BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304A08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 120,750,496 - 120,889,170
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUbr1, Tmem62, Rnu3b-ps2, Ccndbp1, Epb4.2, Tgm5
Upstream geneMga, Mapkbp1, Pla2g4b, Spnb5, Ehd4, Pla2g4e, LOC100043635, Pla2g4d, Pla2g4f, Vps39, Tmem87a, Ganc, Capn3, Zfp106, Snap23, Lrrc57, Cep27, Stard9, Cdan1, Ttbk2
Downstream geneLOC640543, Lcmt2, Adal, Zscan29, D2Ertd435e, Trp53bp1, Mtap1a, Hisppd2a, Ckmt1, Strc, Catsper2, Pdia3, Ell3, Serf2, LOC574418, 2310003F16Rik, Mfap1b, Wdr76p, Mfap1a, Wdr76, Frmd5, Casc4, Mageb3, Ctdspl2, Eif3s1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304A08.bB6Ng01-304A08.g
ACCGA097678GA097679
length1,1451,122
definitionB6Ng01-304A08.b B6Ng01-304A08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,750,496 - 120,751,637)(120,888,053 - 120,889,170)
sequence
gaattccaggccagcctggtctacagaacaagttccaggacagccagggc
tatacagagaaaccctgtctggaaaaaactaaaacaaaaacccaaaacaa
caaaccagtcaggataacttttataagttagtacttcaaatattaaaact
atactgacgtgtcagggtactgtaagacaaacacaaattgtgaaaaatgt
aactagtataataaaaatactaaaataaacatttacaaaaatagaaaagg
gaaaatgatttttaaaaaacatacaaaaggaaagaacctacaattcgcta
actccccaaaaaccaatgataatgaaccaaaatacaaagctgaatgtgcc
atttttctctattgatgtgataatcccatgctaccagaaatatgcacaca
ccaatctgttaatacttatcaagagccttaagtaaaaatgtgctgtctta
ttcatcaaatttacacataaaatttaccctaaatgctttctgcatgcagt
ggaactgctacagagactttcaatgtacaaacaacaatacaggcctggta
ttcattcaataattacaaggagaaaagcctatcataatattttgtaaaac
aggctacaaattataaaaaggcatatgtagaataaagtttttgctttcaa
aacaaaatactggtattttattttctgaagacagtatgttaagtgacatc
tcttttctctgttgatctgtatagagcctaagtttcctagagtgaaaaga
aagtatgtgtgcttgcatatttgtgtattctgtgtgtgtgtgtgatgttt
ggaggtatagacatcccacagtatgggaaaaccatggttcctggctacct
aggacatcccaatccgaacatcaaaatccaaggaagctcaagtccctcat
aagctgatgtagtatctatgcataactacacacatcttcgccatatactt
taaaagcatatctacactactcataatacctaatgcacatgtaaatatta
tgtaaatgtaaatattaaagagtgactgtatagtactgtttgcacattaa
taacagacacatttaaaatatctatttgaccctagtatggatttattctg
tatgggaggctacttgtatataccaaggaatatttatgtaaaaat
gaattctgaatctccaagaaggaaccttatccacgggcttagtgcttcat
ttcttcccgacctctctttgatcgtagactggacttgcacaataccctgg
ctggaacacttacctactgttattttccattgatttatgaacacagaaat
tgtatggaatgtgccttcatagcattgttagttaacacatgacactgatt
tggaaagctgtgtggcatatagctttacacaagcactagctgtcataact
gggatactgttctattctttgcatcttgggctccagttatttggctgggt
cttgtttaaagatctcaccatccatctcccaaagttcaattccatatcct
ccctattactcttcccccaccttgttttctttctctgtttcttaagtatt
tagggttgcaattggtcacattccctacttaacagtattgtcatagttgg
ttggtctgcttccagcctctctttttaaaacctttttccttttatccaat
aactctcgctgagttcctacccacaaaacatttaaatatgtttgatatgt
accactgtagtggaaagtgttctcactaaagtgagatacaaaagtgtatt
attatcaatatgaaattatttcttaatttttttttagattttattttatt
ttattttatgtgtatgagtgttttgcctgtaggtatgtttgtgtaccatg
ggcatgccttgttcctgcagaagtcaaaaaagggtgtcagattccttaaa
actgaactatgatggtgaaaagcctccatgtgggtgctgaaaactgaacc
tagatcctcttcaagagcagcaggtgttcttcaccactgagctgtgtctc
cagaccccatccatgaacaatttttattcaatgtgggttttgtgtcacat
gtattttttatctttagaaatgaccttttcctctaacttctgggttccct
tcattgtgtccatgatttctctgtcttctcgtaagcatatgcatactttt
taaattacttttttagacctttggctgctaatcccatcatctatgtttct
ggaatttctctctatggatccattctctttcttagtataaggctgtaatc
ttttcttatttgctggtaattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_120750496_120751637
seq2: B6Ng01-304A08.b_46_1190

seq1  GAATTCCAGGCCAGCCTGGTCTACAGAACAAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCCAGCCTGGTCTACAGAACAAGTTCCAGGACAGCCAGGGC  50

seq1  TATACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAAAACTAAAACAAAAACCCAAAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAAAACTAAAACAAAAACCCAAAACAA  100

seq1  CAAACCAGTCAGGATAACTTTTATAAGTTAGTACTTCAAATATTAAAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCAGTCAGGATAACTTTTATAAGTTAGTACTTCAAATATTAAAACT  150

seq1  ATACTGACGTGTCAGGGTACTGTAAGACAAACACAAATTGTGAAAAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGACGTGTCAGGGTACTGTAAGACAAACACAAATTGTGAAAAATGT  200

seq1  AACTAGTATAATAAAAATACTAAAATAAACATTTACAAAAATAGAAAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTATAATAAAAATACTAAAATAAACATTTACAAAAATAGAAAAGG  250

seq1  GAAAATGATTTTTAAAAAACATACAAAAGGAAAGAACCTACAATTCGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGATTTTTAAAAAACATACAAAAGGAAAGAACCTACAATTCGCTA  300

seq1  ACTCCCCAAAAACCAATGATAATGAACCAAAATACAAAGCTGAATGTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCAAAAACCAATGATAATGAACCAAAATACAAAGCTGAATGTGCC  350

seq1  ATTTTTCTCTATTGATGTGATAATCCCATGCTACCAGAAATATGCACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTCTATTGATGTGATAATCCCATGCTACCAGAAATATGCACACA  400

seq1  CCAATCTGTTAATACTTATCAAGAGCCTTAAGTAAAAATGTGCTGTCTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCTGTTAATACTTATCAAGAGCCTTAAGTAAAAATGTGCTGTCTTA  450

seq1  TTCATCAAATTTACACATAAAATTTACCCTAAATGCTTTCTGCATGCAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCAAATTTACACATAAAATTTACCCTAAATGCTTTCTGCATGCAGT  500

seq1  GGAACTGCTACAGAGACTTTCAATGTACAAACAACAATACAGGCCTGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGCTACAGAGACTTTCAATGTACAAACAACAATACAGGCCTGGTA  550

seq1  TTCATTCAATAATTACAAGGAGAAAAGCCTATCATAATATTTTGTAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCAATAATTACAAGGAGAAAAGCCTATCATAATATTTTGTAAAAC  600

seq1  AGGCTACAAATTATAAAAAGGCATATGTAGAATAAAGTTTTTGCTTTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACAAATTATAAAAAGGCATATGTAGAATAAAGTTTTTGCTTTCAA  650

seq1  AACAAAATACTGGTATTTTATTTTCTGAAGACAGTATGTTAAGTGACATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATACTGGTATTTTATTTTCTGAAGACAGTATGTTAAGTGACATC  700

seq1  TCTTTTCTCTGTTGATCTGTATAGAGCCTAAGTTTCCTAGAGTGAAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTCTGTTGATCTGTATAGAGCCTAAGTTTCCTAGAGTGAAAAGA  750

seq1  AAGTATGTGTGCTTGCATATTTGTGTATTCTGTGTGTGTGTGTGATGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGTGTGCTTGCATATTTGTGTATTCTGTGTGTGTGTGTGATGTTT  800

seq1  GGAGGTATAGACATCCCACAGTATGGGAAAACCATGGTTCCTGGCTACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTATAGACATCCCACAGTATGGGAAAACCATGGTTCCTGGCTACCT  850

seq1  AGGACATCCCAATCCGAACATCAAAATCCAAGGAAGCTCAAGTCCCTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATCCCAATCCGAACATCAAAATCCAAGGAAGCTCAAGTCCCTCAT  900

seq1  AAGCTGATGTAGTATCTATGCATAACTACACACATC-TCGCCATATACTT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAGCTGATGTAGTATCTATGCATAACTACACACATCTTCGCCATATACTT  950

seq1  TAAAAGCATATCTACACTACTCATAATACCTAATGCACATGTAAATATTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCATATCTACACTACTCATAATACCTAATGCACATGTAAATATTA  1000

seq1  TGTAAATGTAAATATTAAAGAGTGACTGTATAGTACTGTTTGCACATTAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATGTAAATATTAAAGAGTGACTGTATAGTACTGTTTGCACATTAA  1050

seq1  T-ACAGACACAATTTAAAAATATCTATTTGACCCCTAGTAT-GATATA-T  1096
      | |||||||||  || ||||||||||||||| ||||||||| ||| || |
seq2  TAACAGACACA--TTTAAAATATCTATTTGA-CCCTAGTATGGATTTATT  1097

seq1  CTGTATGGAAGGCTAACTGTATATA-CAAAGAATA-TTATGTAAAAAT  1142
      |||||||| ||||||  |||||||| ||| ||||| ||||||||||||
seq2  CTGTATGGGAGGCTACTTGTATATACCAAGGAATATTTATGTAAAAAT  1145

seq1: chr2_120888053_120889170
seq2: B6Ng01-304A08.g_68_1189 (reverse)

seq1  AAATTACAAAGCAAATA--GAAAGA-TACAGCC-TATAACTAGGAAGAGA  46
      |||||||  ||||||||   ||||| ||||||| ||||   || ||||||
seq2  AAATTAC-CAGCAAATAAGAAAAGATTACAGCCTTATACTAAGAAAGAGA  49

seq1  ATGGATCAATAGAGAGAAA-TCCAGAAACAATAGATGATGGGATTAGCAG  95
      ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATCCATAGAGAGAAATTCCAGAAAC-ATAGATGATGGGATTAGCAG  98

seq1  CCAAAGGTCTAAAAAAGTAATTTAAAAAGTATGCATATGCTTACGAGAAG  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGTCTAAAAAAGTAATTTAAAAAGTATGCATATGCTTACGAGAAG  148

seq1  ACAGAGAAATCATGGACACAATGAAGGGAA-CCAGAAGTTAGAGGAAAAG  194
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAATCATGGACACAATGAAGGGAACCCAGAAGTTAGAGGAAAAG  198

seq1  GTCATTTCTAAAGATAAAAAATACATGTGACACAAAACCCACATTGAATA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTCTAAAGATAAAAAATACATGTGACACAAAACCCACATTGAATA  248

seq1  AAAATTGTTCATGGATGGGGTCTGGAGACACAGCTCAGTGGTGAAGAACA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTTCATGGATGGGGTCTGGAGACACAGCTCAGTGGTGAAGAACA  298

seq1  CCTGCTGCTCTTGAAGAGGATCTAGGTTCAGTTTTCAGCACCCACATGGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGCTCTTGAAGAGGATCTAGGTTCAGTTTTCAGCACCCACATGGA  348

seq1  GGCTTTTCACCATCATAGTTCAGTTTTAAGGAATCTGACACCCTTTTTTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTCACCATCATAGTTCAGTTTTAAGGAATCTGACACCCTTTTTTG  398

seq1  ACTTCTGCAGGAACAAGGCATGCCCATGGTACACAAACATACCTACAGGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGCAGGAACAAGGCATGCCCATGGTACACAAACATACCTACAGGC  448

seq1  AAAACACTCATACACATAAAATAAAATAAAATAAAATCTAAAAAAAAATT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACACTCATACACATAAAATAAAATAAAATAAAATCTAAAAAAAAATT  498

seq1  AAGAAATAATTTCATATTGATAATAATACACTTTTGTATCTCACTTTAGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATAATTTCATATTGATAATAATACACTTTTGTATCTCACTTTAGT  548

seq1  GAGAACACTTTCCACTACAGTGGTACATATCAAACATATTTAAATGTTTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACACTTTCCACTACAGTGGTACATATCAAACATATTTAAATGTTTT  598

seq1  GTGGGTAGGAACTCAGCGAGAGTTATTGGATAAAAGGAAAAAGGTTTTAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTAGGAACTCAGCGAGAGTTATTGGATAAAAGGAAAAAGGTTTTAA  648

seq1  AAAGAGAGGCTGGAAGCAGACCAACCAACTATGACAATACTGTTAAGTAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAGGCTGGAAGCAGACCAACCAACTATGACAATACTGTTAAGTAG  698

seq1  GGAATGTGACCAATTGCAACCCTAAATACTTAAGAAACAGAGAAAGAAAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTGACCAATTGCAACCCTAAATACTTAAGAAACAGAGAAAGAAAA  748

seq1  CAAGGTGGGGGAAGAGTAATAGGGAGGATATGGAATTGAACTTTGGGAGA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGGGGGAAGAGTAATAGGGAGGATATGGAATTGAACTTTGGGAGA  798

seq1  TGGATGGTGAGATCTTTAAACAAGACCCAGCCAAATAACTGGAGCCCAAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGTGAGATCTTTAAACAAGACCCAGCCAAATAACTGGAGCCCAAG  848

seq1  ATGCAAAGAATAGAACAGTATCCCAGTTATGACAGCTAGTGCTTGTGTAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAAGAATAGAACAGTATCCCAGTTATGACAGCTAGTGCTTGTGTAA  898

seq1  AGCTATATGCCACACAGCTTTCCAAATCAGTGTCATGTGTTAACTAACAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATATGCCACACAGCTTTCCAAATCAGTGTCATGTGTTAACTAACAA  948

seq1  TGCTATGAAGGCACATTCCATACAATTTCTGTGTTCATAAATCAATGGAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGAAGGCACATTCCATACAATTTCTGTGTTCATAAATCAATGGAA  998

seq1  AATAACAGTAGGTAAGTGTTCCAGCCAGGGTATTGTGCAAGTCCAGTCTA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACAGTAGGTAAGTGTTCCAGCCAGGGTATTGTGCAAGTCCAGTCTA  1048

seq1  CGATCAAAGAGAGGTCGGGAAGAAATGAAGCACTAAGCCCGTGGATAAGG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCAAAGAGAGGTCGGGAAGAAATGAAGCACTAAGCCCGTGGATAAGG  1098

seq1  TTCCTTCTTGGAGATTCAGAATTC  1118
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCTTGGAGATTCAGAATTC  1122