BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307A04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 115,228,214 - 115,420,920
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043232, LOC100043236, BC052040
Upstream geneAtpbd4, LOC100043219, LOC100043222
Downstream geneMrg1, G630016G05Rik, 2810405F15Rik, LOC433464
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307A04.bB6Ng01-307A04.g
ACCGA099896GA099897
length1,0991,085
definitionB6Ng01-307A04.b B6Ng01-307A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,228,214 - 115,229,312)(115,419,842 - 115,420,920)
sequence
gaattcttgtgaagggtcaacaagtgtattactgtctgtcctcaccttct
tgtgaccctgattttaaactgtacctcactgaagtcagaaaatagattac
agggttgcatttcagcagccaaatgttgggatgggatgcatctgaaacgt
gtaattatctcaagcaatgacaaatttacaactttttgatgtatttatgg
atacccacttttgttggtctttaatggtagaatttaaaggaaaaaaaatc
tagtaagctttttcttggataatgtttcagagttaagtgtcctaatactt
catgttgtgctgagtaaattctgttttatagtgttgtaataaatgatccc
acatatgcatagatgatggatgcagatatgtttatacttattatctaacc
atagatgtaaaacatagtgaagattcatattgatttacagtcttaagaaa
ataggaaaaatgtatatattaaagcacaacttggcaccacaattcattta
tatatatgtactataaaaattaagtgagaaacttctgaagaaatatgaag
tataaaatgaatccagcttgaaggaataagagacccactagtgctaaaga
cccacattcggatcagggactgaggaagagccaccgaccagcttaattca
acggagttacattatatgaatgggtaaaatgccacaaggaagccctttgc
tctgcataatcaagatatactaataataagactaataaagggtagtggaa
atctacttcccaaagaaaaagaacactcataaatataactaaaagattag
aaacaaatgggtaagaaaaaggtaaattttgaaatgaataggaaaacctc
aagaaaggctgagttttggagggtgtggtttgagcttgtgagcacttgcc
agaccacttgctaactttaggaactgaccttctgaagaccactttccacc
aggagatgcctatctcgtttttatctccctgccttgagggggaaaaatac
ccttgccacagaacttagcatgccagtaaaatttaagttaaattcatctg
gcttgatggaaataattagaatcactagtgtgaaaggcaatggtgggga

gaattcaatcagacacaccgttaacacacaaatcaccttcctatcaattt
gagaagtgctccttaggttctcagactgcaggtttcgaccgcttggaggt
ttgcatatcagatattctgcacatcagatatttacattataatttataac
agtagcaaaattacggttataaagtagcagcaaaataattttatggttgg
ggtcagcacagcaagaggaactgtattaaagggtcacagcatttggaaga
ttgagaatctcaaaactaaagggaaatgatcataatgttaaaagctgagg
cttatctcatgtaattattttcttgatgccttaagtactgttcatacaac
attgctgtttgggggaagaaaagcaacagaatatgacatcaagatttcgt
cgcaatttacaaggaggaggaggagaaggaagaatgaactaaggctgctg
ttaggcaaattcttttcgcttctattttctaagtctaatgactacaactc
taaaaagcactgcaagaaacacccttgaatagataacagtaacaataacg
agctctgtggtagctagggtatcaaggcttgtgttatgtatgttacatat
tctcatttgaattggtaatgatttcatttcataaataaaggtctttcatc
aagggaggtagagacccatcataggttacctggcaaggaattcaagaact
cacatctgtatgtttattttcaggaatcaagttctttaaaccaacatatt
taaatctttaaaaaattctcacagcctcgttgggtatgtggtaatagggt
ttgggcccataatttataaaattatatataattaaccaagcaggcaaagc
taagtaaaccaacaaaggtctagccaggctacaactctccaactcagtag
cacacccagctggaactctggtgggcccactcccaatggattcccttttg
tcactttacaatgtacaatcttgccccatagacttaaaaaaataccatta
ttatgtttcatgatgtatccatgtaggtgtacctgtacatgtgtaatgtg
ttatgtgctagtccaggccagatgttgacactgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_115228214_115229312
seq2: B6Ng01-307A04.b_46_1144

seq1  GAATTCTTGTGAAGGGTCAACAAGTGTATTACTGTCTGTCCTCACCTTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTGAAGGGTCAACAAGTGTATTACTGTCTGTCCTCACCTTCT  50

seq1  TGTGACCCTGATTTTAAACTGTACCTCACTGAAGTCAGAAAATAGATTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCCTGATTTTAAACTGTACCTCACTGAAGTCAGAAAATAGATTAC  100

seq1  AGGGTTGCATTTCAGCAGCCAAATGTTGGGATGGGATGCATCTGAAACGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGCATTTCAGCAGCCAAATGTTGGGATGGGATGCATCTGAAACGT  150

seq1  GTAATTATCTCAAGCAATGACAAATTTACAACTTTTTGATGTATTTATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTATCTCAAGCAATGACAAATTTACAACTTTTTGATGTATTTATGG  200

seq1  ATACCCACTTTTGTTGGTCTTTAATGGTAGAATTTAAAGGAAAAAAAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCACTTTTGTTGGTCTTTAATGGTAGAATTTAAAGGAAAAAAAATC  250

seq1  TAGTAAGCTTTTTCTTGGATAATGTTTCAGAGTTAAGTGTCCTAATACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGCTTTTTCTTGGATAATGTTTCAGAGTTAAGTGTCCTAATACTT  300

seq1  CATGTTGTGCTGAGTAAATTCTGTTTTATAGTGTTGTAATAAATGATCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGTGCTGAGTAAATTCTGTTTTATAGTGTTGTAATAAATGATCCC  350

seq1  ACATATGCATAGATGATGGATGCAGATATGTTTATACTTATTATCTAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGCATAGATGATGGATGCAGATATGTTTATACTTATTATCTAACC  400

seq1  ATAGATGTAAAACATAGTGAAGATTCATATTGATTTACAGTCTTAAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGTAAAACATAGTGAAGATTCATATTGATTTACAGTCTTAAGAAA  450

seq1  ATAGGAAAAATGTATATATTAAAGCACAACTTGGCACCACAATTCATTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAAAATGTATATATTAAAGCACAACTTGGCACCACAATTCATTTA  500

seq1  TATATATGTACTATAAAAATTAAGTGAGAAACTTCTGAAGAAATATGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGTACTATAAAAATTAAGTGAGAAACTTCTGAAGAAATATGAAG  550

seq1  TATAAAATGAATCCAGCTTGAAGGAATAAGAGACCCACTAGTGCTAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATGAATCCAGCTTGAAGGAATAAGAGACCCACTAGTGCTAAAGA  600

seq1  CCCACATTCGGATCAGGGACTGAGGAAGAGCCACCGACCAGCTTAATTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATTCGGATCAGGGACTGAGGAAGAGCCACCGACCAGCTTAATTCA  650

seq1  ACGGAGTTACATTATATGAATGGGTAAAATGCCACAAGGAAGCCCTTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAGTTACATTATATGAATGGGTAAAATGCCACAAGGAAGCCCTTTGC  700

seq1  TCTGCATAATCAAGATATACTAATAATAAGACTAATAAAGGGTAGTGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATAATCAAGATATACTAATAATAAGACTAATAAAGGGTAGTGGAA  750

seq1  ATCTACTTCCCAAAGAAAAAGAACACTCATAAATATAACTAAAAGATTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTTCCCAAAGAAAAAGAACACTCATAAATATAACTAAAAGATTAG  800

seq1  AAACAAATGGGTAAGAAAAAGGTAAATTTTGAAATGAATAGGAAAACCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATGGGTAAGAAAAAGGTAAATTTTGAAATGAATAGGAAAACCTC  850

seq1  AAGAAAGGCTGAGTTTTGGAGGGTGTGGTTTGAGCTTGTGAGCACTTGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGGCTGAGTTTTGGAGGGTGTGGTTTGAGCTTGTGAGCACTTGCC  900

seq1  AGACCACTTGCTAACTTTAGGAACTGACCTTCTGAAGACCACTTTCCACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCACTTGCTAACTTTAGGAACTGACCTTCTGAAGACCACTTTCCACC  950

seq1  AGGGAGATGCCTATCTCGTTTTTATCTCCCTGCCTTGAGGGGGAAAAATA  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GGAGATGCCTATCTCGTTTTTATCTCCCTGCCTTGAGGGGGAAAAATA  999

seq1  -CCTTGCCACAGAACTTAGCATGCCAGTAAAATTTAAGTTTAAAATTCAT  1049
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  CCCTTGCCACAGAACTTAGCATGCCAGTAAAATTTAAGTT--AAATTCAT  1047

seq1  CTGGCTTGATGG-AATAA-TAGAATCACTAGTGTGAAAGGGCAAT-GTGG  1096
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  CTGGCTTGATGGAAATAATTAGAATCACTAGTGTGAAA-GGCAATGGTGG  1096

seq1  GGA  1099
      |||
seq2  GGA  1099


seq1: chr2_115419842_115420920
seq2: B6Ng01-307A04.g_68_1152 (reverse)

seq1  ATCAGTGTCAACCTCAGGCCTTGAC--ACACA-AACACA-TACACATGTA  46
      |||||||||||| || ||||| |||   |||| |||||| ||||||||||
seq2  ATCAGTGTCAACATCTGGCCTGGACTAGCACATAACACATTACACATGTA  50

seq1  CAGGTACACC-ACAT-GATACATACATGAAA-ATAATAAT-GTATTTTTT  92
      |||||||||| |||| ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||
seq2  CAGGTACACCTACATGGATACAT-CATGAAACATAATAATGGTATTTTTT  99

seq1  TAAGTCTATGGGGCAAGATTGTACATTGTAAAGTGACAAAA-GGAATCCA  141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TAAGTCTATGGGGCAAGATTGTACATTGTAAAGTGACAAAAGGGAATCCA  149

seq1  TTGGGAGTGGGCCCACCAGAGTTCCAGCTGGGTGTGCTACTGAGTTTGGA  191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGGGAGTGGGCCCACCAGAGTTCCAGCTGGGTGTGCTACTGAG-TTGGA  198

seq1  GAGTTGTAGCCTGGCCTAGACCTTTGTTGGTTTACTTAGCTTTGCCTGCT  241
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTAGCCTGG-CTAGACCTTTGTTGGTTTACTTAGCTTTGCCTGCT  247

seq1  TGGTTAATTATATATAATTTTATAAATTATGGGCCCAAACCCTATTACCA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAATTATATATAATTTTATAAATTATGGGCCCAAACCCTATTACCA  297

seq1  CATACCCAACGAGGCTGTGAGAATTTTTTAAAGATTTAAATATGTTGGTT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCCAACGAGGCTGTGAGAATTTTTTAAAGATTTAAATATGTTGGTT  347

seq1  TAAAGAACTTGATTCCTGAAAATAAACATACAGATGTGAGTTCTTGAATT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAACTTGATTCCTGAAAATAAACATACAGATGTGAGTTCTTGAATT  397

seq1  CCTTGCCAGGTAACCTATGATGGGTCTCTACCTCCCTTGATGAAAGACCT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCAGGTAACCTATGATGGGTCTCTACCTCCCTTGATGAAAGACCT  447

seq1  TTATTTATGAAATGAAATCATTACCAATTCAAATGAGAATATGTAACATA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATGAAATGAAATCATTACCAATTCAAATGAGAATATGTAACATA  497

seq1  CATAACACAAGCCTTGATACCCTAGCTACCACAGAGCTCGTTATTGTTAC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACACAAGCCTTGATACCCTAGCTACCACAGAGCTCGTTATTGTTAC  547

seq1  TGTTATCTATTCAAGGGTGTTTCTTGCAGTGCTTTTTAGAGTTGTAGTCA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCTATTCAAGGGTGTTTCTTGCAGTGCTTTTTAGAGTTGTAGTCA  597

seq1  TTAGACTTAGAAAATAGAAGCGAAAAGAATTTGCCTAACAGCAGCCTTAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTTAGAAAATAGAAGCGAAAAGAATTTGCCTAACAGCAGCCTTAG  647

seq1  TTCATTCTTCCTTCTCCTCCTCCTCCTTGTAAATTGCGACGAAATCTTGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCTTCCTTCTCCTCCTCCTCCTTGTAAATTGCGACGAAATCTTGA  697

seq1  TGTCATATTCTGTTGCTTTTCTTCCCCCAAACAGCAATGTTGTATGAACA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATATTCTGTTGCTTTTCTTCCCCCAAACAGCAATGTTGTATGAACA  747

seq1  GTACTTAAGGCATCAAGAAAATAATTACATGAGATAAGCCTCAGCTTTTA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTAAGGCATCAAGAAAATAATTACATGAGATAAGCCTCAGCTTTTA  797

seq1  ACATTATGATCATTTCCCTTTAGTTTTGAGATTCTCAATCTTCCAAATGC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATGATCATTTCCCTTTAGTTTTGAGATTCTCAATCTTCCAAATGC  847

seq1  TGTGACCCTTTAATACAGTTCCTCTTGCTGTGCTGACCCCAACCATAAAA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCCTTTAATACAGTTCCTCTTGCTGTGCTGACCCCAACCATAAAA  897

seq1  TTATTTTGCTGCTACTTTATAACCGTAATTTTGCTACTGTTATAAATTAT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGCTGCTACTTTATAACCGTAATTTTGCTACTGTTATAAATTAT  947

seq1  AATGTAAATATCTGATGTGCAGAATATCTGATATGCAAACCTCCAAGCGG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAATATCTGATGTGCAGAATATCTGATATGCAAACCTCCAAGCGG  997

seq1  TCGAAACCTGCAGTCTGAGAACCTAAGGAGCACTTCTCAAATTGATAGGA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAACCTGCAGTCTGAGAACCTAAGGAGCACTTCTCAAATTGATAGGA  1047

seq1  AGGTGATTTGTGTGTTAACGGTGTGTCTGATTGAATTC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATTTGTGTGTTAACGGTGTGTCTGATTGAATTC  1085


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |