BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287F06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 41,673,646 - 41,838,334
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrp1b
Upstream geneLOC100042629
Downstream geneLOC625094
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287F06.bB6Ng01-287F06.g
ACCGA085285GA085286
length1,1321,061
definitionB6Ng01-287F06.b B6Ng01-287F06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,837,198 - 41,838,334)(41,673,646 - 41,674,722)
sequence
gaattcttcagataggatctttgacttaagattttccttggtgctggtct
agcagtgatgttggactgtcatttgagcaggcacccacttctgcagcacc
ttttcacagcatttgacagatggtggaatgagacaaaggttgctgaaagg
cttttctcagagtccgccagttggtggatgctctagccaagcatctgaca
ccaggtctgttgctatttttactgaaccataagtctgagaatatgttgca
ggtacatctgaaattgttcacaaatggtaccttgtattatgtcactctgt
tcaaagcataatttcctcagtggctttctgtaagcatcctaaatataccc
catatggttgctaattatggtgtatagcctcatttgtgtagagtaccact
gtcatgattttaagggcaaatattacagaaaatcatgttaccaggaaaaa
aaaaccaactgtaaaaacaaccttaataataaaagttgtatatctttcct
ccttcaattaatttggattaatcactagcttcaaagtttaagatgactta
attgtattgtaacagttgaaacataagccagaattgatgccaagtatgtg
cctggacactggaagctattaacacggaaacagtgcactattttttcctc
attgtatactgtgacatctctgccactcaattcatgtaattaatttggcc
ttaaattttaatctctagatttttatactatgggacataaataaacatat
gattttacatatttatggtatttatttctgcattaataaatacacatata
aaatgactataaaatcaccaaaataaaagtaacaagttttattgagaaag
ggaccacttctctttgaccaaaaaataaaaggtttaagtgtactcttgta
aattgcgcctttgccaaaaacagatttttaagagtgttatcctttttgta
tgtgtgaatgcatgataggttacactcatgtgtatatgagtgctctcaca
tggatgcctaagtgtgtgtgtatgtatgtatacatcagacattgaacatt
gaatgctcttgatcagtttctttgtttatgaatagaagatctctccatgg
acctggggaatctcgattgaaattggtaggca

gaattcatgttaggagtattttcaccatgtagaaggcagatgaatttcat
catggaagggtacacaggactttcactatgtagcaagcaagtgacttttc
ccatgtagcaataagataatttcaaatttcatcaaagagagagcaaaggt
atctaaataggtgtgtctgcaagcaaatgcaaaccatcatatttcaaatg
aagtgcaacagaagaacttctgaaaaaatatgtacatagactgaagaata
ccaacacttctgaggtaaaagatatatatatatatatatatatatatata
taattcaaaaattgacaaatataaaagtacaaaaaacctttggtttgggc
ttattttttttagagagataaaagatagtagctacttttcaatactcaca
ttttgaacatgaagaaattaagcatatagatactaagtaacagtgtagag
actacagaagtgttaatattagcaaggcactcaatgtttaaaagacagac
aatacattcaggtatttaaatgacagaacggtggctttgtgatgcaagga
gctttgttctattcttttcactaatgatcttagattttgactgggttatg
aatgggttcatgatagatgcacatacatgattttcttaatccattgtaat
atgtgtatgagaatcaagtatttgttaataatgttataatatttgtttat
tctggagagatggtgcagcagttacaggtacttgctactcttaatgagta
accacatttggctagcagctccctcccacatcagacagtattcaatttca
tataactccatttctaagggatctaatattatcttctgtaaatcacgcag
atcaatcatgcagtgatgtgcacacatgaatggaatcatacacacacatg
cacacacacacaccacatataagaggttttaaggaagtactgagaacact
atttcattttgaggaaaatcatgtactaactcttcatagaatctgaaaat
aaactatgtttggcatttctcaataatttccttttcatgcagcactatat
aaatgtgcaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_41837198_41838334
seq2: B6Ng01-287F06.b_47_1178 (reverse)

seq1  TGCCTACCATTTTCAATTCTGAGATTCCCCAGGGTTCATGGAGAGATCTT  50
      ||||||||| |||||||   ||||||||||| ||| ||||||||||||||
seq2  TGCCTACCAATTTCAAT--CGAGATTCCCCA-GGTCCATGGAGAGATCTT  47

seq1  CTATTCATAAATACAAAGAAACTGATTAAAGAAGGCATTCAATG-TCAAT  99
      ||||||||||  ||||||||||||| | ||||  |||||||||| |||||
seq2  CTATTCATAA--ACAAAGAAACTGA-TCAAGA--GCATTCAATGTTCAAT  92

seq1  GTCTGATGTATACATACATACACACACACTTAGGCATCCATGTGAGAGCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATGTATACATACATACACACACACTTAGGCATCCATGTGAGAGCA  142

seq1  CTCATATACACATGAGTGTACCCTATCATGCATTCACACATACAAAAAGG  199
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATACACATGAGTGTAACCTATCATGCATTCACACATACAAAAAGG  192

seq1  ATAACACTCTTAAAAATCTGTTTTTGGCAAAGGCGCAATTTACAAGAGTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACACTCTTAAAAATCTGTTTTTGGCAAAGGCGCAATTTACAAGAGTA  242

seq1  CACTTAAACCTTTTA-TTTTTGGTCAAAGAGAAGTGGTCCC-TTCTCAAT  297
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACTTAAACCTTTTATTTTTTGGTCAAAGAGAAGTGGTCCCTTTCTCAAT  292

seq1  AAAACTTGTTACTTTTATTTTGGTGATTTTATAGTCATTTTATATGTGTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTGTTACTTTTATTTTGGTGATTTTATAGTCATTTTATATGTGTA  342

seq1  TTTATTAATGCAGAAATAAATACCATAAATATGTAAAATCATATGTTTAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAATGCAGAAATAAATACCATAAATATGTAAAATCATATGTTTAT  392

seq1  TTATGTCCCATAGTATAAAAATCTAGAGATTAAAATTTAAGGCCAAATTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCCCATAGTATAAAAATCTAGAGATTAAAATTTAAGGCCAAATTA  442

seq1  ATTACATGAATTGAGTGGCAGAGATGTCACAGTATACAATGAGGAAAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATGAATTGAGTGGCAGAGATGTCACAGTATACAATGAGGAAAAAA  492

seq1  TAGTGCACTGTTTCCGTGTTAATAGCTTCCAGTGTCCAGGCACATACTTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCACTGTTTCCGTGTTAATAGCTTCCAGTGTCCAGGCACATACTTG  542

seq1  GCATCAATTCTGGCTTATGTTTCAACTGTTACAATACAATTAAGTCATCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAATTCTGGCTTATGTTTCAACTGTTACAATACAATTAAGTCATCT  592

seq1  TAAACTTTGAAGCTAGTGATTAATCCAAATTAATTGAAGGAGGAAAGATA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTTGAAGCTAGTGATTAATCCAAATTAATTGAAGGAGGAAAGATA  642

seq1  TACAACTTTTATTATTAAGGTTGTTTTTACAGTTGGTTTTTTTTTCCTGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTTTTATTATTAAGGTTGTTTTTACAGTTGGTTTTTTTTTCCTGG  692

seq1  TAACATGATTTTCTGTAATATTTGCCCTTAAAATCATGACAGTGGTACTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGATTTTCTGTAATATTTGCCCTTAAAATCATGACAGTGGTACTC  742

seq1  TACACAAATGAGGCTATACACCATAATTAGCAACCATATGGGGTATATTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAATGAGGCTATACACCATAATTAGCAACCATATGGGGTATATTT  792

seq1  AGGATGCTTACAGAAAGCCACTGAGGAAATTATGCTTTGAACAGAGTGAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCTTACAGAAAGCCACTGAGGAAATTATGCTTTGAACAGAGTGAC  842

seq1  ATAATACAAGGTACCATTTGTGAACAATTTCAGATGTACCTGCAACATAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACAAGGTACCATTTGTGAACAATTTCAGATGTACCTGCAACATAT  892

seq1  TCTCAGACTTATGGTTCAGTAAAAATAGCAACAGACCTGGTGTCAGATGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGACTTATGGTTCAGTAAAAATAGCAACAGACCTGGTGTCAGATGC  942

seq1  TTGGCTAGAGCATCCACCAACTGGCGGACTCTGAGAAAAGCCTTTCAGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTAGAGCATCCACCAACTGGCGGACTCTGAGAAAAGCCTTTCAGCA  992

seq1  ACCTTTGTCTCATTCCACCATCTGTCAAATGCTGTGAAAAGGTGCTGCAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGTCTCATTCCACCATCTGTCAAATGCTGTGAAAAGGTGCTGCAG  1042

seq1  AAGTGGGTGCCTGCTCAAATGACAGTCCAACATCACTGCTAGACCAGCAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGTGCCTGCTCAAATGACAGTCCAACATCACTGCTAGACCAGCAC  1092

seq1  CAAGGAAAATCTTAAGTCAAAGATCCTATCTGAAGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAAATCTTAAGTCAAAGATCCTATCTGAAGAATTC  1132


seq1: chr2_41673646_41674722
seq2: B6Ng01-287F06.g_65_1125

seq1  GAATTCATGTTAGGAGTATTTTCACCATGTAGAAGGCAGATGAATTTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTTAGGAGTATTTTCACCATGTAGAAGGCAGATGAATTTCAT  50

seq1  CATGGAAGGGTACACAGGACTTTCACTATGTAGCAAGCAAGTGACTTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAGGGTACACAGGACTTTCACTATGTAGCAAGCAAGTGACTTTTC  100

seq1  CCATGTAGCAATAAGATAATTTCAAATTTCATCAAAGAGAGAGCAAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTAGCAATAAGATAATTTCAAATTTCATCAAAGAGAGAGCAAAGGT  150

seq1  ATCTAAATAGGTGTGTCTGCAAGCAAATGCAAACCATCATATTTCAAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAATAGGTGTGTCTGCAAGCAAATGCAAACCATCATATTTCAAATG  200

seq1  AAGTGCAACAGAAGAACTTCTGAAAAAATATGTACATAGACTGAAGAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCAACAGAAGAACTTCTGAAAAAATATGTACATAGACTGAAGAATA  250

seq1  CCAACACTTCTGAGGTAAAAGATATATATATATATATATATATATATATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACTTCTGAGGTAAAAGATATATATATATATATATATATATATATA  300

seq1  TAATTCAAAAATTGACAAATATAAAAGTACAAAAAACCTTTGGTTTGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCAAAAATTGACAAATATAAAAGTACAAAAAACCTTTGGTTTGGGC  350

seq1  TTATTTTTTTTAGAGAGATAAAAGATAGTAGCTACTTTTCAATACTCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTTTTAGAGAGATAAAAGATAGTAGCTACTTTTCAATACTCACA  400

seq1  TTTTGAACATGAAGAAATTAAGCATATAGATACTAAGTAACAGTGTAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAACATGAAGAAATTAAGCATATAGATACTAAGTAACAGTGTAGAG  450

seq1  ACTACAGAAGTGTTAATATTAGCAAGGCACTCAATGTTTAAAAGACAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGAAGTGTTAATATTAGCAAGGCACTCAATGTTTAAAAGACAGAC  500

seq1  AATACATTCAGGTATTTAAATGACAGAACGGTGGCTTTGTGATGCAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTCAGGTATTTAAATGACAGAACGGTGGCTTTGTGATGCAAGGA  550

seq1  GCTTTGTTCTATTCTTTTCACTAATGATCTTAGATTTTGACTGGGTTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTTCTATTCTTTTCACTAATGATCTTAGATTTTGACTGGGTTATG  600

seq1  AATGGGTTCATGATAGATGCACATACATGATTTTCTTAATCCATTGTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTTCATGATAGATGCACATACATGATTTTCTTAATCCATTGTAAT  650

seq1  ATGTGTATGAGAATCAAGTATTTGTTAATAATGTTATAATATTTGTTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATGAGAATCAAGTATTTGTTAATAATGTTATAATATTTGTTTAT  700

seq1  TCTGGAGAGATGGTGCAGCAGTTACAGGTACTTGCTACTCTTAATGAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGAGATGGTGCAGCAGTTACAGGTACTTGCTACTCTTAATGAGTA  750

seq1  ACCACATTTGGCTAGCAGCTCCCTCCCACATCAGACAGTATTCAATTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATTTGGCTAGCAGCTCCCTCCCACATCAGACAGTATTCAATTTCA  800

seq1  TATAACTCCATTTCTAAGGGATCTAATATTATCTTCTGTAAATCACGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTCCATTTCTAAGGGATCTAATATTATCTTCTGTAAATCACGCAG  850

seq1  ATCAATCATGCAGGTGATGTGCACACATGAATGGAATCATACACACACAT  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCATGCA-GTGATGTGCACACATGAATGGAATCATACACACACAT  899

seq1  GCACACACACACACCACATATAAGAGGTTTTAAGGAAGTACTGAGAACAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GCACACACACACACCACATATAAGAGGTTTTAAGGAAGTACTGAGAAC-A  948

seq1  CTATTTCATTTTGAGGAAAAATCATGTAACTTAACTCTTCAATAGAATCT  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||| |||||||||
seq2  CTATTTCATTTTGAGG-AAAATCATGTA--CTAACTCTTC-ATAGAATCT  994

seq1  GAAAATAAACTATGTTTGGCATTTCTCAATTAATTTCCCTTTTTCCAATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||  || 
seq2  GAAAATAAACTATGTTTGGCATTTCTCAA-TAATTTCC--TTTTC--AT-  1038

seq1  GCAGGGCACTAATTATAAATGTGCACA  1077
      |||  ||||||  ||||||||||||||
seq2  GCA--GCACTA--TATAAATGTGCACA  1061


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |