BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316L17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 104,739,884 - 104,852,131
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc73, Ga17
Upstream geneLmo2, Fbxo3, Cd59b, Cd59a, A930018P22Rik, D430041D05Rik, LOC100043349, Hipk3, LOC383735, LOC668733, Cstf3, Tcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7, Qser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4
Downstream gene2210415I11Rik, LOC622356, Wt1, 0610012H03Rik, Rcn1, Pax6os1, LOC100043391, Pax6, Elp4, LOC100043394, Immp1l, LOC100043402, Dph4, LOC668765
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316L17.bB6Ng01-316L17.g
ACCGA107054GA107055
length1,172937
definitionB6Ng01-316L17.b B6Ng01-316L17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,850,952 - 104,852,131)(104,739,884 - 104,740,818)
sequence
gaattcacttgttatgtggtacattgcaaatattttcatactgtttaaga
aaaataaggatatgattttgatgtgaaggttgatgtgttttataataagt
aaatagtgcttacctttgtaatctgtgctctgaagcagtgggtagtttac
tctatggtggcctggttgtgacagcaatttaaccagttgtcagtaaaagg
ttgagaggaattagttttactttgaagactatttaaaatggaatacatgc
agactataagaggcacgtgtattttagtatacaggctgtagaatcaggcc
tctgggcttcaaaccttgagtttatttgtatggctctgagcagaatagac
tgcttagtgtagctgtagtaattcaaaatgaaaacagtacttcttacctc
aggttgctaaggacatcacatggagttttaaaggcttcattactacacag
acacttgtcagtgttgaacaggactatcttcctgttgcccttgtcagtgt
tgaacaggactgtctgccctgttgcccttttcatttttaagcttgccttt
aggagctgagttggtttttcgaatgcagtggttttaggtgatgggtgtta
tgattgcctgtaagtaaggtgcttgctggatggagttggaacctcctctc
tggaggatttctctttagcattgcttgtttggctctcagtctgttatgat
ggaaaggaaataatggcgttccagggctattctcagagaagcgagatagg
tcaataccatctaccaggactactggatatgtcctggtgtttgcatatta
caatatacttaatcacagctatgcacttttctctttttaaaaagttttat
gaggcagggagtgtgcaggaggggcacaggagtgagtgaatatcaagagg
acagttctctccttccacctttccattggctcctgaaggccttccacaga
tgttcccctttgcaggcaaatacctttgcctttgaggcctctctggtatt
cttctctcagtcatgctctcgtcttccctacctattctgttgtatttgtc
tctgtggtttgctgctgctggagttatggaggagccagaacctagtgtac
ctaaggtgggcttgattctttgtgtgtggtgattaattcctgtcagacac
attggcatgggacaacacccgt
gaattctttaaaaaaaaaaaaaaaaagaaaggtttgtggatttttgtctt
gagtcaactgggaagtttatctgctttgaggaattgtcccacttgtctat
aatacctcatttattgctgacattttttttttttagtagtaatgtgatgg
ataaaatgatacagttctgcccatggacatttaactcagagcagagcagt
gttcaataatgttaaggtactattcatgttactgatattataaatatcca
tttgaatgtttatttttacattaaaaagctaggatactgagggcttattt
tatttgagagttgttggaacattctgtggtgtggtgcctctctgccttga
ttggaagatactcagcaaagcagctccttttcagcagttgtcagcgctcc
ctccctcatggcagctgctgtaaatactatggatgtgctcagtaagctac
cctctatatgactccagaagacagtgcacctgttcaaacagcttgtggca
ggccttttgccattgccaacctcagtacactcttagcacctttctcaccc
aggccagtgtgggagtgctttccatggtgacccagcagaagccttagaat
ggggccaacacaatcccctgtttgcatgaagggctgcggagtgactgatg
cagagctcccttaccacacatccgctagctgactacatgagcagagtttg
cttttcaaatcatcctgggactactctcttgtactgcctcctgctagtgt
atattaattccactaaaaggattttctcaagcagtcttgtctccttttga
tctttatcatcagtagagcaggctgagatggtatcatggagacaatgaca
gtagataggtagctgtggcaaaggcagcatgggtagtggtggtagttgtt
gcctgcaagggtagcagtggcagcagggtgtggtggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_104850952_104852131
seq2: B6Ng01-316L17.b_48_1219 (reverse)

seq1  ACGGGTGTTGCCCAGATGCCAAGTGTG-CTGCAGGGAATATAAACCACCA  49
      |||||||||| ||  ||||||| |||| |||   |||  || || |||||
seq2  ACGGGTGTTGTCC-CATGCCAA-TGTGTCTGACAGGA--ATTAATCACCA  46

seq1  -ACACAAAGAA-CCAGCCCACCTAAGGTACACTAGGTCCTTGGCTCCTCC  97
       |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||
seq2  CACACAAAGAATCAAGCCCACCTTAGGTACACTAGGTTC-TGGCTCCTCC  95

seq1  ATAACTCCAGCAAGCAAGCAAACCACAGAGAACAAATACAACAGAATAGG  147
      ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATAACTCCAGC-AGC-AGCAAACCACAGAG-ACAAATACAACAGAATAGG  142

seq1  TAGGGAAGACGGAGAGCAATGACTGAGAGAAGAATACCAGAGAGGCCTCA  197
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAGAC-GAGAGC-ATGACTGAGAGAAGAATACCAGAGAGGCCTCA  190

seq1  AAGGCAAAGGTATTTGCCCTGCAAAGGGGAACATCTGTGGAAGGCCTTCA  247
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAAAGGTATTTG-CCTGCAAAGGGGAACATCTGTGGAAGGCCTTCA  239

seq1  GGAGCCAATGGAAAGGTGGAAGGAGAGAACTGTCCTCTTGATATTCACTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCAATGGAAAGGTGGAAGGAGAGAACTGTCCTCTTGATATTCACTC  289

seq1  ACTCCTGTGCCCCTCCTGCACACTCCCTGCCTCATAAAACTTTTTAAAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGTGCCCCTCCTGCACACTCCCTGCCTCATAAAACTTTTTAAAAA  339

seq1  GAGAAAAGTGCATAGCTGTGATTAAGTATATTGTAATATGCAAACACCAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAGTGCATAGCTGTGATTAAGTATATTGTAATATGCAAACACCAG  389

seq1  GACATATCCAGTAGTCCTGGTAGATGGTATTGACCTATCTCGCTTCTCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATCCAGTAGTCCTGGTAGATGGTATTGACCTATCTCGCTTCTCTG  439

seq1  AGAATAGCCCTGGAACGCCATTATTTCCTTTCCATCATAACAGACTGAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGCCCTGGAACGCCATTATTTCCTTTCCATCATAACAGACTGAGA  489

seq1  GCCAAACAAGCAATGCTAAAGAGAAATCCTCCAGAGAGGAGGTTCCAACT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAACAAGCAATGCTAAAGAGAAATCCTCCAGAGAGGAGGTTCCAACT  539

seq1  CCATCCAGCAAGCACCTTACTTACAGGCAATCATAACACCCATCACCTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCAGCAAGCACCTTACTTACAGGCAATCATAACACCCATCACCTAA  589

seq1  AACCACTGCATTCGAAAAACCAACTCAGCTCCTAAAGGCAAGCTTAAAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTGCATTCGAAAAACCAACTCAGCTCCTAAAGGCAAGCTTAAAAA  639

seq1  TGAAAAGGGCAACAGGGCAGACAGTCCTGTTCAACACTGACAAGGGCAAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGGGCAACAGGGCAGACAGTCCTGTTCAACACTGACAAGGGCAAC  689

seq1  AGGAAGATAGTCCTGTTCAACACTGACAAGTGTCTGTGTAGTAATGAAGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGATAGTCCTGTTCAACACTGACAAGTGTCTGTGTAGTAATGAAGC  739

seq1  CTTTAAAACTCCATGTGATGTCCTTAGCAACCTGAGGTAAGAAGTACTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAACTCCATGTGATGTCCTTAGCAACCTGAGGTAAGAAGTACTGT  789

seq1  TTTCATTTTGAATTACTACAGCTACACTAAGCAGTCTATTCTGCTCAGAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTTGAATTACTACAGCTACACTAAGCAGTCTATTCTGCTCAGAG  839

seq1  CCATACAAATAAACTCAAGGTTTGAAGCCCAGAGGCCTGATTCTACAGCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACAAATAAACTCAAGGTTTGAAGCCCAGAGGCCTGATTCTACAGCC  889

seq1  TGTATACTAAAATACACGTGCCTCTTATAGTCTGCATGTATTCCATTTTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACTAAAATACACGTGCCTCTTATAGTCTGCATGTATTCCATTTTA  939

seq1  AATAGTCTTCAAAGTAAAACTAATTCCTCTCAACCTTTTACTGACAACTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTCTTCAAAGTAAAACTAATTCCTCTCAACCTTTTACTGACAACTG  989

seq1  GTTAAATTGCTGTCACAACCAGGCCACCATAGAGTAAACTACCCACTGCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATTGCTGTCACAACCAGGCCACCATAGAGTAAACTACCCACTGCT  1039

seq1  TCAGAGCACAGATTACAAAGGTAAGCACTATTTACTTATTATAAAACACA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCACAGATTACAAAGGTAAGCACTATTTACTTATTATAAAACACA  1089

seq1  TCAACCTTCACATCAAAATCATATCCTTATTTTTCTTAAACAGTATGAAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTTCACATCAAAATCATATCCTTATTTTTCTTAAACAGTATGAAA  1139

seq1  ATATTTGCAATGTACCACATAACAAGTGAATTC  1180
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGCAATGTACCACATAACAAGTGAATTC  1172

seq1: chr2_104739884_104740818
seq2: B6Ng01-316L17.g_66_1002

seq1  GAATTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGGTTTGTGGATTTTTGTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAGGTTTGTGGATTTTTGTCTT  50

seq1  GAGTCAACTGGGAAGTTTATCTGCTTTGAGGAATTGTCCCACTTGTCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAACTGGGAAGTTTATCTGCTTTGAGGAATTGTCCCACTTGTCTAT  100

seq1  AATACCTCATTTATTGCTGACATTTTTTTTTTTTAGTAGTAATGTGATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTCATTTATTGCTGACATTTTTTTTTTTTAGTAGTAATGTGATGG  150

seq1  ATAAAATGATACAGTTCTGCCCATGGACATTTAACTCAGAGCAGAGCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGATACAGTTCTGCCCATGGACATTTAACTCAGAGCAGAGCAGT  200

seq1  GTTCAATAATGTTAAGGTACTATTCATGTTACTGATATTATAAATATCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATAATGTTAAGGTACTATTCATGTTACTGATATTATAAATATCCA  250

seq1  TTTGAATGTTTATTTTTACATTAAAAAGCTAGGATACTGAGGGCTTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATGTTTATTTTTACATTAAAAAGCTAGGATACTGAGGGCTTATTT  300

seq1  TATTTGAGAGTTGTTGGAACATTCTGTGGTGTGGTGCCTCTCTGCCTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAGAGTTGTTGGAACATTCTGTGGTGTGGTGCCTCTCTGCCTTGA  350

seq1  TTGGAAGATACTCAGCAAAGCAGCTCCTTTTCAGCAGTTGTCAGCGCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGATACTCAGCAAAGCAGCTCCTTTTCAGCAGTTGTCAGCGCTCC  400

seq1  CTCCCTCATGGCAGCTGCTGTAAATACTATGGATGTGCTCAGTAAGCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCATGGCAGCTGCTGTAAATACTATGGATGTGCTCAGTAAGCTAC  450

seq1  CCTCTATATGACTCCAGAAGACAGTGCACCTGTTCAAACAGCTTGTGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATATGACTCCAGAAGACAGTGCACCTGTTCAAACAGCTTGTGGCA  500

seq1  GGCCTTTTGCCATTGCCAACCTCAGTACACTCTTAGCACCTTTCTCACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTTGCCATTGCCAACCTCAGTACACTCTTAGCACCTTTCTCACCC  550

seq1  AGGCCAGTGTGGGAGTGCTTTCCATGGTGACCCAGCAGAAGCCTTAGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGTGTGGGAGTGCTTTCCATGGTGACCCAGCAGAAGCCTTAGAAT  600

seq1  GGGGCCAACACAATCCCCTGTTTGCATGAAGGGCTGCGGAGTGACTGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCAACACAATCCCCTGTTTGCATGAAGGGCTGCGGAGTGACTGATG  650

seq1  CAGAGCTCCCTTACCACACATCCGCTAGCTGACTACATGAGCAGAGTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCCCTTACCACACATCCGCTAGCTGACTACATGAGCAGAGTTTG  700

seq1  CTTTTCAAATCATCCTGGGACTACTCTCTTGTACTGCCTCCTGCTAGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAAATCATCCTGGGACTACTCTCTTGTACTGCCTCCTGCTAGTGT  750

seq1  ATATTAATTCCACTAAAAGGATTTTCTCAAGCAGTCTTGTCTCCTTTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATTCCACTAAAAGGATTTTCTCAAGCAGTCTTGTCTCCTTTTGA  800

seq1  TCTTTATCATCAGTAGAGCAGGCTGAGATGGTATCATGGAGACAATGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATCATCAGTAGAGCAGGCTGAGATGGTATCATGGAGACAATGACA  850

seq1  GTAGATAGGTAGCTGTGGCAAAGGCAGCATGGGTAGTGGTGGTAGTTG-T  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTAGATAGGTAGCTGTGGCAAAGGCAGCATGGGTAGTGGTGGTAGTTGTT  900

seq1  GGCTGCAGGGGTAGCAGTGGCAGCAGGG-GTGGTGGT  935
      | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCCTGCAAGGGTAGCAGTGGCAGCAGGGTGTGGTGGT  937