BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292H16
Chromosome2 (Build37)
Map Location 54,020,358 - 54,175,477
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666913, LOC626563
Upstream genePrpf40a, Arl6ip6, LOC666872, LOC666876, LOC207933, Rprm
Downstream geneLOC100041792, LOC100042878, Galnt13, LOC666936
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292H16.bB6Ng01-292H16.g
ACCGA089107GA089108
length1,1281,053
definitionB6Ng01-292H16.b B6Ng01-292H16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,174,330 - 54,175,477)(54,020,358 - 54,021,413)
sequence
gaattcaagccataaattctatctcaatgtatcatccaagaccttcactc
caagctagtttcttcatgcaactaacaatcagattcttgtaatgaatcaa
aaaagatcaacaataaatctcaagatatatagctgaggcttgaggcatcc
tgccttcgttgtcagaacttgtgaggacagaaactgaggtgggatatcag
ggaaatgacagctgcttgtgacctatgggcaatccttctctagaacctaa
aggtaagtaccactacattccttcttacataactactcagcagagcccac
agacatccaacaagaaagcatattgttgtttgaatgaaaagcttaagtat
cttcttgaagaacagtgtgcgtgcttgtgtctggcttctggttttcagga
tacattccaaaaataaccctcacaatactgtgagggcagagtgaaggagt
aggaaattgacccacaaagtctccttatgatccacactttgctacctcag
tatcacacagttataaaaatatgaagtgggctgatgggcagaatgtgaag
ccatctcattggctttaaacatcacttacttactagacttgggatttgtt
attatagggagccagcatttaaagcagtggttcttaacctatgacccgtg
actcctctgcagatggaatgatgcttttatgaggggtcacatatctgata
gctgcatattagatatttacatttgattcaaaactatagtaaaattagag
caatgaagtagtaacgaaatcattttatggttggggtcaccacaacatga
ggtctcagcactattaaaggttgagggtctctgatttaaaggctaatatg
tgtatacatgtaaatattacttacactatgatatctggtataccacagta
tttgttactaggagcagacaaaggtcttaatcagggtttctattcctgca
caaaacatcatgacccagaagcaagttggggaggaaagggtttattcagc
ttacacttccacattgctgtcatcaccagagtcagactgaactcaagcag
gtcagagcagagctgatcagagcatggaggatgtgctactgctgcttccc
tgctgctcagctggctctcttatgaacc

gaattcagtccctagtaaaacagtaaaataacacaaagatttctattgat
gttaagtatgacttcaatcaaagtatcttggacaggactctcaaaaccag
aaaccatataacaggaattgggtaagaattgctcaacagagaaagagaac
agttataaaaagaagaacgaataagacataaatatatgtgaaagtgtgta
tgtgtgttctacactaggttaagacaacgaggaactgcagaatgagcatt
gtcaagccaccgaatccttagttgaaattcaataaaaacatctccctaac
agtttgatcctaaactctggcagttttgggatttgcactgaacttagtta
acacatactttgagcttatgaggagtacaaaagagagaaatgctttaatt
tcctaatgcttgtctggaatagtgtcactgaataaagtatatattttatt
tactgacacaaatttacatgtaatatatttccattagactagtttttttc
tcctctgattctgtcttccccacctctctactcattcaacttcctggttt
gtctctcacaaactctgtctctcaaaaaaaaaaaaaaaaaccagaaaaca
aaaaaacataaaatcaaagcaaagaccaaaacaaataaacaaacaaacaa
acaaaaagtaattgtacaaaacaaaacaaaataaaaattacccacaccca
cagaatctgttttattctggccagttactctgggcatggaccctgccctg
tagagtggtaactatgtctccagatacttcattggagaaaactcatctct
cctttcccagcaaatctcaattgcaaatagcttcttgggttagaggtagg
actttgtagttgaactaaatctattttgaagcccaaaatatttcagttaa
aatattttatttctaaatccaaaaaaacatatattatatttaattacatt
ccacaaatacgcataacataaaatttatcttctaaatattgacattatat
ttatagatattttctcatatacatttccaaatgctatccaaagttcccta
tac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_54174330_54175477
seq2: B6Ng01-292H16.b_44_1171 (reverse)

seq1  GGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAG  50
      ||||| ||||||||||  ||||||| |||   ||||||||   |||| ||
seq2  GGTTC-ATAAGAGAGCCAGCTGAGC-AGC--AGGGAAGCA--GCAGT-AG  43

seq1  CAACATCCCTCCATGGCCTCTGAATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTG  100
      | |||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||  ||||||||||||
seq2  C-ACAT-CCTCCATG--CTCTG-ATCAGCT-CTGCT--CTGACCTGCTTG  85

seq1  AGTTCCAGTCCTGACTTCCTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAGTGTAAG  150
      |||| |||| ||||||    |||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGTT-CAGT-CTGACT---CTGGTGATG-ACAGCAATGTGGAAGTGTAAG  129

seq1  CTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTGGGTCATGATGTTTTGT  179

seq1  GCAGGAATAGAAACCCTGATTAAGACCTTTGTCTGCTCCTAGTAACAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAATAGAAACCCTGATTAAGACCTTTGTCTGCTCCTAGTAACAAAT  229

seq1  ACTGTGGTATACCAGATATCATAGTGTAAGTAATATTTACATGTATACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGTATACCAGATATCATAGTGTAAGTAATATTTACATGTATACAC  279

seq1  ATATTAGCCTTTAAATCAGAGACCCTCAACC-TTAATAGTGCTGAGACCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGCCTTTAAATCAGAGACCCTCAACCTTTAATAGTGCTGAGACCT  329

seq1  CATGTTGTGGTGACCCCAACCATAAAATGATTTCGTTACTACTTCATTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGTGGTGACCCCAACCATAAAATGATTTCGTTACTACTTCATTGC  379

seq1  TCTAATTTTACTATAGTTTTGAATCAAATGTAAATATCTAATATGCAGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTTTACTATAGTTTTGAATCAAATGTAAATATCTAATATGCAGCT  429

seq1  ATCAGATATGTGACCCCTCATAAAAGCATCATTCCATCTGCAGAGGAGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATATGTGACCCCTCATAAAAGCATCATTCCATCTGCAGAGGAGTC  479

seq1  ACGGGTCATAGGTTAAGAACCACTGCTTTAAATGCTGGCTCCCTATAATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGTCATAGGTTAAGAACCACTGCTTTAAATGCTGGCTCCCTATAATA  529

seq1  ACAAATCCCAAGTCTAGTAAGTAAGTGATGTTTAAAGCCAATGAGATGGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCCCAAGTCTAGTAAGTAAGTGATGTTTAAAGCCAATGAGATGGC  579

seq1  TTCACATTCTGCCCATCAGCCCACTTCATATTTTTATAACTGTGTGATAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATTCTGCCCATCAGCCCACTTCATATTTTTATAACTGTGTGATAC  629

seq1  TGAGGTAGCAAAGTGTGGATCATAAGGAGACTTTGTGGGTCAATTTCCTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAGCAAAGTGTGGATCATAAGGAGACTTTGTGGGTCAATTTCCTA  679

seq1  CTCCTTCACTCTGCCCTCACAGTATTGTGAGGGTTATTTTTGGAATGTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCACTCTGCCCTCACAGTATTGTGAGGGTTATTTTTGGAATGTAT  729

seq1  CCTGAAAACCAGAAGCCAGACACAAGCACGCACACTGTTCTTCAAGAAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAAACCAGAAGCCAGACACAAGCACGCACACTGTTCTTCAAGAAGA  779

seq1  TACTTAAGCTTTTCATTCAAACAACAATATGCTTTCTTGTTGGATGTCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAAGCTTTTCATTCAAACAACAATATGCTTTCTTGTTGGATGTCTG  829

seq1  TGGGCTCTGCTGAGTAGTTATGTAAGAAGGAATGTAGTGGTACTTACCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCTGCTGAGTAGTTATGTAAGAAGGAATGTAGTGGTACTTACCTT  879

seq1  TAGGTTCTAGAGAAGGATTGCCCATAGGTCACAAGCAGCTGTCATTTCCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTCTAGAGAAGGATTGCCCATAGGTCACAAGCAGCTGTCATTTCCC  929

seq1  TGATATCCCACCTCAGTTTCTGTCCTCACAAGTTCTGACAACGAAGGCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATCCCACCTCAGTTTCTGTCCTCACAAGTTCTGACAACGAAGGCAG  979

seq1  GATGCCTCAAGCCTCAGCTATATATCTTGAGATTTATTGTTGATCTTTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCTCAAGCCTCAGCTATATATCTTGAGATTTATTGTTGATCTTTTT  1029

seq1  TGATTCATTACAAGAATCTGATTGTTAGTTGCATGAAGAAACTAGCTTGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCATTACAAGAATCTGATTGTTAGTTGCATGAAGAAACTAGCTTGG  1079

seq1  AGTGAAGGTCTTGGATGATACATTGAGATAGAATTTATGGCTTGAATTC  1148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGGTCTTGGATGATACATTGAGATAGAATTTATGGCTTGAATTC  1128


seq1: chr2_54020358_54021413
seq2: B6Ng01-292H16.g_63_1115

seq1  GAATTCAGTCCCTAGTAAAACAGTAAAATAACACAAAGATTTCTATTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCCTAGTAAAACAGTAAAATAACACAAAGATTTCTATTGAT  50

seq1  GTTAAGTATGACTTCAATCAAAGTATCTTGGACAGGACTCTCAAAACCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGTATGACTTCAATCAAAGTATCTTGGACAGGACTCTCAAAACCAG  100

seq1  AAACCATATAACAGGAATTGGGTAAGAATTGCTCAACAGAGAAAGAGAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATATAACAGGAATTGGGTAAGAATTGCTCAACAGAGAAAGAGAAC  150

seq1  AGTTATAAAAAGAAGAACGAATAAGACATAAATATATGTGAAAGTGTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAAAAAGAAGAACGAATAAGACATAAATATATGTGAAAGTGTGTA  200

seq1  TGTGTGTTCTACACTAGGTTAAGACAACGAGGAACTGCAGAATGAGCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTCTACACTAGGTTAAGACAACGAGGAACTGCAGAATGAGCATT  250

seq1  GTCAAGCCACCGAATCCTTAGTTGAAATTCAATAAAAACATCTCCCTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGCCACCGAATCCTTAGTTGAAATTCAATAAAAACATCTCCCTAAC  300

seq1  AGTTTGATCCTAAACTCTGGCAGTTTTGGGATTTGCACTGAACTTAGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGATCCTAAACTCTGGCAGTTTTGGGATTTGCACTGAACTTAGTTA  350

seq1  ACACATACTTTGAGCTTATGAGGAGTACAAAAGAGAGAAATGCTTTAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATACTTTGAGCTTATGAGGAGTACAAAAGAGAGAAATGCTTTAATT  400

seq1  TCCTAATGCTTGTCTGGAATAGTGTCACTGAATAAAGTATATATTTTATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATGCTTGTCTGGAATAGTGTCACTGAATAAAGTATATATTTTATT  450

seq1  TACTGACACAAATTTACATGTAATATATTTCCATTAGACTAGTTTTTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACACAAATTTACATGTAATATATTTCCATTAGACTAGTTTTTTTC  500

seq1  TCCTCTGATTCTGTCTTCCCCACCTCTCTACTCATTCAACTTCCTGGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGATTCTGTCTTCCCCACCTCTCTACTCATTCAACTTCCTGGTTT  550

seq1  GTCTCTCACAAACTCTGTCTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGAAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCACAAACTCTGTCTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAACCAGAAAACA  600

seq1  AAAAAACATAAAATCAAAGCAAAGACCAAAACAAATAAACAAACAAACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACATAAAATCAAAGCAAAGACCAAAACAAATAAACAAACAAACAA  650

seq1  ACAAAAAGTAATTGTACAAAACAAAACAAAATAAAAATTACCCACACCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAGTAATTGTACAAAACAAAACAAAATAAAAATTACCCACACCCA  700

seq1  CAGAATCTGTTTTATTCTGGCCAGTTACTCTGGGCATGGACCCTGCCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCTGTTTTATTCTGGCCAGTTACTCTGGGCATGGACCCTGCCCTG  750

seq1  TAGAGTGGTAACTATGTCTCCAGATACTTCATTGGAGAAAACTCATCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGGTAACTATGTCTCCAGATACTTCATTGGAGAAAACTCATCTCT  800

seq1  CCTTTCCCAGCAAATCTCAATTGCAAATAGCTTCTTGGGTTAGAGGTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCCAGCAAATCTCAATTGCAAATAGCTTCTTGGGTTAGAGGTAGG  850

seq1  ACTTTGTAGTTGAACTAAATCTATTTTGAAG-CCAAAATATTTCAGTTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTAGTTGAACTAAATCTATTTTGAAGCCCAAAATATTTCAGTTAA  900

seq1  AATATTTTATTTCTAAATCCAAAAAAACATATATTATATTTAATTACATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTATTTCTAAATCCAAAAAAACATATATTATATTTAATTACATT  950

seq1  CCACAAATACGCATAACATAAAATTTATCTTCTAAATATTGACATTATAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAATACGCATAACATAAAATTTATCTTCTAAATATTGACATTATAT  1000

seq1  TTTATTAGATATTTTCTTCATATACATTT-CAAATGCTATCCCAAAAGTC  1048
      ||   ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  ||||| 
seq2  TT--ATAGATATTTTC-TCATATACATTTCCAAATGCTATCC--AAAGTT  1045

seq1  CCCTATAC  1056
      ||||||||
seq2  CCCTATAC  1053


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |