BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287A17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 30,872,390 - 31,014,539
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp20, Fnbp1, Gpr107
Upstream geneSpna2, Wdr34, Set, Pkn3, Zdhhc12, Zer1, LOC100041114, Tbc1d13, Slc39a1-ps, Endog, D2Wsu81e, Ccbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188, Sh3glb2, 5730472N09Rik, Dolpp1, Crat, Ppp2r4, Ier5l, Cstad, EG665645, 1700001O22Rik, 2610205E22Rik, Asb6, Prrx2, Ptges, Ppia-ps2_387.1, Tor1b, Tor1a, BC005624
Downstream geneFreq, LOC622345, LOC670182, LOC665700, BC034076, Ass1, Fubp3, LOC100041465, Prdm12, Exosc2, Abl1, BC094274, Fibcd1, Lamc3, 2810003C17Rik, Nup214, A130092J06Rik, LOC100040058, Ppapdc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287A17.bB6Ng01-287A17.g
ACCGA085077GA085078
length8161,021
definitionB6Ng01-287A17.b B6Ng01-287A17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,013,726 - 31,014,539)(30,872,390 - 30,873,409)
sequence
gaattcaaatgcccaagaccaaggaggatgtttctaattcaaactatcac
agatgataagacccagttttgggctgggtgtggtggtgcatgcctttaat
cccagcacttgggaggcagaggcagtcggatttctgagttcgagaccagc
ctggtctacagagtgagttccaggacagccagggctatacagagaaaccc
tgtctcaaaaacaaaaaacaaaaacaaattaaaaaatccagttttttaag
aaaatcactctagggctggagagatggctcagtggttaagagcactgact
gctctttcaaaagtcctgaattcaattcccaacatccacatggtggctca
taaccatctatcctgtatcagatgccctcctgtggcatgcagacgcctat
acatacataaatacatacacacacacacatacacacacacatacacacac
acacacacacacacacacacgtgcgcgcgcgcgcacacacagagagagag
agagagagagagagagagtgaatcaccctagtgggctaaataaataagta
aaatgtaaaactctatgagctagaagatgctggagactacactggtccag
gagtcattaagggtggaccagaggaagcagcaattgtggtaataacacac
aagaagacaggggattgggagctatttagaatactttacagaacttggtg
acttggtgaaatgacagacttccagcttgagaaatgagcagccagtggtc
tagttactaagaaagtcaaagtgggagggagagtccacaggctgggggtg
gaggggtgggggagga
gaattcttgggaaataagcgtggcaggctggggtggcatgggctccctac
agggaccagtccctctggcagccacaccataggctgccagtccttagaag
agaagatggggctattggcttccatgtgtaggtctctgacctgtgtgata
gattccacgcaggtccaatggcctggtcctgggctggagcttatctgtga
gcttccctgccatctgccccagatgcccagcatgactggcacctgccctc
tcccctcagattctgtgcgtccacctgaagcgcttccggcatgaggtgat
gtactccttcaaggtcagcagccatgtctctttccccctcgagggactgg
acctacgcccttttctggccaaggagtgcacgtcccaggtcaccacctat
gacctcctctctgtcatctgtcaccatggcacagcaggcagtgagtatgg
cccaccaggccccgcttgcagtgcctagtccctgtggtctccatagcctc
ttgcttgtctctcaggtgggcactacattgcctactgtcagaacgtgatc
aatgggcagtggtacgaattcgatgaccagtacgtcaccgaggtccatga
gacggtagtacagaacgtggaggcctacgtgctgttctacaggtgagact
gggggccctgctgcatgtctccctgcagctgcagtctgagcttttcctgt
ggtgtcccagcatgctaaagggtggctctgcacacaccctggccatggca
tggcttgtgtccatgcacaacctgcccccagctagtggctcataccacac
cctccatcccaggaagagcagtgaggaggccatgcgtgagcggcagcagg
tagtgtccctggctgccatgcgggaacccagcctgctccgcttctacgtg
tcccgagaatggctcaacaaattcaacaccttgccgagcaggcccatcac
caaccacaccttcctgtgctcccatggaggtggagcagtccgccgccggg
aagaggtattggagggggggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_31013726_31014539
seq2: B6Ng01-287A17.b_42_857 (reverse)

seq1  TCCTCCCC--ACCCTCCACCCCCAGCCTGTGGACTCTCCCTCCCACTTTG  48
      ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCCCACCCCTCCACCCCCAGCCTGTGGACTCTCCCTCCCACTTTG  50

seq1  ACTTTCTTAGTAACTAGACCACTGGCTGCTCATTTCTCAAGCTGGAAGTC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTAGTAACTAGACCACTGGCTGCTCATTTCTCAAGCTGGAAGTC  100

seq1  TGTCATTTCACCAAGTCACCAAGTTCTGTAAAGTATTCTAAATAGCTCCC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTTCACCAAGTCACCAAGTTCTGTAAAGTATTCTAAATAGCTCCC  150

seq1  AATCCCCTGTCTTCTTGTGTGTTATTACCACAATTGCTGCTTCCTCTGGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCCTGTCTTCTTGTGTGTTATTACCACAATTGCTGCTTCCTCTGGT  200

seq1  CCACCCTTAATGACTCCTGGACCAGTGTAGTCTCCAGCATCTTCTAGCTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCTTAATGACTCCTGGACCAGTGTAGTCTCCAGCATCTTCTAGCTC  250

seq1  ATAGAGTTTTACATTTTACTTATTTATTTAGCCCACTAGGGTGATTCACT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTTTTACATTTTACTTATTTATTTAGCCCACTAGGGTGATTCACT  300

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGCGCGCGCGCGCACGTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGCGCGCGCGCGCACGTGT  350

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGT  400

seq1  ATGTATTTATGTATGTATAGGCGTCTGCATGCCACAGGAGGGCATCTGAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTATGTATGTATAGGCGTCTGCATGCCACAGGAGGGCATCTGAT  450

seq1  ACAGGATAGATGGTTATGAGCCACCATGTGGATGTTGGGAATTGAATTCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATAGATGGTTATGAGCCACCATGTGGATGTTGGGAATTGAATTCA  500

seq1  GGACTTTTGAAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTTTGAAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCA  550

seq1  GCCCTAGAGTGATTTTCTTAAAAAACTGGATTTTTTAATTTGTTTTTGTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAGAGTGATTTTCTTAAAAAACTGGATTTTTTAATTTGTTTTTGTT  600

seq1  TTTTGTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAAC  650

seq1  TCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTCGAACTCAGAAATCCGACTGCCTCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTCGAACTCAGAAATCCGACTGCCTCTG  700

seq1  CCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACCACACCCAGCCCAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATGCACCACCACACCCAGCCCAAAA  750

seq1  CTGGGTCTTATCATCTGTGATAGTTTGAATTAGAAACATCCTCCTTGGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCTTATCATCTGTGATAGTTTGAATTAGAAACATCCTCCTTGGTC  800

seq1  TTGGGCATTTGAATTC  814
      ||||||||||||||||
seq2  TTGGGCATTTGAATTC  816

seq1: chr2_30872390_30873409
seq2: B6Ng01-287A17.g_65_1085

seq1  GAATTCTTGGGAAATAAGCGTGGCAGGCTGGGGTGGCATGGGCTCCCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGGAAATAAGCGTGGCAGGCTGGGGTGGCATGGGCTCCCTAC  50

seq1  AGGGACCAGTCCCTCTGGCAGCCACACCATAGGCTGCCAGTCCTTAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCAGTCCCTCTGGCAGCCACACCATAGGCTGCCAGTCCTTAGAAG  100

seq1  AGAAGATGGGGCTATTGGCTTCCATGTGTAGGTCTCTGACCTGTGTGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATGGGGCTATTGGCTTCCATGTGTAGGTCTCTGACCTGTGTGATA  150

seq1  GATTCCACGCAGGTCCAATGGCCTGGTCCTGGGCTGGAGCTTATCTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCACGCAGGTCCAATGGCCTGGTCCTGGGCTGGAGCTTATCTGTGA  200

seq1  GCTTCCCTGCCATCTGCCCCAGATGCCCAGCATGACTGGCACCTGCCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCTGCCATCTGCCCCAGATGCCCAGCATGACTGGCACCTGCCCTC  250

seq1  TCCCCTCAGATTCTGTGCGTCCACCTGAAGCGCTTCCGGCATGAGGTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCAGATTCTGTGCGTCCACCTGAAGCGCTTCCGGCATGAGGTGAT  300

seq1  GTACTCCTTCAAGGTCAGCAGCCATGTCTCTTTCCCCCTCGAGGGACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCCTTCAAGGTCAGCAGCCATGTCTCTTTCCCCCTCGAGGGACTGG  350

seq1  ACCTACGCCCTTTTCTGGCCAAGGAGTGCACGTCCCAGGTCACCACCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACGCCCTTTTCTGGCCAAGGAGTGCACGTCCCAGGTCACCACCTAT  400

seq1  GACCTCCTCTCTGTCATCTGTCACCATGGCACAGCAGGCAGTGAGTATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCCTCTCTGTCATCTGTCACCATGGCACAGCAGGCAGTGAGTATGG  450

seq1  CCCACCAGGCCCCGCTTGCAGTGCCTAGTCCCTGTGGTCTCCATAGCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAGGCCCCGCTTGCAGTGCCTAGTCCCTGTGGTCTCCATAGCCTC  500

seq1  TTGCTTGTCTCTCAGGTGGGCACTACATTGCCTACTGTCAGAACGTGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGTCTCTCAGGTGGGCACTACATTGCCTACTGTCAGAACGTGATC  550

seq1  AATGGGCAGTGGTACGAATTCGATGACCAGTACGTCACCGAGGTCCATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCAGTGGTACGAATTCGATGACCAGTACGTCACCGAGGTCCATGA  600

seq1  GACGGTAGTACAGAACGTGGAGGCCTACGTGCTGTTCTACAGGTGAGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGTAGTACAGAACGTGGAGGCCTACGTGCTGTTCTACAGGTGAGACT  650

seq1  GGGGGCCCTGCTGCATGTCTCCCTGCAGCTGCAGTCTGAGCTTTTCCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCCCTGCTGCATGTCTCCCTGCAGCTGCAGTCTGAGCTTTTCCTGT  700

seq1  GGTGTCCCAGCATGCTAAAGGGTGGCTCTGCACACACCCTGGCCATGGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCCAGCATGCTAAAGGGTGGCTCTGCACACACCCTGGCCATGGCA  750

seq1  TGGCTTGTGTCCATGCACAACCTGCCCCCAGCTAGTGGCTCATACCACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGTGTCCATGCACAACCTGCCCCCAGCTAGTGGCTCATACCACAC  800

seq1  CCTCCATCCCAGGAAGAGCAGTGAGGAGGCCATGCGTGAGCGGCAGCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCCCAGGAAGAGCAGTGAGGAGGCCATGCGTGAGCGGCAGCAGG  850

seq1  TAGTGTCCCTGGCTGCCATGCGGGAACCCAGCCTGCTCCGCTTCTACGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTCCCTGGCTGCCATGCGGGAACCCAGCCTGCTCCGCTTCTACGTG  900

seq1  TCCCGAGAATGGCTCAACAAATTCAACACCTTTGCCGAGCCAGGGCCCAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||
seq2  TCCCGAGAATGGCTCAACAAATTCAACACC-TTGCCGAGC--AGGCCCAT  947

seq1  CACCAACCACACCTTCCTGTGCTCCCATGGAGGT-GAGCAGTCCG-CGCC  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  CACCAACCACACCTTCCTGTGCTCCCATGGAGGTGGAGCAGTCCGCCGCC  997

seq1  GGGAAGAGGTAT--GAGGGGGGGT  1020
      ||||||||||||  ||||||||||
seq2  GGGAAGAGGTATTGGAGGGGGGGT  1021