BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291L21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 144,411,900 - 144,578,541
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSec23b, Gm561, Dtd1
Upstream genePcsk2, Bfsp1, LOC100043799, LOC100043534, Dstn, Rrbp1, 4930517K23Rik, LOC627160, EG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097, Csrp2bp, LOC100043552, 6330439K17Rik, Polr3f, Rbbp9
Downstream gene1700010M22Rik, Slc24a3, LOC627312, OTTMUSG00000015643, LOC433482, LOC100043810
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291L21.bB6Ng01-291L21.g
ACCGA088553GA088554
length1,129890
definitionB6Ng01-291L21.b B6Ng01-291L21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,577,409 - 144,578,541)(144,411,900 - 144,412,788)
sequence
gaattctcagaggtgggtacatcccagcccctcactggtccttggctaaa
tggtgattcagagaccttctttggccacaggctgagagggactctccctg
ccaggcgctgttgcagctgcctcagatctgagttacaactgtaagacaag
agtctccccaaacaatatgggcgactgccattgcccttggttaccttcca
gaatttgaaaagaagatcctattgctaaagacatcacacttgagacacaa
acctggatgaatagagctggaaatgacctggagacctcctccctggggag
ttctcacaacactggaagatgctcctctgtgcccaccactgaggaaggtc
agaaggactcaacctgtcaggctgttgtgctggggaaattcttaacttgc
ttcagaagtggacactagcctgggcctccagctgtgaatcctaggcgtga
gggtggcatctccaagtgtcgagagaatgaaggcctgaaatctgggtggc
agccctcactcctaggacccacagcccatctctctgttttccactgtaga
ggcttaaaagcactggagtttaggtcaggtctccttcctgcacaaactgc
tacatgcattctgacactgtgacttccacctgcctacatcctgcagcagc
tgcaggaagtggatctaattactttaagagaagaaacaccaaggaggcag
aaatcacttaaagagaagcaaccagctcgataagaggaagagttagtacc
tatctctaagtagccggacagacctgaggcctaaccatgccttctttctt
gtccatttgtgtgagattataatacagttacatttctctcttccctatac
actccctccaaacccttccatatactcctcccctttctccttcagatttt
ccactgttattgtatgcatcttcgtatacatatatacctacatatttcta
aataataaccctcttcagtcataaaatgttacttgtatgtgtatttcagg
gctgtctcttttggccctgaataaccatagtgtgctcttccaggaaagac
cacctgccccactcccagctctctcgccttgccatagtcctctgtgtaag
ggatgcagcctgtggactcctctcacacc
gaattcagggttggtagagagctggccttgaatgcatgaggcccagttac
cagtttggagagtggaaggaaggtggcattgtgtgatgaggggaagcctt
gtgctggaaccatttgcaaagggcttcctggctgttttgtaggcgtgtgc
atatggggttggagggatggctgtgtagcgggaagaccaatgccatctgt
ctttccatagcctgtactcctggacagcagtagcattctagctgacagaa
ttctgctgatggatactttcttccaaattgtcatttaccttggtgaggta
agggtgtcatccgtttctttttttcctgttgtttacttcaatttattgtg
tgtggatgtttgtgaatctctatgactatggtacagcttggttgagtcat
ctctatctttccaccatcttcgtcctggggcagttacattccagtgggaa
tgtggtcagaggacaccttgtaagccggctgctttctccactcaccactg
agtcctggggtcaaacttcagtcaccaggcttggtgcctagaggccagtc
tttaggtgaattagtcaggtggacagttaacaccagctgtcatagacttt
tttcacctgctttggatggtgctcgtggaaaaaatgtctcaagtgttagt
gaagtctgctatcagtgccccagcagcagttttggttggtttgttttggt
gtagaccatagcccagtggcggaaggctggataccaggaccatgctcgag
tatgaaaacttcaagcaccttcttcagcgcccctggatgatgcccaagaa
attctgcaagcacgctttccaatgccacgtatatcacacaaagcatggcg
gcagtcaggtggggtgagctctgtcccacttctagtggat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_144577409_144578541
seq2: B6Ng01-291L21.b_49_1177 (reverse)

seq1  GGTGTTGAGAGGAAGTCCACAAGGCTGCAACCC-TACACAGAGAACTATG  49
      |||| ||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||
seq2  GGTG-TGAGAGG-AGTCCAC-AGGCTGCATCCCTTACACAGAGGACTATG  47

seq1  GGCAAGCGAGGAGAGCTGGGAGTGGGGCAGGTGGTCTTTCCTGGGAAGAG  99
      |  | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCAAGGCGA-GAGAGCTGGGAGTGGGGCAGGTGGTCTTTCCT-GGAAGAG  95

seq1  CACACTAATGGGTTATTCAGGGCC-AAAGAGACAGCCCTGAAAATACACA  148
      |||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  CACACTA--TGGTTATTCAGGGCCAAAAGAGACAGCCCTG-AAATACACA  142

seq1  TACAAGTAACATTTTATGACTGAAGA-GGTTA-TATTTAGAAATATGTAG  196
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  TACAAGTAACATTTTATGACTGAAGAGGGTTATTATTTAGAAATATGTAG  192

seq1  GTATATATGTATACGAAGATGCATACAATAACAGTGGAAAATCTGAAGGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATGTATACGAAGATGCATACAATAACAGTGGAAAATCTGAAGGA  242

seq1  GAAAGGGGAGGAGTATATGGAAGGGTTTGGAGGGAGTGTATAGGGAAGAG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGGAGGAGTATATGGAAGGGTTTGGAGGGAGTGTATAGGGAAGAG  292

seq1  AGAAATGTAACTGTATTATAATCTCACACAAATGGACAAGAAAGAAGGCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTAACTGTATTATAATCTCACACAAATGGACAAGAAAGAAGGCA  342

seq1  TGGTTAGGCCTCAGGTCTGTCCGGCTACTTAGAGATAGGTACTAACTCTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGGCCTCAGGTCTGTCCGGCTACTTAGAGATAGGTACTAACTCTT  392

seq1  CCTCTTATCGAGCTGGTTGCTTCTCTTTAAGTGATTTCTGCCTCCTTGGT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTATCGAGCTGGTTGCTTCTCTTTAAGTGATTTCTGCCTCCTTGGT  442

seq1  GTTTCTTCTCTTAAAGTAATTAGATCCACTTCCTGCAGCTGCTGCAGGAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTCTCTTAAAGTAATTAGATCCACTTCCTGCAGCTGCTGCAGGAT  492

seq1  GTAGGCAGGTGGAAGTCACAGTGTCAGAATGCATGTAGCAGTTTGTGCAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCAGGTGGAAGTCACAGTGTCAGAATGCATGTAGCAGTTTGTGCAG  542

seq1  GAAGGAGACCTGACCTAAACTCCAGTGCTTTTAAGCCTCTACAGTGGAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGACCTGACCTAAACTCCAGTGCTTTTAAGCCTCTACAGTGGAAA  592

seq1  ACAGAGAGATGGGCTGTGGGTCCTAGGAGTGAGGGCTGCCACCCAGATTT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAGATGGGCTGTGGGTCCTAGGAGTGAGGGCTGCCACCCAGATTT  642

seq1  CAGGCCTTCATTCTCTCGACACTTGGAGATGCCACCCTCACGCCTAGGAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCTTCATTCTCTCGACACTTGGAGATGCCACCCTCACGCCTAGGAT  692

seq1  TCACAGCTGGAGGCCCAGGCTAGTGTCCACTTCTGAAGCAAGTTAAGAAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCTGGAGGCCCAGGCTAGTGTCCACTTCTGAAGCAAGTTAAGAAT  742

seq1  TTCCCCAGCACAACAGCCTGACAGGTTGAGTCCTTCTGACCTTCCTCAGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAGCACAACAGCCTGACAGGTTGAGTCCTTCTGACCTTCCTCAGT  792

seq1  GGTGGGCACAGAGGAGCATCTTCCAGTGTTGTGAGAACTCCCCAGGGAGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCACAGAGGAGCATCTTCCAGTGTTGTGAGAACTCCCCAGGGAGG  842

seq1  AGGTCTCCAGGTCATTTCCAGCTCTATTCATCCAGGTTTGTGTCTCAAGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTCCAGGTCATTTCCAGCTCTATTCATCCAGGTTTGTGTCTCAAGT  892

seq1  GTGATGTCTTTAGCAATAGGATCTTCTTTTCAAATTCTGGAAGGTAACCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGTCTTTAGCAATAGGATCTTCTTTTCAAATTCTGGAAGGTAACCA  942

seq1  AGGGCAATGGCAGTCGCCCATATTGTTTGGGGAGACTCTTGTCTTACAGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAATGGCAGTCGCCCATATTGTTTGGGGAGACTCTTGTCTTACAGT  992

seq1  TGTAACTCAGATCTGAGGCAGCTGCAACAGCGCCTGGCAGGGAGAGTCCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTCAGATCTGAGGCAGCTGCAACAGCGCCTGGCAGGGAGAGTCCC  1042

seq1  TCTCAGCCTGTGGCCAAAGAAGGTCTCTGAATCACCATTTAGCCAAGGAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCTGTGGCCAAAGAAGGTCTCTGAATCACCATTTAGCCAAGGAC  1092

seq1  CAGTGAGGGGCTGGGATGTACCCACCTCTGAGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGGGGCTGGGATGTACCCACCTCTGAGAATTC  1129

seq1: chr2_144411900_144412788
seq2: B6Ng01-291L21.g_65_954

seq1  GAATTCAGGGTTGGTAGAGAGCTGGCCTTGAATGCATGAGGCCCAGTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGTTGGTAGAGAGCTGGCCTTGAATGCATGAGGCCCAGTTAC  50

seq1  CAGTTTGGAGAGTGGAAGGAAGGTGGCATTGTGTGATGAGGGGAAGCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGGAGAGTGGAAGGAAGGTGGCATTGTGTGATGAGGGGAAGCCTT  100

seq1  GTGCTGGAACCATTTGCAAAGGGCTTCCTGGCTGTTTTGTAGGCGTGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGAACCATTTGCAAAGGGCTTCCTGGCTGTTTTGTAGGCGTGTGC  150

seq1  ATATGGGGTTGGAGGGATGGCTGTGTAGCGGGAAGACCAATGCCATCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGGGTTGGAGGGATGGCTGTGTAGCGGGAAGACCAATGCCATCTGT  200

seq1  CTTTCCATAGCCTGTACTCCTGGACAGCAGTAGCATTCTAGCTGACAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCATAGCCTGTACTCCTGGACAGCAGTAGCATTCTAGCTGACAGAA  250

seq1  TTCTGCTGATGGATACTTTCTTCCAAATTGTCATTTACCTTGGTGAGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGATGGATACTTTCTTCCAAATTGTCATTTACCTTGGTGAGGTA  300

seq1  AGGGTGTCATCCGTTTCTTTTTTTCCTGTTGTTTACTTCAATTTATTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGTCATCCGTTTCTTTTTTTCCTGTTGTTTACTTCAATTTATTGTG  350

seq1  TGTGGATGTTTGTGAATCTCTATGACTATGGTACAGCTTGGTTGAGTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATGTTTGTGAATCTCTATGACTATGGTACAGCTTGGTTGAGTCAT  400

seq1  CTCTATCTTTCCACCATCTTCGTCCTGGGGCAGTTACATTCCAGTGGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCTTTCCACCATCTTCGTCCTGGGGCAGTTACATTCCAGTGGGAA  450

seq1  TGTGGTCAGAGGACACCTTGTAAGCCGGCTGCTTTCTCCACTCACCACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCAGAGGACACCTTGTAAGCCGGCTGCTTTCTCCACTCACCACTG  500

seq1  AGTCCTGGGGTCAAACTTCAGTCACCAGGCTTGGTGCCTAGAGGCCAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGGGGTCAAACTTCAGTCACCAGGCTTGGTGCCTAGAGGCCAGTC  550

seq1  TTTAGGTGAATTAGTCAGGTGGACAGTTAACACCAGCTGTCATAGACTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTGAATTAGTCAGGTGGACAGTTAACACCAGCTGTCATAGACTTT  600

seq1  TTTCACCTGCTTTGGATGGTGCTCGTGG-AAAAATGTCTCAAGTGTTAGT  649
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCTGCTTTGGATGGTGCTCGTGGAAAAAATGTCTCAAGTGTTAGT  650

seq1  GAAGTCTGCTATCAGTG-CCCAGCAGCAGTTTTGGTTGGTTTGTTTTGGT  698
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTGCTATCAGTGCCCCAGCAGCAGTTTTGGTTGGTTTGTTTTGGT  700

seq1  GTAGACCATAGCCCAGTGGCGGAAGGCTGGATACCAGGA-CATGCCCGAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  GTAGACCATAGCCCAGTGGCGGAAGGCTGGATACCAGGACCATGCTCGAG  750

seq1  TATGAAAACTTCAAGCACCTTCTTCAGGCGCCCCTGGATGATGCCCAAGA  797
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAACTTCAAGCACCTTCTTCA-GCGCCCCTGGATGATGCCCAAGA  799

seq1  AATTCTGCAAGCACGCTTCCCAATGCCACGTTATATCAACACAGAGCATG  847
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||
seq2  AATTCTGCAAGCACGCTTTCCAATGCCACG-TATATC-ACACAAAGCATG  847

seq1  GCGGCAGTCAGGT-GGGTGAGCTCTGTCCCAGCTCTAGTGGAT  889
      ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  GCGGCAGTCAGGTGGGGTGAGCTCTGTCCCACTTCTAGTGGAT  890