BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300I18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 19,494,771 - 19,636,860
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041244, Otud1, LOC667564
Upstream geneLOC625815, Commd3, Bmi1, EG667477, LOC100041448, BC061194, LOC667493, LOC100041479, Pip5k2a, 4930426L09Rik, LOC667521, Armc3, Msrb2, LOC100041196, Ptf1a, LOC100041534, 4921504E06Rik
Downstream geneLOC100041302, LOC433406, LOC654360, LOC667609, Etl4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300I18.bB6Ng01-300I18.g
ACCGA095097GA095098
length1,1691,169
definitionB6Ng01-300I18.b B6Ng01-300I18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,635,692 - 19,636,860)(19,494,771 - 19,495,949)
sequence
gaattcttctacttaccaagactccaatgaatcagtcaaagattggtgtt
aatcactagggtggtaggttcctttagttacacactgattccagaatgga
gactttaagtcttcctaagttgatgtgtttgttgcctggtactgaattca
tcaatatccttcaatggtatctacttctggcaggacatccctggtccagt
agtaggtgacagagcagccatactccaggtgtcaattgtgatatataaca
tctaagttattcagacaatgaaaatgcctttgccgtgcctggcaggaacc
aattaataaatcaaggtgtttttttttcacatttatctttatgtgtgcag
atttcatacatactggtgccatagtgtgtgtctggaagtcagagagcaag
tggtagaagtaggctgttttcttccaacatctgggtcccagagatcaaga
ttaggtcatcagggtaggcaaaattgcctatactcactgagccattgtga
tgggcccaggaacaacttcttaattgcctctttaacccagtcacttagta
gactctaagtgtttttaaatgaattattcattcattgatggattatggag
ttacagaaattacaaattcaattctaggaaacatggtaatgtctcaattc
tgctagtcagttcaaccatgggaaaagcatggtgttttcactggacttgg
ctgtgggccctgggacaccctgggcactgtgagaaatgtcagagattcta
cagaatgcagtgataggtgtctgcccttctgcctttgtcctcatctgtgt
tgttattgccataacagcatagcctaatgaggtggttaatctggattttc
aatgcaatgggatttatattcatcatagaaacaacctctgagcatgtctg
tgagggagtttctagattggataaattagggaagacccaccctaatgtgg
ggtggcaccagcccatgggcctgaggtccttggggtgaatagattagaga
gaggaaccaagcaccagcttttcttcgtgcttctgcttgttcttgactga
gaatacagtgtgacccgtgctcaagtttctgctgtcaatgtccttccctg
ccatggtggactatatcaccctcaactgtgaacaattaagtgtacccccc
ggcccagttgcttcactac
gaattccagtcttttcttttgggctgttaccatacacaagtctgtttact
gcttaaaagccagtgctcacgactggagacatgatgggaagcaagttgag
tttattggagggctggcaacctgaaaagttggggagggagatttttccac
tcagaagaccattttaggtaactcaggcatgaggaagcacttttataggg
aaagaggggaaatggacaggaagtgggtgctgatggaggtggtaacttta
tcatacagagtgtgtgtgtcctcttttatggtttcctttcctctgaccat
aacatattgaccttgagttccaggctttaattcctgtgacttttaaatca
aacatcacagtaactgataagctttatatagaggcatagatttataaaac
aaggagaggccttatacattctggcattatctcaagaccaccttagattc
tgctaggtaaacctaaagaaaaaatatttagcagctaacatcttaatcat
ttagactttcttttagaatttagagtggggttttttgggtatatacttca
gtggcaaagcacttccaaacaagaatgaacaaatgccctggcttagagaa
agagtcaaaagggctctcaaaatgatggccattgtttagggccaggtaca
tgacaaactcgtggtatgttcttctgggaaacctttccaaaacagaaaat
tctcattatttaggaaataacactgctctgtctattacctcagaagcaca
ccacacatatcgtagcccccacaaaccactcatgtgaatacaactagttc
ctcagagatgaccctactctttgacaggggcaagaggcatttgaccactg
aatgggaaatacaggggactatgatcttaccaataagctaatcactgggg
aatgtaaatatggacaatgactggagataattacctattctttgaattcc
tgcatgctcaggaacttttgatagatcttaaagctcctgcatgtttgaaa
gcttctagtagatttctcacaagaatagctttttttttttctttttaaga
gacggctatgggattgcagaaagtaatggcacagtgttttttaactaact
gatctggaaaacgagtgcacagtggaagttcagagctgctgcatataaga
gctcttttaatagacagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_19635692_19636860
seq2: B6Ng01-300I18.b_45_1213 (reverse)

seq1  GTAGTGGGAAGCAACTGGGGCGGGGGGTACACTTAATTTGGTTCACAGTT  50
      |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  GTAGT--GAAGCAACTGGGCCGGGGGGTACACTTAATT--GTTCACAGTT  46

seq1  TGAGGTGATATAGTCCACCATTGGCAGGGAA-GACA-TGACAGCAGAAAC  98
         ||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  GAGGGTGATATAGTCCACCA-TGGCAGGGAAGGACATTGACAGCAGAAAC  95

seq1  TTGAGGCAACGGGTCACACTGTATCTTCAGTC-AGA--CAGCAG-AGCAC  144
      |||||   ||||||||||||||||  |||||| |||   ||||| |||||
seq2  TTGAG--CACGGGTCACACTGTATTCTCAGTCAAGAACAAGCAGAAGCAC  143

seq1  G-AGGAAAGCTGGTGCTTGGTTCCCTCTCTCTTATCTATTCACCCC-AGG  192
      | || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  GAAGAAAAGCTGGTGCTTGGTT-CCTCTCTCTAATCTATTCACCCCAAGG  192

seq1  ACCTCA-GCCCATGGGCTGGTGCCA-CCCACATTTAGGGTGGGTCTTCCC  240
      |||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGGCCCATGGGCTGGTGCCACCCCACA-TTAGGGTGGGTCTTCCC  241

seq1  TAATTAATCCAATCTAGAAACTCCCTCACAGACATGCTCAGAGGTTTGTT  290
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAATTTATCCAATCTAGAAACTCCCTCACAGACATGCTCAGAGG-TTGTT  290

seq1  TCTATGATGAATATAAATCCCATTGCATTGAAAATCCAGATTAACCACCT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGATGAATATAAATCCCATTGCATTGAAAATCCAGATTAACCACCT  340

seq1  CATTAGGCTATGCTGTTATGGCAATAACAACACAGATGAGGACAAAGGCA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGCTATGCTGTTATGGCAATAACAACACAGATGAGGACAAAGGCA  390

seq1  GAAGGGCAGACACCTATCACTGCATTCTGTAGAATCTCTGACATTTCTCA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCAGACACCTATCACTGCATTCTGTAGAATCTCTGACATTTCTCA  440

seq1  CAGTGCCCAGGGTGTCCCAGGGCCCACAGCCAAGTCCAGTGAAAACACCA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCAGGGTGTCCCAGGGCCCACAGCCAAGTCCAGTGAAAACACCA  490

seq1  TGCTTTTCCCATGGTTGAACTGACTAGCAGAATTGAGACATTACCATGTT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTCCCATGGTTGAACTGACTAGCAGAATTGAGACATTACCATGTT  540

seq1  TCCTAGAATTGAATTTGTAATTTCTGTAACTCCATAATCCATCAATGAAT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGAATTGAATTTGTAATTTCTGTAACTCCATAATCCATCAATGAAT  590

seq1  GAATAATTCATTTAAAAACACTTAGAGTCTACTAAGTGACTGGGTTAAAG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATTCATTTAAAAACACTTAGAGTCTACTAAGTGACTGGGTTAAAG  640

seq1  AGGCAATTAAGAAGTTGTTCCTGGGCCCATCACAATGGCTCAGTGAGTAT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATTAAGAAGTTGTTCCTGGGCCCATCACAATGGCTCAGTGAGTAT  690

seq1  AGGCAATTTTGCCTACCCTGATGACCTAATCTTGATCTCTGGGACCCAGA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAATTTTGCCTACCCTGATGACCTAATCTTGATCTCTGGGACCCAGA  740

seq1  TGTTGGAAGAAAACAGCCTACTTCTACCACTTGCTCTCTGACTTCCAGAC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGAAGAAAACAGCCTACTTCTACCACTTGCTCTCTGACTTCCAGAC  790

seq1  ACACACTATGGCACCAGTATGTATGAAATCTGCACACATAAAGATAAATG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTATGGCACCAGTATGTATGAAATCTGCACACATAAAGATAAATG  840

seq1  TGAAAAAAAAACACCTTGATTTATTAATTGGTTCCTGCCAGGCACGGCAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAAAAAACACCTTGATTTATTAATTGGTTCCTGCCAGGCACGGCAA  890

seq1  AGGCATTTTCATTGTCTGAATAACTTAGATGTTATATATCACAATTGACA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTTTCATTGTCTGAATAACTTAGATGTTATATATCACAATTGACA  940

seq1  CCTGGAGTATGGCTGCTCTGTCACCTACTACTGGACCAGGGATGTCCTGC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGTATGGCTGCTCTGTCACCTACTACTGGACCAGGGATGTCCTGC  990

seq1  CAGAAGTAGATACCATTGAAGGATATTGATGAATTCAGTACCAGGCAACA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTAGATACCATTGAAGGATATTGATGAATTCAGTACCAGGCAACA  1040

seq1  AACACATCAACTTAGGAAGACTTAAAGTCTCCATTCTGGAATCAGTGTGT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATCAACTTAGGAAGACTTAAAGTCTCCATTCTGGAATCAGTGTGT  1090

seq1  AACTAAAGGAACCTACCACCCTAGTGATTAACACCAATCTTTGACTGATT  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAAGGAACCTACCACCCTAGTGATTAACACCAATCTTTGACTGATT  1140

seq1  CATTGGAGTCTTGGTAAGTAGAAGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGAGTCTTGGTAAGTAGAAGAATTC  1169

seq1: chr2_19494771_19495949
seq2: B6Ng01-300I18.g_66_1234

seq1  GAATTCCAGTCTTTTCTTTTGGGCTGTTACCATACACAAGTCTGTTTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTCTTTTCTTTTGGGCTGTTACCATACACAAGTCTGTTTACT  50

seq1  GCTTAAAAGCCAGTGCTCACGACTGGAGACATGATGGGAAGCAAGTTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAAGCCAGTGCTCACGACTGGAGACATGATGGGAAGCAAGTTGAG  100

seq1  TTTATTGGAGGGCTGGCAACCTGAAAAGTTGGGGAGGGAGATTTTTCCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGGAGGGCTGGCAACCTGAAAAGTTGGGGAGGGAGATTTTTCCAC  150

seq1  TCAGAAGACCATTTTAGGTAACTCAGGCATGAGGAAGCACTTTTATAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGACCATTTTAGGTAACTCAGGCATGAGGAAGCACTTTTATAGGG  200

seq1  AAAGAGGGGAAATGGACAGGAAGTGGGTGCTGATGGAGGTGGTAACTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGGGAAATGGACAGGAAGTGGGTGCTGATGGAGGTGGTAACTTTA  250

seq1  TCATACAGAGTGTGTGTGTCCTCTTTTATGGTTTCCTTTCCTCTGACCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAGAGTGTGTGTGTCCTCTTTTATGGTTTCCTTTCCTCTGACCAT  300

seq1  AACATATTGACCTTGAGTTCCAGGCTTTAATTCCTGTGACTTTTAAATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATTGACCTTGAGTTCCAGGCTTTAATTCCTGTGACTTTTAAATCA  350

seq1  AACATCACAGTAACTGATAAGCTTTATATAGAGGCATAGATTTATAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCACAGTAACTGATAAGCTTTATATAGAGGCATAGATTTATAAAAC  400

seq1  AAGGAGAGGCCTTATACATTCTGGCATTATCTCAAGACCACCTTAGATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAGGCCTTATACATTCTGGCATTATCTCAAGACCACCTTAGATTC  450

seq1  TGCTAGGTAAACCTAAAGAAAAAATATTTAGCAGCTAACATCTTAATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGTAAACCTAAAGAAAAAATATTTAGCAGCTAACATCTTAATCAT  500

seq1  TTAGACTTTCTTTTAGAATTTAGAGTGGGGTTTTTTGGGTATATACTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTTTCTTTTAGAATTTAGAGTGGGGTTTTTTGGGTATATACTTCA  550

seq1  GTGGCAAAGCACTTCCAAACAAGAATGAACAAATGCCCTGGCTTAGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAAAGCACTTCCAAACAAGAATGAACAAATGCCCTGGCTTAGAGAA  600

seq1  AGAGTCAAAAGGGCTCTCAAAATGATGGCCATTGTTTAGGGCCAGGTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAAAAGGGCTCTCAAAATGATGGCCATTGTTTAGGGCCAGGTACA  650

seq1  TGACAAACTCGTGGTATGTTCTTCTGGGAAACCTTTCCAAAACAGAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAACTCGTGGTATGTTCTTCTGGGAAACCTTTCCAAAACAGAAAAT  700

seq1  TCTCATTATTTAGGAAATAACACTGCTCTGTCTATTACCTCAGAAGCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTATTTAGGAAATAACACTGCTCTGTCTATTACCTCAGAAGCACA  750

seq1  CCACACATATCGTAGCCCCCACAAACCACTCATGTGAATACAACTAGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACATATCGTAGCCCCCACAAACCACTCATGTGAATACAACTAGTTC  800

seq1  CTCAGAGATGACCCTACTCTTTGACAGGGGCAAGAGGCATTTGACCACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGATGACCCTACTCTTTGACAGGGGCAAGAGGCATTTGACCACTG  850

seq1  AATGGGAAAATACAGGGGACTATGATCTTACCAATAAAGCTAATCACTGG  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AATGGG-AAATACAGGGGACTATGATCTTACCAAT-AAGCTAATCACTGG  898

seq1  GGAATGTAAATATGGACAATGACTGGAGATAATTACCTATTCTTTGAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTAAATATGGACAATGACTGGAGATAATTACCTATTCTTTGAATT  948

seq1  CCTGCATGCTCAGGGAACTTTTGATAAGATCTTTAAAGCTCCTGCATGTT  1000
      |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTGCATGCTCA-GGAACTTTTGAT-AGATC-TTAAAGCTCCTGCATGTT  995

seq1  TGAAAGCTTCTAGTAGAATTTCTTCAC-AGAATAGCTTTTTTTTTTCTTT  1049
      |||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||  ||
seq2  TGAAAGCTTCTAGTAG-ATTTC-TCACAAGAATAGCTTTTTTTTTTTCTT  1043

seq1  TTAAAGAGACGGCTTAATGGGGATTGCAGAAAGTAAT-GCACAGGTGTTT  1098
      || |||||||||||  || |||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  TTTAAGAGACGGCT--AT-GGGATTGCAGAAAGTAATGGCACA-GTGTTT  1089

seq1  TTATACTAACTGATCTGGAAGAGCGAGTGCACAGT-GAAGTCCAGAGCTG  1147
      ||  |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  TTTAACTAACTGATCTGGAA-AACGAGTGCACAGTGGAAGTTCAGAGCTG  1138

seq1  CTGCATATAGAAGCTCTTTAAATAGAGCAGTA  1179
      |||||||||  |||||||| |||||| |||||
seq2  CTGCATATAAGAGCTCTTTTAATAGA-CAGTA  1169