BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317C22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 68,091,618 - 68,234,674
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk39
Upstream geneCmya3, LOC621171, LOC227995, B3galt1
Downstream geneLOC100039683, Gm1323, 4933409G03Rik, 4932414N04Rik, LOC667443, Lass6, Nostrin, Spc25, G6pc2, Abcb11, Dhrs9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317C22.bB6Ng01-317C22.g
ACCGA107392GA107393
length4971,108
definitionB6Ng01-317C22.b B6Ng01-317C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,234,172 - 68,234,674)(68,091,618 - 68,092,731)
sequence
tcttgttagctctgtaccccatttttaaattacgttgtttggtttgttgg
tgtctgccttcttgctttggatggtatccttctgtcccaggtagcgttgg
tgagaatcttttcccattctataggctgccattttgtcctagtgtcagtg
tccttgaaaggccagagttttaaatatttaccaaagcctttcgtaattag
gtttcatgtcctcaagtctgtgtccccttcgccatgtgttaagtatccta
cccacttccctgctaggttaggtgatgctcatccccctaactaccatgtg
ttctcagaggactttatctcttccatgccacccctcttctgccttagatg
tctctctctcctttacccgtataatcatgtcctttctggagccaccactt
attcctttcagaatcattggtcagtctttgtgcatgtgcttgtgtgtgcg
tgcatgtgtgtatgcgtgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattcaggggcaatagcattcttacacactgtttcttggatcctaaacc
tgtgtggttgaagagtaagagctaggttttcctagagtcttcaagaaggt
cattgtccaaaaatggtaatagaattcaggatgcgagataaaagttaaat
ataattggatatgattccaacacagtgatattaaccaatactgagaccca
aagtgtggacttattttcttaattgcattttgatttgctaagcaatagct
ttatttcctgttgcataagaatttacttatcttgcataagatacagtgac
aggtttaaaaaatagcagtgaaatttcatttggtggtgagagagacctgt
cagactattaataagtacaacagatcatgttatatctagaatcctgtatt
attattggaatagttatacttaaacccagagattggtgaaacagatacac
actatatacagactcatgcacgcacacacacacacacacataagcatgta
catccacacatacactgtagaccatgaaagatggattttgtctactaagt
gaagaattcaacatgactcacttaagtctgagacaccttgtaatgttaaa
tggtgtattaccacaaggactaaacttaacttccttagccaaataaatct
actttaattagttctatcagaaagatgtccttgtcataagaaaagaatga
caatatggggcttagccatcagtctgaaagtctgaatacactaagcatta
tcttcacacatacctgattttagaactaaaaggtagattaactttttgat
taaaacaggacaatttaaagtatccaaaaagagcaggactctggggactc
agactaatccactggcaagctcttacttcacttacatgataaatttggct
gggatctatctttacaagggttttctacagacagtactcatctcccagta
aataaaagagcgatactaactggtatacagagtttacagtgtatttactg
ctgttctgatcataaccttgtaatatagaaaacaatattctttagggcga
taagatgtcattttacaggagaacttctcggagagcacttggtgtgcatg
tgaaggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_68234172_68234674
seq2: B6Ng01-317C22.b_49_551 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACATACACGCATACACACATGCACGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACATACACGCATACACACATGCACGC  50

seq1  ACACACAAGCACATGCACAAAGACTGACCAATGATTCTGAAAGGAATAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAGCACATGCACAAAGACTGACCAATGATTCTGAAAGGAATAAG  100

seq1  TGGTGGCTCCAGAAAGGACATGATTATACGGGTAAAGGAGAGAGAGACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCTCCAGAAAGGACATGATTATACGGGTAAAGGAGAGAGAGACAT  150

seq1  CTAAGGCAGAAGAGGGGTGGCATGGAAGAGATAAAGTCCTCTGAGAACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGCAGAAGAGGGGTGGCATGGAAGAGATAAAGTCCTCTGAGAACAC  200

seq1  ATGGTAGTTAGGGGGATGAGCATCACCTAACCTAGCAGGGAAGTGGGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGTTAGGGGGATGAGCATCACCTAACCTAGCAGGGAAGTGGGTAG  250

seq1  GATACTTAACACATGGCGAAGGGGACACAGACTTGAGGACATGAAACCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTAACACATGGCGAAGGGGACACAGACTTGAGGACATGAAACCTA  300

seq1  ATTACGAAAGGCTTTGGTAAATATTTAAAACTCTGGCCTTTCAAGGACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACGAAAGGCTTTGGTAAATATTTAAAACTCTGGCCTTTCAAGGACAC  350

seq1  TGACACTAGGACAAAATGGCAGCCTATAGAATGGGAAAAGATTCTCACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTAGGACAAAATGGCAGCCTATAGAATGGGAAAAGATTCTCACCA  400

seq1  ACGCTACCTGGGACAGAAGGATACCATCCAAAGCAAGAAGGCAGACACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTACCTGGGACAGAAGGATACCATCCAAAGCAAGAAGGCAGACACCA  450

seq1  ACAAACCAAACAACGTAATTTAAAAATGGGGTACAGAGCTAACAAGAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACCAAACAACGTAATTTAAAAATGGGGTACAGAGCTAACAAGAGAA  500

seq1  TTC  503
      |||
seq2  TTC  503

seq1: chr2_68091618_68092731
seq2: B6Ng01-317C22.g_66_1173

seq1  GAATTCAGGGGCAATAGCATTCTTACACACTGTTTCTTGGATCCTAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGGCAATAGCATTCTTACACACTGTTTCTTGGATCCTAAACC  50

seq1  TGTGTGGTTGAAGAGTAAGAGCTAGGTTTTCCTAGAGTCTTCAAGAAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGTTGAAGAGTAAGAGCTAGGTTTTCCTAGAGTCTTCAAGAAGGT  100

seq1  CATTGTCCAAAAATGGTAATAGAATTCAGGATGCGAGATAAAAGTTAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCCAAAAATGGTAATAGAATTCAGGATGCGAGATAAAAGTTAAAT  150

seq1  ATAATTGGATATGATTCCAACACAGTGATATTAACCAATACTGAGACCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGGATATGATTCCAACACAGTGATATTAACCAATACTGAGACCCA  200

seq1  AAGTGTGGACTTATTTTCTTAATTGCATTTTGATTTGCTAAGCAATAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGGACTTATTTTCTTAATTGCATTTTGATTTGCTAAGCAATAGCT  250

seq1  TTATTTCCTGTTGCATAAGAATTTACTTATCTTGCATAAGATACAGTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCCTGTTGCATAAGAATTTACTTATCTTGCATAAGATACAGTGAC  300

seq1  AGGTTTAAAAAATAGCAGTGAAATTTCATTTGGTGGTGAGAGAGACCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTAAAAAATAGCAGTGAAATTTCATTTGGTGGTGAGAGAGACCTGT  350

seq1  CAGACTATTAATAAGTACAACAGATCATGTTATATCTAGAATCCTGTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTATTAATAAGTACAACAGATCATGTTATATCTAGAATCCTGTATT  400

seq1  ATTATTGGAATAGTTATACTTAAACCCAGAGATTGGTGAAACAGATACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGGAATAGTTATACTTAAACCCAGAGATTGGTGAAACAGATACAC  450

seq1  ACTATATACAGACTCATGCACGCACACACACACACACACATAAGCATGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATACAGACTCATGCACGCACACACACACACACACATAAGCATGTA  500

seq1  CATCCACACATACACTGTAGACCATGAAAGATGGATTTTGTCTACTAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACACATACACTGTAGACCATGAAAGATGGATTTTGTCTACTAAGT  550

seq1  GAAGAATTCAACATGACTCACTTAAGTCTGAGACACCTTGTAATGTTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAATTCAACATGACTCACTTAAGTCTGAGACACCTTGTAATGTTAAA  600

seq1  TGGTGTATTACCACAAGGACTAAACTTAACTTCCTTAGCCAAATAAATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTATTACCACAAGGACTAAACTTAACTTCCTTAGCCAAATAAATCT  650

seq1  ACTTTAATTAGTTCTATCAGAAAGATGTCCTTGTCATAAGAAAAGAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAATTAGTTCTATCAGAAAGATGTCCTTGTCATAAGAAAAGAATGA  700

seq1  CAATATGGGGCTTAGCCATCAGTCTGAAAGTCTGAATACACTAAGCATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGGGGCTTAGCCATCAGTCTGAAAGTCTGAATACACTAAGCATTA  750

seq1  TCTTCACACATACCTGATTTTAGAACTAAAAGGTAGATTAACTTTTTGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCACACATACCTGATTTTAGAACTAAAAGGTAGATTAACTTTTTGAT  800

seq1  TAAAACAGGACAATTTAAAGTATCC-AAAAGAGCAGGACTCTGGGGACTC  849
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAGGACAATTTAAAGTATCCAAAAAGAGCAGGACTCTGGGGACTC  850

seq1  AGACTAATCCACTGGCAAGCTCTTACTTCACTTACATGATAAATTTGGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAATCCACTGGCAAGCTCTTACTTCACTTACATGATAAATTTGGCT  900

seq1  GGGATCTATCTTTACAAGGGGTTTTCTACAGACAGTACCCATCTCCCCAG  949
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  GGGATCTATCTTTACAA-GGGTTTTCTACAGACAGTACTCATCT-CCCAG  948

seq1  TAAATAAAAAGAGGCGATACTAACTGGTATACAGAGTTTACAGTGTATTT  999
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAAAT-AAAAGA-GCGATACTAACTGGTATACAGAGTTTACAGTGTA-TT  995

seq1  TACTGCTGTTCTGATTCATAACCTTGTAATATAG-AAACAATA-TCTTTA  1047
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TACTGCTGTTCTGA-TCATAACCTTGTAATATAGAAAACAATATTCTTTA  1044

seq1  GGGCGATAAGATGTCATTTTACAGGAGAACTTCCTCGGAAGAGCACTT-G  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |
seq2  GGGCGATAAGATGTCATTTTACAGGAGAACTT-CTCGG-AGAGCACTTGG  1092

seq1  TGTGCATGTGGAAAGGTA  1114
      ||||||||||  ||||||
seq2  TGTGCATGTG--AAGGTA  1108