BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313P04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 74,325,624 - 74,467,295
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLnp, LOC100040519
Upstream geneWipf1, Chrna1, Chn1, Atf2, Atp5g3, LOC667729, LOC100040172
Downstream geneEvx2, Hoxd13, Hoxd12, Hoxd11, Hoxd10, Hoxd9, Hoxd8, 1700109F18Rik, Hoxd3, Hoxd4, LOC667804, Hoxd1, Mtx2, LOC667817, A330043C09Rik, LOC667739, LOC545423, LOC100040324
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313P04.bB6Ng01-313P04.g
ACCGA105021GA105022
length1,1351,176
definitionB6Ng01-313P04.b B6Ng01-313P04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,466,155 - 74,467,295)(74,325,624 - 74,326,805)
sequence
gaattctgtggaggtcagaatggtagagagcaagagcggcaggcagtttg
cacactgagccgggttccccagtcctcttgaggtgcgcacgcacacacat
gacacacacacacacacacacacacacacacagttggggaatttcttttt
gaaatcctaaggcctgtgtcctacacacagtgattctgatgtaactggtc
tgggatacagcctggctgattgtgtctggaaatgcagagtctgctgtgca
accagaaagactgctttattccctttcctggaggaggcagccgactccca
gagagagcatatgtcctgcctatgcatggtggctagaaccaaactgtagg
ctcaggcctcctgacacctgcctaagggactttttctggagctactattt
gtcattgcttccagtgtctaccttctccccaggacacaggcttcattggc
catacatacacacacacacacacacggccaatactatattttctaattag
gacaaaacatttaagaaattttgtcatgtagtgtctaaaatataaccaaa
taaccaaagaatatttttgagtctatgtgaatatagaaccatgttcctgt
ctgccattttggtaaacgaaataattgtatcctttatgagtgaaaataaa
gaactgctttcaaactcttgatacttgattgaatttggccttcgtatgtc
aagaatacttaccagaaactcaggtaccatgtttaaaaacagtttgctgt
tgtgggtgtgcaggtgagggagaccagtgctttatccaaatatttctctg
aagctctgagatttgggctaagaactctttgcccattccattatccgggc
atctagagattaccaggtcaattgatccctggaaagtagagggagcaagg
ctgtctgttgcagcgtgacagattattcccaaaccagaaagcactttatg
acatctcacagttttgaggggtacactgggcttaattgttgattccacag
tctagtgacatcatgtgatactcttaggtagtcagacagagctgcactgc
tctgagaatctaataacagctcatccatgttttggctgtgggagaagagg
atgaagccaggctcgtttaacttgtctacaaaagt
gaattccagatctttaaaaatgactttaagtctatttgcacaactaaact
tggttatgaagccatgtaatcattctttaatttccccccgtgatttgcat
ggacttcaggtagtaagataagcatttcttccctaagatggatcagggga
tgcacacacaacatgtagtcaacactcggttttgtttaaagacacttcct
gatttgaaaaagaaaaaaaaaaagatgaaattgagcaatgttccagcttt
aatacattccgtatcgtcatggttttgataaataacagaggcgtactgaa
ggactttataaagcctcgtgcacagggagcttggggagaagagttgactt
aggcaaaaccttctcttgacaggagggaaaaagaaatctaatgtgattct
gtgggaggagcagacatctctgtaaatggagagcaggaaacaagcaaaca
aaatataaaatgttcagagggaaaactgtatgcacagtattaatgttaac
cttcctccatgatgcccgacgttacaggaaaagcacacttctttccataa
actcaagggaaggagagttttgagaacaagcgacagagaactctaatgtc
taataaagtcaaatacactctctttccagtttggtcccagcaacgcacac
caggattagattaaatatgcattgtaatagtcaaggcttgctaagcactg
ctctttaatgtgtatctgggcatattatattgacttatacactgttctac
tttattccattgtttatacttaaaattagatctatgttctatgctctaat
tttaacagtatgagtccctagagaaaaagttatattgggtttctaatata
acgctcctttatgtgtgttttgtaaatgcctataagactctataaccaaa
agcattcaccaggaggcagcttacccagatcgtaggcacagggccacaga
gaagatagccactaacgggttatacggcaaatgcaaatctagtaattaaa
cacaaactcacatcaccctaaatacttagtgccacaggtatgctgcttct
tccctgttgcatggagatgaagagcagctggtagggcccggtctgtggat
ccagctagcaatggctgcacatccaattacctaagaattcgtcggaagtt
ccaactctcacgttacctttccctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_74466155_74467295
seq2: B6Ng01-313P04.b_47_1181 (reverse)

seq1  ACTTTTGTAGACAGTTTTAACGGGGCCCTGCCTTCCATCTC-TCTCCCAA  49
      |||||||||||||  || |||| |  |||| ||||   ||| |||||| |
seq2  ACTTTTGTAGACAAGTTAAACGAG--CCTGGCTTCATCCTCTTCTCCC-A  47

seq1  CAGCC-AAACATGGATGGAGCTG-TATTAGATTCTCCAGAGCAGTGCAGC  97
      ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  CAGCCAAAACATGGAT-GAGCTGTTATTAGATTCT-CAGAGCAGTGCAG-  94

seq1  CTCTGTCTGACTACCCTAAGAAGTATCACATGATGTCACTTAGACTGTGG  147
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTCTGTCTGACTA-CCTAAG-AGTATCACATGATGTCAC-TAGACTGTGG  141

seq1  AATCAACAATTAAGCCCAGTGTACCCCTCAAAACTGTGAGATGTCATAAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACAATTAAGCCCAGTGTACCCCTCAAAACTGTGAGATGTCATAAA  191

seq1  GTGCTTTCTGGTTTGGGAATAATCTGTCACGCTGCAACAGACAGCCTTGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTCTGGTTTGGGAATAATCTGTCACGCTGCAACAGACAGCCTTGC  241

seq1  TCCCTCTACTTTCCAGGGATCAATTGACCTGGTAATCTCTAGATGCCCGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTACTTTCCAGGGATCAATTGACCTGGTAATCTCTAGATGCCCGG  291

seq1  ATAATGGAATGGGCAAAGAGTTCTTAGCCCAAATCTCAGAGCTTCAGAGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGAATGGGCAAAGAGTTCTTAGCCCAAATCTCAGAGCTTCAGAGA  341

seq1  AATATTTGGATAAAGCACTGGTCTCCCTCACCTGCACACCCACAACAGCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTGGATAAAGCACTGGTCTCCCTCACCTGCACACCCACAACAGCA  391

seq1  AACTGTTTTTAAACATGGTACCTGAGTTTCTGGTAAGTATTCTTGACATA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTTTTAAACATGGTACCTGAGTTTCTGGTAAGTATTCTTGACATA  441

seq1  CGAAGGCCAAATTCAATCAAGTATCAAGAGTTTGAAAGCAGTTCTTTATT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGGCCAAATTCAATCAAGTATCAAGAGTTTGAAAGCAGTTCTTTATT  491

seq1  TTCACTCATAAAGGATACAATTATTTCGTTTACCAAAATGGCAGACAGGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCATAAAGGATACAATTATTTCGTTTACCAAAATGGCAGACAGGA  541

seq1  ACATGGTTCTATATTCACATAGACTCAAAAATATTCTTTGGTTATTTGGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTTCTATATTCACATAGACTCAAAAATATTCTTTGGTTATTTGGT  591

seq1  TATATTTTAGACACTACATGACAAAATTTCTTAAATGTTTTGTCCTAATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTAGACACTACATGACAAAATTTCTTAAATGTTTTGTCCTAATT  641

seq1  AGAAAATATAGTATTGGCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGGCCAAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATATAGTATTGGCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGGCCAAT  691

seq1  GAAGCCTGTGTCCTGGGGAGAAGGTAGACACTGGAAGCAATGACAAATAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTGTGTCCTGGGGAGAAGGTAGACACTGGAAGCAATGACAAATAG  741

seq1  TAGCTCCAGAAAAAGTCCCTTAGGCAGGTGTCAGGAGGCCTGAGCCTACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCAGAAAAAGTCCCTTAGGCAGGTGTCAGGAGGCCTGAGCCTACA  791

seq1  GTTTGGTTCTAGCCACCATGCATAGGCAGGACATATGCTCTCTCTGGGAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTTCTAGCCACCATGCATAGGCAGGACATATGCTCTCTCTGGGAG  841

seq1  TCGGCTGCCTCCTCCAGGAAAGGGAATAAAGCAGTCTTTCTGGTTGCACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCTGCCTCCTCCAGGAAAGGGAATAAAGCAGTCTTTCTGGTTGCACA  891

seq1  GCAGACTCTGCATTTCCAGACACAATCAGCCAGGCTGTATCCCAGACCAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTCTGCATTTCCAGACACAATCAGCCAGGCTGTATCCCAGACCAG  941

seq1  TTACATCAGAATCACTGTGTGTAGGACACAGGCCTTAGGATTTCAAAAAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCAGAATCACTGTGTGTAGGACACAGGCCTTAGGATTTCAAAAAG  991

seq1  AAATTCCCCAACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCATGTGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCCCAACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCATGTGT  1041

seq1  GTGCGTGCGCACCTCAAGAGGACTGGGGAACCCGGCTCAGTGTGCAAACT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGTGCGCACCTCAAGAGGACTGGGGAACCCGGCTCAGTGTGCAAACT  1091

seq1  GCCTGCCGCTCTTGCTCTCTACCATTCTGACCTCCACAGAATTC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCGCTCTTGCTCTCTACCATTCTGACCTCCACAGAATTC  1135

seq1: chr2_74325624_74326805
seq2: B6Ng01-313P04.g_67_1242

seq1  GAATTCCAGATCTTTAAAAATGACTTTAAGTCTATTTGCACAACTAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGATCTTTAAAAATGACTTTAAGTCTATTTGCACAACTAAACT  50

seq1  TGGTTATGAAGCCATGTAATCATTCTTTAATTTCCCCCCGTGATTTGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTATGAAGCCATGTAATCATTCTTTAATTTCCCCCCGTGATTTGCAT  100

seq1  GGACTTCAGGTAGTAAGATAAGCATTTCTTCCCTAAGATGGATCAGGGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCAGGTAGTAAGATAAGCATTTCTTCCCTAAGATGGATCAGGGGA  150

seq1  TGCACACACAACATGTAGTCAACACTCGGTTTTGTTTAAAGACACTTCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACAACATGTAGTCAACACTCGGTTTTGTTTAAAGACACTTCCT  200

seq1  GATTTGAAAAAGAAAAAAAAAAAGATGAAATTGAGCAATGTTCCAGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGAAAAAGAAAAAAAAAAAGATGAAATTGAGCAATGTTCCAGCTTT  250

seq1  AATACATTCCGTATCGTCATGGTTTTGATAAATAACAGAGGCGTACTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTCCGTATCGTCATGGTTTTGATAAATAACAGAGGCGTACTGAA  300

seq1  GGACTTTATAAAGCCTCGTGCACAGGGAGCTTGGGGAGAAGAGTTGACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTTATAAAGCCTCGTGCACAGGGAGCTTGGGGAGAAGAGTTGACTT  350

seq1  AGGCAAAACCTTCTCTTGACAGGAGGGAAAAAGAAATCTAATGTGATTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAACCTTCTCTTGACAGGAGGGAAAAAGAAATCTAATGTGATTCT  400

seq1  GTGGGAGGAGCAGACATCTCTGTAAATGGAGAGCAGGAAACAAGCAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGGAGCAGACATCTCTGTAAATGGAGAGCAGGAAACAAGCAAACA  450

seq1  AAATATAAAATGTTCAGAGGGAAAACTGTATGCACAGTATTAATGTTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAAAATGTTCAGAGGGAAAACTGTATGCACAGTATTAATGTTAAC  500

seq1  CTTCCTCCATGATGCCCGACGTTACAGGAAAAGCACACTTCTTTCCATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCCATGATGCCCGACGTTACAGGAAAAGCACACTTCTTTCCATAA  550

seq1  ACTCAAGGGAAGGAGAGTTTTGAGAACAAGCGACAGAGAACTCTAATGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGGGAAGGAGAGTTTTGAGAACAAGCGACAGAGAACTCTAATGTC  600

seq1  TAATAAAGTCAAATACACTCTCTTTCCAGTTTGGTCCCAGCAACGCACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAGTCAAATACACTCTCTTTCCAGTTTGGTCCCAGCAACGCACAC  650

seq1  CAGGATTAGATTAAATATGCATTGTAATAGTCAAGGCTTGCTAAGCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTAGATTAAATATGCATTGTAATAGTCAAGGCTTGCTAAGCACTG  700

seq1  CTCTTTAATGTGTATCTGGGCATATTATATTGACTTATACACTGTTCTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAATGTGTATCTGGGCATATTATATTGACTTATACACTGTTCTAC  750

seq1  TTTATTCCATTGTTTATACTTAAAATTAGATCTATGTTCTATGCTCTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCCATTGTTTATACTTAAAATTAGATCTATGTTCTATGCTCTAAT  800

seq1  TTTAACAGTATGAGTCCCTAGAGAAAAAGTTATATT-GGTTTCTAATATA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTAACAGTATGAGTCCCTAGAGAAAAAGTTATATTGGGTTTCTAATATA  850

seq1  ACGCTCCTTTATGTGTGTTTTGTAAATGCCTATAAGACTCTATAACCAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTCCTTTATGTGTGTTTTGTAAATGCCTATAAGACTCTATAACCAAA  900

seq1  AGCATTCACCAGGAGGCAGCTTACCCAGATCGTAGGCACA-GGCCACAGA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCATTCACCAGGAGGCAGCTTACCCAGATCGTAGGCACAGGGCCACAGA  950

seq1  GAAGATAGCCACTAACGGGTTATAACGGCAAATGCAAATCTAGTAATTAA  998
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATAGCCACTAACGGGTTAT-ACGGCAAATGCAAATCTAGTAATTAA  999

seq1  ACACAAACTCACATCACCCTAAATACTTAGTGCCACAGTTAATGCCTGCT  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||
seq2  ACACAAACTCACATCACCCTAAATACTTAGTGCCACAGGT-ATG-CTGCT  1047

seq1  TCTTCCCCTGTTGCCATGGAGATGAAGAGCAGCTGGTAGGCCCCGGGTCT  1098
      |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  TCTT-CCCTGTTG-CATGGAGATGAAGAGCAGCTGGTAGGGCCC-GGTCT  1094

seq1  GTGGTTCCCCAGCTAGCCATGGCTGCACATCACAATTACCTAGGGATCCC  1148
      |||| |  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | || | 
seq2  GTGGAT--CCAGCTAGCAATGGCTGCACATC-CAATTACCTAAGAATTCG  1141

seq1  TCGAGAAAGTCCAAACTCTCAC-TTAC--TTCCCTCC  1182
      ||  | |||| | ||||||||| ||||  ||||||||
seq2  TC--GGAAGTTCCAACTCTCACGTTACCTTTCCCTCC  1176