BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306C03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 173,259,940 - 173,387,170
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700021F07Rik
Upstream gene2410001C21Rik, A330041C17Rik, 1700029J11Rik, LOC629957, Tcfap2c, LOC100043750, Bmp7, LOC100043751, Spo11, Rae1, Rbm38, Ctcfl, EG619800, Pck1, Zbp1, Tmepai
Downstream gene1700030G11Rik, LOC100043911, Rab22a, 1700010B08Rik, Vapb, LOC620189, LOC664880, LOC100043912, LOC664901, Stx16, Npepl1, Nespas, Gnas, Th1l, Ctsz, Rpl30-ps5, Tubb1, Atp5e, Slmo2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306C03.bB6Ng01-306C03.g
ACCGA099248GA099249
length1,1171,121
definitionB6Ng01-306C03.b B6Ng01-306C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(173,386,060 - 173,387,170)(173,259,940 - 173,261,071)
sequence
gaattcaatatgtagccgaggctggctttgaactcatagagatctacctg
cttcttcctcccaattgctgggttgaaaggtgtgcgccaccatgcctggc
ttgtaaatccacattttgacctccaaacagaggggtgcctaagacctttc
aactgtaacgggcattgtaatgcaacaagagaggggaaggcacctccagg
gccaagccttgctcctcagctgagtgcaaaccatgcgtgtacacggaagg
gctggctgtgatctaagacacgcacgcgcagaaccacatgcaaagatttc
agaacagcatccagctcggcaccatgaagttctggctggggttctgagat
ggcccgtagagtgtgttcccacctgcaggcagagtccttcttggaaaaga
accgaaaagaaggtccacctggaggccaagagcgtcagctgccagcaggt
tagacaagtgccctgtgtggcggtggggtcaaggaggtatctgattctct
gcttgccatccagcaacgagagaggcgtgttttacctcagtgttcctgcg
ctggggcccactggggctccgtcaccaccttccttacctcacagccatct
cttccagggacaaagccagccagatggcttctttagatcatcctggccct
cgccagacccctgctccacccttcatatagccttctctgtgtgtgctcat
gcttgagtgtgcacgtgcaggtgtgtgtggtggccatgctggacatgagt
tatcttttttctcgcctttgggctgctgaggtggctcagcagataaagga
gcttgctgccaagcatgatgacctgagtttgatccctgggacgcacgcga
cgcatagggaaaattgacttcctcaacttgtcctctgaccagctccatct
gtgtgcaccgcacctgccccctatacgcataatgtaacacaacattgtta
gagatctctaagcgaaggaagcctaagcttgctgattcagctacactggc
tgggccagcagggctctctgtctcttatcggcctccagagcaagttttac
aggagtgttcccacatacccacttaacatggcacaatgggattctggaac
cctgacccagattggga
gaattcagtgtatagaccaggctggccttgaactcagagatccgagtgcc
tctgcctcccgagtgctgggattaaaggtgtgtgccgccctgcctactgg
gagtgagactggctactgatgattgctgtgtgtgcttacctcaccactga
cactagcaacttgaggcagggagggttccttttggctcggcttgaagtac
agtccatcctggccagaggtctcagcagcaggatcgtgaggtgacagtca
cgtgcatctgcagttaggaacacacacacaaagagagagacaaatgctgg
tgctcagctcattgttttcctttgtgtgaagcccgagacgtgtttcctta
ttccacctctgcacagatgctgcgtgactgtgcggctgtgtgactctgtg
aaacggaccctcagagctgcctctgtttcctctgacatggaatgcagatt
tcccagcagcatctgcgtgtgcaggtgagggttaactagactgagacact
cagaacagaacctgacatatactgtgtgcttattaaatgccagcctctat
tattaataacgatattaatgtaactagtccaaagcactagcaggtggtat
cagcacctaccacatgaaagccagtgtctgcctgtgctcctggagggatg
gaccgctcacgacctctcaggaagttcaatgtcagaaactgagatgctgc
agctctgctctgaggtcctggcttcccaccctaagcaaccccacagctga
cccagcctgaccaagcctgacccagcacagagggccaaaattcctgccac
atggtctctgcactcaaacctcgtaggagggtgagccgcacaggtctcat
ctggctcagtgattcagctacagtcacccagcccaggggcagcaaacaac
gacttcaggcagctgctgcaccctgagggtctggcaagtccctgacagct
atttctaactccaagtgcgtcccccttgatgacagctacttctgacacag
agacagaacaatgggtgaggctgagaccacctttctttcctctgagctgg
gacagcgctcctcccagagaactcagaagtcaggagcagcttggaagcag
catggatcgaattttctctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_173386060_173387170
seq2: B6Ng01-306C03.b_45_1161 (reverse)

seq1  TCCC-ATCTGGGTCAGGGTT-CAG-ATCC--ATGTGCCCATG-TAAGT-G  43
      |||| ||||||||||||||| ||| ||||   |||| ||||| ||||| |
seq2  TCCCAATCTGGGTCAGGGTTCCAGAATCCCATTGTG-CCATGTTAAGTGG  49

seq1  GTATGTGGG-ACACTCCTGTAAACCCTGCTCTGGAG--CGAT-AGAGACA  89
      ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||  |||| |||||||
seq2  GTATGTGGGAACACTCCTGTAAAACTTGCTCTGGAGGCCGATAAGAGACA  99

seq1  GGAGGAGCCCTTGCTGG-CCAGCCAGTGTAGCTGAATCAGCAAGCTTAGG  138
      |   |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G--AGAGCCC-TGCTGGCCCAGCCAGTGTAGCTGAATCAGCAAGCTTAGG  146

seq1  CTTCCTTCGCTTAGAGATTCTCTTAACAATGTTGTGTTACATTATGCGTA  188
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCGCTTAGAGA-TCTC-TAACAATGTTGTGTTACATTATGCGTA  194

seq1  TAGGGGGCAGGTGCGGGTGCACACAGATGGAGCTGGTCAGAGGACAAGTT  238
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGCAGGTGC-GGTGCACACAGATGGAGCTGGTCAGAGGACAAGTT  243

seq1  GAGGAAGTCAATTTTCCCTATGCGTCGCGTGCGTCCCAGGGATCAAACTC  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGTCAATTTTCCCTATGCGTCGCGTGCGTCCCAGGGATCAAACTC  293

seq1  AGGTCATCATGCTTGGCAGCAAGCTCCTTTATCTGCTGAGCCACCTCAGC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATCATGCTTGGCAGCAAGCTCCTTTATCTGCTGAGCCACCTCAGC  343

seq1  AGCCCAAAGGCGAG-AAAAAGATAACTCATGTCCAGCATGGCCACCACAC  387
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAAAGGCGAGAAAAAAGATAACTCATGTCCAGCATGGCCACCACAC  393

seq1  ACACCTGCACGTGCACACTCAAGCATGAGCACACACAGAGAAGGCTATAT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGCACGTGCACACTCAAGCATGAGCACACACAGAGAAGGCTATAT  443

seq1  GAAGGGTGGAGCAGGGGTCTGGCGAGGGCCAGGATGATCTAAAGAAGCCA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTGGAGCAGGGGTCTGGCGAGGGCCAGGATGATCTAAAGAAGCCA  493

seq1  TCTGGCTGGCTTTGTCCCTGGAAGAGATGGCTGTGAGGTAAGGAAGGTGG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTGGCTTTGTCCCTGGAAGAGATGGCTGTGAGGTAAGGAAGGTGG  543

seq1  TGACGGAGCCCCAGTGGGCCCCAGCGCAGGAACACTGAGGTAAAACACGC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGGAGCCCCAGTGGGCCCCAGCGCAGGAACACTGAGGTAAAACACGC  593

seq1  CTCTCTCGTTGCTGGATGGCAAGCAGAGAATCAGATACCTCCTTGACCCC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCGTTGCTGGATGGCAAGCAGAGAATCAGATACCTCCTTGACCCC  643

seq1  ACCGCCACACAGGGCACTTGTCTAACCTGCTGGCAGCTGACGCTCTTGGC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGCCACACAGGGCACTTGTCTAACCTGCTGGCAGCTGACGCTCTTGGC  693

seq1  CTCCAGGTGGACCTTCTTTTCGGTTCTTTTCCAAGAAGGACTCTGCCTGC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGTGGACCTTCTTTTCGGTTCTTTTCCAAGAAGGACTCTGCCTGC  743

seq1  AGGTGGGAACACACTCTACGGGCCATCTCAGAACCCCAGCCAGAACTTCA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGAACACACTCTACGGGCCATCTCAGAACCCCAGCCAGAACTTCA  793

seq1  TGGTGCCGAGCTGGATGCTGTTCTGAAATCTTTGCATGTGGTTCTGCGCG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCGAGCTGGATGCTGTTCTGAAATCTTTGCATGTGGTTCTGCGCG  843

seq1  TGCGTGTCTTAGATCACAGCCAGCCCTTCCGTGTACACGCATGGTTTGCA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGTCTTAGATCACAGCCAGCCCTTCCGTGTACACGCATGGTTTGCA  893

seq1  CTCAGCTGAGGAGCAAGGCTTGGCCCTGGAGGTGCCTTCCCCTCTCTTGT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTGAGGAGCAAGGCTTGGCCCTGGAGGTGCCTTCCCCTCTCTTGT  943

seq1  TGCATTACAATGCCCGTTACAGTTGAAAGGTCTTAGGCACCCCTCTGTTT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTACAATGCCCGTTACAGTTGAAAGGTCTTAGGCACCCCTCTGTTT  993

seq1  GGAGGTCAAAATGTGGATTTACAAGCCAGGCATGGTGGCGCACACCTTTC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTCAAAATGTGGATTTACAAGCCAGGCATGGTGGCGCACACCTTTC  1043

seq1  AACCCAGCAATTGGGAGGAAGAAGCAGGTAGATCTCTATGAGTTCAAAGC  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGCAATTGGGAGGAAGAAGCAGGTAGATCTCTATGAGTTCAAAGC  1093

seq1  CAGCCTCGGCTACATATTGAATTC  1111
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCGGCTACATATTGAATTC  1117

seq1: chr2_173259940_173261071
seq2: B6Ng01-306C03.g_66_1186

seq1  GAATTCAGTGTATAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAGATCCGAGTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTATAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAGATCCGAGTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCGCCCTGCCTACTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCGCCCTGCCTACTGG  100

seq1  GAGTGAGACTGGCTACTGATGATTGCTGTGTGTGCTTACCTCACCACTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGACTGGCTACTGATGATTGCTGTGTGTGCTTACCTCACCACTGA  150

seq1  CACTAGCAACTTGAGGCAGGGAGGGTTCCTTTTGGCTCGGCTTGAAGTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGCAACTTGAGGCAGGGAGGGTTCCTTTTGGCTCGGCTTGAAGTAC  200

seq1  AGTCCATCCTGGCCAGAGGTCTCAGCAGCAGGATCGTGAGGTGACAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATCCTGGCCAGAGGTCTCAGCAGCAGGATCGTGAGGTGACAGTCA  250

seq1  CGTGCATCTGCAGTTAGGAACACACACACAAAGAGAGAGACAAATGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATCTGCAGTTAGGAACACACACACAAAGAGAGAGACAAATGCTGG  300

seq1  TGCTCAGCTCATTGTTTTCCTTTGTGTGAAGCCCGAGACGTGTTTCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGCTCATTGTTTTCCTTTGTGTGAAGCCCGAGACGTGTTTCCTTA  350

seq1  TTCCACCTCTGCACAGATGCTGCGTGACTGTGCGGCTGTGTGACTCTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACCTCTGCACAGATGCTGCGTGACTGTGCGGCTGTGTGACTCTGTG  400

seq1  AAACGGACCCTCAGAGCTGCCTCTGTTTCCTCTGACATGGAATGCAGATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGGACCCTCAGAGCTGCCTCTGTTTCCTCTGACATGGAATGCAGATT  450

seq1  TCCCAGCAGCATCTGCGTGTGCAGGTGAGGGTTAACTAGACTGAGACACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCAGCATCTGCGTGTGCAGGTGAGGGTTAACTAGACTGAGACACT  500

seq1  CAGAACAGAACCTGACATATACTGTGTGCTTATTAAATGCCAGCCTCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACAGAACCTGACATATACTGTGTGCTTATTAAATGCCAGCCTCTAT  550

seq1  TATTAATAACGATATTAATGTAACTAGTCCAAAGCACTAGCAGGTGGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATAACGATATTAATGTAACTAGTCCAAAGCACTAGCAGGTGGTAT  600

seq1  CAGCACCTACCACATGAAAGCCAGTGTCTGCCTGTGCTCCTGGAGGGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCTACCACATGAAAGCCAGTGTCTGCCTGTGCTCCTGGAGGGATG  650

seq1  GACCGCTCACGACCTCTCAGGAAGTTCAATGTCAGAAACTGAGATGCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGCTCACGACCTCTCAGGAAGTTCAATGTCAGAAACTGAGATGCTGC  700

seq1  AGCTCTGCTCTGAGGTCCTGGCTTCCCACCCTAAGCAACCCCACAGCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGCTCTGAGGTCCTGGCTTCCCACCCTAAGCAACCCCACAGCTGA  750

seq1  CCCAGCCTGACCAAGCCTGACCCAGCACAGAGGGCCAAAATTCCTGCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCTGACCAAGCCTGACCCAGCACAGAGGGCCAAAATTCCTGCCAC  800

seq1  ATGGTCTCTGCACTCAAACCTCGTAGGAGGGTGAGCCGCACAGGTCTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTCTGCACTCAAACCTCGTAGGAGGGTGAGCCGCACAGGTCTCAT  850

seq1  CTGGCTCAGTGATTCAGCTACAGTCACCCAGCCCAGGGGCAGCAAACAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCAGTGATTCAGCTACAGTCACCCAGCCCAGGGGCAGCAAACAAC  900

seq1  GACTTCAGGCAGCTGCTGCACCCTGAGGGTCTGGCAAGTCCCTGACAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCAGGCAGCTGCTGCACCCTGAGGGTCTGGCAAGTCCCTGACAGCT  950

seq1  ATTTCTAACTCCCAAGTGCGTCCCCCTTTGATGACAGCTACTTCTGGACA  1000
      |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  ATTTCTAACT-CCAAGTGCGTCCCCC-TTGATGACAGCTACTTCT-GACA  997

seq1  CAGAGACAGAAC-ATGGGTGAAGCCTGAGACCACCCTTCCTTTCCTCTGA  1049
      |||||||||||| ||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||
seq2  CAGAGACAGAACAATGGGTG-AGGCTGAGACCA-CCTTTCTTTCCTCTGA  1045

seq1  GGCTGGGAACAGCCGCTTCTCCCAGAGGACTCAGAGGTCA-GAGCAGCCT  1098
       |||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||| |
seq2  -GCTGGG-ACAG-CGCTCCTCCCAGAGAACTCAGAAGTCAGGAGCAGCTT  1092

seq1  GAGAAGCAGGCCATGGGTTCGAATGTTTCTCTGG  1132
      | |||||||  ||| || |||||| |||||||||
seq2  G-GAAGCAG--CAT-GGATCGAAT-TTTCTCTGG  1121