BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306H03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 58,450,144 - 58,536,559
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGalnt5, A330104H05Rik, LOC667026, Pscdbp, LOC100042926, Acvr1c, LOC667062, Acvr1
Downstream geneLOC674940, Upp2, BC062650, Pkp4, LOC625354, 2310032F03Rik, LOC100038999, LOC100039016, Tanc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306H03.bB6Ng01-306H03.g
ACCGA099482GA099483
length1,1191,107
definitionB6Ng01-306H03.b B6Ng01-306H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,450,144 - 58,451,257)(58,535,439 - 58,536,559)
sequence
gaattcctagcctggcccccttccagttcgctctccctgctgtactctta
cagttgaagatgtgctctctcagaatctgctctagctgccatctctgcca
cttcctgctgtgcttctctgctctgatggactcttagctcttgggaactc
tgggcccaagtagactattctttctataatctggcatggtcacggtaact
caccacagcgatagaaatagtaacggatagggactgttcctcaaaaacaa
aacaagcaataagcaatcagacagacaaacaaacaaaagcctacaatcaa
gtcaatcaaaaaaatcgattagaggccgggcagtggtggtgcacgccttt
aatcccagcactcaggaatcagaggcaggcagatttctgagttagaggcc
agcctggtctacagagtgagttccaggacagccagggctatacagagaaa
gcctgtctcgaaaaacaaacaaacaaacaacaacaacagcaaatccatta
gaaacatcaggggacaggccctaagaactaggaagtctttattagattcc
tgatgcatgcttatagtctggaaactgtgaaagacatacagtaagtgaag
tcagaattgctagctttgaggagaatagcaccaatcaccaggtccttgga
aagggactaagaggaagaggttctagatacagtccaggtgtggagagaaa
cactgatggctagagaaaggacagcttcatacacagagcacatgagacat
tctgctgtctgtctagtctttctttaggggtgttttagtttgttcggggt
gccttagcaaaatacttcagcctgggcaatttataagcagcatacagata
tgtcttatagttttaggggctgggaagtctaggggcaagatgctttggcc
aagcttgctgtgtgattcgtgtaagatggcaccctctggttaagtcctca
catggctgaggagacaggagagcaccctctacttctttggtaataggaac
taattccatcatgatagaaaagccctcatgactaatattcccttctcaaa
gtacccacgtcacactaatcaatgcctaagatttcaatatatggatttat
tggagaaatgatttgcatc
gaattcagtcactgaaactaggcctttcctggacaactaaacacactgat
atacacagcttgaacttctgagtctcaaaaaatagaagaaccaaattcct
cctctttgtaaatgaccagccttcagtattttattgtagtaacatagatg
gactaaaattcctgaatatgaatgactccccatcaatagatacaaaggaa
agtttggatcaacttagcaatataagctgtaagaagtgtggaaagtatat
gctcataatatttaatttattaattgatatttaaataatgcattacataa
caatgttttctagaataattttgtttttttctctaaacactaagtaggct
tggctggcctcagactcccagatctgcctgcctttgccttatgaatgccc
taatgtgcctccatacccagaatgcgtttgtttgactcttaatgtcactg
tctctttatcacagtggctatgctatgagcacaatatgtcagaaacatag
aaagacatgtttgtgtctgtccatgatgtcacaatttattgaataataat
aaattcacacagcttaaaggtttcaatgactaatttgtcataagtgctgg
cactgtgtcagaggtaaatacatgttctttattccaatctaaattactaa
tattaactttcatattacagagaacatacacatataacacacacacatgc
atgtgcatacgcacgtatgtatgtatctatgtatgtatatgcatatgtat
ggttttgagaatgaatataagttaaagaggtcactgcagggttcaatcag
tttcaagatactgaggcagaaaagtaccaaaagagacctgctggtagacc
tgttagtagagatactggagtcaggtttgagagccaagctgcaaaatttg
tctacacgtgaaaggccaaacccagtctagagcaggagatggtgggtcaa
gtccaagtccagatgcatgacaggcagataccaagcagctgagtaagcta
tgtcacagagggggaactgagctgaacaggcatcagtgatacatctgttg
gataggtcctgcatgcagtatagtgttctgtcacatctggatctagagaa
gggagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_58450144_58451257
seq2: B6Ng01-306H03.b_43_1161

seq1  GAATTCCTAGCCTGGCCCCCTTCCAGTTCGCTCTCCCTGCTGTACTCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGCCTGGCCCCCTTCCAGTTCGCTCTCCCTGCTGTACTCTTA  50

seq1  CAGTTGAAGATGTGCTCTCTCAGAATCTGCTCTAGCTGCCATCTCTGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGAAGATGTGCTCTCTCAGAATCTGCTCTAGCTGCCATCTCTGCCA  100

seq1  CTTCCTGCTGTGCTTCTCTGCTCTGATGGACTCTTAGCTCTTGGGAACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGCTGTGCTTCTCTGCTCTGATGGACTCTTAGCTCTTGGGAACTC  150

seq1  TGGGCCCAAGTAGACTATTCTTTCTATAATCTGGCATGGTCACGGTAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCAAGTAGACTATTCTTTCTATAATCTGGCATGGTCACGGTAACT  200

seq1  CACCACAGCGATAGAAATAGTAACGGATAGGGACTGTTCCTCAAAAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAGCGATAGAAATAGTAACGGATAGGGACTGTTCCTCAAAAACAA  250

seq1  AACAAGCAATAAGCAATCAGACAGACAAACAAACAAAAGCCTACAATCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCAATAAGCAATCAGACAGACAAACAAACAAAAGCCTACAATCAA  300

seq1  GTCAATCAAAAAAATCGATTAGAGGCCGGGCAGTGGTGGTGCACGCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATCAAAAAAATCGATTAGAGGCCGGGCAGTGGTGGTGCACGCCTTT  350

seq1  AATCCCAGCACTCAGGAATCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTAGAGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGCACTCAGGAATCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTAGAGGCC  400

seq1  AGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAA  450

seq1  GCCTGTCTCGAAAAACAAACAAACAAACAACAACAACAGCAAATCCATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCTCGAAAAACAAACAAACAAACAACAACAACAGCAAATCCATTA  500

seq1  GAAACATCAGGGGACAGGCCCTAAGAACTAGGAAGTCTTTATTAGATTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATCAGGGGACAGGCCCTAAGAACTAGGAAGTCTTTATTAGATTCC  550

seq1  TGATGCATGCTTATAGTCTGGAAACTGTGAAAGACATACAGTAAGTGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCATGCTTATAGTCTGGAAACTGTGAAAGACATACAGTAAGTGAAG  600

seq1  TCAGAATTGCTAGCTTTGAGGAGAATAGCACCAATCACCAGGTCCTTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATTGCTAGCTTTGAGGAGAATAGCACCAATCACCAGGTCCTTGGA  650

seq1  AAGGGACTAAGAGGAAGAGGTTCTAGATACAGTCCAGGTGTGGAGAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACTAAGAGGAAGAGGTTCTAGATACAGTCCAGGTGTGGAGAGAAA  700

seq1  CACTGATGGCTAGAGAAAGGACAGCTTCATACACAGAGCACATGAGACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATGGCTAGAGAAAGGACAGCTTCATACACAGAGCACATGAGACAT  750

seq1  TCTGCTGTCTGTCTAGTCTTTCTTTAGGGGTGTTTTAGTTTGTTCGGGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGTCTGTCTAGTCTTTCTTTAGGGGTGTTTTAGTTTGTTCGGGGT  800

seq1  GCCTTAGCAAAATACTTCAGCCTGGGCAATTTATAAGCAGCATACAGATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAGCAAAATACTTCAGCCTGGGCAATTTATAAGCAGCATACAGATA  850

seq1  TGTCTTATAGTTTTAGGGGCTGGGAAGTCTAGGGGCAAGATGCTTTGGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTATAGTTTTAGGGGCTGGGAAGTCTAGGGGCAAGATGCTTTGGCC  900

seq1  AAGCTTGCTGTGTGATTCGTGTAAGATGGCACCCTCTGGTTAAGTCCTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGCTGTGTGATTCGTGTAAGATGGCACCCTCTGGTTAAGTCCTCA  950

seq1  CATGGCTGAGGAGACAGGAGAGCACCCTCTACCTTCTTTGGTAATAGGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTGAGGAGACAGGAGAGCACCCTCTA-CTTCTTTGGTAATAGGAA  999

seq1  CTAATTCCATCAATGATAGAAAAGCCCTCATGACTAAATATTCCC-TCTC  1049
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  CTAATTCCATC-ATGATAGAAAAGCCCTCATGACT-AATATTCCCTTCTC  1047

seq1  AAAGTACCCACGTCACACT-ATCATTG-CTAGGA-TTCAATATAT-GATT  1095
      ||||||||||||||||||| |||| || ||| || |||||||||| ||||
seq2  AAAGTACCCACGTCACACTAATCAATGCCTAAGATTTCAATATATGGATT  1097

seq1  --ATGGAGAAATGA-TTGCATC  1114
         ||||||||||| |||||||
seq2  TATTGGAGAAATGATTTGCATC  1119

seq1: chr2_58535439_58536559
seq2: B6Ng01-306H03.g_68_1174 (reverse)

seq1  GACTCCCTCTCCTAGATCCCAGAAGGTGACAGACACCTAATACTGCCATG  50
      ||||||||   |||||| |||| | |||||||| ||   |||||| ||| 
seq2  GACTCCCTTCTCTAGAT-CCAG-ATGTGACAGA-ACACTATACTG-CAT-  45

seq1  GCAGGGCCCTATCCCAACAGGATGTATCAACTTGATTGCCTGGTTCAGCT  100
      ||| || ||||| |||||| |||||||||   ||| ||||| ||||||||
seq2  GCA-GGACCTAT-CCAACA-GATGTATCA--CTGA-TGCCT-GTTCAGCT  88

seq1  CAGTCCCCTCCTGT-TGACATAGCTTACTCAGCTGCTTGGTATCTGCCCT  149
      |||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAGTTCCC-CCTCTGTGACATAGCTTACTCAGCTGCTTGGTATCTG-CCT  136

seq1  GTCATGCATCTGGACTTGGACTTGACCCACCATCTCCTGCTCTAGACTGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGCATCTGGACTTGGACTTGACCCACCATCTCCTGCTCTAGACTGG  186

seq1  GTTTGGCCTTTCACCTTGTAGACAAATTTTGCAGCTTGGCTCTCAAACCT  249
      ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGCCTTTCA-CGTGTAGACAAATTTTGCAGCTTGGCTCTCAAACCT  235

seq1  GACTCCAGTATCTCTACTAACAGGTCTACCAGCAGGTCTCTTTTGGTACT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCAGTATCTCTACTAACAGGTCTACCAGCAGGTCTCTTTTGGTACT  285

seq1  TTTCTGCCTCAGTATCTTGAAACTGATTGAACCCTGCAGTGACCTCTTTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCCTCAGTATCTTGAAACTGATTGAACCCTGCAGTGACCTCTTTA  335

seq1  ACTTATATTCATTCTCAAAACCATACATATGCATATACATACATAGATAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATATTCATTCTCAAAACCATACATATGCATATACATACATAGATAC  385

seq1  ATACATACGTGCGTATGCACATGCATGTGTGTGTGTTATATGTGTATGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACGTGCGTATGCACATGCATGTGTGTGTGTTATATGTGTATGTT  435

seq1  CTCTGTAATATGAAAGTTAATATTAGTAATTTAGATTGGAATAAAGAACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAATATGAAAGTTAATATTAGTAATTTAGATTGGAATAAAGAACA  485

seq1  TGTATTTACCTCTGACACAGTGCCAGCACTTATGACAAATTAGTCATTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTACCTCTGACACAGTGCCAGCACTTATGACAAATTAGTCATTGA  535

seq1  AACCTTTAAGCTGTGTGAATTTATTATTATTCAATAAATTGTGACATCAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTAAGCTGTGTGAATTTATTATTATTCAATAAATTGTGACATCAT  585

seq1  GGACAGACACAAACATGTCTTTCTATGTTTCTGACATATTGTGCTCATAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGACACAAACATGTCTTTCTATGTTTCTGACATATTGTGCTCATAG  635

seq1  CATAGCCACTGTGATAAAGAGACAGTGACATTAAGAGTCAAACAAACGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCCACTGTGATAAAGAGACAGTGACATTAAGAGTCAAACAAACGCA  685

seq1  TTCTGGGTATGGAGGCACATTAGGGCATTCATAAGGCAAAGGCAGGCAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGTATGGAGGCACATTAGGGCATTCATAAGGCAAAGGCAGGCAGA  735

seq1  TCTGGGAGTCTGAGGCCAGCCAAGCCTACTTAGTGTTTAGAGAAAAAAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGAGTCTGAGGCCAGCCAAGCCTACTTAGTGTTTAGAGAAAAAAAC  785

seq1  AAAATTATTCTAGAAAACATTGTTATGTAATGCATTATTTAAATATCAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATTCTAGAAAACATTGTTATGTAATGCATTATTTAAATATCAAT  835

seq1  TAATAAATTAAATATTATGAGCATATACTTTCCACACTTCTTACAGCTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATTAAATATTATGAGCATATACTTTCCACACTTCTTACAGCTTA  885

seq1  TATTGCTAAGTTGATCCAAACTTTCCTTTGTATCTATTGATGGGGAGTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTAAGTTGATCCAAACTTTCCTTTGTATCTATTGATGGGGAGTCA  935

seq1  TTCATATTCAGGAATTTTAGTCCATCTATGTTACTACAATAAAATACTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTCAGGAATTTTAGTCCATCTATGTTACTACAATAAAATACTGA  985

seq1  AGGCTGGTCATTTACAAAGAGGAGGAATTTGGTTCTTCTATTTTTTGAGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGTCATTTACAAAGAGGAGGAATTTGGTTCTTCTATTTTTTGAGA  1035

seq1  CTCAGAAGTTCAAGCTGTGTATATCAGTGTGTTTAGTTGTCCAGGAAAGG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAGTTCAAGCTGTGTATATCAGTGTGTTTAGTTGTCCAGGAAAGG  1085

seq1  CCTAGTTTCAGTGACTGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTTCAGTGACTGAATTC  1107