BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292A04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 152,469,508 - 152,602,162
singlet/doubletdoublet
Overlap geneH13, Mcts2, Id1, LOC629170, Cox4i2
Upstream geneLOC668929, BC052486, 5430405G05Rik, Psmf1, Rspo4, Angpt4, 5430432M24Rik, 2310046K01Rik, Scrt2, Srxn1, Tcf15, LOC100043843, Csnk2a1, Tbc1d20, Rbck1, Trib3, LOC628060, Nrsn2, Sox12, Zcchc3, 6820408C15Rik, EG629114, LOC668930, 9230107O10Rik, 9230002F21Rik, EG654457, OTTMUSG00000015852, Defb29, 4930525K10Rik, Defb19, OTTMUSG00000015859, Defb36, OTTMUSG00000015862, Rem1
Downstream geneBcl2l1, Tpx2, Mylk2, Fkhl18, Dusp15, Ttll9, Pdrg1, Xkr7, BC020535, Hck, Tm9sf4, Tspyl3, Plagl2, Pofut1, Kif3b, 2500004C02Rik, Asxl1, 8430427H17Rik, Commd7, 7530422B04Rik, Dnmt3b, LOC668932, Mapre1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292A04.bB6Ng01-292A04.g
ACCGA088756GA088757
length608978
definitionB6Ng01-292A04.b B6Ng01-292A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,469,508 - 152,470,115)(152,601,301 - 152,602,162)
sequence
gaattcccttctatggtgaagtcaaagatccaaccttagctgagtgaagg
tctctggtaagagcttccctggctgctgtgggcagcgtggtgctgtacct
ccagcctgcacccaccaccactgatccagctgtccctgggacctctgctg
agagcaggaggtgatgtcatatgtcagggctgacacaggcagtaggcaat
ggtctcatctacatgtggcctctccaagtggtttcagaatatctgttcct
tattgcttctacaacaaatgcctgtcaattcagtggcttcccatagcatg
ggtttattattttacagttctgcaaatttggggcatgggtctggtgagac
taaatactcgataccatgacggcagtaccctggagaaggcacttccttca
tttcagctcccagagagcaagcacatcgctctgctcacagctccctcgtc
atcatcagtaccagcaatgccaagctaagtccctgcgccatctccctgac
ccccctgccgctttcctttccaccctgagattacaatggccccacacgga
tcacccaggatttctgatttcttgtgtgaatgtgtgtgtgtatgtgtgtg
tgtgtgtg
gaattcactgtgtcattcaggctagcctctaacttgtggcaaccctcttg
tctcagtgtcctgagtgctgggattaaaagtgtgagctgctgtggccaac
tactcaaacagattttcaaaattagcaagccatgtaaacccagcagctgg
tgatcagcttcagtatgcaggccagcaaaatggttctgcgaataaagatg
ctcgttgccaaggctggaagatgcttgttgccatggctggcaacctgagg
ccactccccaggaccacatatggtggaaggaggggaacccgaggtctaag
ccagtaggcctctgagtgttacatgttatggtacacacacccttgaaaaa
gaataattttttttctaattataaaacattttgctttggacttttctgtc
tctatcatcacagctgtgtcatgaggtgaaaaacaagaactttcccttca
tatgaagaaaaaagaaatgagggctgggactggaagtataaccagtgggt
aatgcttgcctagcaagtacaaacatctgatttcaaatcctggtgccaca
ctgttagcggtgagtgtctgcctatgatcccggtactcaggagctaaagg
caggaggaccagaagttgagggtcatcctcccctacatattgaggtctag
gccagcttgctacatgagagcagggaaaggcatcttcagtaacgttctat
tgctgtgaagagacaccatgaccaaggcaactcttatttaaacaaacaaa
caacaaaaaccccaacttctttaaaatttattttgtgcgtataagtgttt
tgcttgcatgcacatatgtgcaccacataccacatgcatgtctgatgcca
gaggaagtggtaagcctccacgtgggttgctgggactcaaaacctgggtt
cctttgagagaacaaggtctctttaaccacctaagccaactctactgtcc
ccttcccccccccccaaaagcattttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_152469508_152470115
seq2: B6Ng01-292A04.b_49_656

seq1  GAATTCCCTTCTATGGTGAAGTCAAAGATCCAACCTTAGCTGAGTGAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTCTATGGTGAAGTCAAAGATCCAACCTTAGCTGAGTGAAGG  50

seq1  TCTCTGGTAAGAGCTTCCCTGGCTGCTGTGGGCAGCGTGGTGCTGTACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGTAAGAGCTTCCCTGGCTGCTGTGGGCAGCGTGGTGCTGTACCT  100

seq1  CCAGCCTGCACCCACCACCACTGATCCAGCTGTCCCTGGGACCTCTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGCACCCACCACCACTGATCCAGCTGTCCCTGGGACCTCTGCTG  150

seq1  AGAGCAGGAGGTGATGTCATATGTCAGGGCTGACACAGGCAGTAGGCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGGAGGTGATGTCATATGTCAGGGCTGACACAGGCAGTAGGCAAT  200

seq1  GGTCTCATCTACATGTGGCCTCTCCAAGTGGTTTCAGAATATCTGTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCATCTACATGTGGCCTCTCCAAGTGGTTTCAGAATATCTGTTCCT  250

seq1  TATTGCTTCTACAACAAATGCCTGTCAATTCAGTGGCTTCCCATAGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTTCTACAACAAATGCCTGTCAATTCAGTGGCTTCCCATAGCATG  300

seq1  GGTTTATTATTTTACAGTTCTGCAAATTTGGGGCATGGGTCTGGTGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATTATTTTACAGTTCTGCAAATTTGGGGCATGGGTCTGGTGAGAC  350

seq1  TAAATACTCGATACCATGACGGCAGTACCCTGGAGAAGGCACTTCCTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACTCGATACCATGACGGCAGTACCCTGGAGAAGGCACTTCCTTCA  400

seq1  TTTCAGCTCCCAGAGAGCAAGCACATCGCTCTGCTCACAGCTCCCTCGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCTCCCAGAGAGCAAGCACATCGCTCTGCTCACAGCTCCCTCGTC  450

seq1  ATCATCAGTACCAGCAATGCCAAGCTAAGTCCCTGCGCCATCTCCCTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCAGTACCAGCAATGCCAAGCTAAGTCCCTGCGCCATCTCCCTGAC  500

seq1  CCCCCTGCCGCTTTCCTTTCCACCCTGAGATTACAATGGCCCCACACGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGCCGCTTTCCTTTCCACCCTGAGATTACAATGGCCCCACACGGA  550

seq1  TCACCCAGGATTTCTGATTTCTTGTGTGAATGTGTGTGTGTATGTGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAGGATTTCTGATTTCTTGTGTGAATGTGTGTGTGTATGTGTGTG  600

seq1  TGTGTGTG  608
      ||||||||
seq2  TGTGTGTG  608

seq1: chr2_152601301_152602162
seq2: B6Ng01-292A04.g_66_927 (reverse)

seq1  TACCACTTCCTCTGGCATCAGACATGCATGTGGTATGTGGTGCACATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACTTCCTCTGGCATCAGACATGCATGTGGTATGTGGTGCACATATG  50

seq1  TGCATGCAAGCAAAACACTTATACGCACAAAATAAATTTTAAAGAAGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCAAGCAAAACACTTATACGCACAAAATAAATTTTAAAGAAGTTG  100

seq1  GGGTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTAAATAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTAAATAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTGT  150

seq1  CTCTTCACAGCAATAGAACGTTACTGAAGATGCCTTTCCCTGCTCTCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCACAGCAATAGAACGTTACTGAAGATGCCTTTCCCTGCTCTCATG  200

seq1  TAGCAAGCTGGCCTAGACCTCAATATGTAGGGGAGGATGACCCTCAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGCTGGCCTAGACCTCAATATGTAGGGGAGGATGACCCTCAACTT  250

seq1  CTGGTCCTCCTGCCTTTAGCTCCTGAGTACCGGGATCATAGGCAGACACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCTCCTGCCTTTAGCTCCTGAGTACCGGGATCATAGGCAGACACT  300

seq1  CACCGCTAACAGTGTGGCACCAGGATTTGAAATCAGATGTTTGTACTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCTAACAGTGTGGCACCAGGATTTGAAATCAGATGTTTGTACTTGC  350

seq1  TAGGCAAGCATTACCCACTGGTTATACTTCCAGTCCCAGCCCTCATTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAAGCATTACCCACTGGTTATACTTCCAGTCCCAGCCCTCATTTCT  400

seq1  TTTTTCTTCATATGAAGGGAAAGTTCTTGTTTTTCACCTCATGACACAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTCATATGAAGGGAAAGTTCTTGTTTTTCACCTCATGACACAGC  450

seq1  TGTGATGATAGAGACAGAAAAGTCCAAAGCAAAATGTTTTATAATTAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGATAGAGACAGAAAAGTCCAAAGCAAAATGTTTTATAATTAGAA  500

seq1  AAAAAATTATTCTTTTTCAAGGGTGTGTGTACCATAACATGTAACACTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTATTCTTTTTCAAGGGTGTGTGTACCATAACATGTAACACTCA  550

seq1  GAGGCCTACTGGCTTAGACCTCGGGTTCCCCTCCTTCCACCATATGTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTACTGGCTTAGACCTCGGGTTCCCCTCCTTCCACCATATGTGGT  600

seq1  CCTGGGGAGTGGCCTCAGGTTGCCAGCCATGGCAACAAGCATCTTCCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGAGTGGCCTCAGGTTGCCAGCCATGGCAACAAGCATCTTCCAGC  650

seq1  CTTGGCAACGAGCATCTTTATTCGCAGAACCATTTTGCTGGCCTGCATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCAACGAGCATCTTTATTCGCAGAACCATTTTGCTGGCCTGCATAC  700

seq1  TGAAGCTGATCACCAGCTGCTGGGTTTACATGGCTTGCTAATTTTGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTGATCACCAGCTGCTGGGTTTACATGGCTTGCTAATTTTGAAAA  750

seq1  TCTGTTTGAGTAGTTGGCCACAGCAGCTCACACTTTTAATCCCAGCACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTGAGTAGTTGGCCACAGCAGCTCACACTTTTAATCCCAGCACTC  800

seq1  AGGACACTGAGACAAGAGGGTTGCCACAAGTTAGAGGCTAGCCTGAATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACTGAGACAAGAGGGTTGCCACAAGTTAGAGGCTAGCCTGAATGA  850

seq1  CACAGTGAATTC  862
      ||||||||||||
seq2  CACAGTGAATTC  862