BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315F06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 67,955,829 - 68,082,968
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB3galt1, Stk39
Upstream geneGm1322, Cmya3, LOC621171, LOC227995
Downstream geneLOC100039683, Gm1323, 4933409G03Rik, 4932414N04Rik, LOC667443, Lass6, Nostrin, Spc25, G6pc2, Abcb11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315F06.bB6Ng01-315F06.g
ACCGA106008GA106009
length1,140993
definitionB6Ng01-315F06.b B6Ng01-315F06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(67,955,829 - 67,956,958)(68,081,975 - 68,082,968)
sequence
gaattccatgatgcaacaacacaagtgaggtctgtggacacccaccaaac
caactcctctctggcaggaattttagattgacgaatactatgctgccttt
gcaaaaggacaagaaactagtgcccaaaagacgtgttcttcagcatttgg
attagacgtgttctcaagacaatggcttcaaaggtctcctgcctctatgt
attgaccgttgtgtgctgggccagcgctctctggtacttgagcataacca
gacctacttcatcctacactggctccaagccgttcagtcacctaacagtt
gccaggaaaaacttcacctttggcaacataagaactcgacctataaaccc
acattcttttgaatttctgataaatgagcccaacaagtgcgagaaaaaca
ttccttttctcgtgatcctcattagcaccacacacaaggaatttgatgcc
cgccaggcaatccgggagacatggggggatgaaaacaacttcaaagggat
caagatagccacacttttcctcctgggcaaaaatgctgatcctgttctga
accagatggtggagcaagagagccagatcttccatgacatcatcgtggag
gacttcattgactcctaccacaatctcaccctcaaaaccttaatggggat
gagatgggttgccactttctgttcaaaagccaagtacgtcatgaaaaccg
acagtgacatttttgtgaacatggacaaccttatttataaactcctgaaa
ccctctaccaagccaagaagaaggtatttcactggttacgtcatcaacgg
cgggccaatcagggatgtccgcagtaagtggtatatgcctagagatttgt
accctgacagcaactacccaccgttctgttcagggactggctatatcttt
tccgctgatgtggctgaactcatttacaagacctcgctccacaccaggct
gcttcatcttgaagaatgtgtacgtggggactgtgtcttcgaaagcttgg
gcatccatcctttccagaataagtggctttcatcactgggaaaatggcct
acagttgtgtcggtaccgccgcgtcatcactgttccaccagatcttctcc
agaaggaaatgccacagaaatctggcattgacatgtcaag
gaattcacactaactctggctctttgatataggaccctatgtgcagggag
gggtcccggtagtgtctctcaaatcctgggtacctgagttgctgaccttg
aggtacatttagcttgctttaagaatgtaaatgtctctctgagaggtagc
accaattctaagtggccctgcaagtgctgggagctaatctgcaggcttta
aagtcctgtgtaggtctcacaggctgtgtgactttgggcaagttggtgtg
tctttctgtgtttccatttccatcacaaaaagggggacaatgctagtgca
gactccacatccacattgtagctgcaagaatttaagccccagcaattgtt
tattgataatctttaataatagttttatgtattctgaaaaaaaatattat
tccatcatacaaaattcctcaatgacagaatgaagaggtgttagtttgca
cactttcccaacaagttgtcatcagcagctgataaaataactgaggctct
cactgaggaagcataggggagcgtgtgggagccgttaggaggtgtcactt
cctgggtggcattcctcacgggcatccgagtgaccggctggctttaactc
catcaccaggcagctgtgagcacagtacatcaaagagagaaaactggctg
cctaaaatggtgtctcaaaactgacatgttttgataatgttcatgatagt
ctatggaactctctggttaactttcctgcacacgcgtcatacatagtcac
cgtgactgctatgaagaggaacggtgtgatcagagtgcaagaagtggctg
cacagtgtatgtagacttgagtgttgttctctgcagtggtaaatctaagt
ccgctcaccctccccccacacactcagtgtatagggttacgtgacaagcc
tgagcaagggccaggtgacagaggtattcattttttatagtagaacctcc
acgagctgaaacctgcatttttccattcttctcttcattcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_67955829_67956958
seq2: B6Ng01-315F06.b_49_1188

seq1  GAATTCCATGATGCAACAACACAAGTGAGGTCTGTGGACACCCACCAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGATGCAACAACACAAGTGAGGTCTGTGGACACCCACCAAAC  50

seq1  CAACTCCTCTCTGGCAGGAATTTTAGATTGACGAATACTATGCTGCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCCTCTCTGGCAGGAATTTTAGATTGACGAATACTATGCTGCCTTT  100

seq1  GCAAAAGGACAAGAAACTAGTGCCCAAAAGACGTGTTCTTCAGCATTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGGACAAGAAACTAGTGCCCAAAAGACGTGTTCTTCAGCATTTGG  150

seq1  ATTAGACGTGTTCTCAAGACAATGGCTTCAAAGGTCTCCTGCCTCTATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGACGTGTTCTCAAGACAATGGCTTCAAAGGTCTCCTGCCTCTATGT  200

seq1  ATTGACCGTTGTGTGCTGGGCCAGCGCTCTCTGGTACTTGAGCATAACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACCGTTGTGTGCTGGGCCAGCGCTCTCTGGTACTTGAGCATAACCA  250

seq1  GACCTACTTCATCCTACACTGGCTCCAAGCCGTTCAGTCACCTAACAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTACTTCATCCTACACTGGCTCCAAGCCGTTCAGTCACCTAACAGTT  300

seq1  GCCAGGAAAAACTTCACCTTTGGCAACATAAGAACTCGACCTATAAACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGAAAAACTTCACCTTTGGCAACATAAGAACTCGACCTATAAACCC  350

seq1  ACATTCTTTTGAATTTCTGATAAATGAGCCCAACAAGTGCGAGAAAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTTTTGAATTTCTGATAAATGAGCCCAACAAGTGCGAGAAAAACA  400

seq1  TTCCTTTTCTCGTGATCCTCATTAGCACCACACACAAGGAATTTGATGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTCTCGTGATCCTCATTAGCACCACACACAAGGAATTTGATGCC  450

seq1  CGCCAGGCAATCCGGGAGACATGGGGGGATGAAAACAACTTCAAAGGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAGGCAATCCGGGAGACATGGGGGGATGAAAACAACTTCAAAGGGAT  500

seq1  CAAGATAGCCACACTTTTCCTCCTGGGCAAAAATGCTGATCCTGTTCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATAGCCACACTTTTCCTCCTGGGCAAAAATGCTGATCCTGTTCTGA  550

seq1  ACCAGATGGTGGAGCAAGAGAGCCAGATCTTCCATGACATCATCGTGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATGGTGGAGCAAGAGAGCCAGATCTTCCATGACATCATCGTGGAG  600

seq1  GACTTCATTGACTCCTACCACAATCTCACCCTCAAAACCTTAATGGGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCATTGACTCCTACCACAATCTCACCCTCAAAACCTTAATGGGGAT  650

seq1  GAGATGGGTTGCCACTTTCTGTTCAAAAGCCAAGTACGTCATGAAAACCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGGTTGCCACTTTCTGTTCAAAAGCCAAGTACGTCATGAAAACCG  700

seq1  ACAGTGACATTTTTGTGAACATGGACAACCTTATTTATAAACTCCTGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGACATTTTTGTGAACATGGACAACCTTATTTATAAACTCCTGAAA  750

seq1  CCCTCTACCAAGCCAAGAAGAAGGTATTTCACTGGTTACGTCATCAACGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTACCAAGCCAAGAAGAAGGTATTTCACTGGTTACGTCATCAACGG  800

seq1  CGGGCCAATCAGGGATGTCCGCAGTAAGTGGTATATGCCTAGAGATTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCCAATCAGGGATGTCCGCAGTAAGTGGTATATGCCTAGAGATTTGT  850

seq1  ACCCTGACAGCAACTACCCACCGTTCTGTTCAGGGACTGGCTATATCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGACAGCAACTACCCACCGTTCTGTTCAGGGACTGGCTATATCTTT  900

seq1  TCCGCTGATGTGGCTGAACTCATTTACAAGACCTCGCTCCACACCAGGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGCTGATGTGGCTGAACTCATTTACAAGACCTCGCTCCACACCAGGCT  950

seq1  GCTTCATCTTGAAG-ATGTGTACGT-GGGACTGTGTCTTCGAAAGCTT-G  997
      |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  GCTTCATCTTGAAGAATGTGTACGTGGGGACTGTGTCTTCGAAAGCTTGG  1000

seq1  GCATCCATCCTTTCCAGAAT-AGTGGCTTCAATCACT-GGAAAATGGCCT  1045
      |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||
seq2  GCATCCATCCTTTCCAGAATAAGTGGCTTTCATCACTGGGAAAATGGCCT  1050

seq1  ACAGTTTGTGTCGGTACCGCCGCGTCATCACTG-TCCACCAGATC-TCTC  1093
      |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ACAG-TTGTGTCGGTACCGCCGCGTCATCACTGTTCCACCAGATCTTCTC  1099

seq1  CAGAA-GAAATG-CACAG-AATCTGG-AATGACATGTCAAG  1130
      ||||| |||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||
seq2  CAGAAGGAAATGCCACAGAAATCTGGCATTGACATGTCAAG  1140

seq1: chr2_68081975_68082968
seq2: B6Ng01-315F06.g_68_1060 (reverse)

seq1  AAAGAAAAGAAGAGAAAAGAAAAGGAAAAATGCAGGTTTCAGCTCGTGGA  50
      |||| || ||||||||    || |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAG-AATGAAGAGAA---GAATGGAAAAATGCAGGTTTCAGCTCGTGGA  46

seq1  -GTTCTACTAT--AAAATGAATACCTCTGTCACCTGGCCCTTGCTCAGGC  97
       ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTACTATAAAAAATGAATACCTCTGTCACCTGGCCCTTGCTCAGGC  96

seq1  TTGTCACGTAACCCTATACACTGAGTGTGTGGGGGGAGGGTGAGCGGACT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACGTAACCCTATACACTGAGTGTGTGGGGGGAGGGTGAGCGGACT  146

seq1  TAGATTTACCACTGCAGAGAACAACACTCAAGTCTACATACACTGTGCAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTACCACTGCAGAGAACAACACTCAAGTCTACATACACTGTGCAG  196

seq1  CCACTTCTTGCACTCTGATCACACCGTTCCTCTTCATAGCAGTCACGGTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCTTGCACTCTGATCACACCGTTCCTCTTCATAGCAGTCACGGTG  246

seq1  ACTATGTATGACGCGTGTGCAGGAAAGTTAACCAGAGAGTTCCATAGACT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTATGACGCGTGTGCAGGAAAGTTAACCAGAGAGTTCCATAGACT  296

seq1  ATCATGAACATTATCAAAACATGTCAGTTTTGAGACACCATTTTAGGCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGAACATTATCAAAACATGTCAGTTTTGAGACACCATTTTAGGCAG  346

seq1  CCAGTTTTCTCTCTTTGATGTACTGTGCTCACAGCTGCCTGGTGATGGAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTTCTCTCTTTGATGTACTGTGCTCACAGCTGCCTGGTGATGGAG  396

seq1  TTAAAGCCAGCCGGTCACTCGGATGCCCGTGAGGAATGCCACCCAGGAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCCAGCCGGTCACTCGGATGCCCGTGAGGAATGCCACCCAGGAAG  446

seq1  TGACACCTCCTAACGGCTCCCACACGCTCCCCTATGCTTCCTCAGTGAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCTCCTAACGGCTCCCACACGCTCCCCTATGCTTCCTCAGTGAGA  496

seq1  GCCTCAGTTATTTTATCAGCTGCTGATGACAACTTGTTGGGAAAGTGTGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAGTTATTTTATCAGCTGCTGATGACAACTTGTTGGGAAAGTGTGC  546

seq1  AAACTAACACCTCTTCATTCTGTCATTGAGGAATTTTGTATGATGGAATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAACACCTCTTCATTCTGTCATTGAGGAATTTTGTATGATGGAATA  596

seq1  ATATTTTTTTTCAGAATACATAAAACTATTATTAAAGATTATCAATAAAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTTTTCAGAATACATAAAACTATTATTAAAGATTATCAATAAAC  646

seq1  AATTGCTGGGGCTTAAATTCTTGCAGCTACAATGTGGATGTGGAGTCTGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCTGGGGCTTAAATTCTTGCAGCTACAATGTGGATGTGGAGTCTGC  696

seq1  ACTAGCATTGTCCCCCTTTTTGTGATGGAAATGGAAACACAGAAAGACAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCATTGTCCCCCTTTTTGTGATGGAAATGGAAACACAGAAAGACAC  746

seq1  ACCAACTTGCCCAAAGTCACACAGCCTGTGAGACCTACACAGGACTTTAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTTGCCCAAAGTCACACAGCCTGTGAGACCTACACAGGACTTTAA  796

seq1  AGCCTGCAGATTAGCTCCCAGCACTTGCAGGGCCACTTAGAATTGGTGCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCAGATTAGCTCCCAGCACTTGCAGGGCCACTTAGAATTGGTGCT  846

seq1  ACCTCTCAGAGAGACATTTACATTCTTAAAGCAAGCTAAATGTACCTCAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCAGAGAGACATTTACATTCTTAAAGCAAGCTAAATGTACCTCAA  896

seq1  GGTCAGCAACTCAGGTACCCAGGATTTGAGAGACACTACCGGGACCCCTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCAACTCAGGTACCCAGGATTTGAGAGACACTACCGGGACCCCTC  946

seq1  CCTGCACATAGGGTCCTATATCAAAGAGCCAGAGTTAGTGTGAATTC  994
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACATAGGGTCCTATATCAAAGAGCCAGAGTTAGTGTGAATTC  993