BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308A16
Chromosome2 (Build37)
Map Location 161,330,240 - 161,503,023
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprt
Upstream geneLOC100043892, Top1, Plcg1, Zhx3, Lpin3, Emilin3, Chd6, LOC100043693, LOC100043694, LOC383769, LOC629655, LOC383770
Downstream geneLOC100043895
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308A16.bB6Ng01-308A16.g
ACCGA100646GA100647
length1,1901,108
definitionB6Ng01-308A16.b B6Ng01-308A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(161,330,240 - 161,331,417)(161,501,933 - 161,503,023)
sequence
gaattctagccttttcagaaacagtcactaatgcgctggttccctcaggg
tgtgaggtggataagaagagatgctgaatatggacatggtggcatatacc
tgcaacctcagggagccagaggcagggaagttgagagttcaaaggcagtt
tcagctctatagtaagatgaaaccaggttaggctacaggaggccccatct
ttttttttttaaattgggtatgtatttcatttacatttcaatgctatccc
aaaagtccccacacgctcccccacccacccactcccacttcttggccctg
tcgttaccctgtactgaggcatataaagtttgcatgaccaatgggcctct
ctttccactgatggccgactaggccattttctgattcatattcagctaga
gacacgagctccaggggggtactggttagttcatattgttgctcaaccta
taggattgcagatccctttagctccttgggtactttctctagctcctcca
ttgggagccctgtgatccatccaatagctgactgtgagcatccacttctg
tgtttgctagaccccagcatagtctcacaagagacagctctacctgggtc
ttttcagcaaaatcttgctagtgtatgcagtagtgtcagtgtttggaagc
tgattatgggatggatccctggatatggcagtaggaggccccatcttaaa
acaaaacaaaagcaaagaccgcaaataagtaaaactaatagatgccctcc
aagtcaggggctgcagcttgcttccgtggacaactgagcatcgaggcaca
tcacctggcagggacttgtctgaagacaagatgtgactgtctgtctcctt
cttttctcttttcctcaaaagtcaccttagacacttagactgtggtaaag
gaagctttggagaaacatccctcccacaaccagcctatagcacttttcct
gagcctttcacagagcaggttgcagaagggtgggagtgaactgaaggctt
cttagatttccatccttgaataattctttattctctggtaaaaggtttaa
accaaccaaccaaacaaatcacactgaactgtgctggttccagtctatgc
tttcacaatccaagattagatcaccccagactattacctccttacctttt
gtgtttacagttatgcaagcgtgatgggtcctcaaggctt
gaattcaaactagaaacattgtattcaaggttgcatgtcacaattataaa
tgcatgaaattaatgaaagctgtcacagtgagatagatataaatgcagta
gtctagatcctgtgtacagataaatttggtgagggagtgctattgaagga
tgctttattgtttacgttattggattagagttgaaccatattagtcatga
ataccaaacagagccaatctataagccagagctctgtcactttaatcagg
gaaaatacaaagtaactatttctcctccagagatcagaaacgatgtttat
tccatactttcaagtttacacctaaacataagcttccatgccaaccaggt
attaatgatgccttaaagcatataaacatctggctaggcttctaaatgtt
tctactctacaattgagtttgaatgctacaaagatgataaagggaaatgt
gtgggctgtctgctgatggagaggagtatctgaaatgtgggtagagaaga
tgctctcatgtggtcaaatcctcagatcccctttctagaaggatggtctt
agtcacccagaatagagacttctggactgtccttttcaggactttctgtt
tgatgttgcccctccaggtgtatctagtagccccatggggtatatagtag
tcaacatagggttgtcaaagccaccctggctcccatgggggttgctttaa
gtcatcactgtgactacatcactatttgatttcttctaccctcttcttga
cagggcaagcctgtcagtctccctgagtctcattacaaaacactgtctgc
gccactcccattggctcatatgtaatttggccactagagacaaatgggtt
taagtatgttctgtgcctttccctagagcatgcttttctttcatagcctt
atgagcactttggtgaatcaagccaatttaaggtaatttcctttccttcc
ctcgttaggtgggtagaactctaaagaattcctttcttaagaatattttt
cttcaataggcatttgttgtctgtgctgaatatgagaccatggagtcatt
gctttatagccttactgagagagaattcaaatatatcccagatggagact
tacagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_161330240_161331417
seq2: B6Ng01-308A16.b_48_1237

seq1  GAATTCTAGCCTTTTCAGAAACAGTCACTAATGCGCTGGTTCCCTCAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGCCTTTTCAGAAACAGTCACTAATGCGCTGGTTCCCTCAGGG  50

seq1  TGTGAGGTGGATAAGAAGAGATGCTGAATATGGACATGGTGGCATATACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGTGGATAAGAAGAGATGCTGAATATGGACATGGTGGCATATACC  100

seq1  TGCAACCTCAGGGAGCCAGAGGCAGGGAAGTTGAGAGTTCAAAGGCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACCTCAGGGAGCCAGAGGCAGGGAAGTTGAGAGTTCAAAGGCAGTT  150

seq1  TCAGCTCTATAGTAAGATGAAACCAGGTTAGGCTACAGGAGGCCCCATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCTATAGTAAGATGAAACCAGGTTAGGCTACAGGAGGCCCCATCT  200

seq1  TTTTTTTTTTAAATTGGGTATGTATTTCATTTACATTTCAATGCTATCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTAAATTGGGTATGTATTTCATTTACATTTCAATGCTATCCC  250

seq1  AAAAGTCCCCACACGCTCCCCCACCCACCCACTCCCACTTCTTGGCCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCCCCACACGCTCCCCCACCCACCCACTCCCACTTCTTGGCCCTG  300

seq1  TCGTTACCCTGTACTGAGGCATATAAAGTTTGCATGACCAATGGGCCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTACCCTGTACTGAGGCATATAAAGTTTGCATGACCAATGGGCCTCT  350

seq1  CTTTCCACTGATGGCCGACTAGGCCATTTTCTGATTCATATTCAGCTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCACTGATGGCCGACTAGGCCATTTTCTGATTCATATTCAGCTAGA  400

seq1  GACACGAGCTCCAGGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGCTCAACCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACGAGCTCCAGGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGCTCAACCTA  450

seq1  TAGGATTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCA  500

seq1  TTGGGAGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGCCCTGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTG  550

seq1  TGTTTGCTAGACCCCAGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTCTACCTGGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCTAGACCCCAGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTCTACCTGGGTC  600

seq1  TTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGTATGCAGTAGTGTCAGTGTTTGGAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGTATGCAGTAGTGTCAGTGTTTGGAAGC  650

seq1  TGATTATGGGATGGATCCCTGGATATGGCAGTAGGAGGCCCCATCTTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATGGGATGGATCCCTGGATATGGCAGTAGGAGGCCCCATCTTAAA  700

seq1  ACAAAACAAAAGCAAAGACCGCAAATAAGTAAAACTAATAGATGCCCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAAAAGCAAAGACCGCAAATAAGTAAAACTAATAGATGCCCTCC  750

seq1  AAGTCAGGGGCTGCAGCTTGCTTCCGTGGACAACTGAGCATCGAGGCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGGGGCTGCAGCTTGCTTCCGTGGACAACTGAGCATCGAGGCACA  800

seq1  TCACCTGGCAGGGACTTGTCTGAAGACAAGATGTGACTGTCTGTCTCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGGCAGGGACTTGTCTGAAGACAAGATGTGACTGTCTGTCTCCTT  850

seq1  C-TTTCTC-TTTCCTCAAAAGTCACC-TAGACACTTAGACTGTGGTAAAG  897
      | |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTCTTTTCCTCAAAAGTCACCTTAGACACTTAGACTGTGGTAAAG  900

seq1  GAAGCTTTGGAGAAACATCCCT-CCAC-ACCAG-CTATAGCACTTTTCCT  944
      |||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTTGGAGAAACATCCCTCCCACAACCAGCCTATAGCACTTTTCCT  950

seq1  GAGCCTTTCACAGAGCAGGTTGCAGAAGGGT-GGAGTGAACTG-AGGC-T  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |
seq2  GAGCCTTTCACAGAGCAGGTTGCAGAAGGGTGGGAGTGAACTGAAGGCTT  1000

seq1  CTTAGATTTCCATCCTTTGATAATCTTTTATTCTTCTGTAAAGGGTTTAA  1041
      |||||||||||||||||  |||||  ||||||||   ||||| |||||||
seq2  CTTAGATTTCCATCCTTGAATAATTCTTTATTCTCTGGTAAAAGGTTTAA  1050

seq1  AACAAACAAACAAACAAA-CACACTG-ACTGTGCTGTTTCCAGTTCTTAT  1089
      | ||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||   |||
seq2  ACCAACCAACCAAACAAATCACACTGAACTGTGCTGGTTCCAGT--CTAT  1098

seq1  GCTTTCAC-ATCC-AGATTAGATCAACCCAGACTATCACCTCCTTCACTT  1137
      |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| || |
seq2  GCTTTCACAATCCAAGATTAGATCACCCCAGACTATTACCTCCTT-ACCT  1147

seq1  TTTGT-TTTACATTTATGCAAAGCTGA-GTGTCCTCAAAGCTT  1178
      ||||| |||||| ||||||||   ||| | |||||||| ||||
seq2  TTTGTGTTTACAGTTATGCAAGCGTGATGGGTCCTCAAGGCTT  1190

seq1: chr2_161501933_161503023
seq2: B6Ng01-308A16.g_70_1177 (reverse)

seq1  TTTCTGT-AGTCT-CATCTGGGATATATTTGGA-TCTCTCTCAGGTAGGG  47
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||| ||
seq2  TTTCTGTAAGTCTCCATCTGGGATATATTTGAATTCTCTCTCA-GTAAGG  49

seq1  CTATATAGCAATGGCTCCATGGTCTTCATA-TCAGCACAGACAACAAATG  96
      ||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAGCAATGACTCCATGGTC-TCATATTCAGCACAGACAACAAATG  98

seq1  CCTA-TGAAGAAAATTAT--CTAAGAAAGG-ATTCTTTAGAG-TCTACCC  141
      |||| ||||||||| |||   ||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  CCTATTGAAGAAAAATATTCTTAAGAAAGGAATTCTTTAGAGTTCTACCC  148

seq1  ACTAAACGAGGG-AGGAA--GGAATTACCTT-AATTGGC-TGATTCA-CA  185
      ||  |||||||| |||||  | ||||||||| ||||||| ||||||| ||
seq2  ACCTAACGAGGGAAGGAAAGGAAATTACCTTAAATTGGCTTGATTCACCA  198

seq1  AAGTGCTCAT-AGGCTATGAA--GAAAGCATGCTCTAGGGAAAGGCACAG  232
      |||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTCATAAGGCTATGAAAGAAAAGCATGCTCTAGGGAAAGGCACAG  248

seq1  AACATACTTAAACCCATTTGTCTCTAGTGGCCAAATTACATATGAGCCAA  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACTTAAACCCATTTGTCTCTAGTGGCCAAATTACATATGAGCCAA  298

seq1  TGGGAGTGGCGCAGACAGTGTTTTGTAATGAGACTCAGGGAGACTGACAG  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTGGCGCAGACAGTGTTTTGTAATGAGACTCAGGGAGACTGACAG  348

seq1  GCTTGCCCTGTCAAGAAGAGGGTAGAAGAAATCAAATAGTGATGTAGTCA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCCTGTCAAGAAGAGGGTAGAAGAAATCAAATAGTGATGTAGTCA  398

seq1  CAGTGATGACTTAAAGCAA-CCCCATGGGAGCCAGGGTGGCTTTGACAAC  431
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATGACTTAAAGCAACCCCCATGGGAGCCAGGGTGGCTTTGACAAC  448

seq1  CCTATGTTGACTACTATATACCCCATGGGGCTACTAGATACACCTGGAGG  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTTGACTACTATATACCCCATGGGGCTACTAGATACACCTGGAGG  498

seq1  GGCAACATCAAACAGAAAGTCCTGAAAAGGACAGTCCAGAAGTCTCTATT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACATCAAACAGAAAGTCCTGAAAAGGACAGTCCAGAAGTCTCTATT  548

seq1  CTGGGTGACTAAGACCATCCTTCTAGAAAGGGGATCTGAGGATTTGACCA  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGACTAAGACCATCCTTCTAGAAAGGGGATCTGAGGATTTGACCA  598

seq1  CATGAGAGCATCTTCTCTACCCACATTTCAGATACTCCTCTCCATCAGCA  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGAGCATCTTCTCTACCCACATTTCAGATACTCCTCTCCATCAGCA  648

seq1  GACAGCCCACACATTTCCCTTTATCATCTTTGTAGCATTCAAACTCAATT  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCCACACATTTCCCTTTATCATCTTTGTAGCATTCAAACTCAATT  698

seq1  GTAGAGTAGAAACATTTAGAAGCCTAGCCAGATGTTTATATGCTTTAAGG  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGTAGAAACATTTAGAAGCCTAGCCAGATGTTTATATGCTTTAAGG  748

seq1  CATCATTAATACCTGGTTGGCATGGAAGCTTATGTTTAGGTGTAAACTTG  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTAATACCTGGTTGGCATGGAAGCTTATGTTTAGGTGTAAACTTG  798

seq1  AAAGTATGGAATAAACATCGTTTCTGATCTCTGGAGGAGAAATAGTTACT  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATGGAATAAACATCGTTTCTGATCTCTGGAGGAGAAATAGTTACT  848

seq1  TTGTATTTTCCCTGATTAAAGTGACAGAGCTCTGGCTTATAGATTGGCTC  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTTCCCTGATTAAAGTGACAGAGCTCTGGCTTATAGATTGGCTC  898

seq1  TGTTTGGTATTCATGACTAATATGGTTCAACTCTAATCCAATAACGTAAA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTATTCATGACTAATATGGTTCAACTCTAATCCAATAACGTAAA  948

seq1  CAATAAAGCATCCTTCAATAGCACTCCCTCACCAAATTTATCTGTACACA  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAGCATCCTTCAATAGCACTCCCTCACCAAATTTATCTGTACACA  998

seq1  GGATCTAGACTACTGCATTTATATCTATCTCACTGTGACAGCTTTCATTA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTAGACTACTGCATTTATATCTATCTCACTGTGACAGCTTTCATTA  1048

seq1  ATTTCATGCATTTATAATTGTGACATGCAACCTTGAATACAATGTTTCTA  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATGCATTTATAATTGTGACATGCAACCTTGAATACAATGTTTCTA  1098

seq1  GTTTGAATTC  1091
      ||||||||||
seq2  GTTTGAATTC  1108