BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293C01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 60,367,904 - 60,554,289
singlet/doubletdoublet
Overlap genePla2r1, Itgb6
Upstream geneLOC100038999, LOC100039016, Tanc1, Wdsub1, Baz2b, LOC667103, LOC667106, Ldha-ps, LOC100039092, March7, Cd302, LOC625861, Ly75, LOC100039176
Downstream geneRbms1, ENSMUSG00000075325, Tank, Psmd14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293C01.bB6Ng01-293C01.g
ACCGA089584GA089585
length1,107656
definitionB6Ng01-293C01.b B6Ng01-293C01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,367,904 - 60,369,012)(60,553,634 - 60,554,289)
sequence
gaattcaagatgagacctcgtggttgatgagtagggagcgtaactgtgat
gctccagaaaggtcatcagggggcagctgatgtcggacttgacagtggtc
cagataagccgtctggatggggagacactatggcagctcctaggaggtgc
tggttggaaaggatggctggtttttgtctgcactcctgtggtttggaagc
accctgctggggaactgccattggcaagtccacagaatagcatcatctga
ttccagctaaactatctttatgcacctcactgagcgagcatgatgaagag
aagctagttagcatcttttgaatgtagatggggggaaaggattacgaatt
agaattgtctcttcaagtcaaaaacaaacctccaatcaaaatctagactg
gtggaatcaggaggctcattcagacatcaaccgtcagccctggtgttttt
ccttcactacagataagtttccaatcatcctggattcattcatgacatat
ggagacgtatttattcttactaggatctgggcagaatccccacttctcgt
cttcttcgtatcggcttgtggtggcacaccacagcaggtgctctttctgc
ccttctcggatacagtcatggtgccagtgacctttgaactggaaaggaaa
cacgcaaggcatcccatgggcattcccttttaacgtatataaatctagga
gagaaaaagaatttacagtcaaagccggtgtcagtttcttctggggaaag
tgtcatctattagtgcatttttactggttaaaaacttccccccaggacag
cacttggtaaaagctctgtgagccctcggggcctcaccagctagcttaca
cagacacaccaggccttcagaagcactggcaaatggtttgtccctatgtt
tatctagctctttgtttactatggctgttgctcagcatacaaatttgtga
atgaaataaaaagagacacatggaattttccctttaaagtatttgccagc
ccctatcaccccctcacttgtctgaactctagttttatggccgtcttacc
agttcattggttgacattgtagatacagtcttacagcaacagaatgtcac
ccacatc
gaattcttaggacccactttaatcccttcgagacagtagtgccctgtgac
ctgaccacctctctttaaggcccccaccgcctctctataccagtatgctg
acaacaaaactttaacctgagtttagattgggacaaccatatctaaacca
cagtgatatcacgacgcaggagaggactggccggagtgaccccacgagca
tctgcagactcagggctagagcctgggtgtagcgacaacatctcctcccc
acccgcaacctcagcagcagctggctggtgactctcctcggctcaggctt
actcatttgacagacaacctgaagcagagcacagagcacggcagcttagc
tctgcctctcagggcccttgtctgtgtacgcttcggcttggaccaggttt
ttattgaactcttagaaacgtataggcatacgccagggcttgcctggcat
tcttcaatagaaaggatataggaagggaatctatgggggcttggcatgga
ggtagcaggcaatgctgcccttcctgcatctctacccaaagcactctgca
ggagcctggccgggacactggtacatgatcctcctaaatgcctttgaatg
catcttctctctctcccctaccccctcccctccctctccccctctctccc
cctcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_60367904_60369012
seq2: B6Ng01-293C01.b_47_1153

seq1  GAATTCAAGATGAGACCTCGTGGTTGATGAGTAGGGAGCGTAACTGTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGATGAGACCTCGTGGTTGATGAGTAGGGAGCGTAACTGTGAT  50

seq1  GCTCCAGAAAGGTCATCAGGGGGCAGCTGATGTCGGACTTGACAGTGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGAAAGGTCATCAGGGGGCAGCTGATGTCGGACTTGACAGTGGTC  100

seq1  CAGATAAGCCGTCTGGATGGGGAGACACTATGGCAGCTCCTAGGAGGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAGCCGTCTGGATGGGGAGACACTATGGCAGCTCCTAGGAGGTGC  150

seq1  TGGTTGGAAAGGATGGCTGGTTTTTGTCTGCACTCCTGTGGTTTGGAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGAAAGGATGGCTGGTTTTTGTCTGCACTCCTGTGGTTTGGAAGC  200

seq1  ACCCTGCTGGGGAACTGCCATTGGCAAGTCCACAGAATAGCATCATCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGCTGGGGAACTGCCATTGGCAAGTCCACAGAATAGCATCATCTGA  250

seq1  TTCCAGCTAAACTATCTTTATGCACCTCACTGAGCGAGCATGATGAAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCTAAACTATCTTTATGCACCTCACTGAGCGAGCATGATGAAGAG  300

seq1  AAGCTAGTTAGCATCTTTTGAATGTAGATGGGGGGAAAGGATTACGAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGTTAGCATCTTTTGAATGTAGATGGGGGGAAAGGATTACGAATT  350

seq1  AGAATTGTCTCTTCAAGTCAAAAACAAACCTCCAATCAAAATCTAGACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGTCTCTTCAAGTCAAAAACAAACCTCCAATCAAAATCTAGACTG  400

seq1  GTGGAATCAGGAGGCTCATTCAGACATCAACCGTCAGCCCTGGTGTTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATCAGGAGGCTCATTCAGACATCAACCGTCAGCCCTGGTGTTTTT  450

seq1  CCTTCACTACAGATAAGTTTCCAATCATCCTGGATTCATTCATGACATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACTACAGATAAGTTTCCAATCATCCTGGATTCATTCATGACATAT  500

seq1  GGAGACGTATTTATTCTTACTAGGATCTGGGCAGAATCCCCACTTCTCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACGTATTTATTCTTACTAGGATCTGGGCAGAATCCCCACTTCTCGT  550

seq1  CTTCTTCGTATCGGCTTGTGGTGGCACACCACAGCAGGTGCTCTTTCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCGTATCGGCTTGTGGTGGCACACCACAGCAGGTGCTCTTTCTGC  600

seq1  CCTTCTCGGATACAGTCATGGTGCCAGTGACCTTTGAACTGGAAAGGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCGGATACAGTCATGGTGCCAGTGACCTTTGAACTGGAAAGGAAA  650

seq1  CACGCAAGGCATCCCATGGGCATTCCCTTTTAACGTATATAAATCTAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCAAGGCATCCCATGGGCATTCCCTTTTAACGTATATAAATCTAGGA  700

seq1  GAGAAAAAGAATTTACAGTCAAAGCCGGTGTCAGTTTCTTCTGGGGAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAAGAATTTACAGTCAAAGCCGGTGTCAGTTTCTTCTGGGGAAAG  750

seq1  TGTCATCTATTAGTGCATTTTTACTGGTTAAAAACTTCCCCCCAGGACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCTATTAGTGCATTTTTACTGGTTAAAAACTTCCCCCCAGGACAG  800

seq1  CACTTGGTAAAAGCTCTGTGAGCCCTCGGGGCCTCACCAGCTAGCTTACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGGTAAAAGCTCTGTGAGCCCTCGGGGCCTCACCAGCTAGCTTACA  850

seq1  CAGACACACCAGGCCTTCAGAAGCACTGGCAAATGGTTTGTCCCTATGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACACCAGGCCTTCAGAAGCACTGGCAAATGGTTTGTCCCTATGTT  900

seq1  TATCTAGCTCTTTGTTTACTATGGCTGTTGCTCAGCATACAAATTTGTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAGCTCTTTGTTTACTATGGCTGTTGCTCAGCATACAAATTTGTGA  950

seq1  ATGAAATAAAAAGGAAGACACAATGGAATTTTTCCCTTAAAGTATTTGCC  1000
      |||||||||||||  |||||| |||||||||| || ||||||||||||||
seq2  ATGAAATAAAAAG--AGACAC-ATGGAATTTTCCCTTTAAAGTATTTGCC  997

seq1  AGCCCCTATCA-CCCCTCAC-TGTCTGAACTCTAGTTTTATGGCCGTC-T  1047
      ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGCCCCTATCACCCCCTCACTTGTCTGAACTCTAGTTTTATGGCCGTCTT  1047

seq1  ACCAGTTCATTTGGTTGACATTGTAGATTACAGTCTTACAGCAAAACAGA  1097
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | | |
seq2  ACCAGTTCA-TTGGTTGACATTGTAGA-TACAGTCTTACAGCAACAGA-A  1094

seq1  TGTCA-CCACATC  1109
      ||||| |||||||
seq2  TGTCACCCACATC  1107

seq1: chr2_60553634_60554289
seq2: B6Ng01-293C01.g_65_720 (reverse)

seq1  AGGAGGGGGAGAGAGGGGGAGAGGGAGGGGAGGGGGTAGGGGAGAGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGGGAGAGAGGGGGAGAGGGAGGGGAGGGGGTAGGGGAGAGAGAG  50

seq1  AAGATGCATTCAAAGGCATTTAGGAGGATCATGTACCAGTGTCCCGGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCATTCAAAGGCATTTAGGAGGATCATGTACCAGTGTCCCGGCCA  100

seq1  GGCTCCTGCAGAGTGCTTTGGGTAGAGATGCAGGAAGGGCAGCATTGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTGCAGAGTGCTTTGGGTAGAGATGCAGGAAGGGCAGCATTGCCT  150

seq1  GCTACCTCCATGCCAAGCCCCCATAGATTCCCTTCCTATATCCTTTCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTCCATGCCAAGCCCCCATAGATTCCCTTCCTATATCCTTTCTAT  200

seq1  TGAAGAATGCCAGGCAAGCCCTGGCGTATGCCTATACGTTTCTAAGAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAATGCCAGGCAAGCCCTGGCGTATGCCTATACGTTTCTAAGAGTT  250

seq1  CAATAAAAACCTGGTCCAAGCCGAAGCGTACACAGACAAGGGCCCTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAAACCTGGTCCAAGCCGAAGCGTACACAGACAAGGGCCCTGAGA  300

seq1  GGCAGAGCTAAGCTGCCGTGCTCTGTGCTCTGCTTCAGGTTGTCTGTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGCTAAGCTGCCGTGCTCTGTGCTCTGCTTCAGGTTGTCTGTCAA  350

seq1  ATGAGTAAGCCTGAGCCGAGGAGAGTCACCAGCCAGCTGCTGCTGAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTAAGCCTGAGCCGAGGAGAGTCACCAGCCAGCTGCTGCTGAGGTT  400

seq1  GCGGGTGGGGAGGAGATGTTGTCGCTACACCCAGGCTCTAGCCCTGAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGTGGGGAGGAGATGTTGTCGCTACACCCAGGCTCTAGCCCTGAGTC  450

seq1  TGCAGATGCTCGTGGGGTCACTCCGGCCAGTCCTCTCCTGCGTCGTGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATGCTCGTGGGGTCACTCCGGCCAGTCCTCTCCTGCGTCGTGATA  500

seq1  TCACTGTGGTTTAGATATGGTTGTCCCAATCTAAACTCAGGTTAAAGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTGGTTTAGATATGGTTGTCCCAATCTAAACTCAGGTTAAAGTTT  550

seq1  TGTTGTCAGCATACTGGTATAGAGAGGCGGTGGGGGCCTTAAAGAGAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCAGCATACTGGTATAGAGAGGCGGTGGGGGCCTTAAAGAGAGGT  600

seq1  GGTCAGGTCACAGGGCACTACTGTCTCGAAGGGATTAAAGTGGGTCCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGGTCACAGGGCACTACTGTCTCGAAGGGATTAAAGTGGGTCCTAA  650

seq1  GAATTC  656
      ||||||
seq2  GAATTC  656