BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305M20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 141,387,330 - 141,519,983
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFlrt3
Downstream geneLOC668913, LOC668914, Kif16b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305M20.bB6Ng01-305M20.g
ACCGA098999GA099000
length1,1611,127
definitionB6Ng01-305M20.b B6Ng01-305M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,518,811 - 141,519,983)(141,387,330 - 141,388,443)
sequence
gaattccacatggccaagaaagacttggtaaatttatgtcctgaatataa
gtaatcaattagctatgagttctgggcaattgacaattgagaagaacatg
ttaaacagtagaaggatgtcattcaagatttcaaatatgagatattctaa
acaatttggtttattcaacaaacaaaacaacaaagaagagagagaagcca
agaagagagagaaaaaggagataaaagtaagaggctgataaaacagcaaa
gaataaagattacttcttatttatcaattaaaagatgcataaggaaatct
ggcattttggacaatttctacattttgataaggacatcattttaagactc
ttaatgttctgtgtttacatgcaatctataccttaatccaagtttgggat
agaggttgatttaaaacatgataactgtatgcatcatatggaccctattt
ggattctacgtacccaaatacacagaaaacaaatgagataacaggaaaaa
catgagttatgtctacataattcctcctactaatgttttatggatttttt
ttctcatagagtttctgtcttttagaagcacattcttaacaaccaggtag
atactgaaatagcctcagggctaggacagcaaggtctggggaagagaaga
cacctacaagtgaatctaatagtgaatgtgcagcccatgaagtgctacac
agaagaagttctatgcaagggaggtccttcaatggcacagacttttaata
aaattttaccagcaagtaagggcatgttttgcaacaatcaagatgtatcc
agctcatctcttgcaccagagcctagggcaagtgtaaaagcgtacctatt
tgtcatgcttagttatcctgtaattattgcatgcctcctactccctccct
cctttacatcacagaaggcaaaattcctaaacattttttctattgattaa
tgaatttcaattttctttaaaagattttttcattgacacagtacaaaatc
atgttgccaattagattctccatcactgtaatagtgatataaaaatatta
gttattgggaaagatgaaacaaacattcagttgagtgaatattttgtaca
aatcaaaattcttgtaacagttatcagatgacctactacaaaaacttcct
agactattgta

gaattccacatggacgaaaacatgtctgccaccaagatttgactgctctt
ttgtctgtcttcagcactgcatatcgttatcagttacatcccccgtctga
gtagtgagagcatgtggtatagaagcaacctctcaatgcagagtgcaagt
tggatcagggtaattgagcattctcaggtcacagagagagcagtaatctt
tccaaatctggagacaaaaccaatcgatataatgtacttccaaatagagt
acattttatgtggcataatgtctgcaggtaccagccagctttctcatccc
aggcatgccccctcctttgattttcaccttcctatatgttagtctggatc
tttaagggcatttgaggagaatttacatctgttcacccttacctttgtcc
ctgaagaaaaacttcaggggacacccttcacttgtttccttgcttcacta
aaagatgatctacattactgacaggtagtctcaaaatggcaattcctacc
caagccagtgttttctcgacagtgaattacaaagaaaatgaaaaccactg
aggaaggtaagtgtaggcttttaaagaaaacttctgataggtcattacat
ccttaaggaagggaaaggatggttcttctataggcctctctgtaggtctt
gagaaggaggagtccagagggaatgcacaggtagctagattcttcagtgc
ttcatggtgcctggatatgattattggttctcacaattgcatgcttcgct
tttgaggacacagctgattggaaatagtagaacaccttagaggttaaagt
ctgacaaaaaaaacccaaaaaagtatggcttttaatcctgtctttccagc
ttcgtagctacaactgtggggaaataaatttgtttatattgggattcagt
ttcttgaacttttaagggaagaatacttagtacctacctggccatgttat
gggaatagacaatagggtcctgatcacagtgattgggttgatgtctaagc
caccaaataggcagtagcccgatgactattcttttcctttcctgctaagg
gtaagttgacatgtgtacaggtttctaaacaagaaaacaaaacattttcc
cttcaaagaggacttcgagatactaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_141518811_141519983
seq2: B6Ng01-305M20.b_46_1206 (reverse)

seq1  TACAATAAATCTAGGAAAATTTTTTTTGTAGTAGGTCATCTTGATAAACT  50
      |||||| | ||||||||     |||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  TACAAT-AGTCTAGGAA----GTTTTTGTAGTAGGTCATC-TGAT-AACT  43

seq1  GTTTAACAGAATTTTGATTTTGTACAAAATTATTCACTC-ACTG-ATGTT  98
      | |||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||
seq2  G-TTACAAGAATTTTGA-TTTGTACAAAA-TATTCACTCAACTGAATGTT  90

seq1  TGTTTCATTCTTTCCCAATAACTTATA-TTTTATATCACTTATTACAGTT  147
      ||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |
seq2  TGTTTCA-TCTTTCCCAATAACTAATATTTTTATATCAC-TATTACAG-T  137

seq1  GATGGAGAATCTAATTGGCAACATGATTTTTGTACTGTGTCAATGAAAAA  197
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGAATCTAATTGGCAACATGA-TTTTGTACTGTGTCAATGAAAAA  186

seq1  ATCTTTTTAAAGAAAATTGAAATTCATTAATCAATAGAAAAAATGTTTAG  247
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATC-TTTTAAAGAAAATTGAAATTCATTAATCAATAGAAAAAATGTTTAG  235

seq1  GAATTTTGCCTTCTGTGATGTAAAGGAGGGAGGGAGTAGGAGGCATGCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTGCCTTCTGTGATGTAAAGGAGGGAGGGAGTAGGAGGCATGCAA  285

seq1  TAATTACAGGATAACTAAGCATGACAAATAGGTACGCTTTTACACTTGCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTACAGGATAACTAAGCATGACAAATAGGTACGCTTTTACACTTGCC  335

seq1  CTAGGCTCTGGTGCAAGAGATGAGCTGGATACATCTTGATTGTTGCAAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTCTGGTGCAAGAGATGAGCTGGATACATCTTGATTGTTGCAAAA  385

seq1  CATGCCCTTACTTGCTGGTAAAATTTTATTAAAAGTCTGTGCCATTGAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCTTACTTGCTGGTAAAATTTTATTAAAAGTCTGTGCCATTGAAG  435

seq1  GACCTCCCTTGCATAGAACTTCTTCTGTGTAGCACTTCATGGGCTGCACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCCCTTGCATAGAACTTCTTCTGTGTAGCACTTCATGGGCTGCACA  485

seq1  TTCACTATTAGATTCACTTGTAGGTGTCTTCTCTTCCCCAGACCTTGCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTATTAGATTCACTTGTAGGTGTCTTCTCTTCCCCAGACCTTGCTG  535

seq1  TCCTAGCCCTGAGGCTATTTCAGTATCTACCTGGTTGTTAAGAATGTGCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCCCTGAGGCTATTTCAGTATCTACCTGGTTGTTAAGAATGTGCT  585

seq1  TCTAAAAGACAGAAACTCTATGAGAAAAAAAATCCATAAAACATTAGTAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAGACAGAAACTCTATGAGAAAAAAAATCCATAAAACATTAGTAG  635

seq1  GAGGAATTATGTAGACATAACTCATGTTTTTCCTGTTATCTCATTTGTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATTATGTAGACATAACTCATGTTTTTCCTGTTATCTCATTTGTTT  685

seq1  TCTGTGTATTTGGGTACGTAGAATCCAAATAGGGTCCATATGATGCATAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTATTTGGGTACGTAGAATCCAAATAGGGTCCATATGATGCATAC  735

seq1  AGTTATCATGTTTTAAATCAACCTCTATCCCAAACTTGGATTAAGGTATA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCATGTTTTAAATCAACCTCTATCCCAAACTTGGATTAAGGTATA  785

seq1  GATTGCATGTAAACACAGAACATTAAGAGTCTTAAAATGATGTCCTTATC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCATGTAAACACAGAACATTAAGAGTCTTAAAATGATGTCCTTATC  835

seq1  AAAATGTAGAAATTGTCCAAAATGCCAGATTTCCTTATGCATCTTTTAAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTAGAAATTGTCCAAAATGCCAGATTTCCTTATGCATCTTTTAAT  885

seq1  TGATAAATAAGAAGTAATCTTTATTCTTTGCTGTTTTATCAGCCTCTTAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAATAAGAAGTAATCTTTATTCTTTGCTGTTTTATCAGCCTCTTAC  935

seq1  TTTTATCTCCTTTTTCTCTCTCTTCTTGGCTTCTCTCTCTTCTTTGTTGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCTCCTTTTTCTCTCTCTTCTTGGCTTCTCTCTCTTCTTTGTTGT  985

seq1  TTTGTTTGTTGAATAAACCAAATTGTTTAGAATATCTCATATTTGAAATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTGAATAAACCAAATTGTTTAGAATATCTCATATTTGAAATC  1035

seq1  TTGAATGACATCCTTCTACTGTTTAACATGTTCTTCTCAATTGTCAATTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGACATCCTTCTACTGTTTAACATGTTCTTCTCAATTGTCAATTG  1085

seq1  CCCAGAACTCATAGCTAATTGATTACTTATATTCAGGACATAAATTTACC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAACTCATAGCTAATTGATTACTTATATTCAGGACATAAATTTACC  1135

seq1  AAGTCTTTCTTGGCCATGTGGAATTC  1173
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTTCTTGGCCATGTGGAATTC  1161


seq1: chr2_141387330_141388443
seq2: B6Ng01-305M20.g_70_1196

seq1  GAATTCCACATGGACGAAAACATGTCTGCCACCAAGATTTGACTGCTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATGGACGAAAACATGTCTGCCACCAAGATTTGACTGCTCTT  50

seq1  TTGTCTGTCTTCAGCACTGCATATCGTTATCAGTTACATCCCCCGTCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGTCTTCAGCACTGCATATCGTTATCAGTTACATCCCCCGTCTGA  100

seq1  GTAGTGAGAGCATGTGGTATAGAAGCAACCTCTCAATGCAGAGTGCAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGAGAGCATGTGGTATAGAAGCAACCTCTCAATGCAGAGTGCAAGT  150

seq1  TGGATCAGGGTAATTGAGCATTCTCAGGTCACAGAGAGAGCAGTAATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCAGGGTAATTGAGCATTCTCAGGTCACAGAGAGAGCAGTAATCTT  200

seq1  TCCAAATCTGGAGACAAAACCAATCGATATAATGTACTTCCAAATAGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATCTGGAGACAAAACCAATCGATATAATGTACTTCCAAATAGAGT  250

seq1  ACATTTTATGTGGCATAATGTCTGCAGGTACCAGCCAGCTTTCTCATCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTATGTGGCATAATGTCTGCAGGTACCAGCCAGCTTTCTCATCCC  300

seq1  AGGCATGCCCCCTCCTTTGATTTTCACCTTCCTATATGTTAGTCTGGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGCCCCCTCCTTTGATTTTCACCTTCCTATATGTTAGTCTGGATC  350

seq1  TTTAAGGGCATTTGAGGAGAATTTACATCTGTTCACCCTTACCTTTGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGGCATTTGAGGAGAATTTACATCTGTTCACCCTTACCTTTGTCC  400

seq1  CTGAAGAAAAACTTCAGGGGACACCCTTCACTTGTTTCCTTGCTTCACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAAAAACTTCAGGGGACACCCTTCACTTGTTTCCTTGCTTCACTA  450

seq1  AAAGATGATCTACATTACTGACAGGTAGTCTCAAAATGGCAATTCCTACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGATCTACATTACTGACAGGTAGTCTCAAAATGGCAATTCCTACC  500

seq1  CAAGCCAGTGTTTTCTCGACAGTGAATTACAAAGAAAATGAAAACCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCAGTGTTTTCTCGACAGTGAATTACAAAGAAAATGAAAACCACTG  550

seq1  AGGAAGGTAAGTGTAGGCTTTTAAAGAAAACTTCTGATAGGTCATTACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGTAAGTGTAGGCTTTTAAAGAAAACTTCTGATAGGTCATTACAT  600

seq1  CCTTAAGGAAGGGAAAGGATGGTTCTTCTATAGGCCTCTCTGTAGGTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAGGAAGGGAAAGGATGGTTCTTCTATAGGCCTCTCTGTAGGTCTT  650

seq1  GAGAAGGAGGAGTCCAGAGGGAATGCACAGGTAGCTAGATTCTTCAGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGAGGAGTCCAGAGGGAATGCACAGGTAGCTAGATTCTTCAGTGC  700

seq1  TTCATGGTGCCTGGATATGATTATTGGTTCTCACAATTGCATGCTTCGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGTGCCTGGATATGATTATTGGTTCTCACAATTGCATGCTTCGCT  750

seq1  TTTGAGGACACAGCTGATTGGAAATAGTAGAACACCTTAGAGGTTAAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGACACAGCTGATTGGAAATAGTAGAACACCTTAGAGGTTAAAGT  800

seq1  CTGACAAAAAAAACCCAAAAAAGTATG--CTTTAATCCTGTCTTTCCAGC  848
      |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAAAAAAACCCAAAAAAGTATGGCTTTTAATCCTGTCTTTCCAGC  850

seq1  TTCGTAGCTACAACTGT-GGGAAATAAATTTGTTTATATTGGGATTCAGT  897
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTAGCTACAACTGTGGGGAAATAAATTTGTTTATATTGGGATTCAGT  900

seq1  TTCTTGAACTTTTAA-GGAAGAATACTTAGTACCTACCTGGCCATGTTAT  946
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAACTTTTAAGGGAAGAATACTTAGTACCTACCTGGCCATGTTAT  950

seq1  GGGAATAGACAATA-GGTCCTGATCACAGTGATT-GGTTGATGTCTAAG-  993
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  GGGAATAGACAATAGGGTCCTGATCACAGTGATTGGGTTGATGTCTAAGC  1000

seq1  CACCAAATAGGCAGTAG-CCGATGACTA-TCTTTTCCCTT-CTGCTAAAG  1040
      ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||| |
seq2  CACCAAATAGGCAGTAGCCCGATGACTATTCTTTTCCTTTCCTGCTAAGG  1050

seq1  GTAAAGTGACATGTG-ACAG--TTCTAAACAAG-AAACAAAACAATTTCC  1086
      ||||  ||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  GTAAGTTGACATGTGTACAGGTTTCTAAACAAGAAAACAAAACATTTTCC  1100

seq1  CCTCACAAGAGGACATCGAGAAACTAAA  1114
      | ||| |||||||| |||||| ||||||
seq2  CTTCA-AAGAGGACTTCGAGATACTAAA  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |