BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285O16
Chromosome2 (Build37)
Map Location 180,192,849 - 180,327,885
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlco4a1, Ntsr1, 1600027N09Rik, Ogfr
Upstream geneCdh4, Taf4a, Lsm14b, Psma7, Ss18l1, Gtpbp5, Hrh3, Osbpl2, LOC100039470, Adrm1, Lama5, Rps21, Cables2, BC066135, Gata5, EG622283
Downstream geneCol9a3, Tcfl5, Dido1, 2310003C23Rik, 1700019H03Rik, Bhlhb4, OTTMUSG00000016394, Ythdf1, Birc7, C030019F02Rik, LOC100039607, Arfgap1, Col20a1, Chrna4, Kcnq2, Eef1a2, 2700038C09Rik, Ptk6, Srms, LOC622592, BC051628, BC006779, Gmeb2, EG665467, Stmn3, Rtel1, Arfrp1, Zgpat, Lime1, Btbd4, BC050777, Tpd52l2, Dnajc5, Uckl1, Znf512b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285O16.bB6Ng01-285O16.g
ACCGA084243GA084244
length1,1331,181
definitionB6Ng01-285O16.b B6Ng01-285O16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(180,326,768 - 180,327,885)(180,192,849 - 180,194,009)
sequence
gaattcttacctcaacctccttcagtgtgaggggcttggcatgccagttc
actcctggttccctcaggggaaacagcctgagaagatgatgaggacacag
ggacttgagtgccaggcagcaactcgttttttgaactcagtgcctctctt
tcatctctgggaggagctaactggcctttcttacccaaggaagtgggtaa
ggatggcagtcggccgaaagcaggtaagacagcttcttagaaccccagcc
tatgtgctcagtgggctgggtggtagaaagtcaaaatggcggagaccagt
gtgcctttcaccagctgaggggcagagctatctttcctagggattcagtt
tgttctttcttgtcattaaccctgcagaattattcccacaacgtactccg
tgacaagaggatactgggagcagatcagtgggttgtcctcaagccaagga
atgttgttcttgccaggaaatggcatcgtttctgagtctgctttgtggta
tctcattcacatcctgctaaaaatcaagtccgatgtagtccagctccaac
tcctcccaggacataaaagcctgcccacagacctgagcacaatagccctc
atctgaacctggacatgacatgagaactcccacctcagtgtccagcccca
cttccctaaggctcaatccactcaccactggatgtaggagtgattctctt
ccaggaggtcatagttgtctttccagttctgaagaatgtcctcaatgaga
aagcctggacaccccatggagagaagtcagctacagtggccaccttgaca
tagctcagaggacagatctatcaaaatcactgcctagccctcaattcctt
taggattctcaggactcagcagagctgtccataactcatctgatataagc
acacactagttttaggtaactaggctacttcttgtaggtaaggggtgcaa
taattccttcttctgggacatataatcttctcaggcaggaagctctgtgc
ctcaagaagaaaatccccatagaggactaagtatggagcatgggtctaag
ggaagatgtctttgaagggcccagacagcaaacatcttgcttggtgtaga
ccacatgggccttctccaggcctatatcaaaaa
gaattcataccattgtgatctcctaaagtggaacaggtcgagttcccagc
ctgaaggtcctctgcaggacggagcatttgagacatagaaaggtcactgc
ccactctggtgctcctggacacccctgcttcctcttgagttatactcagt
gctcccttcctgatccccgtggtcactgagagagctcatgggctaatcct
tggaacctcaccacagaccttgttctgagactctggagaaactctgacct
tagcgtggtcttgatgaacaagagggacagggaggttcaactctagctct
cagccactgggagtaactgaacaggccctcagggattgtgtcccatgtat
ccagtggccagggttctgcctgaccagtagagcctggaagccttgctggt
ggagatggaggaaatgtaccagcatgcagtgcctgggttgtatcctgttg
tgggtcactgcagaggcagcggctgatctgggcgcatcctccaaacctgc
tgctctcaggtgagggtctctggttttccccagcacccttttcccaatca
tggacagctatcatgacctcattcttgttttcattacaaagaattataat
cagctggggtggtgctgcatgcctttaatcccagcattcagaaggcagag
gcagtcagagctccgagagttcaaggccagcctggtctacatggtgagtt
ccaggacagccagagctacatagcaagacccccctccccccatcttgaga
atacaaaagcaaacaaacaaattagaattctgggcattttctatagataa
gggtggttcttctcaaactactggccttttaaaaagctgcttgttcgtgg
cttagaaaccagagaccatgggtaggtaaggtgaggcttgcagccattgt
ctgggcttcccttggcacaagattgcccattaactccgggaatctgagga
gctccaattattgcttgtttcttcttccttcccgagagctaccaagcctc
cccttccatatgtcagggcttgcttttgccttgtaatttttaaccttgca
agctttgggggcctgccctcaaaacactgctcctcagaaccaatcaagcc
cacagaagaacagttagtacctattcttgaaccatgttccttccacccat
cctaactggcttggtattttttcgcaccctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_180326768_180327885
seq2: B6Ng01-285O16.b_47_1179 (reverse)

seq1  TTTTTGATATA-GCCTGGAGAAGG-CCATGT-GTCTACA-CAGCCAAGAT  46
      ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||  ||||||
seq2  TTTTTGATATAGGCCTGGAGAAGGCCCATGTGGTCTACACCAAGCAAGAT  50

seq1  GTTTGCTGTCT-GGCCCTTCAAAGACATCTTCCC-TAGA-CCATGCTCCA  93
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  GTTTGCTGTCTGGGCCCTTCAAAGACATCTTCCCTTAGACCCATGCTCCA  100

seq1  TACTTAGT-CTCTATGGGGATTT--CTCTTGA-GCACAGAGCTTCCTGCC  139
      |||||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||
seq2  TACTTAGTCCTCTATGGGGATTTTCTTCTTGAGGCACAGAGCTTCCTGCC  150

seq1  TGAGAAGA-TATATGTCCCAGA--GAGGAATTATTGCACCCCTTACCTAC  186
      |||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGATTATATGTCCCAGAAGAAGGAATTATTGCACCCCTTACCTAC  200

seq1  -AGAAGTAGCCTAGTTACCTAAAACTAGTGTGTGCTTATATCAGATGAGT  235
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTAGCCTAGTTACCTAAAACTAGTGTGTGCTTATATCAGATGAGT  250

seq1  TATGGACAGCTCTGCTGAGTCCTGAGAATCCTAAAGGAATTGAGGGCTAG  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACAGCTCTGCTGAGTCCTGAGAATCCTAAAGGAATTGAGGGCTAG  300

seq1  GCAGTGATTTTGATAGATCTGTCCTCTGAGCTATGTCAAGGTGGCCACTG  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGATTTTGATAGATCTGTCCTCTGAGCTATGTCAAGGTGGCCACTG  350

seq1  TAGCTGACTTCTCTCCATGGGGTGTCCAGGCTTTCTCATTGAGGACATTC  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGACTTCTCTCCATGGGGTGTCCAGGCTTTCTCATTGAGGACATTC  400

seq1  TTCAGAACTGGAAAGACAACTATGACCTCCTGGAAGAGAATCACTCCTAC  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAACTGGAAAGACAACTATGACCTCCTGGAAGAGAATCACTCCTAC  450

seq1  ATCCAGTGGTGAGTGGATTGAGCCTTAGGGAAGTGGGGCTGGACACTGAG  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTGGTGAGTGGATTGAGCCTTAGGGAAGTGGGGCTGGACACTGAG  500

seq1  GTGGGAGTTCTCATGTCATGTCCAGGTTCAGATGAGGGCTATTGTGCTCA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGTTCTCATGTCATGTCCAGGTTCAGATGAGGGCTATTGTGCTCA  550

seq1  GGTCTGTGGGCAGGCTTTTATGTCCTGGGAGGAGTTGGAGCTGGACTACA  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGTGGGCAGGCTTTTATGTCCTGGGAGGAGTTGGAGCTGGACTACA  600

seq1  TCGGACTTGATTTTTAGCAGGATGTGAATGAGATACCACAAAGCAGACTC  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGACTTGATTTTTAGCAGGATGTGAATGAGATACCACAAAGCAGACTC  650

seq1  AGAAACGATGCCATTTCCTGGCAAGAACAACATTCCTTGGCTTGAGGACA  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACGATGCCATTTCCTGGCAAGAACAACATTCCTTGGCTTGAGGACA  700

seq1  ACCCACTGATCTGCTCCCAGTATCCTCTTGTCACGGAGTACGTTGTGGGA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTGATCTGCTCCCAGTATCCTCTTGTCACGGAGTACGTTGTGGGA  750

seq1  ATAATTCTGCAGGGTTAATGACAAGAAAGAACAAACTGAATCCCTAGGAA  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCTGCAGGGTTAATGACAAGAAAGAACAAACTGAATCCCTAGGAA  800

seq1  AGATAGCTCTGCCCCTCAGCTGGTGAAAGGCACACTGGTCTCCGCCATTT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCTCTGCCCCTCAGCTGGTGAAAGGCACACTGGTCTCCGCCATTT  850

seq1  TGACTTTCTACCACCCAGCCCACTGAGCACATAGGCTGGGGTTCTAAGAA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTCTACCACCCAGCCCACTGAGCACATAGGCTGGGGTTCTAAGAA  900

seq1  GCTGTCTTACCTGCTTTCGGCCGACTGCCATCCTTACCCACTTCCTTGGG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTTACCTGCTTTCGGCCGACTGCCATCCTTACCCACTTCCTTGGG  950

seq1  TAAGAAAGGCCAGTTAGCTCCTCCCAGAGATGAAAGAGAGGCACTGAGTT  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAGGCCAGTTAGCTCCTCCCAGAGATGAAAGAGAGGCACTGAGTT  1000

seq1  CAAAAAACGAGTTGCTGCCTGGCACTCAAGTCCCTGTGTCCTCATCATCT  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAACGAGTTGCTGCCTGGCACTCAAGTCCCTGTGTCCTCATCATCT  1050

seq1  TCTCAGGCTGTTTCCCCTGAGGGAACCAGGAGTGAACTGGCATGCCAAGC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGCTGTTTCCCCTGAGGGAACCAGGAGTGAACTGGCATGCCAAGC  1100

seq1  CCCTCACACTGAAGGAGGTTGAGGTAAGAATTC  1118
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCACACTGAAGGAGGTTGAGGTAAGAATTC  1133

seq1: chr2_180192849_180194009
seq2: B6Ng01-285O16.g_69_1249

seq1  GAATTCATACCATTGTGATCTCCTAAAGTGGAACAGGTCGAGTTCCCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACCATTGTGATCTCCTAAAGTGGAACAGGTCGAGTTCCCAGC  50

seq1  CTGAAGGTCCTCTGCAGGACGGAGCATTTGAGACATAGAAAGGTCACTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGTCCTCTGCAGGACGGAGCATTTGAGACATAGAAAGGTCACTGC  100

seq1  CCACTCTGGTGCTCCTGGACACCCCTGCTTCCTCTTGAGTTATACTCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTGGTGCTCCTGGACACCCCTGCTTCCTCTTGAGTTATACTCAGT  150

seq1  GCTCCCTTCCTGATCCCCGTGGTCACTGAGAGAGCTCATGGGCTAATCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCTTCCTGATCCCCGTGGTCACTGAGAGAGCTCATGGGCTAATCCT  200

seq1  TGGAACCTCACCACAGACCTTGTTCTGAGACTCTGGAGAAACTCTGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACCTCACCACAGACCTTGTTCTGAGACTCTGGAGAAACTCTGACCT  250

seq1  TAGCGTGGTCTTGATGAACAAGAGGGACAGGGAGGTTCAACTCTAGCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCGTGGTCTTGATGAACAAGAGGGACAGGGAGGTTCAACTCTAGCTCT  300

seq1  CAGCCACTGGGAGTAACTGAACAGGCCCTCAGGGATTGTGTCCCATGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACTGGGAGTAACTGAACAGGCCCTCAGGGATTGTGTCCCATGTAT  350

seq1  CCAGTGGCCAGGGTTCTGCCTGACCAGTAGAGCCTGGAAGCCTTGCTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGCCAGGGTTCTGCCTGACCAGTAGAGCCTGGAAGCCTTGCTGGT  400

seq1  GGAGATGGAGGAAATGTACCAGCATGCAGTGCCTGGGTTGTATCCTGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGGAGGAAATGTACCAGCATGCAGTGCCTGGGTTGTATCCTGTTG  450

seq1  TGGGTCACTGCAGAGGCAGCGGCTGATCTGGGCGCATCCTCCAAACCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCACTGCAGAGGCAGCGGCTGATCTGGGCGCATCCTCCAAACCTGC  500

seq1  TGCTCTCAGGTGAGGGTCTCTGGTTTTCCCCAGCACCCTTTTCCCAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCAGGTGAGGGTCTCTGGTTTTCCCCAGCACCCTTTTCCCAATCA  550

seq1  TGGACAGCTATCATGACCTCATTCTTGTTTTCATTACAAAGAATTATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGCTATCATGACCTCATTCTTGTTTTCATTACAAAGAATTATAAT  600

seq1  CAGCTGGGGTGGTGCTGCATGCCTTTAATCCCAGCATTCAGAAGGCAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGGGTGGTGCTGCATGCCTTTAATCCCAGCATTCAGAAGGCAGAG  650

seq1  GCAGTCAGAGCTCCGAGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACATGGTGAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAGAGCTCCGAGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACATGGTGAGTT  700

seq1  CCAGGACAGCCAGAGCTACATAGCAAGACCCCCCTCCCCCCATCTTGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGACAGCCAGAGCTACATAGCAAGACCCCCCTCCCCCCATCTTGAGA  750

seq1  ATACAAAAGCAAACAAACAAATTAGAATTCTGGGCA-TTTCTATAGATAA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATACAAAAGCAAACAAACAAATTAGAATTCTGGGCATTTTCTATAGATAA  800

seq1  GGGTGGTTCTTCTCAAACTACTGGCCTTTTAAAAAGCTGCTTGTTCGTGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTTCTTCTCAAACTACTGGCCTTTTAAAAAGCTGCTTGTTCGTGG  850

seq1  CTTAGAAACCAGAGACCATGGGTAGGTAAGGTGAGGCTTGCAGCCATTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAACCAGAGACCATGGGTAGGTAAGGTGAGGCTTGCAGCCATTGT  900

seq1  CTGGGCTTCCCTTGGCACAAGA-TGCCCA-TAACTCCGGG-ATCTGAGGG  946
      |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||
seq2  CTGGGCTTCCCTTGGCACAAGATTGCCCATTAACTCCGGGAATCTGA-GG  949

seq1  AGCTCCAAT--ATGC-TGTTTCTTCT--CCTCCCGAGAGCTACCAAG-CT  990
      |||||||||   ||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| ||
seq2  AGCTCCAATTATTGCTTGTTTCTTCTTCCTTCCCGAGAGCTACCAAGCCT  999

seq1  CCCCTTCCATATGTCCAGGCCTTGCCTTTGCCTTGTAATTTTTAAACCTG  1040
      |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| | ||
seq2  CCCCTTCCATATGT-CAGGGCTTGCTTTTGCCTTGTAATTTTTAACCTTG  1048

seq1  CAAGCTTT-GGGGCCTG-CCTC-AGACACTGCTCCTCAGACCCAACCAAG  1087
      |||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||||| |||| ||||
seq2  CAAGCTTTGGGGGCCTGCCCTCAAAACACTGCTCCTCAGAACCAATCAAG  1098

seq1  -CCACAG-AGAACACTTAGGA-CTA-TCT--GAGCATGGTCCTCTCCACC  1131
       |||||| |||||| |||| | ||| |||   | |||| |||| ||||||
seq2  CCCACAGAAGAACAGTTAGTACCTATTCTTGAACCATGTTCCT-TCCACC  1147

seq1  CATACCTACTG--CTGGTA--TTTTCGCACCCTG  1161
      ||| |  ||||   |||||  |||||||||||||
seq2  CATCCTAACTGGCTTGGTATTTTTTCGCACCCTG  1181