BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313I17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 170,348,899 - 170,490,177
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930470P17Rik
Upstream geneEG668954, Tshz2, LOC100043737, LOC100043910, Zfp217, Silg111, LOC100043739, Bcas1, LOC228916, Cyp24a1, Pfdn4
Downstream geneDok5, LOC668955, LOC100043743
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313I17.bB6Ng01-313I17.g
ACCGA104728GA104729
length1,1181,147
definitionB6Ng01-313I17.b B6Ng01-313I17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(170,348,899 - 170,350,014)(170,489,035 - 170,490,177)
sequence
gaattcaagtcttcaggcctcaagcttggccaagaattctaatttcttgg
ggtctattatttcaaaaatagagaaaggggatagaagggatatatggtcc
taataggaaggttacacatggagtaggtgggaggacccaggggagccaga
agggacaagtccagggaatgggagcacagccaggaaatggagcacagcca
gggaatgggagcacaattccaggggaatgggagcacagccagagaatggg
aacacagccagggaatgggagcacaattctagaggaatgggatcacaatt
ccagggggatgggagcacagccagggaatgggagcacaagtcctggggaa
tgggagcacaagtttaggggaatgggagcacaagtccaggggaatgggag
cacagccagggaatgggaacacagttccaggggaatgggagcacaattct
aggggaatgggaacacagttccaggggaatgggagcacaattctagggga
atgggagcacagccagggaatggaagcacaagtccaggggaatgggagca
cagccagggaatgggagcacaattctaggggaacaggagcacagccaggg
ataagaaaggatgccatggggcaggaggatgactcagcagggaaagcact
tgctacacagctctgacatggatctgtctgtggatcttgtggtagaaaga
tctccctaaagttgccctctgccatcaacacacctgctgtatcacaacca
cccaccgcagcaatagtcaaaaaaaataacttcaaaaggaaacgacggca
cagtggttatgtgaatgctcttcctgggcaagacagaaacttggtatatt
tttaatttttgcgaaagcttgtactggctagtttatatcagcctgacagg
agctaaactatgttagaggaggaacctcaattaagaaaatgcctccataa
gatcaggcttcaccacaggtctgtacagcatttttcttgattagtgaatg
atggagaagggccagcccattgtggggtggggccatcccaaggctggtgg
ttcctggttctataagaaagcaagctgagacaagtcatgggtagcagcag
ttagcagcattcctccat

gaattcatggtggcaacctagacttaggggcctctgtaggaacccacacc
atccctaattgtccagtgggtatgggtaccactcatgacagtgagcttgt
gggtcagcaaagccactaacagaatctgctcacacatgactcatgaccac
aatgacctcacagaaggtgggcccgggagtttatctcactgatgcttaga
aaggttgacagggtattcatgatggtgacactccagagtgccagtttcct
acactggaagacagcagccatgcccaccatgataaaatatataagatcag
ggtaaagcataccgaaaacccattaaaactatcggcagaacacaaagtac
ccatgagttgctcgtataaacaaaactggacctctgagatctgctgaaaa
tggtggccatgatatttttatacagctgaagggtgtccccaatgattctc
caggagtcaaaggaagcaatcggggtagggagttcaacaactccacactg
atctcaccaatgtgaattttgaatacttagaggatgagggattcacaaga
gttccgcggtgccttctctactcccaagttcagcatgtgacaattgtgca
tctgtttaatgagcacctaccttgcgccaagcactgtgctatagtcctta
gtcgtggtatctcactcgatctttacaacaccccctcttagtcagtgtgg
gttgaatgaggctgtccctgacaggcttggcatctgaacactcgggctcc
agctagtggcacagtttgggtggatgctatgaaccttcaccatcatcatc
atcaccaccaccatctccatcatcatcctcattaaataaatatatataat
tgcctcctctccattcccttttcttcctccaactcctcccaagctctctt
ctccccagttccctctcaacatcccctgtccttctttagttgctattgtt
acatttaacacagaggagctcatgattatgtaacgcagcctgcccggtct
gctcatccttgcttgcacgtgcatgcttcaaggtcatctaactgggactc
accccattgggacaaactcttaggttccactactctaagcacaatatctt
gatcttagcagcatgaatttctcttaagccccaggctgcattgccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_170348899_170350014
seq2: B6Ng01-313I17.b_48_1165

seq1  GAATTCAAGTCTTCAGGCCTCAAGCTTGGCCAAGAATTCTAATTTCTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTCTTCAGGCCTCAAGCTTGGCCAAGAATTCTAATTTCTTGG  50

seq1  GGTCTATTATTTCAAAAATAGAGAAAGGGGATAGAAGGGATATATGGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTATTATTTCAAAAATAGAGAAAGGGGATAGAAGGGATATATGGTCC  100

seq1  TAATAGGAAGGTTACACATGGAGTAGGTGGGAGGACCCAGGGGAGCCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGGAAGGTTACACATGGAGTAGGTGGGAGGACCCAGGGGAGCCAGA  150

seq1  AGGGACAAGTCCAGGGAATGGGAGCACAGCCAGGAAATGGAGCACAGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAAGTCCAGGGAATGGGAGCACAGCCAGGAAATGGAGCACAGCCA  200

seq1  GGGAATGGGAGCACAATTCCAGGGGAATGGGAGCACAGCCAGAGAATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGGGAGCACAATTCCAGGGGAATGGGAGCACAGCCAGAGAATGGG  250

seq1  AACACAGCCAGGGAATGGGAGCACAATTCTAGAGGAATGGGATCACAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGCCAGGGAATGGGAGCACAATTCTAGAGGAATGGGATCACAATT  300

seq1  CCAGGGGGATGGGAGCACAGCCAGGGAATGGGAGCACAAGTCCTGGGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGGATGGGAGCACAGCCAGGGAATGGGAGCACAAGTCCTGGGGAA  350

seq1  TGGGAGCACAAGTTTAGGGGAATGGGAGCACAAGTCCAGGGGAATGGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGCACAAGTTTAGGGGAATGGGAGCACAAGTCCAGGGGAATGGGAG  400

seq1  CACAGCCAGGGAATGGGAACACAGTTCCAGGGGAATGGGAGCACAATTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCAGGGAATGGGAACACAGTTCCAGGGGAATGGGAGCACAATTCT  450

seq1  AGGGGAATGGGAACACAGTTCCAGGGGAATGGGAGCACAATTCTAGGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAATGGGAACACAGTTCCAGGGGAATGGGAGCACAATTCTAGGGGA  500

seq1  ATGGGAGCACAGCCAGGGAATGGAAGCACAAGTCCAGGGGAATGGGAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGCACAGCCAGGGAATGGAAGCACAAGTCCAGGGGAATGGGAGCA  550

seq1  CAGCCAGGGAATGGGAGCACAATTCTAGGGGAACAGGAGCACAGCCAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGGAATGGGAGCACAATTCTAGGGGAACAGGAGCACAGCCAGGG  600

seq1  ATAAGAAAGGATGCCATGGGGCAGGAGGATGACTCAGCAGGGAAAGCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAAGGATGCCATGGGGCAGGAGGATGACTCAGCAGGGAAAGCACT  650

seq1  TGCTACACAGCTCTGACATGGATCTGTCTGTGGATCTTGTGGTAGAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACACAGCTCTGACATGGATCTGTCTGTGGATCTTGTGGTAGAAAGA  700

seq1  TCTCCCTAAAGTTGCCCTCTGCCATCAACACACCTGCTGTATCACAACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTAAAGTTGCCCTCTGCCATCAACACACCTGCTGTATCACAACCA  750

seq1  CCCACCGCAGCAATAGTCAAAAAAAATAACTTCAAAAGGAAACGACGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCGCAGCAATAGTCAAAAAAAATAACTTCAAAAGGAAACGACGGCA  800

seq1  CAGTGGTTATGTGAATGCTCTTCCTGGGCAAGACAGAAACTTGGTATATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTTATGTGAATGCTCTTCCTGGGCAAGACAGAAACTTGGTATATT  850

seq1  TTTAATTTTTGCGAAAGCTTGTACTGGCTAGTTTATATCAGCCTGACAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTTTGCGAAAGCTTGTACTGGCTAGTTTATATCAGCCTGACAGG  900

seq1  AGCTAAACTATGTTAGAGGAGGAACCTCAATTAAGAAAATGCCTCCATAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAACTATGTTAGAGGAGGAACCTCAATTAAGAAAATGCCTCCATAA  950

seq1  GATCAGGCTTCA-CACAGGTCTGTACAGCA-TTTTCTTGATTAGTGAATG  998
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GATCAGGCTTCACCACAGGTCTGTACAGCATTTTTCTTGATTAGTGAATG  1000

seq1  ATGGAGAAGGGCCAGCCCATTGT-GGGTGGGGCCATCCCAAGGCTGGTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAAGGGCCAGCCCATTGTGGGGTGGGGCCATCCCAAGGCTGGTGG  1050

seq1  TCCTGGGTTCTATAAGAAAGCAAGCTGAG-CAAGTCATGGGTAGCAAGCC  1096
      | |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |
seq2  TTCCTGGTTCTATAAGAAAGCAAGCTGAGACAAGTCATGGGTAGCA--GC  1098

seq1  AGTAAGCAGCATTCCTCCAT  1116
      ||| ||||||||||||||||
seq2  AGTTAGCAGCATTCCTCCAT  1118


seq1: chr2_170489035_170490177
seq2: B6Ng01-313I17.g_67_1213 (reverse)

seq1  ATGGCATAGCAGCCCTGGGGCT--AGAGAAATCACTGCTGCT-AGATC-A  46
      ||||||  |||| |||||||||  ||||||||   ||||||| ||||| |
seq2  ATGGCAATGCAG-CCTGGGGCTTAAGAGAAATTCATGCTGCTAAGATCAA  49

seq1  GATA-TGTGCCTTAGGAGTAGTGG-ACCT-AGAGTTTGTCCCAATGGGGT  93
      |||| |||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  GATATTGTG-CTTA-GAGTAGTGGAACCTAAGAGTTTGTCCCAATGGGGT  97

seq1  GAGTCCCAGGTAGATGGCCCTGAAGGCATGCACGTGCAAGCAAGGATGAG  143
      ||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCAGTTAGATGACCTTGAA-GCATGCACGTGCAAGCAAGGATGAG  146

seq1  CAGACCGGGCAGGCTGCGTTTACATAATCATGAGCTCCTCTGTG-TAAAT  192
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGACCGGGCAGGCTGCG-TTACATAATCATGAGCTCCTCTGTGTTAAAT  195

seq1  GTAACAATAGCAACTAAAGAAGGACAGGGGATG-TGAGAGGGAACTGGGG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTAACAATAGCAACTAAAGAAGGACAGGGGATGTTGAGAGGGAACTGGGG  245

seq1  AGAAGAGAGCTTGGGAGGAGTTGGAGGAAGAAAAGGGAATGGAGAGGAGG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGAGCTTGGGAGGAGTTGGAGGAAGAAAAGGGAATGGAGAGGAGG  295

seq1  CAATTATATATATTTATTTAATGAGGATGATGATGGAGATGGTGGTGGTG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATATATATTTATTTAATGAGGATGATGATGGAGATGGTGGTGGTG  345

seq1  ATGATGATGATGGTGAAGGTTCATAGCATCCACCCAAACTGTGCCACTAG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGATGATGGTGAAGGTTCATAGCATCCACCCAAACTGTGCCACTAG  395

seq1  CTGGAGCCCGAGTGTTCAGATGCCAAGCCTGTCAGGGACAGCCTCATTCA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCCCGAGTGTTCAGATGCCAAGCCTGTCAGGGACAGCCTCATTCA  445

seq1  ACCCACACTGACTAAGAGGGGGTGTTGTAAAGATCGAGTGAGATACCACG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACACTGACTAAGAGGGGGTGTTGTAAAGATCGAGTGAGATACCACG  495

seq1  ACTAAGGACTATAGCACAGTGCTTGGCGCAAGGTAGGTGCTCATTAAACA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGACTATAGCACAGTGCTTGGCGCAAGGTAGGTGCTCATTAAACA  545

seq1  GATGCACAATTGTCACATGCTGAACTTGGGAGTAGAGAAGGCACCGCGGA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACAATTGTCACATGCTGAACTTGGGAGTAGAGAAGGCACCGCGGA  595

seq1  ACTCTTGTGAATCCCTCATCCTCTAAGTATTCAAAATTCACATTGGTGAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGTGAATCCCTCATCCTCTAAGTATTCAAAATTCACATTGGTGAG  645

seq1  ATCAGTGTGGAGTTGTTGAACTCCCTACCCCGATTGCTTCCTTTGACTCC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGTGGAGTTGTTGAACTCCCTACCCCGATTGCTTCCTTTGACTCC  695

seq1  TGGAGAATCATTGGGGACACCCTTCAGCTGTATAAAAATATCATGGCCAC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAATCATTGGGGACACCCTTCAGCTGTATAAAAATATCATGGCCAC  745

seq1  CATTTTCAGCAGATCTCAGAGGTCCAGTTTTGTTTATACGAGCAACTCAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCAGCAGATCTCAGAGGTCCAGTTTTGTTTATACGAGCAACTCAT  795

seq1  GGGTACTTTGTGTTCTGCCGATAGTTTTAATGGGTTTTCGGTATGCTTTA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTTTGTGTTCTGCCGATAGTTTTAATGGGTTTTCGGTATGCTTTA  845

seq1  CCCTGATCTTATATATTTTATCATGGTGGGCATGGCTGCTGTCTTCCAGT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGATCTTATATATTTTATCATGGTGGGCATGGCTGCTGTCTTCCAGT  895

seq1  GTAGGAAACTGGCACTCTGGAGTGTCACCATCATGAATACCCTGTCAACC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAAACTGGCACTCTGGAGTGTCACCATCATGAATACCCTGTCAACC  945

seq1  TTTCTAAGCATCAGTGAGATAAACTCCCGGGCCCACCTTCTGTGAGGTCA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAGCATCAGTGAGATAAACTCCCGGGCCCACCTTCTGTGAGGTCA  995

seq1  TTGTGGTCATGAGTCATGTGTGAGCAGATTCTGTTAGTGGCTTTGCTGAC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTCATGAGTCATGTGTGAGCAGATTCTGTTAGTGGCTTTGCTGAC  1045

seq1  CCACAAGCTCACTGTCATGAGTGGTACCCATACCCACTGGACAATTAGGG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGCTCACTGTCATGAGTGGTACCCATACCCACTGGACAATTAGGG  1095

seq1  ATGGTGTGGGTTCCTACAGAGGCCCCTAAGTCTAGGTTGCCACCATGAAT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTGGGTTCCTACAGAGGCCCCTAAGTCTAGGTTGCCACCATGAAT  1145

seq1  TC  1143
      ||
seq2  TC  1147


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |