BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285O09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 35,582,377 - 35,728,339
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDab2ip, Ttll11
Upstream geneGapvd1, Hspa5, Rabepk, Fbxw2, EG623370, Psmd5, D730039F16Rik, Phf19, Traf1, Hc, AI182371, Rab14, Gsn, Stom, LOC654354, 4930568D16Rik, 4930402F06Rik, Ggta1, LOC666042, LOC100042194
Downstream geneNdufa8, 1700010A17Rik, Lhx6, Rbm18, LOC100042236, Mrrf, LOC100040493, Ptgs1, Olfr334-ps1, Olfr335, Olfr336-ps1, Olfr337-ps1, Olfr338, LOC675440, Olfr339, Olfr340, Olfr341, Olfr342, Olfr343-ps1, Olfr344, Olfr345, Olfr346, Olfr347, Olfr348, Olfr50, Rpl18p, Olfr3, Olfr349-ps1, Olfr350, Olfr351, Olfr352
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285O09.bB6Ng01-285O09.g
ACCGA084229GA084230
length1,1131,137
definitionB6Ng01-285O09.b B6Ng01-285O09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,727,235 - 35,728,339)(35,582,377 - 35,583,504)
sequence
gaattctttttgctgtttgttagcactacttatttcaatagccgggcacc
tggtgcttgctcccaccttcctcctcgttagctcgtacaaagaaggatca
caagccagaaggaaaggagaaattaaattaatgagaaacctctgtgcatc
tcgaatagccattctctgattctatttttatatgttctcctggaagctgt
cacataattctgtagcagccatttcaaagcatttgtgccagttaatttat
gctgagaaatcattggtgggaatttgacacaggcctggcatgtccgtaag
ccatcaggcttcaaaggacagtgccggtgttagaggcagcccatgaggaa
cactcgggaatgaaaagaagtggacacccgtggcttcttgctggctcctc
tgtcctccctgtcatcatggccactggattcactgagggttactttagtc
aggaactttctggtttaatttagaccctaaccctaccaagtatcgtgatg
ccatttgactgtttctgtgtttgccccaggacttgggcaaagtcagggtt
tgaaccaggcttggctcatgccagatccctcgttagtctcactggagctg
agctgagactgatgcatgcccagagaaggccctgtaaaggcccctgtggc
atttgtgctatagttgcttggtattaatcaacagcttccctcttccccca
aaacatcactgctaatgtgttgctccagcctccttgccctttaaaaatag
tatttctcttcctcccttgatcagtgtgatgtggggaactgaccctacga
tccaccccaccttgtgtcttagggagggttctgtctccgctctccagaca
ggctagtcagctctcatagttagaaggaatccttaagtcaccttattttg
gctcatgattttggaagtttcagtacaaaattgggttgtctctggtgtta
tggacctgtgatgagcagccacatgtggtaagtcacatgagaatcttgct
ctcttacagggcttggggttctgccttcttgtgttaaaagcacaagcttg
cctctttgtgtggaggaaccaaagtttggtttcccaaacacccaatggcc
agccgctcatgac
gaattcttcatggccccctatggcccattttccccccacatctagcctgt
gggatgctcccaggtagaatttggaagaattaggattcctacagagattt
ggggtgaattggtagggtccacctttgcctggagctcctgtaggtcctcc
accttgtccttcctgaactccctcatcactttgataccagcaccccacta
cagctgctgtgcaggctgtagttacaacctagtgtgaagttcctggtgta
gtgagcccctgaaccttgtgccttcacaaagtccataccacctcaggaaa
catgatagaagggggtctagagccttctctagagccttcaccatatcctc
tgccacagatcctataacatgacattccttgggtcttagaagtgcactgg
aatggaaatagccccagagagcagagttgcagagggagagttgaggtcaa
gacagggtagcccagccatgccactgcttgggggacagttctagatagga
tggtttcccacaggccccacagtatacttcctcctcctagtgctcctgac
tctgcatttctgttcacaggttgatgtcagtggaagaagaactgaagaag
gatcatgcagagatgcaagcagctgtagattccaaacagaagatcatcga
tgcccaggttggggctctggctacagtgttacagagtttggggtagttcg
agtgtaactagcttctctggtatccttggttacacctcagtgtaaaaacc
atggaccaggaaccaaggtctctgggctctgaggatgctaaccagggact
tatggaagtggagtaggcaggactaggaaaggtgaaagatggctaggcag
aagggctctggtccccaagccccttcactcacagctgtgtcccttttctt
ctgaatgccccaagaatttggcaggtttggttagagtgtaaagctacata
gccttaggaaagagcttctgggtgtgtgacagtgtgagaggaaaggctct
gcctcgagctcaggtgctatagcttccgccttagctttgtatagtaggag
gcaaataatacgcccccagttctgtgaatagcacagatcttgccagctac
tcacaagcatggaacctaacacacttctcttggcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_35727235_35728339
seq2: B6Ng01-285O09.b_47_1159 (reverse)

seq1  GTCATGAGCCGCCCTGCA-TGGGTGTT--GGGAACCAAAC-TTGGGTCCT  46
      ||||||||| ||    || ||||||||  || |||||||| |||| ||||
seq2  GTCATGAGCGGCTGGCCATTGGGTGTTTGGGAAACCAAACTTTGGTTCCT  50

seq1  CCAC---AAGAG--CAGCTTGTGCTTTTAAC-CACAGAGGCAGAACCCCA  90
      ||||   |||||   |||||||||||||||| ||   |||||||||||||
seq2  CCACACAAAGAGGCAAGCTTGTGCTTTTAACACAAGAAGGCAGAACCCCA  100

seq1  GCCCCTGTAAGAAGAGC-AGATTCCTCCATGTGGCCTTACCACATGT-GC  138
        ||||||||| ||||| ||||||   ||||| | |||||||||||| ||
seq2  AGCCCTGTAAG-AGAGCAAGATTC--TCATGT-GACTTACCACATGTGGC  146

seq1  TGCCTCATCACAGGTCCATAAACACCAGAGACAACCC-ATTTTGTACTGA  187
      || |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TG-CTCATCACAGGTCCAT-AACACCAGAGACAACCCAATTTTGTACTGA  194

seq1  AACTTCCAAAATCATGAGCCAAAATAAGGTGACTTAAGGATTCCTTCTAA  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCAAAATCATGAGCCAAAATAAGGTGACTTAAGGATTCCTTCTAA  244

seq1  CTATGAGAGCTGACTAGCCTGTCTGGAGAGCGGAGACAGAACCCTCCCTA  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGAGCTGACTAGCCTGTCTGGAGAGCGGAGACAGAACCCTCCCTA  294

seq1  AGACACAAGGTGGGGTGGATCGTAGGGTCAGTT-CCCACATCACACTGAT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGACACAAGGTGGGGTGGATCGTAGGGTCAGTTCCCCACATCACACTGAT  344

seq1  CAAGGGAGGAAGAGAAATACTATTTTTAAAGGGCAAGGAGGCTGGAGCAA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGAGGAAGAGAAATACTATTTTTAAAGGGCAAGGAGGCTGGAGCAA  394

seq1  CACATTAGCAGTGATGTTTTGGGGGAAGAGGGAAGCTGTTGATTAATACC  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTAGCAGTGATGTTTTGGGGGAAGAGGGAAGCTGTTGATTAATACC  444

seq1  AAGCAACTATAGCACAAATGCCACAGGGGCCTTTACAGGGCCTTCTCTGG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACTATAGCACAAATGCCACAGGGGCCTTTACAGGGCCTTCTCTGG  494

seq1  GCATGCATCAGTCTCAGCTCAGCTCCAGTGAGACTAACGAGGGATCTGGC  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATCAGTCTCAGCTCAGCTCCAGTGAGACTAACGAGGGATCTGGC  544

seq1  ATGAGCCAAGCCTGGTTCAAACCCTGACTTTGCCCAAGTCCTGGGGCAAA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCAAGCCTGGTTCAAACCCTGACTTTGCCCAAGTCCTGGGGCAAA  594

seq1  CACAGAAACAGTCAAATGGCATCACGATACTTGGTAGGGTTAGGGTCTAA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAACAGTCAAATGGCATCACGATACTTGGTAGGGTTAGGGTCTAA  644

seq1  ATTAAACCAGAAAGTTCCTGACTAAAGTAACCCTCAGTGAATCCAGTGGC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACCAGAAAGTTCCTGACTAAAGTAACCCTCAGTGAATCCAGTGGC  694

seq1  CATGATGACAGGGAGGACAGAGGAGCCAGCAAGAAGCCACGGGTGTCCAC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGACAGGGAGGACAGAGGAGCCAGCAAGAAGCCACGGGTGTCCAC  744

seq1  TTCTTTTCATTCCCGAGTGTTCCTCATGGGCTGCCTCTAACACCGGCACT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCATTCCCGAGTGTTCCTCATGGGCTGCCTCTAACACCGGCACT  794

seq1  GTCCTTTGAAGCCTGATGGCTTACGGACATGCCAGGCCTGTGTCAAATTC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTGAAGCCTGATGGCTTACGGACATGCCAGGCCTGTGTCAAATTC  844

seq1  CCACCAATGATTTCTCAGCATAAATTAACTGGCACAAATGCTTTGAAATG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAATGATTTCTCAGCATAAATTAACTGGCACAAATGCTTTGAAATG  894

seq1  GCTGCTACAGAATTATGTGACAGCTTCCAGGAGAACATATAAAAATAGAA  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTACAGAATTATGTGACAGCTTCCAGGAGAACATATAAAAATAGAA  944

seq1  TCAGAGAATGGCTATTCGAGATGCACAGAGGTTTCTCATTAATTTAATTT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAATGGCTATTCGAGATGCACAGAGGTTTCTCATTAATTTAATTT  994

seq1  CTCCTTTCCTTCTGGCTTGTGATCCTTCTTTGTACGAGCTAACGAGGAGG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCCTTCTGGCTTGTGATCCTTCTTTGTACGAGCTAACGAGGAGG  1044

seq1  AAGGTGGGAGCAAGCACCAGGTGCCCGGCTATTGAAATAAGTAGTGCTAA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGGAGCAAGCACCAGGTGCCCGGCTATTGAAATAAGTAGTGCTAA  1094

seq1  CAAACAGCAAAAAGAATTC  1105
      |||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGCAAAAAGAATTC  1113

seq1: chr2_35582377_35583504
seq2: B6Ng01-285O09.g_70_1206

seq1  GAATTCTTCATGGCCCCCTATGGCCCATTTTCCCCCCACATCTAGCCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATGGCCCCCTATGGCCCATTTTCCCCCCACATCTAGCCTGT  50

seq1  GGGATGCTCCCAGGTAGAATTTGGAAGAATTAGGATTCCTACAGAGATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCTCCCAGGTAGAATTTGGAAGAATTAGGATTCCTACAGAGATTT  100

seq1  GGGGTGAATTGGTAGGGTCCACCTTTGCCTGGAGCTCCTGTAGGTCCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAATTGGTAGGGTCCACCTTTGCCTGGAGCTCCTGTAGGTCCTCC  150

seq1  ACCTTGTCCTTCCTGAACTCCCTCATCACTTTGATACCAGCACCCCACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTCCTTCCTGAACTCCCTCATCACTTTGATACCAGCACCCCACTA  200

seq1  CAGCTGCTGTGCAGGCTGTAGTTACAACCTAGTGTGAAGTTCCTGGTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCTGTGCAGGCTGTAGTTACAACCTAGTGTGAAGTTCCTGGTGTA  250

seq1  GTGAGCCCCTGAACCTTGTGCCTTCACAAAGTCCATACCACCTCAGGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCCCTGAACCTTGTGCCTTCACAAAGTCCATACCACCTCAGGAAA  300

seq1  CATGATAGAAGGGGGTCTAGAGCCTTCTCTAGAGCCTTCACCATATCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAGAAGGGGGTCTAGAGCCTTCTCTAGAGCCTTCACCATATCCTC  350

seq1  TGCCACAGATCCTATAACATGACATTCCTTGGGTCTTAGAAGTGCACTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAGATCCTATAACATGACATTCCTTGGGTCTTAGAAGTGCACTGG  400

seq1  AATGGAAATAGCCCCAGAGAGCAGAGTTGCAGAGGGAGAGTTGAGGTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAATAGCCCCAGAGAGCAGAGTTGCAGAGGGAGAGTTGAGGTCAA  450

seq1  GACAGGGTAGCCCAGCCATGCCACTGCTTGGGGGACAGTTCTAGATAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGTAGCCCAGCCATGCCACTGCTTGGGGGACAGTTCTAGATAGGA  500

seq1  TGGTTTCCCACAGGCCCCACAGTATACTTCCTCCTCCTAGTGCTCCTGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCCCACAGGCCCCACAGTATACTTCCTCCTCCTAGTGCTCCTGAC  550

seq1  TCTGCATTTCTGTTCACAGGTTGATGTCAGTGGAAGAAGAACTGAAGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATTTCTGTTCACAGGTTGATGTCAGTGGAAGAAGAACTGAAGAAG  600

seq1  GATCATGCAGAGATGCAAGCAGCTGTAGATTCCAAACAGAAGATCATCGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATGCAGAGATGCAAGCAGCTGTAGATTCCAAACAGAAGATCATCGA  650

seq1  TGCCCAGGTTGGGGCTCTGGCTACAGTGTTACAGAGTTTGGGGTAGTTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAGGTTGGGGCTCTGGCTACAGTGTTACAGAGTTTGGGGTAGTTCG  700

seq1  AGTGTAACTAGCTTCTCTGGTATCCTTGGTTACACCTCAGTGTAAAAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAACTAGCTTCTCTGGTATCCTTGGTTACACCTCAGTGTAAAAACC  750

seq1  ATGGACCAGGAACCAAGGTCTCTGGGCTCTGAGGATGCTAACCAGGGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACCAGGAACCAAGGTCTCTGGGCTCTGAGGATGCTAACCAGGGACT  800

seq1  TATGGAAGTGGAGTAGGCAGGACTAGG-AAGGTGAAAGAAGGCTAGGCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  TATGGAAGTGGAGTAGGCAGGACTAGGAAAGGTGAAAGATGGCTAGGCAG  850

seq1  AAGGGCTCTGGTCCCCAAGCCCCTTCACTCACAGCTGTGTCCCTTT--CT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
seq2  AAGGGCTCTGGTCCCCAAGCCCCTTCACTCACAGCTGTGTCCCTTTTCTT  900

seq1  CTGAATGCCCCAAGAA-TTGGCAGGTTTGGTTAGAGTGT-AAGCTACATA  945
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGAATGCCCCAAGAATTTGGCAGGTTTGGTTAGAGTGTAAAGCTACATA  950

seq1  GCC-TAGGAAGGAGC-TCTGGGTGTGTGACAGTGTGAGAGGAAAGGCTCT  993
      ||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAGGAAAGAGCTTCTGGGTGTGTGACAGTGTGAGAGGAAAGGCTCT  1000

seq1  GCCTTCGAGCTCAGGTGCTATAGC-TCCGCTTTAGCTTTGTATAGGTAGG  1042
      ||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||
seq2  GCC-TCGAGCTCAGGTGCTATAGCTTCCGCCTTAGCTTTGTATA-GTAGG  1048

seq1  AGGCAAATTATAAGGCCCCAG-TCTGTG-ATAGCACAGAACCTGCCCAGC  1090
      |||||||| ||| | |||||| |||||| |||||||||| | || |||||
seq2  AGGCAAATAATACGCCCCCAGTTCTGTGAATAGCACAGATCTTG-CCAGC  1097

seq1  TACTCCACAGCTTGG-GCCTAACACACTTCTC-TGGCCTG  1128
      |||||   ||| |||  ||||||||||||||| |||||||
seq2  TACTCACAAGCATGGAACCTAACACACTTCTCTTGGCCTG  1137