BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292F12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 25,590,448 - 25,781,193
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383678, Lcn3, Lcn11, LOC620858, Glt6d1, Lcn9, Sohlh1, Kcnt1
Upstream geneCacna1b, Ehmt1, Arrdc1, Zmynd19, Wdr85, Mrpl41, Pnpla7, Nelf, Entpd8, Noxa1, Nrarp, A830007P12Rik, A730008L03Rik, 4933433C11Rik, BC061039, Tubb2c, Slc34a3, Gm757, 2310002J15Rik, Rnf208, LOC100039232, Ndor1, C730025P13Rik, C430004E15Rik, Ssna1, Anapc2, 4930571C24Rik, BC004853, Grin1, Man1b1, Dpp7, Uap1l1, 2010317E24Rik, Entpd2, Npdc1, Fut7, Abca2, Clic3, BC029214, Ptgds, EG665070, Lcn12, C8g, Fbxw5, Traf2, Edf1, Mamdc4, Phpt1, Gm996, LOC100039887, B230208H17Rik, 4921530D09Rik, Tmem141, Fcna, Lcn8, Lcn5, LOC620709, Lcn10, Lcn13, Bmyc
Downstream geneCamsap1, LOC100040100, LOC665199, Ubadc1, Btbd14a, C330006A16Rik, Lhx3, Qscn6l1, C030048H21Rik, 4932418E24Rik, Gpsm1, D2Bwg1335e, Card9, Snapc4, Sdccag3, Pmpca, Inpp5e, AU024582, Notch1, Egfl7, Agpat2, B230317C12Rik, 5730588L14Rik, LOC100039446, Lcn4, LOC669582, Abo, Surf6, Surf5-ps, Surf5, Rpl7a, Surf1, Surf2, Surf4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292F12.bB6Ng01-292F12.g
ACCGA089009GA089010
length9901,126
definitionB6Ng01-292F12.b B6Ng01-292F12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,590,448 - 25,591,430)(25,780,062 - 25,781,193)
sequence
gaattctgacctaattccatgtgacctcctggcctcaggctatgttagag
aacatggactgtgaaaggtttcattggagaaaggatgaagaagtcattat
ccatgctgtatgagactttaatgtagtaagtctgctttggagtcatccag
gctctggaaatgaactcaacaaactcataagtattctaagatggaaattg
gtggagtcataggttggtttttgcttggtgcccatctgagcgggggagat
atttgctcatgtatctgcaggaaaaaattcctgcaatttacctgttccaa
ctaatgtctgttgtcactttaacttcactgctgcctgctaacagtggggg
agctgggaacattcagagactgaccacagccaggagatgtgggcaatggc
aggcacccagaggacttcactgacactcagagcactgccagagtccaggc
tttcccaagcatgggtgtgttgttcccctcctgtctcaaggattgaagca
tgtgtacctacatgctaagtggcttagataagtggttcatgcatgcaaga
ggaggaaaacatgacaggagcactgaggatgctccacagacatggaaatg
ttagctctggtcctaaaagcagtggccttcctctcccaccaggtggttga
tgcttcctgctcagcagcgccttccatgatgcggggtttctggggtaagg
actgatgcatggtaggacctaaggaggcacaatccagaacctgtcataga
gagttcattaatatttgtttatagatttctagaagcttctttatcttggt
cccagagaggctgcaaaagctatttgtgggaccaaacttgtttccagggt
ctaggtcagttggggtttcaggaaaggtggctgggcccaggaatttgcat
gtttcaggagtgaaaacaaatttcctgctgattacctagttcggttgagg
tcctagagaaataattccagtcataataaactctggacac
gaattctcacaaggtgtttgctgggctcacctttatcacggccttatcca
ctcacaccagtccatttacctaccatagctgcagttttgagcttgtgaca
gttgtcgtgctgctatctcatagtgacatttaagctgtttttgtgtttgt
ttcctcaactgtttgtttggttcacaagcagccagtttactgtttctttt
cccaggagagcagaccctggcaggaacagtgctctggggagatgtagcca
ctgctggttaacagtggacccagtccccactctgggacttgtggttctag
gcttggcatcagatgacgatgccgtttgctaatgcccgggattgtttaaa
gttccggtgatctctgttgagctgtgtccctttgcctcttagtaattgat
ggatggtcaatgaaagtggttaaacttctgtcaagtgaactcaaggaaac
agatggttacctcggaagctgggttcaggaaggccataggtttttaacat
caggaagcttctggagagcagcgggcatgccctcagcagcagcagcagca
gcagcagtgactgggcatgctggggacaaggaagtcacattgtgagtatg
gacatgggccctggactccctctgggatagcaggcctgctctgagactga
gataattccttcctgcggagctcccagaggtactaggggcacatgtgtgt
tgaagactggaggagcccttccaggatagtctgccctctacttaagctca
tgcacagctgtttttgtcccccgccccacaactgcagacttatccatatg
cttggcatgttttccctagagctacagaagtaggtagagcatccaccttt
gggtatctgggagcaaaggagaagcccctttgtaccaggtggtcttggca
ccatctaagcccacccattcccatgggcacaccctgccacaaacactgca
aggaaccttctgctgtggaatggtcttcccttgcctagaattgcactata
gcccattgataaccggcccagtttccagagtttaggtgttggccaactgg
acgtaagcatgggaaccaactctagtccatagccatcttcgccaggccct
tggtacctgacatggcattcattgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_25590448_25591430
seq2: B6Ng01-292F12.b_49_1038

seq1  GAATTCTGACCTAATTCCATGTGACCTCCTGGCCTCAGGCTATGTTAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGACCTAATTCCATGTGACCTCCTGGCCTCAGGCTATGTTAGAG  50

seq1  AACATGGACTGTGAAAGGTTTCATTGGAGAAAGGATGAAGAAGTCATTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGACTGTGAAAGGTTTCATTGGAGAAAGGATGAAGAAGTCATTAT  100

seq1  CCATGCTGTATGAGACTTTAATGTAGTAAGTCTGCTTTGGAGTCATCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTGTATGAGACTTTAATGTAGTAAGTCTGCTTTGGAGTCATCCAG  150

seq1  GCTCTGGAAATGAACTCAACAAACTCATAAGTATTCTAAGATGGAAATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGAAATGAACTCAACAAACTCATAAGTATTCTAAGATGGAAATTG  200

seq1  GTGGAGTCATAGGTTGGTTTTTGCTTGGTGCCCATCTGAGCGGGGGAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTCATAGGTTGGTTTTTGCTTGGTGCCCATCTGAGCGGGGGAGAT  250

seq1  ATTTGCTCATGTATCTGCAGGAAAAAATTCCTGCAATTTACCTGTTCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTCATGTATCTGCAGGAAAAAATTCCTGCAATTTACCTGTTCCAA  300

seq1  CTAATGTCTGTTGTCACTTTAACTTCACTGCTGCCTGCTAACAGTGGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTCTGTTGTCACTTTAACTTCACTGCTGCCTGCTAACAGTGGGGG  350

seq1  AGCTGGGAACATTCAGAGACTGACCACAGCCAGGAGATGTGGGCAATGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGAACATTCAGAGACTGACCACAGCCAGGAGATGTGGGCAATGGC  400

seq1  AGGCACCCAGAGGACTTCACTGACACTCAGAGCACTGCCAGAGTCCAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACCCAGAGGACTTCACTGACACTCAGAGCACTGCCAGAGTCCAGGC  450

seq1  TTTCCCAAGCATGGGTGTGTTGTTCCCCTCCTGTCTCAAGGATTGAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAAGCATGGGTGTGTTGTTCCCCTCCTGTCTCAAGGATTGAAGCA  500

seq1  TGTGTACCTACATGCTAAGTGGCTTAGATAAGTGGTTCATGCATGCAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACCTACATGCTAAGTGGCTTAGATAAGTGGTTCATGCATGCAAGA  550

seq1  GGAGGAAAACATGACAGGAGCACTGAGGATGCTCCACAGACATGGAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAAACATGACAGGAGCACTGAGGATGCTCCACAGACATGGAAATG  600

seq1  TTAGCTCTGGTCCTAAAAGCAGTGGCCTTCCTCTCCCACCAGGTGGTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCTGGTCCTAAAAGCAGTGGCCTTCCTCTCCCACCAGGTGGTTGA  650

seq1  TGCTTCCTGCTCAGCAGCGCCTTCCATGATGCGGGGTTTCTGGGGTAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCTGCTCAGCAGCGCCTTCCATGATGCGGGGTTTCTGGGGTAAGG  700

seq1  ACTGATGCATGGTAGGACCTAAGGAGGCACAATCCAGAACCTGTCATAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGCATGGTAGGACCTAAGGAGGCACAATCCAGAACCTGTCATAGA  750

seq1  GAGTTCATTAATA-TTGTTTATAGA-TTCTAGAAGCTTCTTTATCTTGGT  798
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCATTAATATTTGTTTATAGATTTCTAGAAGCTTCTTTATCTTGGT  800

seq1  -CCAGAGAGGC-GCAAAAGCTA-TTGTGGGACCAAACTTGTTTCCAGGGT  845
       |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGAGGCTGCAAAAGCTATTTGTGGGACCAAACTTGTTTCCAGGGT  850

seq1  CTAGGTCAGTT-GGGTTTCAGGAAAGGTGGCTGGGCCCAGGAA-TTGCAT  893
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTAGGTCAGTTGGGGTTTCAGGAAAGGTGGCTGGGCCCAGGAATTTGCAT  900

seq1  G-TTCAGGAGTGAAAAACAAATTTCCTGCTGATTACCTAGTTCGGTTGAG  942
      | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAGGAGTG-AAAACAAATTTCCTGCTGATTACCTAGTTCGGTTGAG  949

seq1  GTCCATAGAGAAATAA-TACAGTCATAATAAACTCTGGACAC  983
      |||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
seq2  GTCC-TAGAGAAATAATTCCAGTCATAATAAACTCTGGACAC  990

seq1: chr2_25780062_25781193
seq2: B6Ng01-292F12.g_68_1193 (reverse)

seq1  CTCAATGAATGCCATGTTTTAAAGTAAACACAGAGGGCTGGCG-AGATGG  49
      ||||||||||||||||   | | |||    ||  || |||||| ||||||
seq2  CTCAATGAATGCCATG---TCAGGTA---CCAAGGGCCTGGCGAAGATGG  44

seq1  CTAAGGGGACCTGAGTTTGGTTCCCAATGC-TACGTCAAG-TGGCCCACA  97
      |||   ||||  ||| ||||||||| |||| |||||| || ||||| |||
seq2  CTA--TGGACTAGAG-TTGGTTCCC-ATGCTTACGTCCAGTTGGCCAACA  90

seq1  ACTAACTTCTGGAAACTGGGCCGGTTATTCAAT-GGCTATAGTTGCAA-T  145
       ||||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |
seq2  CCTAAACTCTGGAAACTGGGCCGGTTA-TCAATGGGCTATAG-TGCAATT  138

seq1  CTAGGGCAAGGAAGACCATTCCACAGCAGAAGGTTCCCTGCAGTGTTTGT  195
      |||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTAGGCAAGGGAAGACCATTCCACAGCAGAAGGTTCCTTGCAGTGTTTGT  188

seq1  GGCAGGGTGGTGCCCATGGGAATGGGTGGGCTTAGATGGTGCCAAGACCA  245
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGT-GTGCCCATGGGAATGGGTGGGCTTAGATGGTGCCAAGACCA  237

seq1  CCTGGTAC-AAGGGGCTTCTCCTTTGCTCCCAGATACCCAAAGGTGGATG  294
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTACAAAGGGGCTTCTCCTTTGCTCCCAGATACCCAAAGGTGGATG  287

seq1  CTCTACCTACTTCTGTAGCTCTAGGGAAAACATGCCAAGCATATGGATAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCTACTTCTGTAGCTCTAGGGAAAACATGCCAAGCATATGGATAA  337

seq1  GTCTGCAGTTGTGGGGCGGGGGAC-AAAACAGCTGTGCATGAGCTTAAGT  393
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCAGTTGTGGGGCGGGGGACAAAAACAGCTGTGCATGAGCTTAAGT  387

seq1  AGAGGGCAGACTATCCTGGAAGGGCTCCTCCAGTCTTCAACACACATGTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGCAGACTATCCTGGAAGGGCTCCTCCAGTCTTCAACACACATGTG  437

seq1  CCCCTAGTACCTCTGGGAGCTCCGCAGGAAGGAATTATCTCAGTCTCAGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAGTACCTCTGGGAGCTCCGCAGGAAGGAATTATCTCAGTCTCAGA  487

seq1  GCAGGCCTGCTATCCCAGAGGGAGTCCAGGGCCCATGTCCATACTCACAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCTGCTATCCCAGAGGGAGTCCAGGGCCCATGTCCATACTCACAA  537

seq1  TGTGACTTCCTTGTCCCCAGCATGCCCAGTCACTGCTGCTGCTGCTGCTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACTTCCTTGTCCCCAGCATGCCCAGTCACTGCTGCTGCTGCTGCTG  587

seq1  CTGCTGAGGGCATGCCCGCTGCTCTCCAGAAGCTTCCTGATGTTAAAAAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAGGGCATGCCCGCTGCTCTCCAGAAGCTTCCTGATGTTAAAAAC  637

seq1  CTATGGCCTTCCTGAACCCAGCTTCCGAGGTAACCATCTGTTTCCTTGAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGCCTTCCTGAACCCAGCTTCCGAGGTAACCATCTGTTTCCTTGAG  687

seq1  TTCACTTGACAGAAGTTTAACCACTTTCATTGACCATCCATCAATTACTA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTGACAGAAGTTTAACCACTTTCATTGACCATCCATCAATTACTA  737

seq1  AGAGGCAAAGGGACACAGCTCAACAGAGATCACCGGAACTTTAAACAATC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAAAGGGACACAGCTCAACAGAGATCACCGGAACTTTAAACAATC  787

seq1  CCGGGCATTAGCAAACGGCATCGTCATCTGATGCCAAGCCTAGAACCACA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGCATTAGCAAACGGCATCGTCATCTGATGCCAAGCCTAGAACCACA  837

seq1  AGTCCCAGAGTGGGGACTGGGTCCACTGTTAACCAGCAGTGGCTACATCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCAGAGTGGGGACTGGGTCCACTGTTAACCAGCAGTGGCTACATCT  887

seq1  CCCCAGAGCACTGTTCCTGCCAGGGTCTGCTCTCCTGGGAAAAGAAACAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAGCACTGTTCCTGCCAGGGTCTGCTCTCCTGGGAAAAGAAACAG  937

seq1  TAAACTGGCTGCTTGTGAACCAAACAAACAGTTGAGGAAACAAACACAAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGGCTGCTTGTGAACCAAACAAACAGTTGAGGAAACAAACACAAA  987

seq1  AACAGCTTAAATGTCACTATGAGATAGCAGCACGACAACTGTCACAAGCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTAAATGTCACTATGAGATAGCAGCACGACAACTGTCACAAGCT  1037

seq1  CAAAACTGCAGCTATGGTAGGTAAATGGACTGGTGTGAGTGGATAAGGCC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTGCAGCTATGGTAGGTAAATGGACTGGTGTGAGTGGATAAGGCC  1087

seq1  GTGATAAAGGTGAGCCCAGCAAACACCTTGTGAGAATTC  1132
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAAGGTGAGCCCAGCAAACACCTTGTGAGAATTC  1126