BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298C21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 27,095,044 - 27,300,310
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSardh, Vav2, D2Bwg1423e
Upstream geneC030048H21Rik, 4932418E24Rik, Gpsm1, D2Bwg1335e, Card9, Snapc4, Sdccag3, Pmpca, Inpp5e, AU024582, Notch1, Egfl7, Agpat2, B230317C12Rik, 5730588L14Rik, LOC100039446, Lcn4, LOC669582, Abo, Surf6, Surf5-ps, Surf5, Rpl7a, Surf1, Surf2, Surf4, Gm711, Rexo4, Adamts13, 5930434B04Rik, Slc2a6, LOC665315, 1110002H13Rik, Adamtsl2, C630035N08Rik, Dbh
Downstream geneBrd3, Wdr5, Rxra, Col5a1, Fcnb, Olfm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298C21.bB6Ng01-298C21.g
ACCGA093355GA093356
length754967
definitionB6Ng01-298C21.b B6Ng01-298C21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,299,560 - 27,300,310)(27,095,044 - 27,096,009)
sequence
gaattccagatacacatgaagcttgcttgcagcatttcagttgaactgaa
agacttgacagaaactaatgaacttggaacagtttctaagtgttatgccc
caggtcaggccaaccaacccatactatctatgggcttcctctatatttac
aggaatgtattacagaagtctaacccatacccttgattttggctgggact
gagcctaaggacctaggcccctcaggaggctccagctagtcaggctggat
gaagtgtttgagggatgcaccgtatcctgatagttgtaacacaaatgtgc
acatctgcaaagagatacagagtacagtgaatacagccatggatgagaca
tgccttttgcatacattacaagccaggtgtcatctgcctgatgagtgggc
agagcaaggtgcacggggagggttggtgcctctggagcagtttgacaaca
cagtgcagagtgaggagacgtgcaaacccttggacagtggctctcggcaa
ccactgtcaccattactgttattttagaaagctgagtaaggttttacaca
agaaaaatgagaaagggaagagtttttaagatgtttatttagaaagctca
gttttgacaaaatgcatccccacatttgcatagccatgggggggggggga
agtgctagcctctaaatgagtgccttctcagcctgtaaaagagaggatcc
gatttcgtctccatcataatccacccttcccccattctcgaataaggctt
ggaa
gaattcctgcctaccctgacttcccacccaagaaaggcgtcctttgtggg
taggacctgagctgtgggagtcaggggaacagcgttccaacctgcacagt
tgaccacacagggtgtctggatggagccatgctctgtctccacagctgcc
acccgccgcactccaaagtcgtccgtccgcacacggatgccagtcaccgc
acagttttcaatgacctgaagtgggaaaaaactgcaccttaaccatgtgg
ggctctctgacagcctgacctccatctgtgatccactggatgggaccaga
ggatactgcttctgtgaggaactcttcctgattcatttggccagagaaat
ggaagccacatcacaagacagcagagcccactcccttccttagttggaaa
acttacgcagatgtggcaggggtggggatactcattcaaaacagcaaggg
atcgctggctttctagtaggtaagattcatttgaaaaatagaaaatactt
gtacatcactttggtttttaaaaagatgtgtgtctgtttattccttcatg
aaaacagaaacatgctaaaatgcccagtcttgctgggctctttttttact
tcctttgtctttttgtgtgtgcatgtttgtggtatgtgcatgtggtttgt
atggtatcttgatgagtgggagtctggacagctttgtgtgctgtgctggt
tggttttaaacgtcaacttgattcaacctagaatcaccgtgagagagatt
taactgaagaattatctcgatcatgttggcctatgaatgtatctacggag
aattgacttggttgttaactgccctagtccatggtgggcagcaccatttc
ccttatgctgagtctggactgcatgagtaaaggaagatagctggcatggt
gtattcatatacatatacatgtacacgtatatatcattatatctctctcc
cttctccctctccctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_27299560_27300310
seq2: B6Ng01-298C21.b_43_796 (reverse)

seq1  TTCCAAGCC-TAATCGAGTGTGGGGAAA--GTGGATTCTGATGGTGACG-  46
      ||||||||| || |||||  ||||| ||  ||||||| |||||| |||| 
seq2  TTCCAAGCCTTATTCGAGAATGGGGGAAGGGTGGATTATGATGGAGACGA  50

seq1  AATCGGATCCTCTCTTCTACCAGGCTGCGAAGGCACTCATTTAGAGGCTA  96
      |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGGATCCTCTCTTTTA-CAGGCTGAGAAGGCACTCATTTAGAGGCTA  99

seq1  GCACTTCCCCCCCCCCCCATGGCTATGCAAATGTGGGGATGCATTTTGTC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTCCCCCCCCCCCCATGGCTATGCAAATGTGGGGATGCATTTTGTC  149

seq1  AAAACTGAGCTTTCTAAATAAACATCTTAAAAACTCTTCCCTTTCTCATT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGAGCTTTCTAAATAAACATCTTAAAAACTCTTCCCTTTCTCATT  199

seq1  TTTCTTGTGTAAAACCTTACTCAGCTTTCTAAAATAACAGTAATGGTGAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTGTAAAACCTTACTCAGCTTTCTAAAATAACAGTAATGGTGAC  249

seq1  AGTGGTTGCCGAGAGCCACTGTCCAAGGGTTTGCACGTCTCCTCACTCTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTGCCGAGAGCCACTGTCCAAGGGTTTGCACGTCTCCTCACTCTG  299

seq1  CACTGTGTTGTCAAACTGCTCCAGAGGCACCAACCCTCCCCGTGCACCTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGTTGTCAAACTGCTCCAGAGGCACCAACCCTCCCCGTGCACCTT  349

seq1  GCTCTGCCCACTCATCAGGCAGATGACACCTGGCTTGTAATGTATGCAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCCCACTCATCAGGCAGATGACACCTGGCTTGTAATGTATGCAAA  399

seq1  AGGCATGTCTCATCCATGGCTGTATTCACTGTACTCTGTATCTCTTTGCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGTCTCATCCATGGCTGTATTCACTGTACTCTGTATCTCTTTGCA  449

seq1  GATGTGCACATTTGTGTTACAACTATCAGGATACGGTGCATCCCTCAAAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCACATTTGTGTTACAACTATCAGGATACGGTGCATCCCTCAAAC  499

seq1  ACTTCATCCAGCCTGACTAGCTGGAGCCTCCTGAGGGGCCTAGGTCCTTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATCCAGCCTGACTAGCTGGAGCCTCCTGAGGGGCCTAGGTCCTTA  549

seq1  GGCTCAGTCCCAGCCAAAATCAAGGGTATGGGTTAGACTTCTGTAATACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGTCCCAGCCAAAATCAAGGGTATGGGTTAGACTTCTGTAATACA  599

seq1  TTCCTGTAAATATAGAGGAAGCCCATAGATAGTATGGGTTGGTTGGCCTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTAAATATAGAGGAAGCCCATAGATAGTATGGGTTGGTTGGCCTG  649

seq1  ACCTGGGGCATAACACTTAGAAACTGTTCCAAGTTCATTAGTTTCTGTCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGGCATAACACTTAGAAACTGTTCCAAGTTCATTAGTTTCTGTCA  699

seq1  AGTCTTTCAGTTCAACTGAAATGCTGCAAGCAAGCTTCATGTGTATCTGG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCAGTTCAACTGAAATGCTGCAAGCAAGCTTCATGTGTATCTGG  749

seq1  AATTC  751
      |||||
seq2  AATTC  754

seq1: chr2_27095044_27096009
seq2: B6Ng01-298C21.g_68_1034

seq1  GAATTCCTGCCTACCCTGACTTCCCACCCAAGAAAGGCGTCCTTTGTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCCTACCCTGACTTCCCACCCAAGAAAGGCGTCCTTTGTGGG  50

seq1  TAGGACCTGAGCTGTGGGAGTCAGGGGAACAGCGTTCCAACCTGCACAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACCTGAGCTGTGGGAGTCAGGGGAACAGCGTTCCAACCTGCACAGT  100

seq1  TGACCACACAGGGTGTCTGGATGGAGCCATGCTCTGTCTCCACAGCTGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACACAGGGTGTCTGGATGGAGCCATGCTCTGTCTCCACAGCTGCC  150

seq1  ACCCGCCGCACTCCAAAGTCGTCCGTCCGCACACGGATGCCAGTCACCGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGCCGCACTCCAAAGTCGTCCGTCCGCACACGGATGCCAGTCACCGC  200

seq1  ACAGTTTTCAATGACCTGAAGTGGGAAAAAACTGCACCTTAACCATGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTTCAATGACCTGAAGTGGGAAAAAACTGCACCTTAACCATGTGG  250

seq1  GGCTCTCTGACAGCCTGACCTCCATCTGTGATCCACTGGATGGGACCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCTGACAGCCTGACCTCCATCTGTGATCCACTGGATGGGACCAGA  300

seq1  GGATACTGCTTCTGTGAGGAACTCTTCCTGATTCATTTGGCCAGAGAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACTGCTTCTGTGAGGAACTCTTCCTGATTCATTTGGCCAGAGAAAT  350

seq1  GGAAGCCACATCACAAGACAGCAGAGCCCACTCCCTTCCTTAGTTGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCACATCACAAGACAGCAGAGCCCACTCCCTTCCTTAGTTGGAAA  400

seq1  ACTTACGCAGATGTGGCAGGGGTGGGGATACTCATTCAAAACAGCAAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACGCAGATGTGGCAGGGGTGGGGATACTCATTCAAAACAGCAAGGG  450

seq1  ATCGCTGGCTTTCTAGTAGGTAAGATTCATTTGAAAAATAGAAAATACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCTGGCTTTCTAGTAGGTAAGATTCATTTGAAAAATAGAAAATACTT  500

seq1  GTACATCACTTTGGTTTTTAAAAAGATGTGTGTCTGTTTATTCCTTCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATCACTTTGGTTTTTAAAAAGATGTGTGTCTGTTTATTCCTTCATG  550

seq1  AAAACAGAAACATGCTAAAATGCCCAGTCTTGCTGGGCTCTTTTTTTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGAAACATGCTAAAATGCCCAGTCTTGCTGGGCTCTTTTTTTACT  600

seq1  TCCTTTGTCTTTTTGTGTGTGCATGTTTGTGGTATGTGCATGTGGTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTCTTTTTGTGTGTGCATGTTTGTGGTATGTGCATGTGGTTTGT  650

seq1  ATGGTATCTTGATGAGTGGGAGTCTGGACAGCTTTGTGTGCTGTGCTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTATCTTGATGAGTGGGAGTCTGGACAGCTTTGTGTGCTGTGCTGGT  700

seq1  TGGTTTTAAACGTCAACTTGATTCAACCTAGAATCACCGTGAGAGAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTAAACGTCAACTTGATTCAACCTAGAATCACCGTGAGAGAGATT  750

seq1  TAACTGAAGAATTATCTCGATCATGTTGGCCTATGAATGTATCTACGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGAAGAATTATCTCGATCATGTTGGCCTATGAATGTATCTACGGAG  800

seq1  AATTGACTTGGTTGTTAACTGCCCTAGTCCATGGTGGGCAGCACCATT--  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  AATTGACTTGGTTGTTAACTGCCCTAGTCCATGGTGGGCAGCACCATTTC  850

seq1  CCCTATGCTGAGTCTGGACTGCATGAGTAAAGGAAGATAGCTGGGCATGG  898
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  CCTTATGCTGAGTCTGGACTGCATGAGTAAAGGAAGATAGCT-GGCAT-G  898

seq1  GTGTATTCATATACATATACATGTACACGTATATATCA-TATATCCTCTC  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  GTGTATTCATATACATATACATGTACACGTATATATCATTATAT-CTCTC  947

seq1  TCCC-TCTCCCTCTCCCTCT  966
      |||| |||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTCCCTCTCCCTCT  967