BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313O18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 143,341,283 - 143,478,485
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668916, Pcsk2
Upstream geneLOC668913, LOC668914, Kif16b, Snrpb2, Otor, LOC668915
Downstream geneBfsp1, LOC100043799, LOC100043534, Dstn, Rrbp1, 4930517K23Rik, LOC627160, EG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097, Csrp2bp, LOC100043552, 6330439K17Rik, Polr3f, Rbbp9, Sec23b, Gm561, Dtd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313O18.bB6Ng01-313O18.g
ACCGA105001GA105002
length1,1041,070
definitionB6Ng01-313O18.b B6Ng01-313O18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,341,283 - 143,342,399)(143,477,403 - 143,478,485)
sequence
gaattccaaactctaaaactggcttgtgtgaccttcactactgatgccca
ggtgccaggaaacatcttttgaaggaagaaggattatctgaccctaaaca
ttatttctacaactaaagttatgatacaaggcccaatacaaagtcaaaga
caaacaaacagagagacagggcaccatagtctcagggaaaaagaaaaaga
aaagaaaaaaagaaaaggaaagaaaaaaaagaacaacagaggaattaaga
gaaattaataggaatttataacaatctacaagagacacaaaatatggata
attctatgtgaatgtgatgcataactataatattattattaacaatgagc
aaagaaatagagggggatcaacatgtgcttgaagtaattaaggacattgt
aaggcactatgctttggttttagtttcatttgacaagagagctaagagat
ttttacatttcaaaacgtttattttatgaaaaggaaagaaaaaaaataag
cgactaggtgagactttagtgacctacgtatactagcatgtcctctgcga
tccccttcagaggatgtctgagcacagtttggagaaaggaaagcgaatga
agttcagctatgctcagtgtgttacaacatcgcacagaaaaagacaaaac
tcccatgtgagttccaacctacagaggtaaaactacagagagaaggcaag
ggaagggtggccagccatgtcgtaaataggaaacaaaatgtggaacagca
aatgggagagggaagacgggagaagaagcttaagaagcgaacacatttga
tccctgtctttgactggtatcaaagtgtttgcagcaatttgttttaaagt
attttacggattttttttatatgtgcattctacttggagggtgaggcaag
gtctcattctgcacaccgggttgtcctgtaactatgaagcataagtttgt
tttaaattcacagcaatcctcctgcctcaacttcttgagtgctggagttt
agtgtgagctgcagacccggctggcatctatttatggaatgttaagcaaa
ttttatacaatcacagaaaaggaagagaagaggggagggagaaatggggg
aagg
gaattctgaggaggaaggaagagtactgggcagagaaggggcatggtctg
tgtggagggaagagctcgccatgttgcctgaggaagcatggtggctcata
ggatgtgcaaagcctggcagggcttagtctgaggaagaagaggactggct
tccagttaccccagattgagcgcactgtgtttttggcttgtcccacttgt
tcctgcagaggaatgataatggacatgacttttctctagcacactggtag
catacagcctatggccctctctcaggttctagtttcattgctatgccaag
aaggcacttaacatatttcctcattgggctgttggtagctgagtatccgt
ttgccactgggatgtctgggtagtggaatagggcagcaggaagctcttgg
tgaaagcagagatgcattaggttctaaagtcaggaatattctaaacatag
atttttttttttatggcaggatcttgctgacctcagcctgcttcttggct
ttctcagcttagttagatgccacaccatgccagctcttcaacatcaaacc
agacagttacatttctcctggatagctagtggtctctagaggcactagag
agagataggaaaaggagctgcttagagcttctagtgaaagcctggtgtct
tcattttccagaagactccaaggcaaggagtcaaaggcaacttaattgag
tgatgttcccagaagaggaactgcaagaggactggcagctagtgagggta
tattagcaagcctgtaattacaggagcagtcaggggtcagtgttgtcatg
aggagctctggatagagcctttatccatgtgaagaagaacagggaggctt
atccaccaactcctgtttattattagtttggggcttgcttctctgaagga
cggatattaacttttctgggcctgagccagagtcaagcagtaatcctcta
ggtgatgagtggcaggtactgggtaccgaaaatcatggactctctgcccg
aaatgttcagtatgacagaaagatgatgtgtgctcactgtaaacaacaac
aaaaaaccactagctgtctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_143341283_143342399
seq2: B6Ng01-313O18.b_51_1154

seq1  GAATTCCAAACTCTAAAACTGGCTTGTGTGACCTTCACTACTGATGCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAACTCTAAAACTGGCTTGTGTGACCTTCACTACTGATGCCCA  50

seq1  GGTGCCAGGAAACATCTTTTGAAGGAAGAAGGATTATCTGACCCTAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCAGGAAACATCTTTTGAAGGAAGAAGGATTATCTGACCCTAAACA  100

seq1  TTATTTCTACAACTAAAGTTATGATACAAGGCCCAATACAAAGTCAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTACAACTAAAGTTATGATACAAGGCCCAATACAAAGTCAAAGA  150

seq1  CAAACAAACAGAGAGACAGGGCACCATAGTCTCAGGGAAAAAGAAAAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACAGAGAGACAGGGCACCATAGTCTCAGGGAAAAAGAAAAAGA  200

seq1  AAAGAAAAAAAGAAAAGGAAAGAAAAAAAAGAACAACAGAGGAATTAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAAAAGAAAAGGAAAGAAAAAAAAGAACAACAGAGGAATTAAGA  250

seq1  GAAATTAATAGGAATTTATAACAATCTACAAGAGACACAAAATATGGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTAATAGGAATTTATAACAATCTACAAGAGACACAAAATATGGATA  300

seq1  ATTCTATGTGAATGTGATGCATAACTATAATATTATTATTAACAATGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATGTGAATGTGATGCATAACTATAATATTATTATTAACAATGAGC  350

seq1  AAAGAAATAGAGGGGGATCAACATGTGCTTGAAGTAATTAAGGACATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATAGAGGGGGATCAACATGTGCTTGAAGTAATTAAGGACATTGT  400

seq1  AAGGCACTATGCTTTGGTTTTAGTTTCATTTGACAAGAGAGCTAAGAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACTATGCTTTGGTTTTAGTTTCATTTGACAAGAGAGCTAAGAGAT  450

seq1  TTTTACATTTCAAAACGTTTATTTTATGAAAAGGAAAGAAAAAAAATAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATTTCAAAACGTTTATTTTATGAAAAGGAAAGAAAAAAAATAAG  500

seq1  CGACTAGGTGAGACTTTAGTGACCTACGTATACTAGCATGTCCTCTGCGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTAGGTGAGACTTTAGTGACCTACGTATACTAGCATGTCCTCTGCGA  550

seq1  TCCCCTTCAGAGGATGTCTGAGCACAGTTTGGAGAAAGGAAAGCGAATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTCAGAGGATGTCTGAGCACAGTTTGGAGAAAGGAAAGCGAATGA  600

seq1  AGTTCAGCTATGCTCAGTGTGTTACAACATCGCACAGAAAAAGACAAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGCTATGCTCAGTGTGTTACAACATCGCACAGAAAAAGACAAAAC  650

seq1  TCCCATGTGAGTTCCAACCTACAGAGGTAAAACTACAGAGAGAAGGCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGTGAGTTCCAACCTACAGAGGTAAAACTACAGAGAGAAGGCAAG  700

seq1  GGAAGGGTGGCCAGCCATGTCGTAAATAGGAAACAAAATGTGGAACAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGTGGCCAGCCATGTCGTAAATAGGAAACAAAATGTGGAACAGCA  750

seq1  AATGGGAGAGGGAAGACGGGAGAAGAAGCTTAAGAAGCGAACACATTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGAGAGGGAAGACGGGAGAAGAAGCTTAAGAAGCGAACACATTTGA  800

seq1  TCCCTGTCTTTGACTGGTATCAAAGTGTTTGCAGCAATTTGTTTTAAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTCTTTGACTGGTATCAAAGTGTTTGCAGCAATTTGTTTTAAAGT  850

seq1  ATTTTACGGATTTTTTTTATATGTGCATTCTACTTGGAGGGTGAGGCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACGGATTTTTTTTATATGTGCATTCTACTTGGAGGGTGAGGCAAG  900

seq1  GTCTCATTCTGCACACCGGGTTGTCCTGTAACTATGAAGCATAAGTTTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCATTCTGCACACCGGGTTGTCCTGTAACTATGAAGCATAAGTTTGT  950

seq1  TTTAAATTCACAGCAATCCTCCTGCCTCAACTTCTTGAGTGCTGGAGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTCACAGCAATCCTCCTGCCTCAACTTCTTGAGTGCTGGAGTTT  1000

seq1  AAGGTGTGAGCTGCCAGACCCGGCTGGCATTCTATTTTATTGGGAAAATG  1050
      |  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||   |||   ||||
seq2  A--GTGTGAGCTG-CAGACCCGGCTGGCA-TCTATTT--ATGG---AATG  1041

seq1  TTTAAAAGGCAAATTTTATACAAATCAACAGAAAAGGGAGAGAAGGAGGG  1100
      ||    | ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||  |||
seq2  TT----AAGCAAATTTTATAC-AATC-ACAGAAAAGGAAGAGAAGAGGGG  1085

seq1  AGGGAGAA--GGGGGAAGG  1117
      ||||||||  |||||||||
seq2  AGGGAGAAATGGGGGAAGG  1104

seq1: chr2_143477403_143478485
seq2: B6Ng01-313O18.g_65_1134 (reverse)

seq1  AAGACCAGCTAGTGGTTTTTTTGGTTTGTTTGGTTTTTCCAAGTGAGCAC  50
      |||| |||||||||||||      ||||||  ||| ||   |||||||||
seq2  AAGA-CAGCTAGTGGTTT------TTTGTT--GTTGTTTACAGTGAGCAC  41

seq1  ACATTCATCTTTCTGTCATAACTGACCATTTCGGGCCAGAGAGTCCATGA  100
      ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACA-TCATCTTTCTGTCAT-ACTGAACATTTCGGG-CAGAGAGTCCATGA  88

seq1  TTTTTCGGTACCCAGTACCTGCCACTCATCACCTAAGAGGATTACTGCTT  150
       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  -TTTTCGGTACCCAGTACCTGCCACTCATCACCT-AGAGGATTACTGCTT  136

seq1  GACTCTGGCTCAGG-CCAGAAAAGTTAATATCCGTCCTTCAGAGAAGCAA  199
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGGCTCAGGCCCAGAAAAGTTAATATCCGTCCTTCAGAGAAGCAA  186

seq1  GCCCCAAACTAATAATAAACAGGAGTTGGTGGATAAGCCTCCCTGTTCTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAAACTAATAATAAACAGGAGTTGGTGGATAAGCCTCCCTGTTCTT  236

seq1  CTTCACATGGATAAAGGCTCTATCCAGAGCTCCTCATGACAACACTGACC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACATGGATAAAGGCTCTATCCAGAGCTCCTCATGACAACACTGACC  286

seq1  CCTGACTGCTCCTGTAATTACAGGCTTGCTAATATACCCTCACTAGCTGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTGCTCCTGTAATTACAGGCTTGCTAATATACCCTCACTAGCTGC  336

seq1  CAGTCCTCTTGCAGTTCCTCTTCTGGGAACATCACTCAATTAAGTTGCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTCTTGCAGTTCCTCTTCTGGGAACATCACTCAATTAAGTTGCCT  386

seq1  TTGACTCCTTGCCTTGGAGTCTTCTGGAAAATGAAGACACCAGGCTTTCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTCCTTGCCTTGGAGTCTTCTGGAAAATGAAGACACCAGGCTTTCA  436

seq1  CTAGAAGCTCTAAGCAGCTCCTTTTCCTATCTCTCTCTAGTGCCTCTAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGCTCTAAGCAGCTCCTTTTCCTATCTCTCTCTAGTGCCTCTAGA  486

seq1  GACCACTAGCTATCCAGGAGAAATGTAACTGTCTGGTTTGATGTTGAAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTAGCTATCCAGGAGAAATGTAACTGTCTGGTTTGATGTTGAAGA  536

seq1  GCTGGCATGGTGTGGCATCTAACTAAGCTGAGAAAGCCAAGAAGCAGGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCATGGTGTGGCATCTAACTAAGCTGAGAAAGCCAAGAAGCAGGCT  586

seq1  GAGGTCAGCAAGATCCTGCCATAAAAAAAAAAATCTATGTTTAGAATATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAGCAAGATCCTGCCATAAAAAAAAAAATCTATGTTTAGAATATT  636

seq1  CCTGACTTTAGAACCTAATGCATCTCTGCTTTCACCAAGAGCTTCCTGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACTTTAGAACCTAATGCATCTCTGCTTTCACCAAGAGCTTCCTGCT  686

seq1  GCCCTATTCCACTACCCAGACATCCCAGTGGCAAACGGATACTCAGCTAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTATTCCACTACCCAGACATCCCAGTGGCAAACGGATACTCAGCTAC  736

seq1  CAACAGCCCAATGAGGAAATATGTTAAGTGCCTTCTTGGCATAGCAATGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCCCAATGAGGAAATATGTTAAGTGCCTTCTTGGCATAGCAATGA  786

seq1  AACTAGAACCTGAGAGAGGGCCATAGGCTGTATGCTACCAGTGTGCTAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGAACCTGAGAGAGGGCCATAGGCTGTATGCTACCAGTGTGCTAGA  836

seq1  GAAAAGTCATGTCCATTATCATTCCTCTGCAGGAACAAGTGGGACAAGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTCATGTCCATTATCATTCCTCTGCAGGAACAAGTGGGACAAGCC  886

seq1  AAAAACACAGTGCGCTCAATCTGGGGTAACTGGAAGCCAGTCCTCTTCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACAGTGCGCTCAATCTGGGGTAACTGGAAGCCAGTCCTCTTCTT  936

seq1  CCTCAGACTAAGCCCTGCCAGGCTTTGCACATCCTATGAGCCACCATGCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGACTAAGCCCTGCCAGGCTTTGCACATCCTATGAGCCACCATGCT  986

seq1  TCCTCAGGCAACATGGCGAGCTCTTCCCTCCACACAGACCATGCCCCTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGGCAACATGGCGAGCTCTTCCCTCCACACAGACCATGCCCCTTC  1036

seq1  TCTGCCCAGTACTCTTCCTTCCTCCTCAGAATTC  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCAGTACTCTTCCTTCCTCCTCAGAATTC  1070