BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293I17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 76,121,694 - 76,324,075
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde11a, Cyct, Drbp1, Osbpl6
Upstream geneLOC100040324, LOC667828, Hnrpa3, Nfe2l2, E030042O20Rik, LOC623453, Agps, Ttc30b, Ttc30a2, Ttc30a1
Downstream genePrkra, Dfnb59, Fkbp7, Plekha3, Ttn, 2610301F02Rik, Sestd1, LOC623706, LOC667906, Zfp533
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293I17.bB6Ng01-293I17.g
ACCGA089898GA089899
length1,1601,072
definitionB6Ng01-293I17.b B6Ng01-293I17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,121,694 - 76,122,853)(76,323,018 - 76,324,075)
sequence
gaattcaacatcctcctcctcctcctcaacacggcggacctgatatcttg
tcccttccatatctcatagctgctaaatatcgtcctcataagcagacaga
attttgaagtgtgaggccaagggcttatgaaatcctccctattatctgtc
tgtgagtctcatgcttatgtttcgttgcaaacttgagcctctgtggagac
tcattaacaccatccgggcaccctcctcaatgccagttggcaaggcagca
ctgccagtaacaagttctggaagatggccagtcctcagcagctgagttct
gttagcagcatcccagttccaaaagatgtcagtaagatgaatgtatcagg
ataactgaacgctctgaattatgaactgagaggaggtgaccacaggctaa
gaaactccataacacaaaccacaataggatgtcaggccaagactgttcac
atttgcctctggacaatagacatgttctgctttatgcaatatgacaaaag
gcaacacctttgccaccaaaggatccatggcctagaaggatggataagaa
cctatgctcgctgtcacttcccagttgtcatgctaaggagcccaaaagtc
ttaatagatcactaaggtttgcttctctctaactcgtaattttaccctgc
aaaagtaatgtctccctctactccctttgaataacaaagggataagttaa
ttgcatggaaggactctaatcatagaacctaattcagatagcttatacat
agccctggaacacaggaacctttgattggaacccatgaagtgaaccagaa
aattccaaccaccccttctacatggccttcctttatgtgcacctccagca
tgaattaccaaactagtcatttgccagtgtgtggctgaaatgattaatac
atgcatatgcaaggctggaattcatgcaaacctctcactttgcttctgca
aattaaattcttgctaattatctaagacttttaaagcacatgatggtatt
aaagtcactgaaatgagagctatagaacaggactggctaaccatcttctt
ggtgccgatcactgcaccagatgaggtaagttgcttgaggagaaccaatg
aacttgccaagttcctccataaatatttgcacaacccacgtagccacttg
actcctttgt
gaattccaaagttccagcagaacaaagaagggagtggggagagaggaaag
gagagagtggaaagcaagaatgagaatgaggtgggagacttgagaacgga
gtccatgcctgcccccaccccccacattgtcagacttgagccagtagtag
ccaaagcttctcatgccagactcctttcaatacccaaaggctgccatcca
cccaaggactggccaatgctttccagtgcaaagtcaccgttagagagtca
gtggcctctaacatagctgagagacaattatccaagcctagaagcggacc
ctgaaagtaaaagtaaaatgaaggatcctggatgcacattaaccttgtgt
ttagtcattttataaaacacaggcacattttaatgaaagcaaagattagt
ataaaactctaataaaaattggtgaaaaccccctgtatcctaatggactc
ctttgagctgtgtctgcaatctataccagagattcctaatgtaaaagcca
agggacccttggaaggtgcacagttattacaagggacctgaaaatgtaca
tagagtgcaggcattcccgatgcactgaatccataaaacgtccattattt
accatgctgaaaatgataacatttcatgtcccccatactccaaatagttt
aaagccacctagactttggtttggttctgtttcctattgtcttgatggaa
gaggcccacttgctaaatgcaacctcattcctctatctgagccgaaattg
tttccaaccttattaggaaactcactgtgcatgcaaagggctatgctgcc
taacctagcacttggaggaatgtgatgggagattcacgaatcaacactag
gagatgctaaagtagacagtactgcataaattataatggtcagtttcgac
atctgcataagaagatgatgcttcaagtcaagcaatcacaatttactttt
cctgccatccgggcgttaccttcttagatgatctgcagagctgaaaagat
cttactgagccaagaagccggggaacctcccccaggaccagtgaggcctg
gaattcccaggtttgccagttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_76121694_76122853
seq2: B6Ng01-293I17.b_51_1210

seq1  GAATTCAACATCCTCCTCCTCCTCCTCAACACGGCGGACCTGATATCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACATCCTCCTCCTCCTCCTCAACACGGCGGACCTGATATCTTG  50

seq1  TCCCTTCCATATCTCATAGCTGCTAAATATCGTCCTCATAAGCAGACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCCATATCTCATAGCTGCTAAATATCGTCCTCATAAGCAGACAGA  100

seq1  ATTTTGAAGTGTGAGGCCAAGGGCTTATGAAATCCTCCCTATTATCTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAAGTGTGAGGCCAAGGGCTTATGAAATCCTCCCTATTATCTGTC  150

seq1  TGTGAGTCTCATGCTTATGTTTCGTTGCAAACTTGAGCCTCTGTGGAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTCTCATGCTTATGTTTCGTTGCAAACTTGAGCCTCTGTGGAGAC  200

seq1  TCATTAACACCATCCGGGCACCCTCCTCAATGCCAGTTGGCAAGGCAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAACACCATCCGGGCACCCTCCTCAATGCCAGTTGGCAAGGCAGCA  250

seq1  CTGCCAGTAACAAGTTCTGGAAGATGGCCAGTCCTCAGCAGCTGAGTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGTAACAAGTTCTGGAAGATGGCCAGTCCTCAGCAGCTGAGTTCT  300

seq1  GTTAGCAGCATCCCAGTTCCAAAAGATGTCAGTAAGATGAATGTATCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCAGCATCCCAGTTCCAAAAGATGTCAGTAAGATGAATGTATCAGG  350

seq1  ATAACTGAACGCTCTGAATTATGAACTGAGAGGAGGTGACCACAGGCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTGAACGCTCTGAATTATGAACTGAGAGGAGGTGACCACAGGCTAA  400

seq1  GAAACTCCATAACACAAACCACAATAGGATGTCAGGCCAAGACTGTTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTCCATAACACAAACCACAATAGGATGTCAGGCCAAGACTGTTCAC  450

seq1  ATTTGCCTCTGGACAATAGACATGTTCTGCTTTATGCAATATGACAAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCCTCTGGACAATAGACATGTTCTGCTTTATGCAATATGACAAAAG  500

seq1  GCAACACCTTTGCCACCAAAGGATCCATGGCCTAGAAGGATGGATAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACACCTTTGCCACCAAAGGATCCATGGCCTAGAAGGATGGATAAGAA  550

seq1  CCTATGCTCGCTGTCACTTCCCAGTTGTCATGCTAAGGAGCCCAAAAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGCTCGCTGTCACTTCCCAGTTGTCATGCTAAGGAGCCCAAAAGTC  600

seq1  TTAATAGATCACTAAGGTTTGCTTCTCTCTAACTCGTAATTTTACCCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGATCACTAAGGTTTGCTTCTCTCTAACTCGTAATTTTACCCTGC  650

seq1  AAAAGTAATGTCTCCCTCTACTCCCTTTGAATAACAAAGGGATAAGTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTAATGTCTCCCTCTACTCCCTTTGAATAACAAAGGGATAAGTTAA  700

seq1  TTGCATGGAAGGACTCTAATCATAGAACCTAATTCAGATAGCTTATACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGGAAGGACTCTAATCATAGAACCTAATTCAGATAGCTTATACAT  750

seq1  AGCCCTGGAACACAGGAACCTTTGATTGGAACCCATGAAGTGAACCAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGGAACACAGGAACCTTTGATTGGAACCCATGAAGTGAACCAGAA  800

seq1  AATTCCAACCACCCCTTCTACATGGCCTTCCTTTATGTGCACCTCCAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAACCACCCCTTCTACATGGCCTTCCTTTATGTGCACCTCCAGCA  850

seq1  TGAATTACCAAACTAGTCATTTGCCAGTGTGTGGCTGAAATGATTAATAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTACCAAACTAGTCATTTGCCAGTGTGTGGCTGAAATGATTAATAC  900

seq1  ATGCATATGCAAGGCTGGAATTCATGCAAACCTCTCACTTTGCTTCTGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATGCAAGGCTGGAATTCATGCAAACCTCTCACTTTGCTTCTGCA  950

seq1  AATTAAATTCTTGCTAATTATCTAAGACTTTTAAAGCACATGATGGTATT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAATTCTTGCTAATTATCTAAGACTTTTAAAGCACATGATGGTATT  1000

seq1  AAAGTCACTGAAATGAGAGCTATAGAACAGGACTGGCTAACCATCTTCCT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAAGTCACTGAAATGAGAGCTATAGAACAGGACTGGCTAACCATCTTCTT  1050

seq1  GGTGCCGATCACTGCACCAGATGAAGGTAAG-TGCTAGAGGAGGAACCAA  1099
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||||||
seq2  GGTGCCGATCACTGCACCAGATG-AGGTAAGTTGCTTGAGGA-GAACCAA  1098

seq1  TGACCTGCCCAAGTTCTCCCAATAATTATTGCACAACACCACGTAGCCAC  1149
      ||| ||  ||||||||  |||  |||  ||||||||| ||||||||||||
seq2  TGAACTTGCCAAGTTCCTCCATAAATATTTGCACAAC-CCACGTAGCCAC  1147

seq1  -TGACT-CTTTGT  1160
       ||||| ||||||
seq2  TTGACTCCTTTGT  1160

seq1: chr2_76323018_76324075
seq2: B6Ng01-293I17.g_65_1136 (reverse)

seq1  GAACTG--CAACCTGGG-ATTCCA-GCCTCACT-GTCTTGGTG--AGTTC  43
      ||||||   |||||||| |||||| |||||||| ||| ||| |   ||||
seq2  GAACTGGCAAACCTGGGAATTCCAGGCCTCACTGGTCCTGGGGGAGGTTC  50

seq1  CC--GCTTCTTTGCTCAGTAAGATC-TTTCAGCTCTGCAGATCATCTAAG  90
      ||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGCTTCTTGGCTCAGTAAGATCTTTTCAGCTCTGCAGATCATCTAAG  100

seq1  AA-GTAACGCCCGGAT-GCAGGAAAAGTAAATTGTGATTGCTTGACTTGA  138
      || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAACGCCCGGATGGCAGGAAAAGTAAATTGTGATTGCTTGACTTGA  150

seq1  AGCATCATCTTCTTATGCAGATGTCGAAACTGACCATTATAATTTATGCA  188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATCTTCTTATGCAGATGTCGAAACTGACCATTATAATTTATGCA  200

seq1  GTACTGTCTACTTTAGCATCTCCTAGTGTTGATTCGTGAATCT-CCATCA  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTACTGTCTACTTTAGCATCTCCTAGTGTTGATTCGTGAATCTCCCATCA  250

seq1  CATTCCTCCAAGTGCTAGGTTAGGCAGCATAGCCCTTTGCATGCACAGTG  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTCCAAGTGCTAGGTTAGGCAGCATAGCCCTTTGCATGCACAGTG  300

seq1  AGTTTCCTAATAAGGTTGGAAACAATTTCGGCTCAGATAGAGGAATGAGG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCTAATAAGGTTGGAAACAATTTCGGCTCAGATAGAGGAATGAGG  350

seq1  TTGCATTTAGCAAGTGGGCCTCTTCCATCAAGACAATAGGAAACAGAACC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATTTAGCAAGTGGGCCTCTTCCATCAAGACAATAGGAAACAGAACC  400

seq1  AAACCAAAGTCTAGGTGGCTTTAAACTATTTGGAGTATGGGGGACATGAA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAAGTCTAGGTGGCTTTAAACTATTTGGAGTATGGGGGACATGAA  450

seq1  ATGTTATCATTTTCAGCATGGT-AATAATGGACGTTTTATGGATTCAGTG  486
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATCATTTTCAGCATGGTAAATAATGGACGTTTTATGGATTCAGTG  500

seq1  CATCGGGAATGCCTGCACTCTATGTACATTTTCAGGTCCCTTGTAATAAC  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGGGAATGCCTGCACTCTATGTACATTTTCAGGTCCCTTGTAATAAC  550

seq1  TGTGCACCTTCCAAGGGTCCCTTGGCTTTTACATTAGGAATCTCTGGTAT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACCTTCCAAGGGTCCCTTGGCTTTTACATTAGGAATCTCTGGTAT  600

seq1  AGATTGCAGACACAGCTCAAAGGAGTCCATTAGGATACAGGGGGTTTTCA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCAGACACAGCTCAAAGGAGTCCATTAGGATACAGGGGGTTTTCA  650

seq1  CCAATTTTTATTAGAGTTTTATACTAATCTTTGCTTTCATTAAAATGTGC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTTTATTAGAGTTTTATACTAATCTTTGCTTTCATTAAAATGTGC  700

seq1  CTGTGTTTTATAAAATGACTAAACACAAGGTTAATGTGCATCCAGGATCC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTTTATAAAATGACTAAACACAAGGTTAATGTGCATCCAGGATCC  750

seq1  TTCATTTTACTTTTACTTTCAGGGTCCGCTTCTAGGCTTGGATAATTGTC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTACTTTTACTTTCAGGGTCCGCTTCTAGGCTTGGATAATTGTC  800

seq1  TCTCAGCTATGTTAGAGGCCACTGACTCTCTAACGGTGACTTTGCACTGG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCTATGTTAGAGGCCACTGACTCTCTAACGGTGACTTTGCACTGG  850

seq1  AAAGCATTGGCCAGTCCTTGGGTGGATGGCAGCCTTTGGGTATTGAAAGG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCATTGGCCAGTCCTTGGGTGGATGGCAGCCTTTGGGTATTGAAAGG  900

seq1  AGTCTGGCATGAGAAGCTTTGGCTACTACTGGCTCAAGTCTGACAATGTG  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGGCATGAGAAGCTTTGGCTACTACTGGCTCAAGTCTGACAATGTG  950

seq1  GGGGGTGGGGGCAGGCATGGACTCCGTTCTCAAGTCTCCCACCTCATTCT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGGGGCAGGCATGGACTCCGTTCTCAAGTCTCCCACCTCATTCT  1000

seq1  CATTCTTGCTTTCCACTCTCTCCTTTCCTCTCTCCCCACTCCCTTCTTTG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTGCTTTCCACTCTCTCCTTTCCTCTCTCCCCACTCCCTTCTTTG  1050

seq1  TTCTGCTGGAACTTTGGAATTC  1058
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTGGAACTTTGGAATTC  1072