BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293M01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 68,879,924 - 68,974,913
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLass6, Nostrin
Upstream geneLOC227995, B3galt1, Stk39, LOC100039683, Gm1323, 4933409G03Rik, 4932414N04Rik, LOC667443
Downstream geneSpc25, G6pc2, Abcb11, Dhrs9, Lrp2, Bbs5, Kbtbd10, Fastkd1, Ppig, 4930578N16Rik, Phospho2, LOC433432, Klhl23, Ssb, Mettl5, 4930550G17Rik, Zfp650, Myo3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293M01.bB6Ng01-293M01.g
ACCGA090056GA090057
length1,0031,121
definitionB6Ng01-293M01.b B6Ng01-293M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,973,917 - 68,974,913)(68,879,924 - 68,881,016)
sequence
gaattccacctctcctaagcccatggtttccttgccctttgaataaacaa
caaggaaagctgcatcctctgctgatcatggcttcctcacagatttctcc
tatttgcttttccacaggctggttggttggtttgtttctttcaataaaat
atatgaaccatggctacaattcctggcttctgaggtcaccaagtttttcg
ctttacagcttgggtaagacattgaaaatccttgattactttggtttcgg
aacaaatttcccttccctttatttcctttgcatcttgtctcctaggtcaa
atctctgccactaataatacattagtgactgtgctgtgtgtctttggact
tttgatcaatattgtattgggaggggggcagggaagatcccaggaccaga
gcaagcaggctggcgaaccagctaccaggctgacacaatgggagtctgtt
ctgtgtcctgagggcttttgggatcacaactctcaagctgtttgattaaa
aagcaggaatgggttgaagggtgtggaggggaggcaaatccttccctgac
tcaatctctgagcccaaatgcattgcagacggtctgtgagcttccctgtc
tactctacacacgatgtttgactatgttggcacctcatcaagcaagcttt
aatattgcttctcaaacagccccgtctggatcccaagtaggatgctatag
actcacccaaattcttttccccatcaatttgagaactaaagacggctatg
acttgtcacatttttcaagagggctctatttaagcttaaccaaagaaaaa
ccgcagacttctgttccacagccaaaatctaaacacgccctgcttttctg
aatgcctcccaatttctgcaacttagaaaccactaatctataaattttcc
cctagcctcgtacacacaggcacacacacacttgcacggggctactcacc
aaacagtccgtcatgggtcctcatgttgaaatgttgtctgcttttttttt
acc
gaattcactatgtggatcaggctagctgaggactcaggtccccctgcctc
tgccactgaagttctgggatcaaagatgtgtaccactatgcctgacagaa
gggagttttgatggagatcggaaactgaaattttgtctctaaaatactaa
ctttaagtataaaccacttacctttcacatctttgataaaacaacacaaa
aactcatgttctctttttaattttgaaagaaacttctattccctgagctt
tggtacttgctacttcttttaaatgtatgtacgtatatttaaatgcatat
acatgattatatttttatttaatctttaagcctggtaaactatatactac
ttatagagtttctctgattgtttaatacttcttctctctttagcctaaac
tgccacaattatttcagatggtaaagcagtcagaccttaactatttttat
gttagattcatgatggggtctctatatgagagatgataccaagaaacatg
acattatttactctttaaataaaagttaaaaaaataattatcactcatgt
ctttgtatatggtctctatacaaatgaaggcttcaggctaagccccagca
gtgtccaaggctctgtcctgccactgagattgggtttgttgggggtgaac
agatccatagacgcctcctctgggcctctgtataattattgatggatggg
cttgctgttcagttggtgtctgtgagcagatgtgcataatgtaatgaaaa
atcccattgtactttgtggtttagattgagggtgttaaaggtagtttttc
atcttctacaatgcaacctttagtcttaataagatactttgtaagtcagc
tgaaaatgaaatctgttgggtttgtaattttagtagctggtaagcatcat
ttgggaagtgtggtcttataatgctgtgttagcttagactgttgtaacaa
aatacagccggcttggcctgaaatgtagtccttcttctgcccctgtaggc
agcaagcctcctaaatgaattgtctggctaggcagtactgtgtcttgggt
gtaggacccaactttcgctccagcaagaccatcttgcagatggccaccta
tgttactggaaattcctccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_68973917_68974913
seq2: B6Ng01-293M01.b_46_1048 (reverse)

seq1  GGTAAAAGAAAAAGCAGACAGCATTTCAACATGAGGGACCCACTGACGGA  50
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  GGTAAAA-AAAAAGCAGACAACATTTCAACATGA-GGACCCA-TGACGGA  47

seq1  CTGTTCGGTGAGTAGCCCAGTGC-AGTGTGTGTGTGCCTGTGTGTACGAG  99
      ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGTGAGTAGCCCCGTGCAAGTGTGTGTGTGCCTGTGTGTACGAG  97

seq1  GCTAGGGGAAAATTTATAGATTAGTGGTTTCTAAGCTGCAGAAATT-GGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  GCTAGGGGAAAATTTATAGATTAGTGGTTTCTAAGTTGCAGAAATTGGGA  147

seq1  GGCATTCAG-AAAGCA-GGCGTGTTTAGATTTTGGCTGTGGAACAGAAGT  196
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTCAGAAAAGCAGGGCGTGTTTAGATTTTGGCTGTGGAACAGAAGT  197

seq1  CTGCGGTTTTTCTTTGGTTAAGCTTAAAATAGAGCCCTCTTG-AAAATGT  245
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGCGGTTTTTCTTTGGTTAAGCTT-AAATAGAGCCCTCTTGAAAAATGT  246

seq1  GAC-AGTCATAGCCGTCTTTAGTTCTCAAATTGATGGGGAAA--GATTTG  292
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  GACAAGTCATAGCCGTCTTTAGTTCTCAAATTGATGGGGAAAAGAATTTG  296

seq1  GGTGAGTCTATAGCATCCTACTT-GGATCCAGACGGGGCTGTTTGAGAAG  341
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTCTATAGCATCCTACTTGGGATCCAGACGGGGCTGTTTGAGAAG  346

seq1  CAATATTAAAGCTTGCTTGATGAGGTGCCAACATAGTC-AACATCGTGTG  390
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAATATTAAAGCTTGCTTGATGAGGTGCCAACATAGTCAAACATCGTGTG  396

seq1  TAGAGTAGACAGGGAAGCTCACAGACCGTCTGCAATGCATTTGGGCTCAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTAGACAGGGAAGCTCACAGACCGTCTGCAATGCATTTGGGCTCAG  446

seq1  AGATTGAGTCAGGGAAGGATTTGCCTCCCCTCCACACCCTTCAACCCATT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGAGTCAGGGAAGGATTTGCCTCCCCTCCACACCCTTCAACCCATT  496

seq1  CCTGCTTTTTAATCAAACAGCTTGAGAGTTGTGATCCCAAAAGCCCTCAG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTTTTAATCAAACAGCTTGAGAGTTGTGATCCCAAAAGCCCTCAG  546

seq1  GACACAGAACAGACTCCCATTGTGTCAGCCTGGTAGCTGGTTCGCCAGCC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGAACAGACTCCCATTGTGTCAGCCTGGTAGCTGGTTCGCCAGCC  596

seq1  TGCTTGCTCTGGTCCTGGGATCTTCCCTGCCCCCCTCCCAATACAATATT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCTCTGGTCCTGGGATCTTCCCTGCCCCCCTCCCAATACAATATT  646

seq1  GATCAAAAGTCCAAAGACACACAGCACAGTCACTAATGTATTATTAGTGG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAAAGTCCAAAGACACACAGCACAGTCACTAATGTATTATTAGTGG  696

seq1  CAGAGATTTGACCTAGGAGACAAGATGCAAAGGAAATAAAGGGAAGGGAA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATTTGACCTAGGAGACAAGATGCAAAGGAAATAAAGGGAAGGGAA  746

seq1  ATTTGTTCCGAAACCAAAGTAATCAAGGATTTTCAATGTCTTACCCAAGC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTCCGAAACCAAAGTAATCAAGGATTTTCAATGTCTTACCCAAGC  796

seq1  TGTAAAGCGAAAAACTTGGTGACCTCAGAAGCCAGGAATTGTAGCCATGG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAGCGAAAAACTTGGTGACCTCAGAAGCCAGGAATTGTAGCCATGG  846

seq1  TTCATATATTTTATTGAAAGAAACAAACCAACCAACCAGCCTGTGGAAAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATATTTTATTGAAAGAAACAAACCAACCAACCAGCCTGTGGAAAA  896

seq1  GCAAATAGGAGAAATCTGTGAGGAAGCCATGATCAGCAGAGGATGCAGCT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATAGGAGAAATCTGTGAGGAAGCCATGATCAGCAGAGGATGCAGCT  946

seq1  TTCCTTGTTGTTTATTCAAAGGGCAAGGAAACCATGGGCTTAGGAGAGGT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGTTGTTTATTCAAAGGGCAAGGAAACCATGGGCTTAGGAGAGGT  996

seq1  GGAATTC  997
      |||||||
seq2  GGAATTC  1003

seq1: chr2_68879924_68881016
seq2: B6Ng01-293M01.g_67_1187

seq1  GAATTCACTATGTGGATCAGGCTAGCTGAGGACTCAGGTCCCCCTGCCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTGGATCAGGCTAGCTGAGGACTCAGGTCCCCCTGCCTC  50

seq1  TGCCACTGAAGTTCTGGGATCAAAGATGTGTACCACTATGCCTGACAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTGAAGTTCTGGGATCAAAGATGTGTACCACTATGCCTGACAGAA  100

seq1  GGGAGTTTTGATGGAGATCGGAAACTGAAATTTTGTCTCTAAAATACTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTTTGATGGAGATCGGAAACTGAAATTTTGTCTCTAAAATACTAA  150

seq1  CTTTAAGTATAAACCACTTACCTTTCACATCTTTGATAAAACAACACAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGTATAAACCACTTACCTTTCACATCTTTGATAAAACAACACAAA  200

seq1  AACTCATGTTCTCTTTTTAATTTTGAAAGAAACTTCTATTCCCTGAGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATGTTCTCTTTTTAATTTTGAAAGAAACTTCTATTCCCTGAGCTT  250

seq1  TGGTACTTGCTACTTCTTTTAAATGTATGTACGTATATTTAAATGCATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTTGCTACTTCTTTTAAATGTATGTACGTATATTTAAATGCATAT  300

seq1  ACATGATTATATTTTTATTTAATCTTTAAGCCTGGTAAACTATATACTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATTATATTTTTATTTAATCTTTAAGCCTGGTAAACTATATACTAC  350

seq1  TTATAGAGTTTCTCTGATTGTTTAATACTTCTTCTCTCTTTAGCCTAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAGTTTCTCTGATTGTTTAATACTTCTTCTCTCTTTAGCCTAAAC  400

seq1  TGCCACAATTATTTCAGATGGTAAAGCAGTCAGACCTTAACTATTTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAATTATTTCAGATGGTAAAGCAGTCAGACCTTAACTATTTTTAT  450

seq1  GTTAGATTCATGATGGGGTCTCTATATGAGAGATGATACCAAGAAACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGATTCATGATGGGGTCTCTATATGAGAGATGATACCAAGAAACATG  500

seq1  ACATTATTTACTCTTTAAATAAAAGTTAAAAAAATAATTATCACTCATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATTTACTCTTTAAATAAAAGTTAAAAAAATAATTATCACTCATGT  550

seq1  CTTTGTATATGGTCTCTATACAAATGAAGGCTTCAGGCTAAGCCCCAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTATATGGTCTCTATACAAATGAAGGCTTCAGGCTAAGCCCCAGCA  600

seq1  GTGTCCAAGGCTCTGTCCTGCCACTGAGATTGGGTTTGTTGGGGGTGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCAAGGCTCTGTCCTGCCACTGAGATTGGGTTTGTTGGGGGTGAAC  650

seq1  AGATCCATAGACGCCTCCTCTGGGCCTCTGTATAATTATTGATGGATGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCATAGACGCCTCCTCTGGGCCTCTGTATAATTATTGATGGATGGG  700

seq1  CTTGCTGTTCAGTTGGTGTCTGTGAGCAGATGTGCATAATGTAATGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGTTCAGTTGGTGTCTGTGAGCAGATGTGCATAATGTAATGAAAA  750

seq1  ATCCCATTGTACTTTGTGGTTTAGATTGAGGGTGTTAAAGGTAGTTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCATTGTACTTTGTGGTTTAGATTGAGGGTGTTAAAGGTAGTTTTTC  800

seq1  ATCTTCTACAATGCAACC-TTAGTCTTAATAAGATACTTTGTAAGTCAGC  849
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTACAATGCAACCTTTAGTCTTAATAAGATACTTTGTAAGTCAGC  850

seq1  TGAAAATGAAATCTGTT-GGTTTGTAA-TTTAGTAGCTGGTAAGCATCAT  897
      ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATGAAATCTGTTGGGTTTGTAATTTTAGTAGCTGGTAAGCATCAT  900

seq1  TTGGGAAGTGTGGTCTTATAATGCTGTGTTAGCTTAGACTGTTGTAACAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAGTGTGGTCTTATAATGCTGTGTTAGCTTAGACTGTTGTAACAA  950

seq1  AATACAG-CGGCT--GGCTGAAATGTAGTCCT--CTCTG-CCCTGGAGGC  991
      ||||||| |||||  | |||||||||||||||   |||| ||||| ||||
seq2  AATACAGCCGGCTTGGCCTGAAATGTAGTCCTTCTTCTGCCCCTGTAGGC  1000

seq1  AGCAAG-CTCCT-AATGAA-TGTCTGGC-AGGCAGTACTGTCT----GGT  1033
      |||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||| |    |||
seq2  AGCAAGCCTCCTAAATGAATTGTCTGGCTAGGCAGTACTGTGTCTTGGGT  1050

seq1  G-AGGGCCCA--CTTCCCT-CAGC-AGACCATC-TGCAGATGGCCACC--  1075
      | ||| ||||   ||| || |||| |||||||| ||||||||||||||  
seq2  GTAGGACCCAACTTTCGCTCCAGCAAGACCATCTTGCAGATGGCCACCTA  1100

seq1  TTTTACTG--AATT-CTCCAC  1093
      | ||||||  |||| ||||||
seq2  TGTTACTGGAAATTCCTCCAC  1121