BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300G03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 41,658,103 - 41,813,020
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrp1b
Upstream geneLOC100042629
Downstream geneLOC625094
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300G03.bB6Ng01-300G03.g
ACCGA094975GA094976
length1,169746
definitionB6Ng01-300G03.b B6Ng01-300G03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,658,103 - 41,659,268)(41,812,275 - 41,813,020)
sequence
gaattctttcttgttgttaggaagaagagacaaacctatgtacccatgaa
tatcttctgaccactcttctaacaggaaataagcttctgtagtattggct
ttactctatgcgtgttagcagcttctgggccttagttctttttcttttct
gctcatgatacttgcttttatacaaatcatcatgtaaagcttgagaatcc
ctttaagggaaaaaaaaaagtcaggatcatagtttcaaaattgtatgaag
acaggtttggagtctgaaccattttgtaatgcttcatttgccctactgtt
ttaacaggttcccggagacaaacctgtgggaaccttcaagaacattgtct
ttccacagagtgactggagagaccttaagaagctgatgaagactgcaaac
cctgtggcattatttgatttgagaaaacatatgaggcagtttatatagta
ctaaaattagttgtctctaatggtttatcaatacaaataggttttatata
cccttaatatgtcccactgccatttgaatctaacatgccagattatattt
taaattaaacactcagaatacccaaaacaatctgcaaaaatgaaatgata
ttttctaattttatttttgttgttgttgtatgctcacaaaataataatat
ttgattgtttgaagtcatgcaagtaaagtatttatgtctctcaaatatca
gagcaatttatatcatgtgtaattcgttctattgtttgagcactcctaaa
ctttccaaattttggtaagaaaatattttagtcggatgttgcaatggcaa
catatctgaccataccatggatgaaatatttaattttatgcacattttca
gagtgatgggttgatagttgcttggacccatgtattttggcagatcacca
tggtggaagaaatgtgtgacaaaggagatatccatgtaagcaggaatcta
aggcagaaaggacccagggtgaagcaatgatcccacaaagcaattctagt
aacatctatcactaatgtaggccctacccagctccttaatattttccagg
ttttgtcagaatggagccactagctgagaatccatcctttccaggtggcc
aaggtttgagggaacaccttaaacttcttgccttaaaccataacaaagct
gtattcgggaacaaatgaa

gaattcagccttggtaatatgcagtccttaatctttagtcacttgtcaag
aattcaaattcattgattttagaaattaaacagaacatttaaactatata
gctttagtcttatcttttgctttgttatcaacaaaatttaaatctgatgc
taaattggttttaaaaccttctggatatatttataaccaaaaaaaatctg
tttgagaattgaccaaggtaaatggcaatagattttattttctatgaccc
atcactgggaatctagtcatccatgtttaatactcatatatattcaattc
tcctaaagcaaaattaatctaaaaataatttggaagccaaatatttcctc
tccttatttcacatggaaaaaaattgtcttgatttattttttgtcaaccg
ttttatttattattttaaaatatattaggtttagtgttattgatcagggc
agtttaaagctaagcatgagattaaggctggggttaggcttaggacttgg
gttaaggttatggtcatgggtgaggtttgatactcatggttggggttatg
atgctggttaagattagagatagagccaagtgacagcttaaagttaggcc
tatggctgctatgaggcgaaggctgaggatgcattaccattcttagtaat
tctaacgctgactgcaaagtggtaagatttagtccaagcctactagaaag
gatggaacgtactgagtaaggacggggatgtgagagaggaagggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_41658103_41659268
seq2: B6Ng01-300G03.b_43_1211

seq1  GAATTCTTTCTTGTTGTTAGGAAGAAGAGACAAACCTATGTACCCATGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTGTTGTTAGGAAGAAGAGACAAACCTATGTACCCATGAA  50

seq1  TATCTTCTGACCACTCTTCTAACAGGAAATAAGCTTCTGTAGTATTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCTGACCACTCTTCTAACAGGAAATAAGCTTCTGTAGTATTGGCT  100

seq1  TTACTCTATGCGTGTTAGCAGCTTCTGGGCCTTAGTTCTTTTTCTTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTATGCGTGTTAGCAGCTTCTGGGCCTTAGTTCTTTTTCTTTTCT  150

seq1  GCTCATGATACTTGCTTTTATACAAATCATCATGTAAAGCTTGAGAATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGATACTTGCTTTTATACAAATCATCATGTAAAGCTTGAGAATCC  200

seq1  CTTTAAGGGAAAAAAAAAAGTCAGGATCATAGTTTCAAAATTGTATGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAGGGAAAAAAAAAAGTCAGGATCATAGTTTCAAAATTGTATGAAG  250

seq1  ACAGGTTTGGAGTCTGAACCATTTTGTAATGCTTCATTTGCCCTACTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTTGGAGTCTGAACCATTTTGTAATGCTTCATTTGCCCTACTGTT  300

seq1  TTAACAGGTTCCCGGAGACAAACCTGTGGGAACCTTCAAGAACATTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGGTTCCCGGAGACAAACCTGTGGGAACCTTCAAGAACATTGTCT  350

seq1  TTCCACAGAGTGACTGGAGAGACCTTAAGAAGCTGATGAAGACTGCAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACAGAGTGACTGGAGAGACCTTAAGAAGCTGATGAAGACTGCAAAC  400

seq1  CCTGTGGCATTATTTGATTTGAGAAAACATATGAGGCAGTTTATATAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGCATTATTTGATTTGAGAAAACATATGAGGCAGTTTATATAGTA  450

seq1  CTAAAATTAGTTGTCTCTAATGGTTTATCAATACAAATAGGTTTTATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATTAGTTGTCTCTAATGGTTTATCAATACAAATAGGTTTTATATA  500

seq1  CCCTTAATATGTCCCACTGCCATTTGAATCTAACATGCCAGATTATATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAATATGTCCCACTGCCATTTGAATCTAACATGCCAGATTATATTT  550

seq1  TAAATTAAACACTCAGAATACCCAAAACAATCTGCAAAAATGAAATGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTAAACACTCAGAATACCCAAAACAATCTGCAAAAATGAAATGATA  600

seq1  TTTTCTAATTTTATTTTTGTTGTTGTTGTATGCTCACAAAATAATAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAATTTTATTTTTGTTGTTGTTGTATGCTCACAAAATAATAATAT  650

seq1  TTGATTGTTTGAAGTCATGCAAGTAAAGTATTTATGTCTCTCAAATATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTGTTTGAAGTCATGCAAGTAAAGTATTTATGTCTCTCAAATATCA  700

seq1  GAGCAATTTATATCATGTGTAATTCGTTCTATTGTTTGAGCACTCCTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATTTATATCATGTGTAATTCGTTCTATTGTTTGAGCACTCCTAAA  750

seq1  CTTTCCAAATTTTGGTAAGAAAATATTTTAGTCGGATGTTGCAATGGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAAATTTTGGTAAGAAAATATTTTAGTCGGATGTTGCAATGGCAA  800

seq1  CATATCTGACCATACCATGGATGAAATATTTAATTTTATGCACATTTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTGACCATACCATGGATGAAATATTTAATTTTATGCACATTTTCA  850

seq1  GAGTGATGGGTTGATAGTTGCTTGGACCCATGTATTTTGGCAGATCACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGATGGGTTGATAGTTGCTTGGACCCATGTATTTTGGCAGATCACCA  900

seq1  TGGTGGAAGAAATGTGTGACAAAGGAGAATATCCATGTAAGCAGGAATCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAAGAAATGTGTGACAAAGGAG-ATATCCATGTAAGCAGGAATCT  949

seq1  AAGGCAGAAAAGGACCCAGGGTGAAGCAATGATCCCACAAAGCAATTCTA  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAG-AAAGGACCCAGGGTGAAGCAATGATCCCACAAAGCAATTCTA  998

seq1  GTAACATCTATCACTAATGTAGGCCCTACCCAGCTCC-TAATA-TTTCCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  GTAACATCTATCACTAATGTAGGCCCTACCCAGCTCCTTAATATTTTCCA  1048

seq1  GGTTTTGTCAG-ATGGAGCCACTAGCTGGAGATCCATCCTTTCCAAGTGG  1097
      ||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||
seq2  GGTTTTGTCAGAATGGAGCCACTAGCTGAGAATCCATCCTTTCCAGGTGG  1098

seq1  -CAAGTTTTGAGGAGACACCTTAAAACTCTTGCC-TAAACCATAACAAAG  1145
       |||| |||||||  ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||
seq2  CCAAGGTTTGAGGGAACACCTTAAACTTCTTGCCTTAAACCATAACAAAG  1148

seq1  TTTGTATTTTGGAAC-AATGAA  1166
        ||||||  ||||| ||||||
seq2  -CTGTATTCGGGAACAAATGAA  1169


seq1: chr2_41812275_41813020
seq2: B6Ng01-300G03.g_64_809 (reverse)

seq1  CTCCCTTCCTCTCTCACATCCCCGTCCTTACTCAGTACGTTCCATCCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTCCTCTCTCACATCCCCGTCCTTACTCAGTACGTTCCATCCTTT  50

seq1  CTAGTAGGCTTGGACTAAATCTTACCACTTTGCAGTCAGCGTTAGAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAGGCTTGGACTAAATCTTACCACTTTGCAGTCAGCGTTAGAATTA  100

seq1  CTAAGAATGGTAATGCATCCTCAGCCTTCGCCTCATAGCAGCCATAGGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAATGGTAATGCATCCTCAGCCTTCGCCTCATAGCAGCCATAGGCC  150

seq1  TAACTTTAAGCTGTCACTTGGCTCTATCTCTAATCTTAACCAGCATCATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTAAGCTGTCACTTGGCTCTATCTCTAATCTTAACCAGCATCATA  200

seq1  ACCCCAACCATGAGTATCAAACCTCACCCATGACCATAACCTTAACCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAACCATGAGTATCAAACCTCACCCATGACCATAACCTTAACCCAA  250

seq1  GTCCTAAGCCTAACCCCAGCCTTAATCTCATGCTTAGCTTTAAACTGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAAGCCTAACCCCAGCCTTAATCTCATGCTTAGCTTTAAACTGCCC  300

seq1  TGATCAATAACACTAAACCTAATATATTTTAAAATAATAAATAAAACGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAATAACACTAAACCTAATATATTTTAAAATAATAAATAAAACGGT  350

seq1  TGACAAAAAATAAATCAAGACAATTTTTTTCCATGTGAAATAAGGAGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAAAAATAAATCAAGACAATTTTTTTCCATGTGAAATAAGGAGAGG  400

seq1  AAATATTTGGCTTCCAAATTATTTTTAGATTAATTTTGCTTTAGGAGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTGGCTTCCAAATTATTTTTAGATTAATTTTGCTTTAGGAGAAT  450

seq1  TGAATATATATGAGTATTAAACATGGATGACTAGATTCCCAGTGATGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATATATGAGTATTAAACATGGATGACTAGATTCCCAGTGATGGGT  500

seq1  CATAGAAAATAAAATCTATTGCCATTTACCTTGGTCAATTCTCAAACAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAAAATAAAATCTATTGCCATTTACCTTGGTCAATTCTCAAACAGA  550

seq1  TTTTTTTTGGTTATAAATATATCCAGAAGGTTTTAAAACCAATTTAGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTGGTTATAAATATATCCAGAAGGTTTTAAAACCAATTTAGCAT  600

seq1  CAGATTTAAATTTTGTTGATAACAAAGCAAAAGATAAGACTAAAGCTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTAAATTTTGTTGATAACAAAGCAAAAGATAAGACTAAAGCTATA  650

seq1  TAGTTTAAATGTTCTGTTTAATTTCTAAAATCAATGAATTTGAATTCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTAAATGTTCTGTTTAATTTCTAAAATCAATGAATTTGAATTCTTG  700

seq1  ACAAGTGACTAAAGATTAAGGACTGCATATTACCAAGGCTGAATTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGACTAAAGATTAAGGACTGCATATTACCAAGGCTGAATTC  746


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |