BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305M24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 78,926,565 - 79,055,953
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040526
Upstream geneLOC667920, OTTMUSG00000016703, LOC383717, LOC100040476, LOC100040494, 4930401B11Rik, Ube2e3
Downstream geneItga4, Cerkl, Neurod1, Ssfa2, Ppp1r1c, Pde1a, LOC668005
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305M24.bB6Ng01-305M24.g
ACCGA099007GA099008
length1,175991
definitionB6Ng01-305M24.b B6Ng01-305M24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,926,565 - 78,927,757)(79,054,956 - 79,055,953)
sequence
gaattctgagaggggcataggaaggaccctgtgtgactgttatagaatgt
gggggtggagcgagcgagaaggagagcaggtgttcctttgctgtcagaat
gtcacaaccatacctctggattctaagtcatggtcatgcttatctacccc
agcaaagaatgcaccacactagtcagttgtatttccttatgaaaacatgg
gctgcgtgtatgcacatgtgtgttttctaaaggcctcccagtacttagtt
ttattataggtttatccaggctttcaaatgtggtaagagttttcatctat
ctttattttcaatgtctttttggaaagtgccttaggctacagactggtgc
tggccatctaaccatcattttgaacatgatagtctgaattcaaaaaatag
tatatggtccagaggcatatgatttcagtgtataaccctcataatattat
cagatggattcctctgaccttattctggtgttcatggctttggaaataaa
gaaagttctatggaggatttgacttaggtcttaaaaggacaaaaagaaag
tgatggctacccaggccccagaaatttcacaaattatatattcaagcaag
aaaagtcagggcaggaagcacagagcaagatcaaaagaattgggccactg
ggtacaaaatcatggcatctgcctgcacacttgggctttagtccatggat
acttttagagtagctgaattttgagaacgtaggactatagtggttaaact
gatctgtagagggcagaaggctataagcaacatgctagagaagactgaga
ataaggagtaacactggataatatttaaagagagtacgaatggagagaag
aaaagacttggattgtggtggaggtcttgaacacaaagagaaaggggaaa
agtagagatgtcttctggaagcatgtgcagttgggcaaggagctgaaagg
ggaaggctgttcatggtgggctgaggcttcggactaaccgaagctgtttc
agaaatagaaagtgaagcaccgaagacgaggacaagaatgttccgggaga
atatgacgagtatagctaccatagtatgtaagtagggataatgagtgctt
ataaattagatgtgtggtcagagaaataaggcctccgccatgagactgac
atcgtgttccattctcttgtgctga

gaattctcttgggaaaagcaaaggctaagagataatcttatgagacagtg
attaaacagctctgtagatcttcatttcagtcagtccaccagccctcgct
ctccatcctttaaacggctatagttatgactgcattagattagagaatgc
ttttaccatcctaggaaccagtgcttatgagtggggaagggagcacttta
cgatttcctggtctttatctatttcaatcaaccagtcaatagctattaat
tattcattcaggattacactaatgacattccaaggcccttactactgctt
atcaaatttattttctaatcattagggacaggccatatgaaactaaggaa
atgaacaaatggggagaaaattgaaatcagccatgtagtcactgcatgaa
ttctgctgttttttgaagtcttctgtgtgactgcatgcacttcctcttcc
agctgctagagatccagaagcccaaatcttctcaagtttaccactttctg
cagtggctcttgttggcaggattttaaagagtgttcatctggtactcttt
cctgtcaccattatctgtttcaaaaggagtactcagtggcttttgttcta
atcaacactgggaaccattgacaaccaataccccttgctgtggctcaatc
agagcaactcatctcttgccttagatatttgtaatttctagcctatgtgc
catgatttctctggatataagtcaaggtcacagagttttactaaattacc
ttgcatgcaaacaaatggatgtttgactcttaaactcatctgctcttcat
tagtgcattcatctgtgaggagacattcatagcatgccagaagttgtctt
tgaaacagaaacttttgtttgccagcactttctgttgctcatatagttct
ctgtctgactgagcttggtaatcgattaagagtagaaagcagttgggcct
attctttttactatacagaggtggtctacactcgttctgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_78926565_78927757
seq2: B6Ng01-305M24.b_46_1220

seq1  GAATTCTGAGAGGGGCATAGGAAGGACCCTGTGTGACTGTTATAGAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGAGGGGCATAGGAAGGACCCTGTGTGACTGTTATAGAATGT  50

seq1  GGGGGTGGAGCGAGCGAGAAGGAGAGCAGGTGTTCCTTTGCTGTCAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGAGCGAGCGAGAAGGAGAGCAGGTGTTCCTTTGCTGTCAGAAT  100

seq1  GTCACAACCATACCTCTGGATTCTAAGTCATGGTCATGCTTATCTACCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAACCATACCTCTGGATTCTAAGTCATGGTCATGCTTATCTACCCC  150

seq1  AGCAAAGAATGCACCACACTAGTCAGTTGTATTTCCTTATGAAAACATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGAATGCACCACACTAGTCAGTTGTATTTCCTTATGAAAACATGG  200

seq1  GCTGCGTGTATGCACATGTGTGTTTTCTAAAGGCCTCCCAGTACTTAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCGTGTATGCACATGTGTGTTTTCTAAAGGCCTCCCAGTACTTAGTT  250

seq1  TTATTATAGGTTTATCCAGGCTTTCAAATGTGGTAAGAGTTTTCATCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATAGGTTTATCCAGGCTTTCAAATGTGGTAAGAGTTTTCATCTAT  300

seq1  CTTTATTTTCAATGTCTTTTTGGAAAGTGCCTTAGGCTACAGACTGGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTTTCAATGTCTTTTTGGAAAGTGCCTTAGGCTACAGACTGGTGC  350

seq1  TGGCCATCTAACCATCATTTTGAACATGATAGTCTGAATTCAAAAAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATCTAACCATCATTTTGAACATGATAGTCTGAATTCAAAAAATAG  400

seq1  TATATGGTCCAGAGGCATATGATTTCAGTGTATAACCCTCATAATATTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGTCCAGAGGCATATGATTTCAGTGTATAACCCTCATAATATTAT  450

seq1  CAGATGGATTCCTCTGACCTTATTCTGGTGTTCATGGCTTTGGAAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGATTCCTCTGACCTTATTCTGGTGTTCATGGCTTTGGAAATAAA  500

seq1  GAAAGTTCTATGGAGGATTTGACTTAGGTCTTAAAAGGACAAAAAGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTCTATGGAGGATTTGACTTAGGTCTTAAAAGGACAAAAAGAAAG  550

seq1  TGATGGCTACCCAGGCCCCAGAAATTTCACAAATTATATATTCAAGCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCTACCCAGGCCCCAGAAATTTCACAAATTATATATTCAAGCAAG  600

seq1  AAAAGTCAGGGCAGGAAGCACAGAGCAAGATCAAAAGAATTGGGCCACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCAGGGCAGGAAGCACAGAGCAAGATCAAAAGAATTGGGCCACTG  650

seq1  GGTACAAAATCATGGCATCTGCCTGCACACTTGGGCTTTAGTCCATGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAAAATCATGGCATCTGCCTGCACACTTGGGCTTTAGTCCATGGAT  700

seq1  ACTTTTAGAGTAGCTGAATTTTGAGAACGTAGGACTATAGTGGTTAAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTAGAGTAGCTGAATTTTGAGAACGTAGGACTATAGTGGTTAAACT  750

seq1  GATCTGTAGAGGGCAGAAGGCTATAAGCAACATGCTAGAGAAGACTGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTAGAGGGCAGAAGGCTATAAGCAACATGCTAGAGAAGACTGAGA  800

seq1  ATAAGGAGTAACACTGGATAATATTTAAAGAGAGTACGAATGGAGAGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAGTAACACTGGATAATATTTAAAGAGAGTACGAATGGAGAGAAG  850

seq1  AAAAGACTTGGATTGTGGTGGAGGTCTTGAACACAAAGAGAAAGGGGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACTTGGATTGTGGTGGAGGTCTTGAACACAAAGAGAAAGGGGAAA  900

seq1  AGTAGAGATGTCTTCTGGAAGCATGTGCAGTT-GGCAAGGAGCTGAAAGG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGTAGAGATGTCTTCTGGAAGCATGTGCAGTTGGGCAAGGAGCTGAAAGG  950

seq1  GGAAGGGCTGTTCATGGTGGGCTGAGGCTTCGGACTAACCGAAGCTGTTT  999
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAA-GGCTGTTCATGGTGGGCTGAGGCTTCGGACTAACCGAAGCTGTTT  999

seq1  CCAGAAATAGAAAGTGGAAGCACCGAAGAACGAGGACAAGAATGTTCCGG  1049
       |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  -CAGAAATAGAAAGT-GAAGCACCGAAG-ACGAGGACAAGAATGTTCC-G  1045

seq1  GGAGAATATGACGAGTTAATTAGCTACACATAGGTAATGTAAGTAGGGAT  1099
      ||||||||||||||||    ||||||| |||||   ||||||||||||||
seq2  GGAGAATATGACGAGT---ATAGCTAC-CATAG--TATGTAAGTAGGGAT  1089

seq1  AATTGAGTGCTTATAAAATTAGATGTGTGGGTCAGAGGAAATTAAGCCTC  1149
      || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||
seq2  AA-TGAGTGCTTAT-AAATTAGATGTGT-GGTCAGA-GAAATAAGGCCTC  1135

seq1  CGCCAATGA-ACTGACATCTGTGTTCATTTCTCTTTTGGTGCTGA  1193
      |||| |||| ||||||||| ||||||  |||||||   |||||||
seq2  CGCC-ATGAGACTGACATC-GTGTTCCATTCTCTT---GTGCTGA  1175


seq1: chr2_79054956_79055953
seq2: B6Ng01-305M24.g_68_1058 (reverse)

seq1  TCCAGAACGAGGTGTTAGACCACCTTCTGTATAGTTAAAAAGAATAGG-C  49
      |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |
seq2  TCCAGAACGA-GTG-TAGACCACC-TCTGTATAG-TAAAAAGAATAGGCC  46

seq1  CAACTGCTTTTCCTACTCTTAATCGATTACCAAGCTTCAGTTCAGACAGA  99
      ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  CAACTGCTTT--CTACTCTTAATCGATTACCAAGC-TCAG-TCAGACAGA  92

seq1  GAACTATATGAGCAACAGAAAGTGCTGGCAAACAAAAGTTTCTGTTTCAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATATGAGCAACAGAAAGTGCTGGCAAACAAAAGTTTCTGTTTCAA  142

seq1  AGACAACTTCTGGCATGCTATGAATGTCTCCTCACAGATGAATGCACTAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACTTCTGGCATGCTATGAATGTCTCCTCACAGATGAATGCACTAA  192

seq1  TGAAGAGCAGATGAGTTTAAGAGTCAAACATCCATTTGTTTGCATGCAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGCAGATGAGTTTAAGAGTCAAACATCCATTTGTTTGCATGCAAG  242

seq1  GTAATTTAGTAAAACTCTGTGACCTTGACTTATATCCAGAGAAATCATGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTAGTAAAACTCTGTGACCTTGACTTATATCCAGAGAAATCATGG  292

seq1  CACATAGGCTAGAAATTACAAATATCTAAGGCAAGAGATGAGTTGCTCTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGGCTAGAAATTACAAATATCTAAGGCAAGAGATGAGTTGCTCTG  342

seq1  ATTGAGCCACAGCAAGGGGTATTGGTTGTCAATGGTTCCCAGTGTTGATT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGCCACAGCAAGGGGTATTGGTTGTCAATGGTTCCCAGTGTTGATT  392

seq1  AGAACAAAAGCCACTGAGTACTCCTTTTGAAACAGATAATGGTGACAGGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAAAGCCACTGAGTACTCCTTTTGAAACAGATAATGGTGACAGGA  442

seq1  AAGAGTACCAGATGAACACTCTTTAAAATCCTGCCAACAAGAGCCACTGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTACCAGATGAACACTCTTTAAAATCCTGCCAACAAGAGCCACTGC  492

seq1  AGAAAGTGGTAAACTTGAGAAGATTTGGGCTTCTGGATCTCTAGCAGCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTGGTAAACTTGAGAAGATTTGGGCTTCTGGATCTCTAGCAGCTG  542

seq1  GAAGAGGAAGTGCATGCAGTCACACAGAAGACTTCAAAAAACAGCAGAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGAAGTGCATGCAGTCACACAGAAGACTTCAAAAAACAGCAGAAT  592

seq1  TCATGCAGTGACTACATGGCTGATTTCAATTTTCTCCCCATTTGTTCATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCAGTGACTACATGGCTGATTTCAATTTTCTCCCCATTTGTTCATT  642

seq1  TCCTTAGTTTCATATGGCCTGTCCCTAATGATTAGAAAATAAATTTGATA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGTTTCATATGGCCTGTCCCTAATGATTAGAAAATAAATTTGATA  692

seq1  AGCAGTAGTAAGGGCCTTGGAATGTCATTAGTGTAATCCTGAATGAATAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTAGTAAGGGCCTTGGAATGTCATTAGTGTAATCCTGAATGAATAA  742

seq1  TTAATAGCTATTGACTGGTTGATTGAAATAGATAAAGACCAGGAAATCGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGCTATTGACTGGTTGATTGAAATAGATAAAGACCAGGAAATCGT  792

seq1  AAAGTGCTCCCTTCCCCACTCATAAGCACTGGTTCCTAGGATGGTAAAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTCCCTTCCCCACTCATAAGCACTGGTTCCTAGGATGGTAAAAG  842

seq1  CATTCTCTAATCTAATGCAGTCATAACTATAGCCGTTTAAAGGATGGAGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCTAATCTAATGCAGTCATAACTATAGCCGTTTAAAGGATGGAGA  892

seq1  GCGAGGGCTGGTGGACTGACTGAAATGAAGATCTACAGAGCTGTTTAATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGGGCTGGTGGACTGACTGAAATGAAGATCTACAGAGCTGTTTAATC  942

seq1  ACTGTCTCATAAGATTATCTCTTAGCCTTTGCTTTTCCCAAGAGAATTC  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTCATAAGATTATCTCTTAGCCTTTGCTTTTCCCAAGAGAATTC  991


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |