BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295K18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 9,275,222 - 9,393,040
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040710
Upstream genenone
Downstream geneLOC100040548, LOC100040566, Gata3, LOC100040768, 4930412O13Rik, Taf3, Atp5c1, Kin, Itih2, Itih5, Sfmbt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295K18.bB6Ng01-295K18.g
ACCGA091480GA091481
length1,1461,160
definitionB6Ng01-295K18.b B6Ng01-295K18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,391,896 - 9,393,040)(9,275,222 - 9,276,383)
sequence
gggcaaagtcccattttccctattgaaggctagtgaaggtgtttaaatta
tagaatagaagctaaaagattgtcctaaagccaaacatcagcagtaagtg
caacaattactcacatgtgcgctggcagagcaaacacgacttggttacta
caagggacatatctgcagtgtttggctctctgcaatagctaacgaaatta
ttcctcaagagcagggcagggaaaatggatcccgttttctattttctttg
atcctatcacacctttcttataatttacccgatatttgaagattaaaaaa
gaaaaacaaaacatttaacatgagatagatgtaactggtctggcttttag
gagtgaggggcacacttagaaatcctttaacttttgtgtgaactgcccag
ccagcacaagtgtaaggcatatgtggctttaggttttgatatatgactaa
ttaacttgccttattgacagtatttatcctaaagatgaattttcagttat
tttacaataacgactccaaccctttaggcaccccctctttcaacctatca
actcatcagacaaccaatcaacaaaggagtccatgatcacctcaacttaa
ctgagtgcagaccatgtggggagctgacaaagtcctgactgggaatgaat
tcttgacaaggaccagtgtctcagactcttgggaaccggcaaagcttccc
tccaggggaggcttagaagcttggtgggcaaagccttctggtacaactat
aggtgttttcaaaggattgctcagtgtgtgcaaaaactagacactacctc
ttcctcctgaaggatgatggacttaagactgctccactacagagacctcc
tactgagaccagctatctgccttctggtgctgtgtgtaataaagatgctg
aggttccaagttggtgcctagtcagtattacttcataagaccaagcatgg
cccatgtgacccagactttccttatgtgtgtctgtcctttcttcactgcc
cttgtcacatcagtcaggatcaagcaatacctgacatgtaaggaatacag
agaactaaagagggtttttcagtgactgggtatagaaggtccaggagcag
gaaaaccacagaaagtttccaattggaagcttcaatccatgtattt

gaattcactaaaatataaattggtctttgtctgcatcattctgaaattga
tcctttgaaagaaatattaaaagctttttataatgtatgaagtaaataga
agtatatttggcacaaagtaggaaaaatgaacaaacacgtgtgtgaaaat
tgtgcagtcttattgaactggtcaaaattactctggtccatctggtctat
tttatcatataattaaactgttaaatgcaagtacaaatacatgcatctac
atttttatttctcaaaactatatggacttgcttacttttgatctgtgaaa
ccagtaaatagaaaaagcctaattgatggtgcggtgtgaattgataagga
tattaactctctcaaataaatagttattaattataagtaagtattttcta
atttaagtaagtctgtgttggaggttttaaattgactctgggcactcagt
tgctggctgtgtgttttccaatcttgcaaataaaagataaaaatgtaaga
gactcccaagacagaataagttcagcattaaagttgtagaaataatattt
tttaagcaaagtaagtgtatatgttcatgactgtatggtctatgtaattt
gagtctttctctccacttatcaaatcattgaatcttattgaaattgtttt
aatgagtcaggagccatgaattacttatagattgggtgaagaaataccgt
tttgctttttatacatatataaatttcactagaggactattttatgtaag
aaaatcctttattaattcactgttactggctccatttctaacagttatta
tccaaattattgaaaaaaaaaagaaaggaataataagagtggtttttatg
tctttcacccgcctatgttcagatgctcggtaaatgacacaatcacgtga
ttagaggcgagggagtgagagaagacttcagacatggagtatcctcagct
catgtggaattgtagttagtttcttatcagtgtcccaacagtccaatgta
gagatttgctcatagaaagagttgttggaagactgaagctactatgagat
tctagggatctatcatgagtttatatttccaggatattaaataccttttg
gtatgataaaaggagtacctagcaacttacattcatacacatgtggttca
cttaaacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_9391896_9393040
seq2: B6Ng01-295K18.b_55_1200 (reverse)

seq1  AAATACATGAAATGGAAACTTCAAATGGGA---CTTCTGT-GTTTCCCTG  46
      |||||||||  || ||| |||| ||| |||    |||||| |||| ||||
seq2  AAATACATG-GATTGAAGCTTCCAATTGGAAACTTTCTGTGGTTTTCCTG  49

seq1  CTCTGGGAC--TCTATAACCCAGTTCACCTGAAAAACCTCTTTTATGTCT  94
      |||  ||||  ||||| |||||| ||| ||||||||||   ||||  |||
seq2  CTCCTGGACCTTCTAT-ACCCAG-TCA-CTGAAAAACCCTCTTTAGTTCT  96

seq1  CTGTATTCCCTTACATGTCAGGTATTGCTTGATCCTTGACTGATGTGACA  144
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGTATT-CCTTACATGTCAGGTATTGCTTGATCC-TGACTGATGTGACA  144

seq1  A-GGCAGTGAAGAAAGGACAGACACACATAAGGAAAGTCTGGGTCACATG  193
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGTGAAGAAAGGACAGACACACATAAGGAAAGTCTGGGTCACATG  194

seq1  GGCCATGCTTGGTCTTATGAAGTAATACTGACTAGGCACCAACTTGGAAC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGCTTGGTCTTATGAAGTAATACTGACTAGGCACCAACTTGGAAC  244

seq1  CTCAGCATCTTTATTACACACAGCACCAGAAGGCAGATAGCTGGTCTCAG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCATCTTTATTACACACAGCACCAGAAGGCAGATAGCTGGTCTCAG  294

seq1  TAGGAGGTCTCTGTAGTGGAGCAGTCTTAAGTCCATCATCCTTCAGGAGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGTCTCTGTAGTGGAGCAGTCTTAAGTCCATCATCCTTCAGGAGG  344

seq1  AAGAGGTAGTGTCTAGTTTTTGCACACACTGAGCAATCCTTTGAAAACAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTAGTGTCTAGTTTTTGCACACACTGAGCAATCCTTTGAAAACAC  394

seq1  CTATAGTTGTACCAGAAGGCTTTGCCCACCAAGCTTCTAAGCCTCCCCTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTTGTACCAGAAGGCTTTGCCCACCAAGCTTCTAAGCCTCCCCTG  444

seq1  GAGGGAAGCTTTGCCGGTTCCCAAGAGTCTGAGACACTGGTCCTTGTCAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAGCTTTGCCGGTTCCCAAGAGTCTGAGACACTGGTCCTTGTCAA  494

seq1  GAATTCATTCCCAGTCAGGACTTTGTCAGCTCCCCACATGGTCTGCACTC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCCCAGTCAGGACTTTGTCAGCTCCCCACATGGTCTGCACTC  544

seq1  AGTTAAGTTGAGGTGATCATGGACTCCTTTGTTGATTGGTTGTCTGATGA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGTTGAGGTGATCATGGACTCCTTTGTTGATTGGTTGTCTGATGA  594

seq1  GTTGATAGGTTGAAAGAGGGGGTGCCTAAAGGGTTGGAGTCGTTATTGTA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATAGGTTGAAAGAGGGGGTGCCTAAAGGGTTGGAGTCGTTATTGTA  644

seq1  AAATAACTGAAAATTCATCTTTAGGATAAATACTGTCAATAAGGCAAGTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACTGAAAATTCATCTTTAGGATAAATACTGTCAATAAGGCAAGTT  694

seq1  AATTAGTCATATATCAAAACCTAAAGCCACATATGCCTTACACTTGTGCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTCATATATCAAAACCTAAAGCCACATATGCCTTACACTTGTGCT  744

seq1  GGCTGGGCAGTTCACACAAAAGTTAAAGGATTTCTAAGTGTGCCCCTCAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGGCAGTTCACACAAAAGTTAAAGGATTTCTAAGTGTGCCCCTCAC  794

seq1  TCCTAAAAGCCAGACCAGTTACATCTATCTCATGTTAAATGTTTTGTTTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAAGCCAGACCAGTTACATCTATCTCATGTTAAATGTTTTGTTTT  844

seq1  TCTTTTTTAATCTTCAAATATCGGGTAAATTATAAGAAAGGTGTGATAGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTAATCTTCAAATATCGGGTAAATTATAAGAAAGGTGTGATAGG  894

seq1  ATCAAAGAAAATAGAAAACGGGATCCATTTTCCCTGCCCTGCTCTTGAGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGAAAATAGAAAACGGGATCCATTTTCCCTGCCCTGCTCTTGAGG  944

seq1  AATAATTTCGTTAGCTATTGCAGAGAGCCAAACACTGCAGATATGTCCCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTCGTTAGCTATTGCAGAGAGCCAAACACTGCAGATATGTCCCT  994

seq1  TGTAGTAACCAAGTCGTGTTTGCTCTGCCAGCGCACATGTGAGTAATTGT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTAACCAAGTCGTGTTTGCTCTGCCAGCGCACATGTGAGTAATTGT  1044

seq1  TGCACTTACTGCTGATGTTTGGCTTTAGGACAATCTTTTAGCTTCTATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTACTGCTGATGTTTGGCTTTAGGACAATCTTTTAGCTTCTATTC  1094

seq1  TATAATTTAAACACCTTCACTAGCCTTCAATAGGGAAAATGGGACTTTGC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTAAACACCTTCACTAGCCTTCAATAGGGAAAATGGGACTTTGC  1144

seq1  CC  1145
      ||
seq2  CC  1146


seq1: chr2_9275222_9276383
seq2: B6Ng01-295K18.g_67_1226

seq1  GAATTCACTAAAATATAAATTGGTCTTTGTCTGCATCATTCTGAAATTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAAATATAAATTGGTCTTTGTCTGCATCATTCTGAAATTGA  50

seq1  TCCTTTGAAAGAAATATTAAAAGCTTTTTATAATGTATGAAGTAAATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGAAAGAAATATTAAAAGCTTTTTATAATGTATGAAGTAAATAGA  100

seq1  AGTATATTTGGCACAAAGTAGGAAAAATGAACAAACACGTGTGTGAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATTTGGCACAAAGTAGGAAAAATGAACAAACACGTGTGTGAAAAT  150

seq1  TGTGCAGTCTTATTGAACTGGTCAAAATTACTCTGGTCCATCTGGTCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGTCTTATTGAACTGGTCAAAATTACTCTGGTCCATCTGGTCTAT  200

seq1  TTTATCATATAATTAAACTGTTAAATGCAAGTACAAATACATGCATCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCATATAATTAAACTGTTAAATGCAAGTACAAATACATGCATCTAC  250

seq1  ATTTTTATTTCTCAAAACTATATGGACTTGCTTACTTTTGATCTGTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTATTTCTCAAAACTATATGGACTTGCTTACTTTTGATCTGTGAAA  300

seq1  CCAGTAAATAGAAAAAGCCTAATTGATGGTGCGGTGTGAATTGATAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAAATAGAAAAAGCCTAATTGATGGTGCGGTGTGAATTGATAAGGA  350

seq1  TATTAACTCTCTCAAATAAATAGTTATTAATTATAAGTAAGTATTTTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAACTCTCTCAAATAAATAGTTATTAATTATAAGTAAGTATTTTCTA  400

seq1  ATTTAAGTAAGTCTGTGTTGGAGGTTTTAAATTGACTCTGGGCACTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGTAAGTCTGTGTTGGAGGTTTTAAATTGACTCTGGGCACTCAGT  450

seq1  TGCTGGCTGTGTGTTTTCCAATCTTGCAAATAAAAGATAAAAATGTAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCTGTGTGTTTTCCAATCTTGCAAATAAAAGATAAAAATGTAAGA  500

seq1  GACTCCCAAGACAGAATAAGTTCAGCATTAAAGTTGTAGAAATAATATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCAAGACAGAATAAGTTCAGCATTAAAGTTGTAGAAATAATATTT  550

seq1  TTTAAGCAAAGTAAGTGTATATGTTCATGACTGTATGGTCTATGTAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGCAAAGTAAGTGTATATGTTCATGACTGTATGGTCTATGTAATTT  600

seq1  GAGTCTTTCTCTCCACTTATCAAATCATTGAATCTTATTGAAATTGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTTTCTCTCCACTTATCAAATCATTGAATCTTATTGAAATTGTTTT  650

seq1  AATGAGTCAGGAGCCATGAATTACTTATAGATTGGGTGAAGAAATACCGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTCAGGAGCCATGAATTACTTATAGATTGGGTGAAGAAATACCGT  700

seq1  TTTGCTTTTTATACATATATAAATTTCACTAGAGGACTATTTTATGTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTTTATACATATATAAATTTCACTAGAGGACTATTTTATGTAAG  750

seq1  AAAATCCTTTATTAATTCACTGTTACTGGCTCCATTTCTAACAGTTATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTTTATTAATTCACTGTTACTGGCTCCATTTCTAACAGTTATTA  800

seq1  TCCAAATTATTG-AAAAAAAAAGAAAGGAATAATAAGAGTGGTTTTTATG  849
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATTATTGAAAAAAAAAAGAAAGGAATAATAAGAGTGGTTTTTATG  850

seq1  TCTTTCA-CCGCCTATGTTCAGATGCTCGGTAAATGACACAATCACGTGA  898
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCACCCGCCTATGTTCAGATGCTCGGTAAATGACACAATCACGTGA  900

seq1  TTAGAGGCGAGGGAGTGAGAGAAGACTTCAGACAATGGAGTATCCTCAGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGCGAGGGAGTGAGAGAAGACTTCAGAC-ATGGAGTATCCTCAGC  949

seq1  TCATGTGGAATTGTAGTTAGTTTC-TATCAGTGTCCAAACAGTCCAAATG  997
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
seq2  TCATGTGGAATTGTAGTTAGTTTCTTATCAGTGTCCCAACAGTCC-AATG  998

seq1  TAGAGAATTGCTCATAAGAAAGAGTTGTTGGAGAACCTGAAAGCTACTAA  1047
      |||||| |||||||| |||||||||||||||| |  ||| |||||||| |
seq2  TAGAGATTTGCTCAT-AGAAAGAGTTGTTGGA-AGACTG-AAGCTACT-A  1044

seq1  TGAGAATTCTA-GGATCTTAATCATGAGTTTATATTT-CAGGATATTAAA  1095
      |||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGAG-ATTCTAGGGATCT--ATCATGAGTTTATATTTCCAGGATATTAAA  1091

seq1  TACCCTTT-GTATGATAAAAAGAGGTACATAAGCCAC-TACATCATTACA  1143
      |||| ||| ||||||||||| || |||| | ||| || |||||   ||||
seq2  TACCTTTTGGTATGATAAAAGGA-GTACCT-AGCAACTTACATTCATACA  1139

seq1  CATGTG--TCACTTAAACACA  1162
      ||||||  |||||||||||||
seq2  CATGTGGTTCACTTAAACACA  1160


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |