BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291K13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 117,546,746 - 117,694,337
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTmco5, LOC100043557, LOC241621, Spred1, LOC624574, 2610510H03Rik, Rasgrp1
Downstream geneThbs1, Fsip1, Gpr176, 1700054M17Rik, Eif2ak4, Srp14, LOC668859, Bmf, LOC640461, Bub1b, Pak6, Gm1337, Plcb2, LOC100043272, A430105I19Rik, Disp2, D2Ertd750e, Ivd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291K13.bB6Ng01-291K13.g
ACCGA088489GA088490
length1,2171,082
definitionB6Ng01-291K13.b B6Ng01-291K13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,546,746 - 117,547,659)(117,693,245 - 117,694,337)
sequence
gaattccacataaaaccaaagacactgaaacttacataggagaaagtggg
gaagagcctcaaacatatgagcacaggggaaatattcctaaacagaatac
caatggcttgtactgtaaaatcaagaattgacaaatgggacctcataaaa
ttgcaaagcttctgaaaggcaaaagacactgttaataagacaaaaaggca
gccaacagattgggaaaaaaatctttaacaatcctaaatctgatagaagg
ctaatatccaatatatacaaagagctcaagaagttagacaccagagctag
tcagaatagtgctggagcactcaccctggccatacagacaatatagctgg
caggctgaccaactcaactacctcccaggcctggatcaaaggcctttgag
ttggcccaccccatcatccaccccatctatgatctgctgcagcatgtgaa
agagcaaatcctatatatccaaagctgtaggatcttcatgacacagggca
acaatatgatattagagaggagttccagtggggatccagtatgataatat
agagaagccagaggcctcaaaccagagcaatgatacattgcaatgaacat
ttacaagttaagatgcaggggcaaaagggtgtactgtgagacatacagtg
atacactatagctttcatgacaagagttttttttttaactctatcttatt
ttgttttcttttgggggaagattgcaaggatggatggacagggatatggg
tgggattgagatgcatgatatgaaattcctaaagaaccaataaaaagata
aaaataaataaataaacaaataaataagcaagtaacaattcaaaaagaaa
acaggcactacaaaacaacttagttgcattataataatctacagattatt
tatcataaggtgtatcattttatatgatggttacccaataaattatgtta
ttttgatgatcaatggaagtcaaaatagtataaatgcttggttcagaaag
tcaactgaactcacttgccatgtgcattcacacccacacacacacccaca
cccaaccaccacacacctactaaactgattacagtgcaactcatgtgttt
tgagaaaaattatgtacaaaaggacttcatttgcctcagattcacaagcc
ctctgtgatccttagagaaaacagcctactgatggtcagatatgaattgt
acagcttgaccgttaac
gaattctaggccatggccagaataaaaattagagcaagggactgaaaagt
agcttgatggataagtgcttgctgtgccagcacgaggacctgaatttgta
cgcccaacacctatgtaaaaagcctagcattactacatgtgaatccaata
caggactgtaaaaataaggaatccacagagatcactagacagccattcta
ggccaaacaataaattccagtttctgtgaagatacttttctaaaaaaaaa
aggataccacatactggaaatgtggtgagcaactgagggaaacacctgat
ggccatagtgtggccaccacaagaatgtccactcatttatatacatttct
gcacacatgagtgtgtaactgcacatacacacacacacacacatacacac
acaaacccatataccccatatatacatacatgtgtatatataatatatat
acacatacaccatacataaatcatatacatatatacataccacacacata
tacatatatacacacacagcatacacttccatatacatgcataacacacc
cacatacacatataccatatacatatatcttatgaatataccatatgcat
acttacacaccacacacatacacacaaacacacacattaatttaaaagca
ggcaacgttggactggtggctttattttctggtatcagttccctgtcctt
actcacaagagaatcaagaaaaatattctgccagtaaacttgagtttttg
gcttgatgccttataaataagtcctaagcaaatcccctatcccactgaga
ttcacaacgctaagctcactagctttatttcagcatattggagggcctgt
gactctttgtcttcagagccatcaaagcaaggcgtgctaaacagttaaaa
aagaagccagcctccaacctttatgcatctcctgggcttcctttgttcac
ccagaccctgcaaaagtcatcaactgttccattcattgtctgactcagtg
accctgaacttctggtggcctgaatgcatatggatgctcttagtgctgca
caacaacacatattagtgtctgcagcacccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_117546746_117547659
seq2: B6Ng01-291K13.b_361_1267

seq1  GCTGGAGCACTCACCCTGGCCATACAGACAATATAGCTGGCAGGCTGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGCACTCACCCTGGCCATACAGACAATATAGCTGGCAGGCTGACC  50

seq1  AACTCAACTACCTCCCAGGCCTGGATCAAAGGCCTTTGAGTTGGCCCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAACTACCTCCCAGGCCTGGATCAAAGGCCTTTGAGTTGGCCCACC  100

seq1  CCATCATCCACCCCATCTATGATCTGCTGCAGCATGTGAAAGAGCAAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATCCACCCCATCTATGATCTGCTGCAGCATGTGAAAGAGCAAATC  150

seq1  CTATATATCCAAAGCTGTAGGATCTTCATGACACAGGGCAACAATATGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATATCCAAAGCTGTAGGATCTTCATGACACAGGGCAACAATATGAT  200

seq1  ATTAGAGAGGAGTTCCAGTGGGGATCCAGTATGATAATATAGAGAAGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAGAGGAGTTCCAGTGGGGATCCAGTATGATAATATAGAGAAGCCA  250

seq1  GAGGCCTCAAACCAGAGCAATGATACATTGCAATGAACATTTACAAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTCAAACCAGAGCAATGATACATTGCAATGAACATTTACAAGTTA  300

seq1  AGATGCAGGGGCAAAAGGGTGTACTGTGAGACATACAGTGATACACTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAGGGGCAAAAGGGTGTACTGTGAGACATACAGTGATACACTATA  350

seq1  GCTTTCATGACAAGAGTTTTTTTTTTAACTCTATCTTATTTTGTTTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCATGACAAGAGTTTTTTTTTTAACTCTATCTTATTTTGTTTTCTT  400

seq1  TTGGGGGAAGATTGCAAGGATGGATGGACAGGGATATGGGTGGGATTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGAAGATTGCAAGGATGGATGGACAGGGATATGGGTGGGATTGAG  450

seq1  ATGCATGATATGAAATTCCTAAAGAACCAATAAAAAGATAAAAATAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGATATGAAATTCCTAAAGAACCAATAAAAAGATAAAAATAAATA  500

seq1  AATAAACAAATAAATAAGCAAGTAACAATTCAAAAAGAAAACAGGCACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACAAATAAATAAGCAAGTAACAATTCAAAAAGAAAACAGGCACTA  550

seq1  CAAAACAACTTAGTTGCATTATAATAATCTACAGATTATTTATCATAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAACTTAGTTGCATTATAATAATCTACAGATTATTTATCATAAGG  600

seq1  TGTATCATTTTATATGATGGTTACCCAATAAATTATGTTA-TTTGATGAT  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTATCATTTTATATGATGGTTACCCAATAAATTATGTTATTTTGATGAT  650

seq1  CAATGGAAGTCAAAATAGTATTAAATGCTTGGTTCAGAAAAGTCAACTGA  699
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAATGGAAGTCAAAATAGTA-TAAATGCTTGGTTCAG-AAAGTCAACTGA  698

seq1  ACTCACTTGGCATGTGCA-TCACACACACACACACACACACACACACACA  748
      ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||  ||
seq2  ACTCACTTGCCATGTGCATTCACACCCACACACACACCCACACCCAACCA  748

seq1  CACACACACACTACTAAACTGATTACCAGTGCAAACTCATGGTGTTTTGA  798
      | ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||
seq2  C-CACACAC-CTACTAAACTGATTA-CAGTGC-AACTCAT-GTGTTTTGA  793

seq1  G-AAAATTATGTACAAAAGGAC-TCA-TTGCTCAAGAATCACAAAGCCCT  845
      | |||||||||||||||||||| ||| ||||   ||| |||| |||||||
seq2  GAAAAATTATGTACAAAAGGACTTCATTTGCCTCAGATTCAC-AAGCCCT  842

seq1  CTGTGATCC-TAGAAGAAACAGCCTACTGATGGCCCAGGATAGTGAATGG  894
      ||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |   |||| ||||| |
seq2  CTGTGATCCTTAGAGAAAACAGCCTACTGATGGTC--AGATA-TGAATTG  889

seq1  TAGCAGCTTTGACCGTTAAC  914
      || |||| ||||||||||||
seq2  TA-CAGC-TTGACCGTTAAC  907

seq1: chr2_117693245_117694337
seq2: B6Ng01-291K13.g_68_1149 (reverse)

seq1  ATGGGTGCCTTGCAGGAACACTAATATGTG-TGTTGTGCCAAGCACTAAG  49
      ||||||||  |||||  ||||||||||||| ||||||||  |||||||||
seq2  ATGGGTGC--TGCAG--ACACTAATATGTGTTGTTGTGC--AGCACTAAG  44

seq1  AGCATTCCATATGCATTCCAGGCCACCAAGAGGTTCAGGGTCACTGAGTC  99
      |||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  AGCA-TCCATATGCATT-CAGGCCACC-AGAAGTTCAGGGTCACTGAGTC  91

seq1  AGACAATGAATTGGAACAGTTGATGACTTTTGCAGGGTCTGGGTGAACAA  149
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATGAA-TGGAACAGTTGATGACTTTTGCAGGGTCTGGGTGAACAA  140

seq1  AGGAAGCCCAGGAGATGCATAAAGGTTGGAGGCTGGCTTTCTTTTTTTAA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  AGGAAGCCCAGGAGATGCATAAAGGTTGGAGGCTGGCTT--CTTTTTTAA  188

seq1  CTGTTTAGCACGCCTTGCTTTGATGGCTCTGAAGACAAAGAGTCACAGGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAGCACGCCTTGCTTTGATGGCTCTGAAGACAAAGAGTCACAGGC  238

seq1  CCTCCAATATGCTGAAATAAAGCTAGTGAGCTTAGCGTTGTGAATCTCAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAATATGCTGAAATAAAGCTAGTGAGCTTAGCGTTGTGAATCTCAG  288

seq1  TGGGATAGGGGATTTGCTTAGGACTTATTTATAAGGCATCAAGCCAAAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATAGGGGATTTGCTTAGGACTTATTTATAAGGCATCAAGCCAAAAA  338

seq1  CTCAAGTTTACTGGCAGAATATTTTTCTTGATTCTCTTGTGAGTAAGGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTTACTGGCAGAATATTTTTCTTGATTCTCTTGTGAGTAAGGAC  388

seq1  AGGGAACTGATACCAGAAAATAAAGCCACCAGTCCAACGTTGCCTGCTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACTGATACCAGAAAATAAAGCCACCAGTCCAACGTTGCCTGCTTT  438

seq1  TAAATTAATGTGTGTGTTTGTGTGTATGTGTGTGGTGTGTAAGTATGCAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAATGTGTGTGTTTGTGTGTATGTGTGTGGTGTGTAAGTATGCAT  488

seq1  ATGGTATATTCATAAGATATATGTATATGGTATATGTGTATGTGGGTGTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATATTCATAAGATATATGTATATGGTATATGTGTATGTGGGTGTG  538

seq1  TTATGCATGTATATGGAAGTGTATGCTGTGTGTGTATATATGTATATGTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCATGTATATGGAAGTGTATGCTGTGTGTGTATATATGTATATGTG  588

seq1  TGTGGTATGTATATATGTATATGATTTATGTATGGTGTATGTGTATATAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTATGTATATATGTATATGATTTATGTATGGTGTATGTGTATATAT  638

seq1  ATTATATATACACATGTATGTATATATGGGGTATATGGGTTTGTGTGTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATACACATGTATGTATATATGGGGTATATGGGTTTGTGTGTGT  688

seq1  ATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGCAGTTACACACTCATGTGTGCAGAAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGCAGTTACACACTCATGTGTGCAGAAAT  738

seq1  GTATATAAATGAGTGGACATTCTTGTGGTGGCCACACTATGGCCATCAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATAAATGAGTGGACATTCTTGTGGTGGCCACACTATGGCCATCAGG  788

seq1  TGTTTCCCTCAGTTGCTCACCACATTTCCAGTATGTGGTATCCTTTTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCCTCAGTTGCTCACCACATTTCCAGTATGTGGTATCCTTTTTTT  838

seq1  TTTAGAAAAGTATCTTCACAGAAACTGGAATTTATTGTTTGGCCTAGAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAAAGTATCTTCACAGAAACTGGAATTTATTGTTTGGCCTAGAAT  888

seq1  GGCTGTCTAGTGATCTCTGTGGATTCCTTATTTTTACAGTCCTGTATTGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTCTAGTGATCTCTGTGGATTCCTTATTTTTACAGTCCTGTATTGG  938

seq1  ATTCACATGTAGTAATGCTAGGCTTTTTACATAGGTGTTGGGCGTACAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACATGTAGTAATGCTAGGCTTTTTACATAGGTGTTGGGCGTACAAA  988

seq1  TTCAGGTCCTCGTGCTGGCACAGCAAGCACTTATCCATCAAGCTACTTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGTCCTCGTGCTGGCACAGCAAGCACTTATCCATCAAGCTACTTTT  1038

seq1  CAGTCCCTTGCTCTAATTTTTATTCTGGCCATGGCCTAGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTTGCTCTAATTTTTATTCTGGCCATGGCCTAGAATTC  1082