BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315E19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 27,077,277 - 27,203,637
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSardh, Vav2
Upstream geneQscn6l1, C030048H21Rik, 4932418E24Rik, Gpsm1, D2Bwg1335e, Card9, Snapc4, Sdccag3, Pmpca, Inpp5e, AU024582, Notch1, Egfl7, Agpat2, B230317C12Rik, 5730588L14Rik, LOC100039446, Lcn4, LOC669582, Abo, Surf6, Surf5-ps, Surf5, Rpl7a, Surf1, Surf2, Surf4, Gm711, Rexo4, Adamts13, 5930434B04Rik, Slc2a6, LOC665315, 1110002H13Rik, Adamtsl2, C630035N08Rik, Dbh
Downstream geneD2Bwg1423e, Brd3, Wdr5, Rxra, Col5a1, Fcnb, Olfm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315E19.bB6Ng01-315E19.g
ACCGA105986GA105987
length4211,090
definitionB6Ng01-315E19.b B6Ng01-315E19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,077,277 - 27,077,703)(27,202,547 - 27,203,637)
sequence
acagactatgctaaacaatctttaaaaggaagaaccaagttgatgcagtc
tcactgcctgattccagcacttgttggggcagggggagggggaccacagt
agacataatagccaacatttgctggggaaagaaaaaaaaatacagcagac
aaaacagtgtcgggctgagctggtaatggaggtgtgtcctagtggagcag
agccctgtctggaaatctccctgatggtgttggcggagattggttttttt
tctatgagaaccccaggagaattccatggggatactgagtcctctcagca
aatggatgcccacacgcaaaacaatcacatttaaacacttcattgtgcca
tgcacaagactccagacaaatgacaaacccttagaagaaaacccagaaat
gtgtgtgtgtggggggggggg
gaattcccagctctcacctggctgctcacaatggtccgtaattccagttc
cgtgggatctgatgctctcttctagcctctgcaggcacagcacacaaatg
gtgcatagacatacacataggcaaaatacctgtacatgtaaaataagtaa
aatttgaaaaagctagcctgcactcatgtctgtccaccacatgtgtgtcc
agggcccatggatgccagaagagggtgttgaatcttgggtgactgttgaa
actagttctccaactgatagtgtttgaaatcacctaggataaacctctgg
gcattccctgaggtatttgctagactaggctaagggaggtaagctgatag
cctgagatgagtggtaccttccatgggctgggatccatgggtggaataaa
aagaagaaagtgagctgagtaccagcattcatccctccctgactcctggc
tgcagccccaagttcctgccaccgggacttccctccgccatgatggattg
tatcctaaaaccatgagccaaaagaaataattcctaaagttgcttttctc
acagtaatataataactgatacatcacacaaagaaattagagtgtgagca
cttgcctatgtgagctagtgtcagcatgtgtatgtagggtgtgagcttat
attcatggatgtggctgtcagtgaattgtcagtatgtcttggtgtgtgtc
tgcacaagctttgtgtgagcatgtttgtgcatgtgtgtgtgtgaacaggt
ctatgtgtgaattcagcacttgagcgtgcattctcttgggagtatgaagt
gggagctcttggacaggcagtggtggccaagctgtgaggtatacatgagg
atctccttgtctctgaggcaaccagaccttggggaccacatttagcatga
caatgcatagcaacctgaccaaacttcaacatgccagtctcctttgtgaa
ccctgtccctcccagcagaggcctgtgctatgggatgtgatcctcatctg
tcttgggtcatatcatggaggatgtacagcaccatcagctgagcttgggg
tgttgtccaagtgtactgtacctggtgtgtgcctcctact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_27077277_27077703
seq2: B6Ng01-315E19.b_44_470

seq1  GAATTCACAGACTATGCTAAACAATCTTTAAAAGGAAGAACCAAGTTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGACTATGCTAAACAATCTTTAAAAGGAAGAACCAAGTTGAT  50

seq1  GCAGTCTCACTGCCTGATTCCAGCACTTGTTGGGGCAGGGGGAGGGGGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTCACTGCCTGATTCCAGCACTTGTTGGGGCAGGGGGAGGGGGAC  100

seq1  CACAGTAGACATAATAGCCAACATTTGCTGGGGAAAGAAAAAAAAATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTAGACATAATAGCCAACATTTGCTGGGGAAAGAAAAAAAAATACA  150

seq1  GCAGACAAAACAGTGTCGGGCTGAGCTGGTAATGGAGGTGTGTCCTAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACAAAACAGTGTCGGGCTGAGCTGGTAATGGAGGTGTGTCCTAGTG  200

seq1  GAGCAGAGCCCTGTCTGGAAATCTCCCTGATGGTGTTGGCGGAGATTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAGCCCTGTCTGGAAATCTCCCTGATGGTGTTGGCGGAGATTGGT  250

seq1  TTTTTTTCTATGAGAACCCCAGGAGAATTCCATGGGGATACTGAGTCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTATGAGAACCCCAGGAGAATTCCATGGGGATACTGAGTCCTC  300

seq1  TCAGCAAATGGATGCCCACACGCAAAACAATCACATTTAAACACTTCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAAATGGATGCCCACACGCAAAACAATCACATTTAAACACTTCATT  350

seq1  GTGCCATGCACAAGACTCCAGACAAATGACAAACCCTTAGAAGAAAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCATGCACAAGACTCCAGACAAATGACAAACCCTTAGAAGAAAACCC  400

seq1  AGAAATGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGG  427
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTGTGTGTGTGGGGGGGGGGG  427

seq1: chr2_27202547_27203637
seq2: B6Ng01-315E19.g_64_1153 (reverse)

seq1  AGTAGGGAGCACACAC--AGTACAGTTACAC-TGGACAACA-CCCAAGCT  46
      ||||||  ||||||||   |||||| ||||| ||||||||| ||||||||
seq2  AGTAGGAGGCACACACCAGGTACAG-TACACTTGGACAACACCCCAAGCT  49

seq1  CAGCTGATGGTGCCTGTTACATCCTTCCATGATATGACCCAAGACAGATG  96
      |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGATGGTG-CTG-TACATCC-TCCATGATATGACCCAAGACAGATG  96

seq1  AGGTTCCACATCCCATAGCACAGGCCTCTGCTGGGAGGGACAGGGTTCAC  146
      ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAT-CACATCCCATAGCACAGGCCTCTGCTGGGAGGGACAGGGTTCAC  145

seq1  AAAGGAGACTGGCATGTTGAAGTTTGGTCAGGTTGCTATGCATTGTCATG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGACTGGCATGTTGAAGTTTGGTCAGGTTGCTATGCATTGTCATG  195

seq1  CTAAATGTGGTCCCCAAGGTCTGGTTGCCTCAGAGACAAGGAGATCCTCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGTGGTCCCCAAGGTCTGGTTGCCTCAGAGACAAGGAGATCCTCA  245

seq1  TGTATACCTCACAGCTTGGCCACCACTGCCTGTCCAAGAGCTCCCACTTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACCTCACAGCTTGGCCACCACTGCCTGTCCAAGAGCTCCCACTTC  295

seq1  ATACTCCCAAGAGAATGCACGCTCAAGTGCTGAATTCACACATAGACCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCCCAAGAGAATGCACGCTCAAGTGCTGAATTCACACATAGACCTG  345

seq1  TTCACACACACACATGCACAAACATGCTCACACAAAGCTTGTGCAGACAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACACACACATGCACAAACATGCTCACACAAAGCTTGTGCAGACAC  395

seq1  ACACCAAGACATACTGACAATTCACTGACAGCCACATCCATGAATATAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAGACATACTGACAATTCACTGACAGCCACATCCATGAATATAAG  445

seq1  CTCACACCCTACATACACATGCTGACACTAGCTCACATAGGCAAGTGCTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACCCTACATACACATGCTGACACTAGCTCACATAGGCAAGTGCTC  495

seq1  ACACTCTAATTTCTTTGTGTGATGTATCAGTTATTATATTACTGTGAGAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTAATTTCTTTGTGTGATGTATCAGTTATTATATTACTGTGAGAA  545

seq1  AAGCAACTTTAGGAATTATTTCTTTTGGCTCATGGTTTTAGGATACAATC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACTTTAGGAATTATTTCTTTTGGCTCATGGTTTTAGGATACAATC  595

seq1  CATCATGGCGGAGGGAAGTCCCGGTGGCAGGAACTTGGGGCTGCAGCCAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGGCGGAGGGAAGTCCCGGTGGCAGGAACTTGGGGCTGCAGCCAG  645

seq1  GAGTCAGGGAGGGATGAATGCTGGTACTCAGCTCACTTTCTTCTTTTTAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGGGAGGGATGAATGCTGGTACTCAGCTCACTTTCTTCTTTTTAT  695

seq1  TCCACCCATGGATCCCAGCCCATGGAAGGTACCACTCATCTCAGGCTATC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCATGGATCCCAGCCCATGGAAGGTACCACTCATCTCAGGCTATC  745

seq1  AGCTTACCTCCCTTAGCCTAGTCTAGCAAATACCTCAGGGAATGCCCAGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTACCTCCCTTAGCCTAGTCTAGCAAATACCTCAGGGAATGCCCAGA  795

seq1  GGTTTATCCTAGGTGATTTCAAACACTATCAGTTGGAGAACTAGTTTCAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATCCTAGGTGATTTCAAACACTATCAGTTGGAGAACTAGTTTCAA  845

seq1  CAGTCACCCAAGATTCAACACCCTCTTCTGGCATCCATGGGCCCTGGACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACCCAAGATTCAACACCCTCTTCTGGCATCCATGGGCCCTGGACA  895

seq1  CACATGTGGTGGACAGACATGAGTGCAGGCTAGCTTTTTCAAATTTTACT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTGGTGGACAGACATGAGTGCAGGCTAGCTTTTTCAAATTTTACT  945

seq1  TATTTTACATGTACAGGTATTTTGCCTATGTGTATGTCTATGCACCATTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTACATGTACAGGTATTTTGCCTATGTGTATGTCTATGCACCATTT  995

seq1  GTGTGCTGTGCCTGCAGAGGCTAGAAGAGAGCATCAGATCCCACGGAACT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTGTGCCTGCAGAGGCTAGAAGAGAGCATCAGATCCCACGGAACT  1045

seq1  GGAATTACGGACCATTGTGAGCAGCCAGGTGAGAGCTGGGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTACGGACCATTGTGAGCAGCCAGGTGAGAGCTGGGAATTC  1090