BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314F01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 29,413,119 - 29,444,398
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCel, Gtf3c5, Gfi1b, Tsc1, 1700026L06Rik, 1190002A17Rik, LOC665643, Gtf3c4, Ddx31, Barhl1, LOC100033452, 1700101E01Rik, LOC100039666, Ttf1, Setx, Ntng2, Crsp8
Downstream geneRapgef1, LOC433415, OTTMUSG00000012686, Trub2, Coq4, Slc27a4, Urm1, LOC100041002, Ceecam1, Odf2, Gle1l, Spna2, LOC665532, Wdr34, Set, Pkn3, Zdhhc12, Zer1, LOC100041114, Tbc1d13, Slc39a1-ps, Endog, D2Wsu81e, Ccbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188, Sh3glb2, 5730472N09Rik, Dolpp1, Crat, Ppp2r4, Ier5l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314F01.bB6Ng01-314F01.g
ACCGA105284GA105285
length1,1271,030
definitionB6Ng01-314F01.b B6Ng01-314F01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,443,269 - 29,444,398)(29,413,119 - 29,414,151)
sequence
gaattcagaaatccacctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaaggt
gtgcgccaccactgcctggctgctccctttctttatatcttccctacctc
cccatcacatagctgttcatcatggtggtgcccaccatccaggaccatgg
tgggcaggccctgggttgtcttcctcctcctcttcctcctcctccctctc
ctttcccttaggtaacctgcgcccgccccccctgccccatcaatgcattc
ttgttggggattcttagattctgtgcccactgctatgattctcccctgaa
acaaggcaatggagctgcggttcccacttctcgaagactctgttcctctc
aggagcttttgatggctgctttaagcttgaacataccagactggcttctg
tatcccacccagacgccctgcagtctctggtcttgcacccctcccccagc
tttgctgtccaccccctaccccattgccttctgtcagctgtgctgaccat
agacactccacatccttccacctttcccaaataccaccaggaagcccttc
cacggcagccctcaccatttaataaatgaattctgttcttcccgtgcaac
acaggcatgcctatctggggccattgtgtagcctgggctggcactgaacc
agagcgatcctactgcaacttccagactgctgggatgatgggaggaagcc
agggtgcctggcctatgattcatctgacttattttagaatgatatctagt
ttctatgtggtgttagggatggactttggggacttgtgtatgccaggaaa
acaatacttgatgagacattctttgctttgagcacaaaaccgtcagtgtg
tccatttaaataaacaaactaacaaaaaaccaagattttactttttagcc
caggctagcctggaactcactatacatcattgagggtagcccttgaactt
gtgactgtcctgcctatcagccctctgggtctgtggtggttacagttaga
gccatttacactcagtttaaaaagtagaaacttttaacgatttttaaaaa
aacctgttatgatctttgtgagttccatcaatgcaactcaatccacccat
ctcccatctctcagatctccctatacc
gaattcacagctgctggggggctcatgaattatgcacagtcccagatcaa
cccatcagctactgtcagggaggaatcaaaggccctgtgatgggtgacag
ccttctgtggcacctagaaccctttgcaagagtcctgatgtcaccagatc
ctgtagttctccgatctctacccctcccagatggccctctctctgtttca
atgccaggtgcgggtctgatggactggaaggggacctcaacaacaaaaag
cctggcccatgttttctgagttcgttccgaaatgctcaggctgaataatt
gatggcagcactatatttgtgagggaaatgtcaccttgggtatagctaca
gcatcgaagcttcctttggtcaagtcacacttggtagtggattcttgtaa
tcccagggtgggggtggtagggtagaagcagtaagatcaggtgttcaggg
tcagcctcaactacatagagagttcaaggacagacttggctaggtgagac
ctctgtccagggtgtgtgaaggatccacacaagtaaagataaactgagcc
acaaaacagggaatgaatctagacacaggtactctcctgcccagaatgca
gtggggcaaccccactgtcacaggggcagaattatcccaaaccactcatt
acagataaggaaaagttcatcgagggaggactggagggctgactgtgaaa
gtgctcagaggagatagaagatgggacgtggaaaatagtgtcacccatac
ctcaggcaaaatgattccccacataccgtcacacacgtggaatggcccag
ctctcgtgacacaatggcttctcaggtaaccagccccatcctgaagccat
tagggtaccagccactagccacagtagggcatactcaagaaagtctgccc
agaccagagacttcaggagtctctgaatgtcaggacagggactgagaccc
cttggaatctaaatgtctatgttctcagtcatatatattataaagtttac
gcgcgcacacaacacacatgcacagagaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_29443269_29444398
seq2: B6Ng01-314F01.b_43_1169 (reverse)

seq1  GGTATAGGGAAGATACAGAGAGATGGGGAGATGGGTGGGATTGAGGTGCA  50
      ||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
seq2  GGTATAGGG-AGAT-CTGAGAGAT-GGGAGATGGGT-GGATTGAGTTGCA  46

seq1  -TGATGGGAAATTCACAAAGAATCAATAAACAGGTTTTTTAAAAATCCGT  99
       ||||||  || |||||||| ||||   |||||||||||| ||||  || 
seq2  TTGATGG--AACTCACAAAG-ATCA--TAACAGGTTTTTTTAAAAATCG-  90

seq1  TTAAAAGTTTCTACTTTTT-AACTGAGTGT-AATGGCTCTAACTGTAACC  147
      ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGTTTCTACTTTTTAAACTGAGTGTAAATGGCTCTAACTGTAACC  140

seq1  ACCACAGA-CCAGA-GGCTGATAGGCAGGACAGTCACAAGTTCAA-GGCT  194
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCACAGACCCAGAGGGCTGATAGGCAGGACAGTCACAAGTTCAAGGGCT  190

seq1  ACCCTCAATGATGTATAGTGAGTTCCAGGCTAGCCTGGGCTAAAAAGTAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCAATGATGTATAGTGAGTTCCAGGCTAGCCTGGGCTAAAAAGTAA  240

seq1  AATCTTGGTTTTTTGTTAGTTTGTTTATTTAAATGGACACACTGACGGTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGGTTTTTTGTTAGTTTGTTTATTTAAATGGACACACTGACGGTT  290

seq1  TTGTGCTCAAAGCAAAGAATGTCTCATCAAGTATTGTTTTCCTGGCATAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTCAAAGCAAAGAATGTCTCATCAAGTATTGTTTTCCTGGCATAC  340

seq1  ACAAGTCCCC-AAGTCCATCCCTAACACCACATAGAAACTAGATATCATT  393
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCCCCAAAGTCCATCCCTAACACCACATAGAAACTAGATATCATT  390

seq1  CTAAAATAAGTCAGATGAATCATAGGCCAGGCACCCTGGCTTCCTCCCAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATAAGTCAGATGAATCATAGGCCAGGCACCCTGGCTTCCTCCCAT  440

seq1  CATCCCAGCAGTCTGGAAGTTGCAGTAGGATCGCTCTGGTTCAGTGCCAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAGCAGTCTGGAAGTTGCAGTAGGATCGCTCTGGTTCAGTGCCAG  490

seq1  CCCAGGCTACACAATGGCCCCAGATAGGCATGCCTGTGTTGCACGGGAAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCTACACAATGGCCCCAGATAGGCATGCCTGTGTTGCACGGGAAG  540

seq1  AACAGAATTCATTTATTAAATGGTGAGGGCTGCCGTGGAAGGGCTTCCTG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATTCATTTATTAAATGGTGAGGGCTGCCGTGGAAGGGCTTCCTG  590

seq1  GTGGTATTTGGGAAAGGTGGAAGGATGTGGAGTGTCTATGGTCAGCACAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATTTGGGAAAGGTGGAAGGATGTGGAGTGTCTATGGTCAGCACAG  640

seq1  CTGACAGAAGGCAATGGGGTAGGGGGTGGACAGCAAAGCTGGGGGAGGGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGAAGGCAATGGGGTAGGGGGTGGACAGCAAAGCTGGGGGAGGGG  690

seq1  TGCAAGACCAGAGACTGCAGGGCGTCTGGGTGGGATACAGAAGCCAGTCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGACCAGAGACTGCAGGGCGTCTGGGTGGGATACAGAAGCCAGTCT  740

seq1  GGTATGTTCAAGCTTAAAGCAGCCATCAAAAGCTCCTGAGAGGAACAGAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGTTCAAGCTTAAAGCAGCCATCAAAAGCTCCTGAGAGGAACAGAG  790

seq1  TCTTCGAGAAGTGGGAACCGCAGCTCCATTGCCTTGTTTCAGGGGAGAAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCGAGAAGTGGGAACCGCAGCTCCATTGCCTTGTTTCAGGGGAGAAT  840

seq1  CATAGCAGTGGGCACAGAATCTAAGAATCCCCAACAAGAATGCATTGATG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCAGTGGGCACAGAATCTAAGAATCCCCAACAAGAATGCATTGATG  890

seq1  GGGCAGGGGGGGCGGGCGCAGGTTACCTAAGGGAAAGGAGAGGGAGGAGG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGGGGGGCGGGCGCAGGTTACCTAAGGGAAAGGAGAGGGAGGAGG  940

seq1  AGGAAGAGGAGGAGGAAGACAACCCAGGGCCTGCCCACCATGGTCCTGGA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGGAGGAGGAAGACAACCCAGGGCCTGCCCACCATGGTCCTGGA  990

seq1  TGGTGGGCACCACCATGATGAACAGCTATGTGATGGGGAGGTAGGGAAGA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGGCACCACCATGATGAACAGCTATGTGATGGGGAGGTAGGGAAGA  1040

seq1  TATAAAGAAAGGGAGCAGCCAGGCAGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGAAAGGGAGCAGCCAGGCAGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCA  1090

seq1  GCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAATTC  1127

seq1: chr2_29413119_29414151
seq2: B6Ng01-314F01.g_62_1091

seq1  GAATTCACAGCTGCTGGGGGGCTCATGAATTATGCACAGTCCCAGATCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGCTGCTGGGGGGCTCATGAATTATGCACAGTCCCAGATCAA  50

seq1  CCCATCAGCTACTGTCAGGGAGGAATCAAAGGCCCTGTGATGGGTGACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCAGCTACTGTCAGGGAGGAATCAAAGGCCCTGTGATGGGTGACAG  100

seq1  CCTTCTGTGGCACCTAGAACCCTTTGCAAGAGTCCTGATGTCACCAGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGTGGCACCTAGAACCCTTTGCAAGAGTCCTGATGTCACCAGATC  150

seq1  CTGTAGTTCTCCGATCTCTACCCCTCCCAGATGGCCCTCTCTCTGTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTTCTCCGATCTCTACCCCTCCCAGATGGCCCTCTCTCTGTTTCA  200

seq1  ATGCCAGGTGCGGGTCTGATGGACTGGAAGGGGACCTCAACAACAAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGGTGCGGGTCTGATGGACTGGAAGGGGACCTCAACAACAAAAAG  250

seq1  CCTGGCCCATGTTTTCTGAGTTCGTTCCGAAATGCTCAGGCTGAATAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCCATGTTTTCTGAGTTCGTTCCGAAATGCTCAGGCTGAATAATT  300

seq1  GATGGCAGCACTATATTTGTGAGGGAAATGTCACCTTGGGTATAGCTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCAGCACTATATTTGTGAGGGAAATGTCACCTTGGGTATAGCTACA  350

seq1  GCATCGAAGCTTCCTTTGGTCAAGTCACACTTGGTAGTGGATTCTTGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCGAAGCTTCCTTTGGTCAAGTCACACTTGGTAGTGGATTCTTGTAA  400

seq1  TCCCAGGGTGGGGGTGGTAGGGTAGAAGCAGTAAGATCAGGTGTTCAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGGTGGGGGTGGTAGGGTAGAAGCAGTAAGATCAGGTGTTCAGGG  450

seq1  TCAGCCTCAACTACATAGAGAGTTCAAGGACAGACTTGGCTAGGTGAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCAACTACATAGAGAGTTCAAGGACAGACTTGGCTAGGTGAGAC  500

seq1  CTCTGTCCAGGGTGTGTGAAGGATCCACACAAGTAAAGATAAACTGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCCAGGGTGTGTGAAGGATCCACACAAGTAAAGATAAACTGAGCC  550

seq1  ACAAAACAGGGAATGAATCTAGACACAGGTACTCTCCTGCCCAGAATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAGGGAATGAATCTAGACACAGGTACTCTCCTGCCCAGAATGCA  600

seq1  GTGGGGCAACCCCACTGTCACAGGGGCAGAATTATCCCAAACCACTCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGCAACCCCACTGTCACAGGGGCAGAATTATCCCAAACCACTCATT  650

seq1  ACAGATAAGGAAAAGTTCATCGAGGGAGGACTGGAGGGCTGACTGTGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAAGGAAAAGTTCATCGAGGGAGGACTGGAGGGCTGACTGTGAAA  700

seq1  GTGCTCAGAGGAGATAGAAGATGGGACGTGGAAAATAGTGTCACCCATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCAGAGGAGATAGAAGATGGGACGTGGAAAATAGTGTCACCCATAC  750

seq1  CTCAGGCAAAATGATTCCCCACATACCGTCACACACGTGGAATGGCCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCAAAATGATTCCCCACATACCGTCACACACGTGGAATGGCCCAG  800

seq1  CTCTCGTGACACAATGGCTTCTCAGGTAACCAGCCCCATCCTGAAGCCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCGTGACACAATGGCTTCTCAGGTAACCAGCCCCATCCTGAAGCCAT  850

seq1  TAGGGTACCAGCCACTAGCCACAGTAGGGCATACTCAAAGAAAGTCTGCC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAGGGTACCAGCCACTAGCCACAGTAGGGCATACTC-AAGAAAGTCTGCC  899

seq1  CAGACCAGAGACTTCAGGAGTCTCTGAATGTCAGGGACAGGGACTGAGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGACCAGAGACTTCAGGAGTCTCTGAATGTCA-GGACAGGGACTGAGAC  948

seq1  CCCTTGGAATCTAAATGTCTATGTTCTCCAGTCATATATATTATAAAGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  CCCTTGGAATCTAAATGTCTATGTTCT-CAGTCATATATATTATAAAGTT  997

seq1  TACGCGCGCACAC-ACACACATGCACAAGAGACA  1033
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TACGCGCGCACACAACACACATGCAC-AGAGACA  1030