGAAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAGAGCACAGAACATTTGGCCTGTGGAATGTTCCTGTCTGAAGTC  340

seq1  GCCTATCACATACTCACCAAGTAGTTTAGGCTTCTTGTTGTCCTGCATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATCACATACTCACCAAGTAGTTTAGGCTTCTTGTTGTCCTGCATAC  390

seq1  TCCCAAACCGACAGCACTAGATTTTGGATTAGACATACAGGTGTACACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAACCGACAGCACTAGATTTTGGATTAGACATACAGGTGTACACTA  440

seq1  TACCAGGCTGTCTTAGTCAGGATTTCTATTCCTGCACAAACATCATGACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGGCTGTCTTAGTCAGGATTTCTATTCCTGCACAAACATCATGACC  490

seq1  AAGAAGCAGGTTGGAGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCACATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCAGGTTGGAGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCACATT  540

seq1  GCTGTTCATCACCGAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTCATCACCGAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAA  590

seq1  GCAGGAGCTGATGCAGGGGCCACGGAGGGATGTTACTTACGGGCTTGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGCTGATGCAGGGGCCACGGAGGGATGTTACTTACGGGCTTGCTT  640

seq1  CCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGACTACCAGCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGACTACCAGCCCA  690

seq1  GAGATGGCACCACCCACAAGGGTCCTTTCCCCTCTTGATCACTAATTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGCACCACCCACAAGGGTCCTTTCCCCTCTTGATCACTAATTGAG  740

seq1  AAAATGCCTTACAGCTGGATCTCGTGGAGGCATTTCCCCAACTGAAGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCCTTACAGCTGGATCTCGTGGAGGCATTTCCCCAACTGAAGCTC  790

seq1  CTTTCTCTGTGATAACTCCAGTCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTGTGATAACTCCAGTCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCA  840

seq1  GTACACTGGCTAAGTAGCCACTTTTTAGATGGGAAATAAAAAGGATGGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACTGGCTAAGTAGCCACTTTTTAGATGGGAAATAAAAAGGATGGTC  890

seq1  TTCATAATCTTACTAAACGTGTGTGTGGGGGGGGGGTGGGGTGGATTGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAATCTTACTAAACGTGTGTGTGGGGGGGGGGTGGGGTGGATTGTT  940

seq1  GATTGCCTTCAGTCAAATGCATTGACAGGTGCTCACCTCTTCTTCTCCCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCCTTCAGTCAAATGCATTGACAGGTGCTCACCTCTTCTTCTCCCT  990

seq1  GGTCAGAGAAATTTCCTCTCTTTTCAGTCATCTAAAGGGGACTTTTGCAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGAGAAATTTCCTCTCTTTTCAGTCATCTAAAGGGGACTTTTGCAA  1040

seq1  TGACTGTAATAGATTTTATGGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTAATAGATTTTATGGAATTC  1066


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |