BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294K01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 160,052,549 - 160,221,260
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm826, Mafb
Upstream geneLOC100043689
Downstream geneLOC100043892, Top1, Plcg1, Zhx3, Lpin3, Emilin3, Chd6, LOC100043693, LOC100043694, LOC383769, LOC629655
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294K01.bB6Ng01-294K01.g
ACCGA090708GA090709
length1,1691,007
definitionB6Ng01-294K01.b B6Ng01-294K01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(160,220,084 - 160,221,260)(160,052,549 - 160,053,539)
sequence
gaattctatacaattgtaccattaataccaacagtgtcaaaccttccata
taaggcctttcagaaagcgaaggctgcgtataagggggagctgacgatcc
tagactcattcttttatattcaattagtagcacagcagttcagggaagca
ctttgcctaaggacccagagtcaggggctctggggatgtgctgggcttcc
aggacaccacacacattttgcttgtcattaatttatactccattaatttg
gaatctgcagtgggatcaggagctgatgtattaattctgccctcccccaa
cacatacacatgccctcgagcatctgcaaacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacatacacagaaccagggctgcttcttaagg
tcggataaatgctttgtaaaaggcagacacgtcaggttaagaagtttatc
aattccattgctcttgtaaatggatgtccctagcctagttcatcaaaatc
cattcatctggcaggtcccgagcccacctccaggaacactttgatacacc
ctgtgcaattcctgggaaagagcccaggcgaattccccagtcatagtgtc
tgtcatcattgcttcacttcagccttgaggggcaatgcggaggcctcctg
cctgcaaagcagcctttctgcagtagctgagcagccttttggcctcctcc
cagtcccagtgcccacatccagacagcggagaacagagctgacacccttc
caccttttctaccgcttagtggttggaggggttcagggggtacacagtaa
cccccaggggtgctggactcacctggagacggcttccattctgcctactt
cccaggctcccaggattccttgtcctcctgtcctggtctgccagtttcct
agctgtcaccttagcctgggtcctggaggggctttggccctccaccgact
gtgttgccctggctcctgctgcctgcccgctggctaattctgattatttc
tctttctctgtgctctctgggtgctttattccctgaccgtgcattttctc
tggactcagattaaaaaaaaaaaaccccattggctaatatcttgtcagcc
atttccttgattcattgctgcatatgctccagagaacacatggcagcgtg
actgtacagccgactctct

gaattccatctcactggtatccaactgaccagctaatagagagtgacatg
gagccaaaggaacacccaaggttaagggaaacatctctcaatcagaaatt
gtccatatggggaaactgaggcctgatgaaggaagtcgactttccaagag
tgggacaccattcttttcttgctgtgcctgcttctgggtgtttgtcaaaa
gaaaactcttcttacctggagctggtgaccatgttgttcaaattcaaata
ttggccatgtttcttcctgtgcttaaaatatgccagtggcttcctgtacc
ccctgagttcctgagcatcaggaccgctttagccctgaggcctttgcata
ttcttctggatctctgtggagcatcccttgttattggccctgcacactac
tcttcatcttgcctaactcccatcttttcggccccagctagattgcagga
cagaaacaaatctcctgcaatcagaaagtgtaattaattcgctgtgttaa
gagatgccagagccctgggaatacctgctgaggaaagctgctgacaggga
gtggagccagcccaggagaaagagttgtgatgtagtcaacaaaactgaaa
gaagttggacatcagacatgtagatgcagagtttgaaggtcgcccagctg
ggtttcggtcttgctttgatccaggatttcctcactatgacattttggaa
tggcagtatagatcctgtgatattggaaatatgtgatctgcttcttgatt
ttgattttatagggggattgcagttaagagactgcatgaatctcaagagg
aactttgaactttgcacttttaaacattgttgagactgtgataaactatg
gggacctttgaagttggactaaatgcattttgcattattgtcactatacg
cctacggggccagagagtggagaggtggtagtttgaataggtttggagcc
ctgtaagatcatatgtttaatgcttggcccacaaggagtgcactattagg
aggtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_160220084_160221260
seq2: B6Ng01-294K01.b_46_1214 (reverse)

seq1  AGAGAGTCGGCTGGTCAGTCAGCGCTGGCCCGTGGCTCCCTGGAGC-TAT  49
      |||||||||||||  |||||| ||||| |  || | || ||||||| |||
seq2  AGAGAGTCGGCTGTACAGTCA-CGCTGCCATGT-GTTCTCTGGAGCATAT  48

seq1  GCAGCAATGATTC-AGGAAATGGCTGACAAGGATATTAG-CAATGTGGGT  97
      |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||  
seq2  GCAGCAATGAATCAAGGAAATGGCTGACAA-GATATTAGCCAATGGGG--  95

seq1  TTTTTTTTTTTTTTAATCCTGAGTCCAGAGAAAATGCACGGTCA-GGAAT  146
        ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  --TTTTTTTTTTTTAAT-CTGAGTCCAGAGAAAATGCACGGTCAGGGAAT  142

seq1  AAAGGCACCCAAGAGAGCACAGAGAAAGAGAAATAATCAGAATTAGCCAG  196
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAA-GCACCC-AGAGAGCACAGAGAAAGAGAAATAATCAGAATTAGCCAG  190

seq1  CGGGCAGGCAGCAGGAGCCAGGGCAACACAGTCGGTGGAGGGCCCAAAGC  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CGGGCAGGCAGCAGGAGCCAGGGCAACACAGTCGGTGGAGGG-CCAAAGC  239

seq1  CCCTCCAGGACCCCAGGCTAAGGTGACAGCTAGGAAACTGGCAGACCAGG  296
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCAGGA-CCCAGGCTAAGGTGACAGCTAGGAAACTGGCAGACCAGG  288

seq1  ACAGGAGGACAAGGAATCCTGGGAGCCTGGGAAGTAGGCAGAATGGAAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGGACAAGGAATCCTGGGAGCCTGGGAAGTAGGCAGAATGGAAGC  338

seq1  CGTCTCCAGGTGAGTCCAGCACCCCTGGGGGTTACTGTGTACCCCCTGAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTCCAGGTGAGTCCAGCACCCCTGGGGGTTACTGTGTACCCCCTGAA  388

seq1  CCCCTCCAACCACTAAGCGGTAGAAAAGGTGGAAGGGTGTCAGCTCTGTT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCAACCACTAAGCGGTAGAAAAGGTGGAAGGGTGTCAGCTCTGTT  438

seq1  CTCCGCTGTCTGGATGTGGGCACTGGGACTGGGAGGAGGCCAAAAGGCTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGCTGTCTGGATGTGGGCACTGGGACTGGGAGGAGGCCAAAAGGCTG  488

seq1  CTCAGCTACTGCAGAAAGGCTGCTTTGCAGGCAGGAGGCCTCCGCATTGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTACTGCAGAAAGGCTGCTTTGCAGGCAGGAGGCCTCCGCATTGC  538

seq1  CCCTCAAGGCTGAAGTGAAGCAATGATGACAGACACTATGACTGGGGAAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAAGGCTGAAGTGAAGCAATGATGACAGACACTATGACTGGGGAAT  588

seq1  TCGCCTGGGCTCTTTCCCAGGAATTGCACAGGGTGTATCAAAGTGTTCCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCCTGGGCTCTTTCCCAGGAATTGCACAGGGTGTATCAAAGTGTTCCT  638

seq1  GGAGGTGGGCTCGGGACCTGCCAGATGAATGGATTTTGATGAACTAGGCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGGGCTCGGGACCTGCCAGATGAATGGATTTTGATGAACTAGGCT  688

seq1  AGGGACATCCATTTACAAGAGCAATGGAATTGATAAACTTCTTAACCTGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACATCCATTTACAAGAGCAATGGAATTGATAAACTTCTTAACCTGA  738

seq1  CGTGTCTGCCTTTTACAAAGCATTTATCCGACCTTAAGAAGCAGCCCTGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTCTGCCTTTTACAAAGCATTTATCCGACCTTAAGAAGCAGCCCTGG  788

seq1  TTCTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  838

seq1  GTTTGCAGATGCTCGAGGGCATGTGTATGTGTTGGGGGAGGGCAGAATTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCAGATGCTCGAGGGCATGTGTATGTGTTGGGGGAGGGCAGAATTA  888

seq1  ATACATCAGCTCCTGATCCCACTGCAGATTCCAAATTAATGGAGTATAAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCAGCTCCTGATCCCACTGCAGATTCCAAATTAATGGAGTATAAA  938

seq1  TTAATGACAAGCAAAATGTGTGTGGTGTCCTGGAAGCCCAGCACATCCCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGACAAGCAAAATGTGTGTGGTGTCCTGGAAGCCCAGCACATCCCC  988

seq1  AGAGCCCCTGACTCTGGGTCCTTAGGCAAAGTGCTTCCCTGAACTGCTGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCCTGACTCTGGGTCCTTAGGCAAAGTGCTTCCCTGAACTGCTGT  1038

seq1  GCTACTAATTGAATATAAAAGAATGAGTCTAGGATCGTCAGCTCCCCCTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTAATTGAATATAAAAGAATGAGTCTAGGATCGTCAGCTCCCCCTT  1088

seq1  ATACGCAGCCTTCGCTTTCTGAAAGGCCTTATATGGAAGGTTTGACACTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGCAGCCTTCGCTTTCTGAAAGGCCTTATATGGAAGGTTTGACACTG  1138

seq1  TTGGTATTAATGGTACAATTGTATAGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATTAATGGTACAATTGTATAGAATTC  1169


seq1: chr2_160052549_160053539
seq2: B6Ng01-294K01.g_64_1057

seq1  GAATTCCATCTCACTGG-ATCCAACTGACCAGCTAATAGAGAGTGACATG  49
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCTCACTGGTATCCAACTGACCAGCTAATAGAGAGTGACATG  50

seq1  GAGCCAAAGGAACACCCAAGGTTAAGGGAAACATCTCTCAATCAGAAATT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAAGGAACACCCAAGGTTAAGGGAAACATCTCTCAATCAGAAATT  100

seq1  GTCCATATGGGGAAACTGAGGCCTGATGAAGGAAGTCGACTTTCCAAGAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATATGGGGAAACTGAGGCCTGATGAAGGAAGTCGACTTTCCAAGAG  150

seq1  TGGGACACCATTCTTTTCTTGCTGTGCCTGCTTCTGGGTGTTTGTCAAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACACCATTCTTTTCTTGCTGTGCCTGCTTCTGGGTGTTTGTCAAAA  200

seq1  GAAAACTCTTCTTACCTGGAGCTGGTGACCATGTTGTTCAAATTCAAATA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTCTTCTTACCTGGAGCTGGTGACCATGTTGTTCAAATTCAAATA  250

seq1  TTGGCCATGTTTCTTCCTGTGCTTAAAATATGCCAGTGGCTTCCTGTACC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCATGTTTCTTCCTGTGCTTAAAATATGCCAGTGGCTTCCTGTACC  300

seq1  CCCTGAGTTCCTGAGCATCAGGACCGCTTTAGCCCTGAGGCCTTTGCATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGTTCCTGAGCATCAGGACCGCTTTAGCCCTGAGGCCTTTGCATA  350

seq1  TTCTTCTGGATCTCTGTGGAGCATCCCTTGTTATTGGCCCTGCACACTAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTGGATCTCTGTGGAGCATCCCTTGTTATTGGCCCTGCACACTAC  400

seq1  TCTTCATCTTGCCTAACTCCCATCTTTTCGGCCCCAGCTAGATTGCAGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATCTTGCCTAACTCCCATCTTTTCGGCCCCAGCTAGATTGCAGGA  450

seq1  CAGAAACAAATCTCCTGCAATCAGAAAGTGTAATTAATTCGCTGTGTTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACAAATCTCCTGCAATCAGAAAGTGTAATTAATTCGCTGTGTTAA  500

seq1  GAGATGCCAGAGCCCTGGGAATACCTGCTGAGGAAAGCTGCTGACAGGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCCAGAGCCCTGGGAATACCTGCTGAGGAAAGCTGCTGACAGGGA  550

seq1  GTGGAGCCAGCCCAGGAGAAAGAGTTGTGATGTAGTCAACAAAACTGAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCCAGCCCAGGAGAAAGAGTTGTGATGTAGTCAACAAAACTGAAA  600

seq1  GAAGTTGGACATCAGACATGTAGATGCAGAGTTTGAAGGTCGCCCAGCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGGACATCAGACATGTAGATGCAGAGTTTGAAGGTCGCCCAGCTG  650

seq1  GGTTTCGGTCTTGCTTTGATCCAGGATTTCCTCACTATGACATTTTGGAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCGGTCTTGCTTTGATCCAGGATTTCCTCACTATGACATTTTGGAA  700

seq1  TGGCAGTATAGATCCTGTGATATTGGAAATATGTGATCTGCTTCTTGATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTATAGATCCTGTGATATTGGAAATATGTGATCTGCTTCTTGATT  750

seq1  TTGATTTTATA-GGGGATTGCAGTTAAGAGACTGCATGAATCTCAAGAGG  798
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTTATAGGGGGATTGCAGTTAAGAGACTGCATGAATCTCAAGAGG  800

seq1  AACTTTGAACTTTGCACTTTTAAACATTGTTGAGACTGTGATAAACTATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGAACTTTGCACTTTTAAACATTGTTGAGACTGTGATAAACTATG  850

seq1  GGGACCTTTGAAGTTGGACTAAATGCATTTTGCATTATTGTCACTATACG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTTTGAAGTTGGACTAAATGCATTTTGCATTATTGTCACTATACG  900

seq1  CCTACGGGGCCAGAGAGTGGAGA-GTGGTAGTTTGAATAGGTTT-GAGCC  946
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTACGGGGCCAGAGAGTGGAGAGGTGGTAGTTTGAATAGGTTTGGAGCC  950

seq1  CTGTAGATTCATATGTTTTAATGCTTGG-CCACAAGGAGTGGCACT  991
      |||||   ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  CTGTAAGATCATATG-TTTAATGCTTGGCCCACAAGGAGT-GCACT  994


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |