BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283N06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 8,726,188 - 8,881,749
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC672230
Downstream geneLOC100040710, LOC100040548, LOC100040566, Gata3, LOC100040768, 4930412O13Rik, Taf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283N06.bB6Ng01-283N06.g
ACCGA082687GA082688
length1,108939
definitionB6Ng01-283N06.b B6Ng01-283N06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,726,188 - 8,727,283)(8,880,833 - 8,881,749)
sequence
gaattcttccatgtttgatgtgtgatttaaaataaagcaatagcatctac
aatagcatgtagaatatttatgctgaatactgttaagttttagaggatca
acttacaatgaatatataattgagattatcattattaaatactaaaatgc
tagcgatatgggacaaatgaaaagcactctacatagttcaacatctgtca
tggatattattgctgctgatggtaattttctaccagttcgcatggaatgc
agaagggaggtcccaaaaatatagaggagggagacagggaatatgaagaa
aagaagctgaggagctaaacaagaggaaaaggagaatgtttagacgtgtt
tgtgttaagcacttaaaaactgaattattacaccagtgttaattcaaaag
caaacaagcaatgatgtttggttcaaatttctcttagtatatgaaccttc
tgtgatctcatatgtcttagtcagggtttctattcctgcacaaacatcat
gaccaagaagcaaattggggaggaaagggtttattcagcttacacgtcca
tactgctgttcatcaccaaggaagttcaggactggaactcaagcaggtca
ggaagcaggagctgatacagaggccatggagggatgttctttactggctt
gcctcacctggcttgctcagcctactctcttatagaaccaagactaccag
cccagagatgattccacccacaaggggcctttcccccttgatcactaatt
gagaaaatgccttacagttggatctcatggaggcatttcctcaactgaag
ctcctttctctgtgataactccagctgtgtcaagtttgacacacaaaacc
agccagtacatcatacaagtggcttaatatcccctaacaaacaatttcct
aagctttgaaatggagatacagctatatctagctcccaatgtagctatat
gaattaaatgagataatatatcaatgccctttaaatagcaccttaccctg
ccttgtaagttaccaagatgaactagtaatacaaatttatcctccaggta
ttttataatgactataaaccaatggatacgatctctttcaatttctaaga
aattaatg

gaattcagcggtaatattttgtgaaagaaaacaagtgtgggaaccaaatg
ctgtgcattgtaatctgggtagcaattgatttcagtgaagttttcacttt
cttggtagccagagccttttctccgcctcactttctattgacttagagtc
tggctctgtctttctcagccttttatggaattccttcaagatgcctatat
tggtttaaataatgagttttacagcaagtttaaataaaaatgaaaatcac
ctcttagagaagaagaatgggggaatgtatgagagatagagagagggaaa
aaagcagagtcaggaaaacatggaggtgcacacatggtatggttatagga
taaatgtcccagtccttactccatcttaggtttatttgtttctttccagg
taggacatttctgtgtaagtcttggctggctagaactcccagtatagccc
ttgctgtcttcctgcctcaatgtcccacatgtcatgctagaattataggt
ttgtaccacaaagcttgacttattgtctctcttgtgcaaaaggcccatta
atcaggggattcaagtcaccttacgaagcttggaatattttataccttga
ataacatgtgagtaaatgcattgagactgagccttaaaagtcttgtcagg
ttttcttctttccaatccagaggtaaactttcctcctaggggtttctgtt
gatcaagaacaaaacaaatggatggacctgaaaggagccctttgaaatgt
aaggaacccttactctcttgtacattacatgttctccattccctaccaaa
catttgaaatcggccaatcaagctacagcaaagcaaatagcaaggtaagg
tagcagataatttgaattcacagaggtatccctgtgggaataagaacgat
tcagaagctcagatggtttttcctgggtgggtttgcctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_8726188_8727283
seq2: B6Ng01-283N06.b_45_1152

seq1  GAATTCTTCCATGTTTGATGTGTGATTTAAAATAAAGCAATAGCATCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCATGTTTGATGTGTGATTTAAAATAAAGCAATAGCATCTAC  50

seq1  AATAGCATGTAGAATATTTATGCTGAATACTGTTAAGTTTTAGAGGATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCATGTAGAATATTTATGCTGAATACTGTTAAGTTTTAGAGGATCA  100

seq1  ACTTACAATGAATATATAATTGAGATTATCATTATTAAATACTAAAATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACAATGAATATATAATTGAGATTATCATTATTAAATACTAAAATGC  150

seq1  TAGCGATATGGGACAAATGAAAAGCACTCTACATAGTTCAACATCTGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGATATGGGACAAATGAAAAGCACTCTACATAGTTCAACATCTGTCA  200

seq1  TGGATATTATTGCTGCTGATGGTAATTTTCTACCAGTTCGCATGGAATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATTATTGCTGCTGATGGTAATTTTCTACCAGTTCGCATGGAATGC  250

seq1  AGAAGGGAGGTCCCAAAAATATAGAGGAGGGAGACAGGGAATATGAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGAGGTCCCAAAAATATAGAGGAGGGAGACAGGGAATATGAAGAA  300

seq1  AAGAAGCTGAGGAGCTAAACAAGAGGAAAAGGAGAATGTTTAGACGTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCTGAGGAGCTAAACAAGAGGAAAAGGAGAATGTTTAGACGTGTT  350

seq1  TGTGTTAAGCACTTAAAAACTGAATTATTACACCAGTGTTAATTCAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAAGCACTTAAAAACTGAATTATTACACCAGTGTTAATTCAAAAG  400

seq1  CAAACAAGCAATGATGTTTGGTTCAAATTTCTCTTAGTATATGAACCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAGCAATGATGTTTGGTTCAAATTTCTCTTAGTATATGAACCTTC  450

seq1  TGTGATCTCATATGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCTCATATGTCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCAT  500

seq1  GACCAAGAAGCAAATTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACGTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGAAGCAAATTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACGTCCA  550

seq1  TACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGTTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGTTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCA  600

seq1  GGAAGCAGGAGCTGATACAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAGGAGCTGATACAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTT  650

seq1  GCCTCACCTGGCTTGCTCAGCCTACTCTCTTATAGAACCAAGACTACCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACCTGGCTTGCTCAGCCTACTCTCTTATAGAACCAAGACTACCAG  700

seq1  CCCAGAGATGATTCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGATGATTCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAATT  750

seq1  GAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACTGAAG  800

seq1  CTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAG-TTGACACACAAAACC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAAGTTTGACACACAAAACC  850

seq1  AGCCAGTACATCATACAAGTGGCTTAATAT-CCCTAACAAACAA-TTCCT  897
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  AGCCAGTACATCATACAAGTGGCTTAATATCCCCTAACAAACAATTTCCT  900

seq1  AAGCTTTGAAATGGAGATACAGCTATATCTAGCTCCCAATGTAGCTATAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTGAAATGGAGATACAGCTATATCTAGCTCCCAATGTAGCTATAT  950

seq1  GAATTAAATGAGATAATATATCAATG-CCTTTAAATAGCACCT--ACCTG  994
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||
seq2  GAATTAAATGAGATAATATATCAATGCCCTTTAAATAGCACCTTACCCTG  1000

seq1  -CTTGTAAGTACCAAAGATGAACTAGTAATACAAA-TTAT-CTCCA-GTA  1040
       |||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||
seq2  CCTTGTAAGTTACCAAGATGAACTAGTAATACAAATTTATCCTCCAGGTA  1050

seq1  ATTTATAATGACTATTAAACCATGG-TACAATTTC-TTCCATTTCATAGA  1088
       |||||||||||||| || | |||| ||| || || ||| |||||  |||
seq2  TTTTATAATGACTATAAACCAATGGATACGATCTCTTTCAATTTCTAAGA  1100

seq1  AATTAATG  1096
      ||||||||
seq2  AATTAATG  1108


seq1: chr2_8880833_8881749
seq2: B6Ng01-283N06.g_68_987 (reverse)

seq1  AAAAACATCTGGGCTTCTCGATTCGTTCTT-CTCCCACAGGGATACCTCT  49
      |||| |||||| |||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  AAAACCATCTGAGCTTCT-GAATCGTTCTTATTCCCACAGGGATACCTCT  49

seq1  GTGAATTCAAATTATCTGCTACC-TACCTTGCTATTTGCTTTGCTGTAGT  98
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGAATTCAAATTATCTGCTACCTTACCTTGCTATTTGCTTTGCTGTAGC  99

seq1  TTGATTGGCCGATTTC-AATGTTTGGTAGGGAATGGAGAACATGT-ATGT  146
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGATTGGCCGATTTCAAATGTTTGGTAGGGAATGGAGAACATGTAATGT  149

seq1  ACAAAGAGAGTAAGGGTTCCTTACATTTCAAAGGGCTCCTTTCAGGTCCA  196
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-AAGAGAGTAAGGGTTCCTTACATTTCAAAGGGCTCCTTTCAGGTCCA  198

seq1  TCCATTTTGTTTTGTTCTTGATCAACAGAAACCCCTAGGAGGAAAGTTTA  246
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCA-TTTGTTTTGTTCTTGATCAACAGAAACCCCTAGGAGGAAAGTTTA  247

seq1  CCTCTGGATTGG-AAGAAGAAAACCTGACAAGAC-TTTAAGGCTCAGTCT  294
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTCTGGATTGGAAAGAAGAAAACCTGACAAGACTTTTAAGGCTCAGTCT  297

seq1  CAATGCATTTACTCACATGTTATTCAAGGTATAAAATATTCCAAGCTTCG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCATTTACTCACATGTTATTCAAGGTATAAAATATTCCAAGCTTCG  347

seq1  TAAGGTGACTTGAATCCCCTGATTAATGGGCCTTTTGCACAAGAGAGACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTGACTTGAATCCCCTGATTAATGGGCCTTTTGCACAAGAGAGACA  397

seq1  ATAAGTCAAGCTTTGTGGTACAAACCTATAATTCTAGCATGACATGTGGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTCAAGCTTTGTGGTACAAACCTATAATTCTAGCATGACATGTGGG  447

seq1  ACATTGAGGCAGGAAGACAGCAAGGGCTATACTGGGAGTTCTAGCCAGCC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAGGCAGGAAGACAGCAAGGGCTATACTGGGAGTTCTAGCCAGCC  497

seq1  AAGACTTACACAGAAATGTCCTACCTGGAAAGAAACAAATAAACCTAAGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTACACAGAAATGTCCTACCTGGAAAGAAACAAATAAACCTAAGA  547

seq1  TGGAGTAAGGACTGGGACATTTATCCTATAACCATACCATGTGTGCACCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTAAGGACTGGGACATTTATCCTATAACCATACCATGTGTGCACCT  597

seq1  CCATGTTTTCCTGACTCTGCTTTTTTCCCTCTCTCTATCTCTCATACATT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTTTCCTGACTCTGCTTTTTTCCCTCTCTCTATCTCTCATACATT  647

seq1  CCCCCATTCTTCTTCTCTAAGAGGTGATTTTCATTTTTATTTAAACTTGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATTCTTCTTCTCTAAGAGGTGATTTTCATTTTTATTTAAACTTGC  697

seq1  TGTAAAACTCATTATTTAAACCAATATAGGCATCTTGAAGGAATTCCATA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAACTCATTATTTAAACCAATATAGGCATCTTGAAGGAATTCCATA  747

seq1  AAAGGCTGAGAAAGACAGAGCCAGACTCTAAGTCAATAGAAAGTGAGGCG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTGAGAAAGACAGAGCCAGACTCTAAGTCAATAGAAAGTGAGGCG  797

seq1  GAGAAAAGGCTCTGGCTACCAAGAAAGTGAAAACTTCACTGAAATCAATT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAGGCTCTGGCTACCAAGAAAGTGAAAACTTCACTGAAATCAATT  847

seq1  GCTACCCAGATTACAATGCACAGCATTTGGTTCCCACACTTGTTTTCTTT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCCAGATTACAATGCACAGCATTTGGTTCCCACACTTGTTTTCTTT  897

seq1  CACAAAATATTACCGCTGAATTC  917
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAATATTACCGCTGAATTC  920


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |