BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312F02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 134,583,258 - 134,715,533
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433478, Plcb1
Upstream geneHao1, Txndc13, LOC627897
Downstream geneLOC100043487, LOC100043786, LOC100043788, Plcb4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312F02.bB6Ng01-312F02.g
ACCGA103816GA103817
length1,1101,110
definitionB6Ng01-312F02.b B6Ng01-312F02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(134,583,258 - 134,584,383)(134,714,429 - 134,715,533)
sequence
gaattcaagtccagctatctactaaaacatattttatatatagcattgca
atagactagaggtataaatattgaaaagaatattctttcatgtggataga
tacgatatccaacaaagtagattaaatcatgtaataataatataaataat
aaatatataatgatatactataatatatatgcagtataacattaaggata
ataatgaagttgcagagaaaatcactatatgacatacgtattaacaaagc
atcagtcttcgaagaattcttagaaatttgcaacgaaaagtcacccaaca
aaagaactactaaagaatgaaaacaaagcagatagaactggaaagagatc
agagccatgtttgttattggagacaacaaatccatgctgcagcaattgat
agacaaaacaggcggcaagctagcaagcataaataaaaactcaaccacac
tgttagccaacaggatataaatagcatttgtatatcaacctctccattag
cagaatacatattcatttcaagcaccaagggaaataaaccattgagacca
tatcctggtctacgacaacaaaaacctcaacaattgtgatgcagcatgtt
ctaaccacataagatgcaaaaacatttagcaaaaagtaaacaggaaaatc
tccaagcaagaaagaggagctaaagcaacatgcctctatatgatgatatg
atgtacagggcaaagagaaagattcaagataattctttcaaacactctga
gacaggagctcttgttccttatgtctttctgaaagaacacctctccctga
aggctgtgtgtgagagtatgaatacaaactaatcccttgtggggacagct
tgggaattgagtctccagattttcacggtaaaaataggttgcgtttccca
tttttgactagtttcctcaataattttagggtctgaactcttgatgtagg
ggctgttacatagtagctttggaggccactgagctgcctatcagagccct
attggaggtcctttaggaaagctatttttatctggtcaagatgatctact
ctggcttgggtgaggacattcactctgatcttcgaagattgtacatctat
atcattgttg

gaattcctgttgcataaaggaagtgccatacaatgcaaacaggatagtgt
gaacaagaatattctagaatggttaggtccaaaggataagaacactcata
gcattcactgtaggagattatataaccaccctgcatactaatttcaccat
ggaaatactttatcctatcaaactgatactaataagttatgcctatgatc
atgcataaagttgttgctttcataaacatctcttctcagagatccctatg
acaggagtaaatggaagaatgggagagttaaccaaatgaaagaacagttg
gccttggtgtgctaatgagagaaggaaaatcagagggacagcgagaatgg
tgtgatggcactgcttacacgtgaaactgctatttagcaaatgaacttga
ccttgattctaacattttattggatcagtagatacagttagccattttgt
ctaccaacagtatatagatcattgaaatgatgtatcaagatcttgtattg
gtagctattttggctatgacgctgattctacccccactagaatcacaggt
ttgtcacaggagaaaccaacagcttcccatcatttgaaagtcataggtag
aagcacattacagaattgaaaagtcatgctttcacggaacactaaaacca
gcacgcaaggtttccacaggtggccatgtttgctgaggcaatagaatttg
gagattcccaagaacttcctataagtttctttaaatttttagcctttaaa
aaaattttaagtttatagtccaaacatttttctcttctctttccctttgc
caaactccacgtaaataagctcctgctgtcttttaaatccatggtcacat
tatattaattttttgttgcatgcatatatacacatatataatgtatagaa
tgaatatattatgaatatatacatatatatatattcataagtataaccac
tcagtctgtataatgttacttgtataatatgttttcaaggatgaacattt
ggcatttggataaccaatttggtgttatactttccatgagactaatatcc
tctgatctcagcatccactagctgcctttagttattttgttgtagggatt
gagacccttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_134583258_134584383
seq2: B6Ng01-312F02.b_46_1155

seq1  GAATTCAAGTCCAGCTATCTACTAAAACATATTTTATATATAGCATTGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCCAGCTATCTACTAAAACATATTTTATATATAGCATTGCA  50

seq1  ATAGACTAGAGGTATAAATATTGAAAAGAATATTCTTTCATGTGGATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTAGAGGTATAAATATTGAAAAGAATATTCTTTCATGTGGATAGA  100

seq1  TACGATATCCAACAAAGTAGATTAAATCATGTAATAATAATATAAATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGATATCCAACAAAGTAGATTAAATCATGTAATAATAATATAAATAAT  150

seq1  AAATATATAATGATATACTATAATATATATGCAGTATAACATTAAGGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATAATGATATACTATAATATATATGCAGTATAACATTAAGGATA  200

seq1  ATAATGAAGTTGCAGAGAAAATCACTATATGACATACGTATTAACAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAAGTTGCAGAGAAAATCACTATATGACATACGTATTAACAAAGC  250

seq1  ATCAGTCTTCGAAGAATTCTTAGAAATTTGCAACGAAAAGTCACCCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCTTCGAAGAATTCTTAGAAATTTGCAACGAAAAGTCACCCAACA  300

seq1  AAAGAACTACTAAAGAATGAAAACAAAGCAGATAGAACTGGAAAGAGATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACTACTAAAGAATGAAAACAAAGCAGATAGAACTGGAAAGAGATC  350

seq1  AGAGCCATGTTTGTTATTGGAGACAACAAATCCATGCTGCAGCAATTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCATGTTTGTTATTGGAGACAACAAATCCATGCTGCAGCAATTGAT  400

seq1  AGACAAAACAGGCGGCAAGCTAGCAAGCATAAATAAAAACTCAACCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAACAGGCGGCAAGCTAGCAAGCATAAATAAAAACTCAACCACAC  450

seq1  TGTTAGCCAACAGGATATAAATAGCATTTGTATATCAACCTCTCCATTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGCCAACAGGATATAAATAGCATTTGTATATCAACCTCTCCATTAG  500

seq1  CAGAATACATATTCATTTCAAGCACCAAGGGAAATAAACCATTGAGACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATACATATTCATTTCAAGCACCAAGGGAAATAAACCATTGAGACCA  550

seq1  TATCCTGGTCTACGACAACAAAAACCTCAACAATTGTGATGCAGCATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGGTCTACGACAACAAAAACCTCAACAATTGTGATGCAGCATGTT  600

seq1  CTAACCACATAAGATGCAAAAACATTTAGCAAAAAGTAAACAGGAAAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCACATAAGATGCAAAAACATTTAGCAAAAAGTAAACAGGAAAATC  650

seq1  TCCAAGCAAGAAAGAGGAGCTAAAGCAACATGCCTCTATATGATGATATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCAAGAAAGAGGAGCTAAAGCAACATGCCTCTATATGATGATATG  700

seq1  ATGTACAGGGCAAAGAGAAAGATTCAAGATAATTCTTTCAAACACTCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACAGGGCAAAGAGAAAGATTCAAGATAATTCTTTCAAACACTCTGA  750

seq1  GACAGGAGCTCTTGTTCCTTATGTCTTTCTGAAAGAACACCTCTCCCTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGAGCTCTTGTTCCTTATGTCTTTCTGAAAGAACACCTCTCCCTGA  800

seq1  AGGCTGTGTGTGAGAGTATGAATACAAACTAATCCCTTGTGGGGACAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTGTGTGAGAGTATGAATACAAACTAATCCCTTGTGGGGACAGCT  850

seq1  TGGGAATTGAGTCTCCAGATTTTCAGGGTAAAAATAGGTTGCGTTTCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATTGAGTCTCCAGATTTTCACGGTAAAAATAGGTTGCGTTTCCCA  900

seq1  TTTTTGACTAGTTTCCTCAATAATTTTAGGGTCTGAACTCTTGATGTAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGACTAGTTTCCTCAATAATTTTAGGGTCTGAACTCTTGATGTAGG  950

seq1  GGCTGTTACAATAGTAGCTTTGGAGGCCACTGAGGCTGCCTATCAGAGCC  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTAC-ATAGTAGCTTTGGAGGCCACTGA-GCTGCCTATCAGAGCC  998

seq1  CTATTGGAGGTCCTTTAAGGAAAAGCTATTTTATCCTGGTCAAAAGAATG  1050
      |||||||||||||||||  | |||||||||||   ||||||||    |||
seq2  CTATTGGAGGTCCTTTA--GGAAAGCTATTTTTATCTGGTCAA---GATG  1043

seq1  GAATCTACTCTGGCTTTGGGTGAGGACATTTCACTCTGATCTTTTCCAAA  1100
        |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||   | ||
seq2  --ATCTACTCTGGC-TTGGGTGAGGACA-TTCACTCTGATCTT---CGAA  1086

seq1  GATTGTAACATTCTATATCATTGTTG  1126
      |||||| ||| |||||||||||||||
seq2  GATTGT-ACA-TCTATATCATTGTTG  1110


seq1: chr2_134714429_134715533
seq2: B6Ng01-312F02.g_68_1177 (reverse)

seq1  AAAGGGGCCTCAAT-CCTACA--CAAATAACTAAAGGCAGCTAGTGGATG  47
       || ||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAAGGGTCTCAATCCCTACAACAAAATAACTAAAGGCAGCTAGTGGATG  49

seq1  CTGAGATCAGAGGATA-TAGTCCTTCCATGG-AAGTAT-ACACC-AATTG  93
      |||||||||||||||| |||||    ||||| |||||| ||||| |||||
seq2  CTGAGATCAGAGGATATTAGTC---TCATGGAAAGTATAACACCAAATTG  96

seq1  GTTATCC-AATGCCAAATGTTCATCCCTGAAAACATA-TATACAAGTAAC  141
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTATCCAAATGCCAAATGTTCATCCTTGAAAACATATTATACAAGTAAC  146

seq1  ATTATACAGACTGAGTGGTTATACTTATGAATATATATATATGTATATAT  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACAGACTGAGTGGTTATACTTATGAATATATATATATGTATATAT  196

seq1  TCATAATATATTCATTCTATACATTATATATGTGTATATATGCATGCAAC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATATATTCATTCTATACATTATATATGTGTATATATGCATGCAAC  246

seq1  AAAAAATTAATATAATGTGACCATGGATTTAAAAGACAGCAGGAGCTTAT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTAATATAATGTGACCATGGATTTAAAAGACAGCAGGAGCTTAT  296

seq1  TTACGTGGAGTTTGGCAAAGGGAAAGAGAAGAGAAAAATGTTTGGACTAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGTGGAGTTTGGCAAAGGGAAAGAGAAGAGAAAAATGTTTGGACTAT  346

seq1  AAACTTAAAATTTTTTTAAAGGCTAAAAATTTAAAGAAACTTATAGGAAG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTAAAATTTTTTTAAAGGCTAAAAATTTAAAGAAACTTATAGGAAG  396

seq1  TTCTTGGGAATCTCCAAATTCTATTGCCTCAGCAAACATGGCCACCTGTG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGGAATCTCCAAATTCTATTGCCTCAGCAAACATGGCCACCTGTG  446

seq1  GAAACCTTGCGTGCTGGTTTTAGTGTTCCGTGAAAGCATGACTTTTCAAT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTTGCGTGCTGGTTTTAGTGTTCCGTGAAAGCATGACTTTTCAAT  496

seq1  TCTGTAATGTGCTTCTACCTATGACTTTCAAATGATGGGAAGCTGTTGGT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAATGTGCTTCTACCTATGACTTTCAAATGATGGGAAGCTGTTGGT  546

seq1  TTCTCCTGTGACAAACCTGTGATTCTAGTGGGGGTAGAATCAGCGTCATA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGTGACAAACCTGTGATTCTAGTGGGGGTAGAATCAGCGTCATA  596

seq1  GCCAAAATAGCTACCAATACAAGATCTTGATACATCATTTCAATGATCTA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAATAGCTACCAATACAAGATCTTGATACATCATTTCAATGATCTA  646

seq1  TATACTGTTGGTAGACAAAATGGCTAACTGTATCTACTGATCCAATAAAA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGTTGGTAGACAAAATGGCTAACTGTATCTACTGATCCAATAAAA  696

seq1  TGTTAGAATCAAGGTCAAGTTCATTTGCTAAATAGCAGTTTCACGTGTAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGAATCAAGGTCAAGTTCATTTGCTAAATAGCAGTTTCACGTGTAA  746

seq1  GCAGTGCCATCACACCATTCTCGCTGTCCCTCTGATTTTCCTTCTCTCAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGCCATCACACCATTCTCGCTGTCCCTCTGATTTTCCTTCTCTCAT  796

seq1  TAGCACACCAAGGCCAACTGTTCTTTCATTTGGTTAACTCTCCCATTCTT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACACCAAGGCCAACTGTTCTTTCATTTGGTTAACTCTCCCATTCTT  846

seq1  CCATTTACTCCTGTCATAGGGATCTCTGAGAAGAGATGTTTATGAAAGCA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTACTCCTGTCATAGGGATCTCTGAGAAGAGATGTTTATGAAAGCA  896

seq1  ACAACTTTATGCATGATCATAGGCATAACTTATTAGTATCAGTTTGATAG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTTATGCATGATCATAGGCATAACTTATTAGTATCAGTTTGATAG  946

seq1  GATAAAGTATTTCCATGGTGAAATTAGTATGCAGGGTGGTTATATAATCT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGTATTTCCATGGTGAAATTAGTATGCAGGGTGGTTATATAATCT  996

seq1  CCTACAGTGAATGCTATGAGTGTTCTTATCCTTTGGACCTAACCATTCTA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGTGAATGCTATGAGTGTTCTTATCCTTTGGACCTAACCATTCTA  1046

seq1  GAATATTCTTGTTCACACTATCCTGTTTGCATTGTATGGCACTTCCTTTA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTCTTGTTCACACTATCCTGTTTGCATTGTATGGCACTTCCTTTA  1096

seq1  TGCAACAGGAATTC  1105
      ||||||||||||||
seq2  TGCAACAGGAATTC  1110


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |