BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312L09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 65,250,373 - 65,280,045
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC620544, LOC667291, Grb14, Cobll1, LOC383705, 9330158F14Rik
Downstream geneScn3a, Scn2a1, A330102K23Rik, Galnt3, LOC620893, Ttc21b, Scn1a, LOC100039486
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312L09.bB6Ng01-312L09.g
ACCGA104113GA104114
length1,1101,090
definitionB6Ng01-312L09.b B6Ng01-312L09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,278,902 - 65,280,045)(65,250,373 - 65,251,513)
sequence
gaattcatctttagaaaattttctaaacaatttttatctgaagcgtccct
ggaactgagccttcatgtgaatgctgttgctaactacaatctatttttag
ctagaattgcagataacccctttgttctgtttacaacccacacactcggg
aaacattccgtcttttccttgcacaaacatttgttgctgcaggggtcagg
gaagagactcactttgtggttaccagaagcaaagcatgactcacttggac
aaggccccgaattttatcaagacaaggttgccatggcaagggacccagtg
tctagctgtgtgaatctgagaacactcttcacacttggagtgtatacagc
tccatcaatacaaactgagggattttagttaaagacggctagctccctta
tctgagaatatacaagaaattctctccaatcacattttttttttcctgga
tgaataaagagtatcagcttttaccccagagaatttaaagggaaataaac
ttgattgtggaggaccagaaaaatgttcagaaggaaactgaaccaaaagc
acagaatgtatacttgtcataagaaggaggctatggtgccatgtcgttag
cctcctgagttctcaggcaacatcggggttcactcttgctcctgtgcatc
ctaaggctttagacagctgcaacgcccacgcccccatgggaaccctgtgc
agctctgacagccctctgtgctcagcctaaccattcttcccaccactgag
ccttttagcagcactatccttttgtcttctccagacacatttcagattta
catgtttcagtacatggttaccattcaaagttctcgcttcgtctattttt
tttaacatgagggaacttcccaaccatatattgtttcggatatgtctttt
ctatctccctccacgttcccatataatattctcattgtatacccatgctt
cattttcatacttccgcatatatcctggcctgccatttgctctatttact
attctatgagtagttgcagttcatagaagatgtttatagaattagattgt
gttaagaacagagatgtgcctagactcccactcagctcatcctcaaccac
gctgagtgcg

gaattcagtttccagcaaccaaattgggcaactcaataatcatctataac
tctaactccagtgaatctgatgccctccccagcctccacaggtaaccctt
aactaacacacacacacacacacacacacacacacacagagagagagaga
gagagagagagacctatgaaaacataaaattagaatctttaaacaggtga
aagagggtgtaattcctaaacaggggaatgggaaggaaaaattgagactc
ttacaaagtgaccacttcttcacagtcctacagtcctcttccctgcccat
tcggtggctttatgaaaatgtgtggcttctccctccctacaccagggtta
ggagcaggccttctctgtgtctgatatgcttttgcttttatacctgatta
ccaccttgttctcttgctatgcatagactctcttccctattaaggcacac
ctagacatttagcttttgttcagctttttaattgtcagatataaaccttt
tcctctctctcaacctacccactctttctgtccacccatttttgaccact
cccattctgtaaatctttattaagcatcttttcctcaggaagctccaata
gctcatatgctctgagtttctaaactgaactagatggctaatgaatgtag
ggacaggacaaaagaaatgaaaaataatgtttgggtagtaagtaaaactg
atgagactactcttaacgacaaacagtcaggatggaaggaagtttgcagg
tagcaaaaaaacaaaacaaaacaaacaaaaaaccaaaaaaacccaaacaa
acaaacaaaaaccatcttctcttattctgagattggagtgagccattcaa
agactgattcatatgcctagcatatgagctgtctggataaccattggtaa
atcatttgtgaagtgtgattacagaccaggagactacttaacagctccaa
ggcacaggatagactggaacacaggacagattttaaagattagcatatag
aaaactgtatcagaacagaaattttctcctttcacattttgtatgttatg
cactgaaagaagcatttttttttcaattcaattgtccgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_65278902_65280045
seq2: B6Ng01-312L09.b_46_1155 (reverse)

seq1  CGCACTCAGCGGGGGGGTGGGGGGGTGGGGGGTG-GGGGTGGGGGAGTCT  49
      ||||||||||           | ||| | || || |  | | ||||||| 
seq2  CGCACTCAGC-----------GTGGTTGAGGATGAGCTGAGTGGGAGTC-  38

seq1  TAAGCACATCTCTCTGTTTCCCTTAACACAAATTCTTAAATTCTATTAAA  99
      || |||||  ||||||||   ||||||||||  |||  ||||||||  ||
seq2  TAGGCACA--TCTCTGTT---CTTAACACAA--TCT--AATTCTAT--AA  77

seq1  ACATCTTCTTAATGAACTGCAACCTTACTTCATTAGAAAAAAAAAAAAAA  149
      |||||||||  ||||||||||||  ||| ||||      | || |  |||
seq2  ACATCTTCT--ATGAACTGCAAC--TAC-TCAT------AGAATAGTAAA  116

seq1  AAGAGCAAATGGCCAGGCCAGGATATATGCGGAAGTATGAAAATGAAGCA  199
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCAAATGG-CAGGCCAGGATATATGCGGAAGTATGAAAATGAAGCA  165

seq1  TGGGTATACAATGAGAATATTATATGGGAACGTGGAGGGAGATAGAAAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATACAATGAGAATATTATATGGGAACGTGGAGGGAGATAGAAAAG  215

seq1  ACATATCCGAAACAATATATGGTTGGGAAGTTCCCTCATGTTAAAAAAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCCGAAACAATATATGGTTGGGAAGTTCCCTCATGTTAAAAAAAA  265

seq1  TAGACGAAGCGAGAACTTTGAATGGTAACCATGTACTGAAACATGTAAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACGAAGCGAGAACTTTGAATGGTAACCATGTACTGAAACATGTAAAT  315

seq1  CTGAAATGTGTCTGGAGAAGACAAAAGGATAGTGCTGCTAAAAGGCTCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATGTGTCTGGAGAAGACAAAAGGATAGTGCTGCTAAAAGGCTCAG  365

seq1  TGGTGGGAAGAATGGTTAGGCTGAGCACAGAGGGCTGTCAGAGCTGCACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGGAAGAATGGTTAGGCTGAGCACAGAGGGCTGTCAGAGCTGCACA  415

seq1  GGGTTCCCATGGGGGCGTGGGCGTTGCAGCTGTCTAAAGCCTTAGGATGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCCATGGGGGCGTGGGCGTTGCAGCTGTCTAAAGCCTTAGGATGC  465

seq1  ACAGGAGCAAGAGTGAACCCCGATGTTGCCTGAGAACTCAGGAGGCTAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGCAAGAGTGAACCCCGATGTTGCCTGAGAACTCAGGAGGCTAAC  515

seq1  GACATGGCACCATAGCCTCCTTCTTATGACAAGTATACATTCTGTGCTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGGCACCATAGCCTCCTTCTTATGACAAGTATACATTCTGTGCTTT  565

seq1  TGGTTCAGTTTCCTTCTGAACATTTTTCTGGTCCTCCACAATCAAGTTTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCAGTTTCCTTCTGAACATTTTTCTGGTCCTCCACAATCAAGTTTA  615

seq1  TTTCCCTTTAAATTCTCTGGGGTAAAAGCTGATACTCTTTATTCATCCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTTTAAATTCTCTGGGGTAAAAGCTGATACTCTTTATTCATCCAG  665

seq1  GAAAAAAAAAATGTGATTGGAGAGAATTTCTTGTATATTCTCAGATAAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAAATGTGATTGGAGAGAATTTCTTGTATATTCTCAGATAAGG  715

seq1  GAGCTAGCCGTCTTTAACTAAAATCCCTCAGTTTGTATTGATGGAGCTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGCCGTCTTTAACTAAAATCCCTCAGTTTGTATTGATGGAGCTGT  765

seq1  ATACACTCCAAGTGTGAAGAGTGTTCTCAGATTCACACAGCTAGACACTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACTCCAAGTGTGAAGAGTGTTCTCAGATTCACACAGCTAGACACTG  815

seq1  GGTCCCTTGCCATGGCAACCTTGTCTTGATAAAATTCGGGGCCTTGTCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCTTGCCATGGCAACCTTGTCTTGATAAAATTCGGGGCCTTGTCCA  865

seq1  AGTGAGTCATGCTTTGCTTCTGGTAACCACAAAGTGAGTCTCTTCCCTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTCATGCTTTGCTTCTGGTAACCACAAAGTGAGTCTCTTCCCTGA  915

seq1  CCCCTGCAGCAACAAATGTTTGTGCAAGGAAAAGACGGAATGTTTCCCGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCAGCAACAAATGTTTGTGCAAGGAAAAGACGGAATGTTTCCCGA  965

seq1  GTGTGTGGGTTGTAAACAGAACAAAGGGGTTATCTGCAATTCTAGCTAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGGGTTGTAAACAGAACAAAGGGGTTATCTGCAATTCTAGCTAAA  1015

seq1  AATAGATTGTAGTTAGCAACAGCATTCACATGAAGGCTCAGTTCCAGGGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGATTGTAGTTAGCAACAGCATTCACATGAAGGCTCAGTTCCAGGGA  1065

seq1  CGCTTCAGATAAAAATTGTTTAGAAAATTTTCTAAAGATGAATTC  1144
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTCAGATAAAAATTGTTTAGAAAATTTTCTAAAGATGAATTC  1110


seq1: chr2_65250373_65251513
seq2: B6Ng01-312L09.g_67_1156

seq1  GAATTCAGTTTCCAGCAACCAAATTGGGCAACTCAATAATCATCTATAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTCCAGCAACCAAATTGGGCAACTCAATAATCATCTATAAC  50

seq1  TCTAACTCCAGTGAATCTGATGCCCTCCCCAGCCTCCACAGGTAACCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTCCAGTGAATCTGATGCCCTCCCCAGCCTCCACAGGTAACCCTT  100

seq1  AACTAACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACACACACACACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGA  150

seq1  GAGAGAGAGAGACCTATGAAAACATAAAATTAGAATCTTTAAACAGGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGACCTATGAAAACATAAAATTAGAATCTTTAAACAGGTGA  200

seq1  AAGAGGGTGTAATTCCTAAACAGGGGAATGGGAAGGAAAAATTGAGACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGTGTAATTCCTAAACAGGGGAATGGGAAGGAAAAATTGAGACTC  250

seq1  TTACAAAGTGACCACTTCTTCACAGTCCTACAGTCCTCTTCCCTGCCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAGTGACCACTTCTTCACAGTCCTACAGTCCTCTTCCCTGCCCAT  300

seq1  TCGGTGGCTTTATGAAAATGTGTGGCTTCTCCCTCCCTACACCAGGGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGGCTTTATGAAAATGTGTGGCTTCTCCCTCCCTACACCAGGGTTA  350

seq1  GGAGCAGGCCTTCTCTGTGTCTGATATGCTTTTGCTTTTATACCTGATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGGCCTTCTCTGTGTCTGATATGCTTTTGCTTTTATACCTGATTA  400

seq1  CCACCTTGTTCTCTTGCTATGCATAGACTCTCTTCCCTATTAAGGCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTGTTCTCTTGCTATGCATAGACTCTCTTCCCTATTAAGGCACAC  450

seq1  CTAGACATTTAGCTTTTGTTCAGCTTTTTAATTGTCAGATATAAACCTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACATTTAGCTTTTGTTCAGCTTTTTAATTGTCAGATATAAACCTTT  500

seq1  TCCTCTCTCTCAACCTACCCACTCTTTCTGTCCACCCATTTTTGACCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTCTCAACCTACCCACTCTTTCTGTCCACCCATTTTTGACCACT  550

seq1  CCCATTCTGTAAATCTTTATTAAGCATCTTTTCCTCAGGAAGCTCCAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCTGTAAATCTTTATTAAGCATCTTTTCCTCAGGAAGCTCCAATA  600

seq1  GCTCATATGCTCTGAGTTTCTAAACTGAACTAGATGGCTAATGAATGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATATGCTCTGAGTTTCTAAACTGAACTAGATGGCTAATGAATGTAG  650

seq1  GGACAGGACAAAAGAAATGAAAAATAATGTTTGGGTAGTAAGTAAAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGACAAAAGAAATGAAAAATAATGTTTGGGTAGTAAGTAAAACTG  700

seq1  ATGAGACTACTCTTAACGACAAACAGTCAGGATGGAAGGAAGTTTGCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACTACTCTTAACGACAAACAGTCAGGATGGAAGGAAGTTTGCAGG  750

seq1  TAGCAAAAAAACAAAACAAAACAAACAAAAAACCAAAAAAACCCAAACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAAAAACAAAACAAAACAAACAAAAAACCAAAAAAACCCAAACAA  800

seq1  ACAAACAAAAACCATCTTCTCTTATTCTGAGATTGGAGTGAGCCATTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAAAACCATCTTCTCTTATTCTGAGATTGGAGTGAGCCATTCAA  850

seq1  AGACTGATTCATATGCCTAGCATATGAGCTGTCTGGATAACCATTGGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGATTCATATGCCTAGCATATGAGCTGTCTGGATAACCATTGGTAA  900

seq1  ATCATTTGTGAAGTGTGATTACAGAACCAGGAGACTACTTAACAGCTCCA  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTGTGAAGTGTGATTACAG-ACCAGGAGACTACTTAACAGCTCCA  949

seq1  AGGCACAGGATAGACTGAAAACAAAACAAAGAACAGAATTTTAAAGATTA  1000
      |||||||||||||||||       |||| || |||| |||||||||||||
seq2  AGGCACAGGATAGACTG------GAACACAGGACAG-ATTTTAAAGATTA  992

seq1  GCATATTAGAAAAACTGTATCAGAACAGAAATTTTCTCCTTTCACATTTT  1050
      ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATA-TAG-AAAACTGTATCAGAACAGAAATTTTCTCCTTTCACATTTT  1040

seq1  GTATGTTATGCAACTTGGAAAAGGAGAGCATTTTTTTTTTTCAAATTCTA  1100
      ||||||||||| |||  ||||  || |||||||||||||    ||||| |
seq2  GTATGTTATGC-ACT--GAAA--GA-AGCATTTTTTTTT---CAATTCAA  1081

seq1  TTTTGTTCCTGTATCCTGGGAAGAGGTCCATGATGTCCGTA  1141
      || |    | |||                            
seq2  TTGT----CCGTA----------------------------  1090


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |