BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290O24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 63,029,171 - 63,132,144
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlc4a10, Dpp4, Gcg, Fap, Ifih1, Gca, Kcnh7
Downstream geneEG667257, Fign
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290O24.bB6Ng01-290O24.g
ACCGA087953GA087954
length6361,116
definitionB6Ng01-290O24.b B6Ng01-290O24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,029,171 - 63,029,805)(63,131,027 - 63,132,144)
sequence
gaattcatattaaaactaaataaaggaaaagagtaccagtaagaattaga
tataagatatatatatatatgcttcctgaaatgtctcctcaaatagcttc
ttcagaacctgcctgttttcttaaaagtttcatgaccaaacagatgaaga
tctataaaacaggctactaagctaagatttggtgttcaagggattgaaga
tcagtgatacaagtacacagtgatacaggtactgactccacctactgaga
caactccatttggatgtcaaactgacaaaaaatggaccaaagccttagac
atacataaacactttatcactcaaggcaatattctcaacaactcaatcaa
aggctatagggaaaggttagagtttgagaaaccctgacatgtgtgacatt
gtttcacaatttctaagtctctttaaaacaaattccatggtgcgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgttgaattgttaacaaatataaa
gtagtttcattgttatagagagttgcctttaaatatcaagtttagaggag
tacatatggtaccaatatgactcccagcattaatgttttgtttaaggaaa
ggtctctcaataaaatatcccctgcttattagtagt

gaattctcctgtcttatgtctcctatctgtctatgtagattgataagttt
gaatgggtttcactctctctcttccatgatgtgcataagttgaaagcaaa
catactgaccagtaagacggttctctcagatattccttccaaattctaat
cttcttaaatacattctaattccacattcaaaacttataaacttaaggaa
taaagttactcctctgcctaggatatgcatttccttccattcccttctga
gcagcctcatgttgtattatatcctagatattgaataaagtatttttagg
tgaatgtatgcatggatttatcattttacaggttcataccttatttccaa
tattttttttaatctaccattttttcttggaagacatataaaattgtttt
gcttcaaatcaaaaagtatcaccaactgtgtgggtgtgcttttacacctt
aatttatgtatttttcaatcaaaagtatatgtaacagtattctattctat
ttttgcaatagtataaatagatacaactcagcaaaaacagaatgttttgt
tctgttgttttgtaagttgaatccacaaaatactaatgaccatataggtg
aaaaatgaaaattcttcttaactttgctatcattcatgtctatgtaatag
aacagtctaaacttatggtgctgttttaattaggcattcattgttattct
gtgtttaaatgacttcttatgtcttaaagtaatttcaaactgtttctata
agaagctttattattcattatttcttctatatattaagccattccatgtg
aaaatcctagttttccttattgtttttatcttggggaaaaaaagaaaaca
ttttgatagtttcaaaggtggttgaaatcatttatttaagatatagacga
tgtgatgcacataaatctttttcattgttatacaaaatctaatttcaaga
ctaaagatacatattgtaggtttttattaatattttatatgggtatgggt
attttaaaatacttttcttctgaatatgtattcaaatgtgaagcacgttg
ttcacaagtgagaggctgttttactggtgggactgttagatgtggaacac
ttagaatgttctcttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_63029171_63029805
seq2: B6Ng01-290O24.b_43_678

seq1  GAATTCATATTAAAACTAAATAAAGGAAAAGAGTACCAGTAAGAATTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTAAAACTAAATAAAGGAAAAGAGTACCAGTAAGAATTAGA  50

seq1  TATAAGATATATATATATATGCTTCCTGAAATGTCTCCTCAAATAGCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGATATATATATATATGCTTCCTGAAATGTCTCCTCAAATAGCTTC  100

seq1  TTCAGAACCTGCCTGTTTTCTTAAAAGTTTCATGACCAAACAGATGAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAACCTGCCTGTTTTCTTAAAAGTTTCATGACCAAACAGATGAAGA  150

seq1  TCTATAAAACAGGCTACTAAGCTAAGATTTGGTGTTCAAGGGATTGAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAAAACAGGCTACTAAGCTAAGATTTGGTGTTCAAGGGATTGAAGA  200

seq1  TCAGTGATACAAGTACACAGTGATACAGGTACTGACTCCACCTACTGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGATACAAGTACACAGTGATACAGGTACTGACTCCACCTACTGAGA  250

seq1  CAACTCCATTTGGATGTCAAACTGACAAAAAATGGACCAAAGCCTTAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCATTTGGATGTCAAACTGACAAAAAATGGACCAAAGCCTTAGAC  300

seq1  ATACATAAACACTTTATCACTCAAGGCAATATTCTCAACAACTCAATCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAAACACTTTATCACTCAAGGCAATATTCTCAACAACTCAATCAA  350

seq1  AGGCTATAGGGAAAGGTTAGAGTTTGAGAAACCCTGACATGTGTGACATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTATAGGGAAAGGTTAGAGTTTGAGAAACCCTGACATGTGTGACATT  400

seq1  GTTTCACAATTTCTAAGTCTCTTTAAAACAAATTCCATGGTGCGTGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACAATTTCTAAGTCTCTTTAAAACAAATTCCATGGTGCGTGTGTG  450

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTTGAATTGTTAACAAATATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTTGAATTGTTAACAAATATAAA  500

seq1  GTAGTTTCATTGTTATAGAGAGTTGCCTTTAAATATCAAGTTTAGAGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTCATTGTTATAGAGAGTTGCCTTTAAATATCAAGTTTAGAGGAG  550

seq1  TACATATGGTACCAATATGACTCCCAGCATTAATGTTTTGTTTAAGGACA  600
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TACATATGGTACCAATATGACTCCCAGCATTAATGTTTTGTTTAAGGA-A  599

seq1  AGGTCTCTCAATAAAATAT-CACTG-TGTTTAGTAGT  635
      ||||||||||||||||||| | ||| |  ||||||||
seq2  AGGTCTCTCAATAAAATATCCCCTGCTTATTAGTAGT  636


seq1: chr2_63131027_63132144
seq2: B6Ng01-290O24.g_64_1179 (reverse)

seq1  GAAGAG-ACATTCTAAAGTTGTCCACATCCTACAAGTCCA-CAGTAAAAC  48
      |||||| ||||||| ||||  ||||||||  |||   ||| |||||||||
seq2  GAAGAGAACATTCT-AAGTGTTCCACATCTAACAGTCCCACCAGTAAAAC  49

seq1  AGCTTCTCACTGGTGAAC-ACGTGCTTCAACATTTTGAATACATATTCAG  97
      ||| ||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTCACTTGTGAACAACGTGCTTC-ACA-TTTGAATACATATTCAG  97

seq1  -AGAAAGTTATTTTAAAATA-CCATA-CCATATAAAATATTTAATAAAAA  144
       |||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGAAAAGTATTTTAAAATACCCATACCCATATAAAATA-TTAATAAAAA  146

seq1  CCTTACAATATGTATTCTTTAGTCTTTGAAATTAGATTTTGTATAACAAT  194
      || ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CC-TACAATATGTA-TCTTTAGTC-TTGAAATTAGATTTTGTATAACAAT  193

seq1  GAAAAAGATTTATGTGCATCACATCGTCTATATCTTAAATAAATGATTTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGATTTATGTGCATCACATCGTCTATATCTTAAATAAATGATTTC  243

seq1  AACCACCTTTTGAAACTATCAAAATGTTTTCTTTTTTTCCCCAAGATAAA  294
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACC-TTTGAAACTATCAAAATGTTTTCTTTTTTTCCCCAAGATAAA  292

seq1  AACAATAAGGAAAACTAGGATTTTCACATGGAATGGCTTAATATATAGAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAAGGAAAACTAGGATTTTCACATGGAATGGCTTAATATATAGAA  342

seq1  GAAATAATGAATAATAAAGCTTCTTATAGAAACAGTTTGAAATTACTTTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATGAATAATAAAGCTTCTTATAGAAACAGTTTGAAATTACTTTA  392

seq1  AGACATAAGAAGTCATTTAAACACAGAATAACAATGAATGCCTAATTAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATAAGAAGTCATTTAAACACAGAATAACAATGAATGCCTAATTAAA  442

seq1  ACAGCACCATAAGTTTAGACTGTTCTATTACATAGACATGAATGATAGCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACCATAAGTTTAGACTGTTCTATTACATAGACATGAATGATAGCA  492

seq1  AAGTTAAGAAGAATTTTCATTTTTCACCTATATGGTCATTAGTATTTTGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAGAAGAATTTTCATTTTTCACCTATATGGTCATTAGTATTTTGT  542

seq1  GGATTCAACTTACAAAACAACAGAACAAAACATTCTGTTTTTGCTGAGTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCAACTTACAAAACAACAGAACAAAACATTCTGTTTTTGCTGAGTT  592

seq1  GTATCTATTTATACTATTGCAAAAATAGAATAGAATACTGTTACATATAC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTATTTATACTATTGCAAAAATAGAATAGAATACTGTTACATATAC  642

seq1  TTTTGATTGAAAAATACATAAATTAAGGTGTAAAAGCACACCCACACAGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATTGAAAAATACATAAATTAAGGTGTAAAAGCACACCCACACAGT  692

seq1  TGGTGATACTTTTTGATTTGAAGCAAAACAATTTTATATGTCTTCCAAGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATACTTTTTGATTTGAAGCAAAACAATTTTATATGTCTTCCAAGA  742

seq1  AAAAATGGTAGATTAAAAAAAATATTGGAAATAAGGTATGAACCTGTAAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGGTAGATTAAAAAAAATATTGGAAATAAGGTATGAACCTGTAAA  792

seq1  ATGATAAATCCATGCATACATTCACCTAAAAATACTTTATTCAATATCTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAATCCATGCATACATTCACCTAAAAATACTTTATTCAATATCTA  842

seq1  GGATATAATACAACATGAGGCTGCTCAGAAGGGAATGGAAGGAAATGCAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATAATACAACATGAGGCTGCTCAGAAGGGAATGGAAGGAAATGCAT  892

seq1  ATCCTAGGCAGAGGAGTAACTTTATTCCTTAAGTTTATAAGTTTTGAATG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGGCAGAGGAGTAACTTTATTCCTTAAGTTTATAAGTTTTGAATG  942

seq1  TGGAATTAGAATGTATTTAAGAAGATTAGAATTTGGAAGGAATATCTGAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTAGAATGTATTTAAGAAGATTAGAATTTGGAAGGAATATCTGAG  992

seq1  AGAACCGTCTTACTGGTCAGTATGTTTGCTTTCAACTTATGCACATCATG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCGTCTTACTGGTCAGTATGTTTGCTTTCAACTTATGCACATCATG  1042

seq1  GAAGAGAGAGAGTGAAACCCATTCAAACTTATCAATCTACATAGACAGAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAGAGAGTGAAACCCATTCAAACTTATCAATCTACATAGACAGAT  1092

seq1  AGGAGACATAAGACAGGAGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACATAAGACAGGAGAATTC  1116


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |