BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295B15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 114,770,787 - 114,901,284
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGja9, A530058N18Rik, Actc1, Aqr, Zfp770, Atpbd4, LOC100043219, LOC100043222
Downstream geneLOC100043232, LOC100043236, BC052040, Mrg1, G630016G05Rik, 2810405F15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295B15.bB6Ng01-295B15.g
ACCGA091061GA091062
length1,033867
definitionB6Ng01-295B15.b B6Ng01-295B15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,770,787 - 114,771,809)(114,900,428 - 114,901,284)
sequence
gaattcagttattctaatttctatttcatgatgataaatcatgtgtgtgt
tttgttatgtacctgttcatcatgcgtatacactacatcatcttagaagg
atctgttgagttcttttacttattggggagccggagaagtggaccagaag
ttaggagcatttgctccttttacagaataccagagtttggttcttatcac
ccgtattttgtggcgcacaactgaaaataactttcacctggactactcag
gtatcttataaacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacagtataaatataatacaaaactttattactgatttaa
aactgtatattttacacaaatccttcatcaaatgtcctttgcaggaatgt
tctcagactttgccttcacttttcatctgctcaacagcatcatttacaaa
tcataaatgtttaatttgaatggggtcctgcttctcactcctttcattcc
tggaatgtgcctttgacatcaaatttcagaagtcatccttaaacttatga
tcagctaggtttccttccaaaatttcagtggttttgtgtgatgtatttat
acctctgatcatgtaggattagtcttggtgaatggtgagtatagagtcac
tccttactttgcaacttggtattatttttctagctcactgtttaaaatat
tacctctgctctactactgcagcatctggtccttggccaaacaacagtgg
tttcccattatgggattgctttcttatctttgtttctttttctattatta
ttacatattttcctcaattacatttccaatgctatcccaaaagtcaacca
tatcctccccccccactcccctacccaactatttcccacttttttggccc
tgggcgttcccctgtactgggggcatataaagtttgcaagtccaatgggc
ctctcttttccaatgatggccgactaggccattctttttgagacatacac
aagctaggagtcagagctccggggttactggtt

gaattcatttgctatatatcctttgctaaataatttgctaggtctttttt
acagtggatatctccaattcttaatgtctaatttttaacaaatgtttatg
gcaactaatttgtggtctgtatgaaaaaagtatctagtgattatgtgaca
taactttatgaacaaattaacatggaaagaactcagtttgtggcaagcat
gggacattactgggagggggaaaatggcagcaactgtttgtaggtacatt
aacaccttgtgagaagacacacatttataccaactgtgtttttgaaagtc
atgatatgtcacaagggaaacttgatccttcccgagagtccaactacgaa
agcagcttcatatctactaccaagtgacaatgggacagagagcagaggag
aagcttactgaagacgggtctcaagcatcaaagaacaacttatgagtgcg
aacattttggagcttgttggaaattttggttgtttgataaagggatgaga
gtggttttgaggtcacacgattcacaaaacatttatcaaattactatttt
tctccagagctgttaagagctgagagctaaaggaagaagaggcaacatta
ttatctcattctgagcagagtatctaccttctaaataagggagcaagcac
taacacatgagtgacaaatttgggcccctgtgcccaccttgtctctagac
cttaatggattctgttattccctatcaaaattcaggtttattttgtttgt
tttccttaaagttgtgagtataagactccttttttccttccttccttcct
tccttccattacatccctccttccttccttccttcctccctccctcactc
cctacgtcacctccctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_114770787_114771809
seq2: B6Ng01-295B15.b_48_1080

seq1  GAATTCAGTTATTCTAATTTCTATTTCATGATGATAAATCATGTGTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTATTCTAATTTCTATTTCATGATGATAAATCATGTGTGTGT  50

seq1  TTTGTTATGTACCTGTTCATCATGCGTATACACTACATCATCTTAGAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTATGTACCTGTTCATCATGCGTATACACTACATCATCTTAGAAGG  100

seq1  ATCTGTTGAGTTCTTTTACTTATTGGGGAGCCGGAGAAGTGGACCAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTGAGTTCTTTTACTTATTGGGGAGCCGGAGAAGTGGACCAGAAG  150

seq1  TTAGGAGCATTTGCTCCTTTTACAGAATACCAGAGTTTGGTTCTTATCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGCATTTGCTCCTTTTACAGAATACCAGAGTTTGGTTCTTATCAC  200

seq1  CCGTATTTTGTGGCGCACAACTGAAAATAACTTTCACCTGGACTACTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTATTTTGTGGCGCACAACTGAAAATAACTTTCACCTGGACTACTCAG  250

seq1  GTATCTTATAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTATAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  300

seq1  CACACACACACACAGTATAAATATAATACAAAACTTTATTACTGATTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACAGTATAAATATAATACAAAACTTTATTACTGATTTAA  350

seq1  AACTGTATATTTTACACAAATCCTTCATCAAATGTCCTTTGCAGGAATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTATATTTTACACAAATCCTTCATCAAATGTCCTTTGCAGGAATGT  400

seq1  TCTCAGACTTTGCCTTCACTTTTCATCTGCTCAACAGCATCATTTACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGACTTTGCCTTCACTTTTCATCTGCTCAACAGCATCATTTACAAA  450

seq1  TCATAAATGTTTAATTTGAATGGGGTCCTGCTTCTCACTCCTTTCATTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAATGTTTAATTTGAATGGGGTCCTGCTTCTCACTCCTTTCATTCC  500

seq1  TGGAATGTGCCTTTGACATCAAATTTCAGAAGTCATCCTTAAACTTATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGTGCCTTTGACATCAAATTTCAGAAGTCATCCTTAAACTTATGA  550

seq1  TCAGCTAGGTTTCCTTCCAAAATTTCAGTGGTTTTGTGTGATGTATTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTAGGTTTCCTTCCAAAATTTCAGTGGTTTTGTGTGATGTATTTAT  600

seq1  ACCTCTGATCATGTAGGATTAGTCTTGGTGAATGGTGAGTATAGAGTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGATCATGTAGGATTAGTCTTGGTGAATGGTGAGTATAGAGTCAC  650

seq1  TCCTTACTTTGCAACTTGGTATTATTTTTCTAGCTCACTGTTTAAAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACTTTGCAACTTGGTATTATTTTTCTAGCTCACTGTTTAAAATAT  700

seq1  TACCTCTGCTCTACTACTGCAGCATCTGGTCCTTGGCCAAACAACAGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTGCTCTACTACTGCAGCATCTGGTCCTTGGCCAAACAACAGTGG  750

seq1  TTTCCCATTATGGGATTGCTTTCTTATCTTTGTTTCTTTTTCTATTATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCATTATGGGATTGCTTTCTTATCTTTGTTTCTTTTTCTATTATTA  800

seq1  TTACATATTTTCCTCAATTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCAACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATATTTTCCTCAATTACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCAACCA  850

seq1  TATCCT-CCCCCCCACTCCCCTACCCAACTA-TTCCCAC-TTTTTGGCCC  897
      |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  TATCCTCCCCCCCCACTCCCCTACCCAACTATTTCCCACTTTTTTGGCCC  900

seq1  T-GGCGTTCCCCTGTACT-GGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGC  945
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCGTTCCCCTGTACTGGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGC  950

seq1  CTCTC-TTTCCAATGATGGCCGACTAGGCCAT--CTTTTGAGACATACAC  992
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTTCCAATGATGGCCGACTAGGCCATTCTTTTTGAGACATACAC  1000

seq1  -AGCTA-GAGTCAAGAGCTCCGGGG-TACTGGTT  1023
       ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  AAGCTAGGAGTC-AGAGCTCCGGGGTTACTGGTT  1033


seq1: chr2_114900428_114901284
seq2: B6Ng01-295B15.g_67_933 (reverse)

seq1  GAGGGAG-----GGAGGGAGGGAGGGAGGGAGGAAGGAAGGAAGGAAGGA  45
      |||||||     | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGGTGACGTAGGGAGTGAGGGAGGGAGGAAGGAAGGAAGGAAGGA  50

seq1  AGG-----AAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAAAAGGAGTCTTATAC  90
       ||     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGTAATGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAAAAGGAGTCTTATAC  100

seq1  TCACAACTTTAAGGAAAACAAACAAAATAAACCTGAATTTTGATAGGGAA  140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACTTTAAGGAAAACAAACAAAATAAACCTGAATTTTGATAGGGAA  150

seq1  TAACAGAATCCATTAAGGTCTAGAGACAAGGTGGGCACAGGGGCCCAAAT  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGAATCCATTAAGGTCTAGAGACAAGGTGGGCACAGGGGCCCAAAT  200

seq1  TTGTCACTCATGTGTTAGTGCTTGCTCCCTTATTTAGAAGGTAGATACTC  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACTCATGTGTTAGTGCTTGCTCCCTTATTTAGAAGGTAGATACTC  250

seq1  TGCTCAGAATGAGATAATAATGTTGCCTCTTCTTCCTTTAGCTCTCAGCT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGAATGAGATAATAATGTTGCCTCTTCTTCCTTTAGCTCTCAGCT  300

seq1  CTTAACAGCTCTGGAGAAAAATAGTAATTTGATAAATGTTTTGTGAATCG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACAGCTCTGGAGAAAAATAGTAATTTGATAAATGTTTTGTGAATCG  350

seq1  TGTGACCTCAAAACCACTCTCATCCCTTTATCAAACAACCAAAATTTCCA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCTCAAAACCACTCTCATCCCTTTATCAAACAACCAAAATTTCCA  400

seq1  ACAAGCTCCAAAATGTTCGCACTCATAAGTTGTTCTTTGATGCTTGAGAC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTCCAAAATGTTCGCACTCATAAGTTGTTCTTTGATGCTTGAGAC  450

seq1  CCGTCTTCAGTAAGCTTCTCCTCTGCTCTCTGTCCCATTGTCACTTGGTA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCTTCAGTAAGCTTCTCCTCTGCTCTCTGTCCCATTGTCACTTGGTA  500

seq1  GTAGATATGAAGCTGCTTTCGTAGTTGGACTCTCGGGAAGGATCAAGTTT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATATGAAGCTGCTTTCGTAGTTGGACTCTCGGGAAGGATCAAGTTT  550

seq1  CCCTTGTGACATATCATGACTTTCAAAAACACAGTTGGTATAAATGTGTG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGTGACATATCATGACTTTCAAAAACACAGTTGGTATAAATGTGTG  600

seq1  TCTTCTCACAAGGTGTTAATGTACCTACAAACAGTTGCTGCCATTTTCCC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCACAAGGTGTTAATGTACCTACAAACAGTTGCTGCCATTTTCCC  650

seq1  CCTCCCAGTAATGTCCCATGCTTGCCACAAACTGAGTTCTTTCCATGTTA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAGTAATGTCCCATGCTTGCCACAAACTGAGTTCTTTCCATGTTA  700

seq1  ATTTGTTCATAAAGTTATGTCACATAATCACTAGATACTTTTTTCATACA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTCATAAAGTTATGTCACATAATCACTAGATACTTTTTTCATACA  750

seq1  GACCACAAATTAGTTGCCATAAACATTTGTTAAAAATTAGACATTAAGAA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAAATTAGTTGCCATAAACATTTGTTAAAAATTAGACATTAAGAA  800

seq1  TTGGAGATATCCACTGTAAAAAAGACCTAGCAAATTATTTAGCAAAGGAT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGATATCCACTGTAAAAAAGACCTAGCAAATTATTTAGCAAAGGAT  850

seq1  ATATAGCAAATGAATTC  857
      |||||||||||||||||
seq2  ATATAGCAAATGAATTC  867


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |