BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317I05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 135,621,832 - 135,796,865
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlcb4
Upstream genePlcb1, LOC100043487, LOC100043786, LOC100043788
Downstream gene6330527O06Rik, Pak7, LOC668910, LOC100043492, BC034902, Ankrd5, Snap25, LOC668911, Mkks, 2210009G21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317I05.bB6Ng01-317I05.g
ACCGA107637GA107638
length1,1411,199
definitionB6Ng01-317I05.b B6Ng01-317I05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,621,832 - 135,622,965)(135,795,661 - 135,796,865)
sequence
gaattcatatgccaccacacctgactttcatacagctgcttaagatctga
actcagggcttcatggttgtgcagcaaggatgctacccatagagacatct
ctcatctttcatatctaatatgataaaataagacggaaatgtacatccca
cacggtacctggggggtgatgatacaggacacattattgatgggatttca
gcatagtgcagctactttgcaagactccagtggtttctcatggttaaaca
caaagacatgtaattcagaagaaccatttatgggtatctaggaaatggct
ttttaaccccagccattcactcatatttacattagttctttttacgagca
tcagaaagtagaagaaatgaaagacaaactgtgttgttcccaatacaatg
agttaggcacttttcagaggaaaagaaccatctattggtacatacgtcta
ggaagagaaagcaggtaaatggttgtgtaggaattagatagtgagggtga
cacaaaggagcagtgtggggttgttaggacagcagggggattgttttgtg
aaatgattggcgttgtatgagtttatgcgtttcacaaaaactgcagaact
acactagaaagaatgaattttatcatgtgcgtgcacaataatagttattc
tatttgattaatgatctttatcattaaaacagtctatgcttcagaatcca
ggctctggtgtgccctgaacgtccctggagggcgagaacatctaagtact
tctccatttcatttgactttggttgctgtggtttcctatagtgaccttat
cttgcttcgtgtattacttgtagcatctcaggctgcttgcctgatgccag
tagcagcagctctgtctgcaaagagcatggaactcttctcacgctctccc
agaagctggctcatatcatgtgaagtgccattccaggtgaccagcctatg
ttggaaccattcataaacagctgccttaagttcctactaacaccaatcgt
tgtggatagggaaagaggaccggaagagctagcctgctgtcttctatgca
tttgggcgcccatattccaggaatggtacctgtttggtgtctcgtactag
gtatcctctgttctttggccttgaagagtttacagtagtca
gaattcctacgcatccatgtgggagccactgggctgtggtctcagctgag
tttttggtgcttacggaattcaagttccggacttttattcaacttctcgg
tatttcagaagaattaacatttcctattttgctacttggttcacagattt
tttaagtgttatttaagtaaaatagaacaacattcacagcattatataac
tcctatttataaacatgcaaaagattcaagagaggatgaaagtttattcc
tggctgaattaaattcaactttacacccacagcttcatttgaaatgaaat
ttacttcatttctgtattcatcagcaataaggctatacatatttgatgcc
taaatctctggctgaagcccagatgagcacggcccattgcctgtctctga
cacaagaacctccactattgaatttcgaatgaagtgatcaaattctagaa
tatatgtgaggaactgcagagtttgtggttaaaaggaaagaaccagttta
acaaagtgggacagagaaaaggtcgaatatttgtaaatgtaatctaacta
tggacttcatttatttttacccacacttcagaaccagcatacattcagct
gtccgtaattgaaaatgacatggtttcattaaagctgaggtatagagtct
gagatgaggagacaataatttaaatatcactcacccgcatgatccattat
actcaaattttccttgattcaattgcatcgctaaatctgtcaaaagacaa
agtaatttaacatctcatctccctggacagagaagatcctgacagggtga
ctggaaacaatgaaagccatattattccaaggtccaaagctctctccatt
aaaccatcgcattctattggcctagtttaggggccatgactcttttccat
gccgaaatgacctcatatatttagtttaaattaaataccaggtacatttt
catagagattaccctagaactggcttactaagcggcatttggtatacagt
catacgatgcttaactcgatattcagagtagagacgtagtagttgggata
tagaacacagctaatagtaggggttatggcgttgtctcatgcacatggga
caggatgctggggaacccacaacaggctatagaaccagaacttgattagg
aacttataaatggcataagaatcctataagtgttgcttgctattaccct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_135621832_135622965
seq2: B6Ng01-317I05.b_47_1187

seq1  GAATTCATATGCCACCACACCTGACTTTCATACAGCTGCTTAAGATCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATGCCACCACACCTGACTTTCATACAGCTGCTTAAGATCTGA  50

seq1  ACTCAGGGCTTCATGGTTGTGCAGCAAGGATGCTACCCATAGAGACATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGGCTTCATGGTTGTGCAGCAAGGATGCTACCCATAGAGACATCT  100

seq1  CTCATCTTTCATATCTAATATGATAAAATAAGACGGAAATGTACATCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTTTCATATCTAATATGATAAAATAAGACGGAAATGTACATCCCA  150

seq1  CACGGTACCTGGGGGGTGATGATACAGGACACATTATTGATGGGATTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGTACCTGGGGGGTGATGATACAGGACACATTATTGATGGGATTTCA  200

seq1  GCATAGTGCAGCTACTTTGCAAGACTCCAGTGGTTTCTCATGGTTAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGTGCAGCTACTTTGCAAGACTCCAGTGGTTTCTCATGGTTAAACA  250

seq1  CAAAGACATGTAATTCAGAAGAACCATTTATGGGTATCTAGGAAATGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGACATGTAATTCAGAAGAACCATTTATGGGTATCTAGGAAATGGCT  300

seq1  TTTTAACCCCAGCCATTCACTCATATTTACATTAGTTCTTTTTACGAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACCCCAGCCATTCACTCATATTTACATTAGTTCTTTTTACGAGCA  350

seq1  TCAGAAAGTAGAAGAAATGAAAGACAAACTGTGTTGTTCCCAATACAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGTAGAAGAAATGAAAGACAAACTGTGTTGTTCCCAATACAATG  400

seq1  AGTTAGGCACTTTTCAGAGGAAAAGAACCATCTATTGGTACATACGTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGCACTTTTCAGAGGAAAAGAACCATCTATTGGTACATACGTCTA  450

seq1  GGAAGAGAAAGCAGGTAAATGGTTGTGTAGGAATTAGATAGTGAGGGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGAAAGCAGGTAAATGGTTGTGTAGGAATTAGATAGTGAGGGTGA  500

seq1  CACAAAGGAGCAGTGTGGGGTTGTTAGGACAGCAGGGGGATTGTTTTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGGAGCAGTGTGGGGTTGTTAGGACAGCAGGGGGATTGTTTTGTG  550

seq1  AAATGATTGGCGTTGTATGAGTTTATGCGTTTCACAAAAACTGCAGAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATTGGCGTTGTATGAGTTTATGCGTTTCACAAAAACTGCAGAACT  600

seq1  ACACTAGAAAGAATGAATTTTATCATGTGCGTGCACAATAATAGTTATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGAAAGAATGAATTTTATCATGTGCGTGCACAATAATAGTTATTC  650

seq1  TATTTGATTAATGATCTTTATCATTAAAACAGTCTATGCTTCAGAATCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGATTAATGATCTTTATCATTAAAACAGTCTATGCTTCAGAATCCA  700

seq1  GGCTCTGGTGTGCCCTGAACGTCCCTGGAGGGCGAGAACATCTAAGTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGGTGTGCCCTGAACGTCCCTGGAGGGCGAGAACATCTAAGTACT  750

seq1  TCTCCATTTCATTTGACTTTGGTTGCTGTGGTTTCCTATAGTGACCTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATTTCATTTGACTTTGGTTGCTGTGGTTTCCTATAGTGACCTTAT  800

seq1  CTTGCTTCGTGTATTACTTGTAGCATCTCAGGCTGCTTGCCTGATGCCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTCGTGTATTACTTGTAGCATCTCAGGCTGCTTGCCTGATGCCAG  850

seq1  TAGCAGCAGCTCTGTCTGCAAAGAGCATGGAACTCTTCTCACGCTCTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCAGCTCTGTCTGCAAAGAGCATGGAACTCTTCTCACGCTCTCCC  900

seq1  AGAAGCTGGCTCATATCATGTGAAGTGCCATTCCAGGTGACCAGCCTATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTGGCTCATATCATGTGAAGTGCCATTCCAGGTGACCAGCCTATG  950

seq1  TTGGAACCATTCATAAACCAGCTG-CTTAAGTTCCTACTAACACCAATCG  999
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACCATTCATAAA-CAGCTGCCTTAAGTTCCTACTAACACCAATCG  999

seq1  TTGTGGATA-GGAAAGAGAACCG--AGAGCTAG-CTGCTGTCTTCCTATG  1045
      ||||||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||||||| |||||
seq2  TTGTGGATAGGGAAAGAGGACCGGAAGAGCTAGCCTGCTGTCTT-CTATG  1048

seq1  CATTTGGGCG-CCATTTTC--AGTATGGTACCTGTTTTGGTGGTCTGGTA  1092
      |||||||||| |||| |||   | |||||||||| |||||| |||| |||
seq2  CATTTGGGCGCCCATATTCCAGGAATGGTACCTG-TTTGGT-GTCTCGTA  1096

seq1  CTA-GTAT-CTCTGTTC-TTGGCTTTGAAGAGTTTACAGTAGTCA  1134
      ||| |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTATCCTCTGTTCTTTGGCCTTGAAGAGTTTACAGTAGTCA  1141

seq1: chr2_135795661_135796865
seq2: B6Ng01-317I05.g_67_1265 (reverse)

seq1  AGGGTA--AGC-AGCAACA-TTTTATGATTCTTATCCATTTTATAATGTT  46
      ||||||  ||| ||||||| || || ||||||||| |  ||||||| |||
seq2  AGGGTAATAGCAAGCAACACTTATAGGATTCTTATGCCATTTATAA-GTT  49

seq1  CCTTTTAATCAAGTTCTGTGTTCTTAATAGCCCTGTTGTGTG-TCTCCAG  95
      ||   ||||||||||||| |||||  |||| ||||||||| | || ||||
seq2  CC---TAATCAAGTTCTG-GTTCT--ATAG-CCTGTTGTGGGTTCCCCAG  92

seq1  CATCCCTGTCCCATGTGGCATTGAGACAACG-CATACCCCTAACTA-TAG  143
      ||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||| |||  |||| |||
seq2  CAT-CCTGTCCCATGT-GCA-TGAGACAACGCCATAACCCCTACTATTAG  139

seq1  CTGGTGTCTATATCCCCAACTACTACGTCTCTACTCTGAATATCGAGTTA  193
      |||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTCTATAT-CCCAACTACTACGTCTCTACTCTGAATATCGAGTTA  188

seq1  AGCATCGTATGACTTGTATACCAAATGCCGCTTAGTAAGCCAGTTCTAGG  243
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCGTATGAC-TGTATACCAAATGCCGCTTAGTAAGCCAGTTCTAGG  237

seq1  GTAATCTCTATGAAAATGTACCTGGTATTTAATTTAAACTAAATATATGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTCTATGAAAATGTACCTGGTATTTAATTTAAACTAAATATATGA  287

seq1  GGTCATTTCGGCATGGAAAAGAGTCATGGCCCCTAAACTAGGCCAATAGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATTTCGGCATGGAAAAGAGTCATGGCCCCTAAACTAGGCCAATAGA  337

seq1  ATGCGATGGTTTAATGGAGAGAGCTTTGGACCTTGGAATAATATGGCTTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGATGGTTTAATGGAGAGAGCTTTGGACCTTGGAATAATATGGCTTT  387

seq1  CATTGTTTCCAGTCACCCTGTCAGGATCTTCTCTGTCCAGGGAGATGAGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTCCAGTCACCCTGTCAGGATCTTCTCTGTCCAGGGAGATGAGA  437

seq1  TGTTAAATTACTTTGTCTTTTGACAGATTTAGCGATGCAATTGAATCAAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAATTACTTTGTCTTTTGACAGATTTAGCGATGCAATTGAATCAAG  487

seq1  GAAAATTTGAGTATAATGGATCATGCGGGTGAGTGATATTTAAATTATTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTTGAGTATAATGGATCATGCGGGTGAGTGATATTTAAATTATTG  537

seq1  TCTCCTCATCTCAGACTCTATACCTCAGCTTTAATGAAACCATGTCATTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCATCTCAGACTCTATACCTCAGCTTTAATGAAACCATGTCATTT  587

seq1  TCAATTACGGACAGCTGAATGTATGCTGGTTCTGAAGTGTGGGTAAAAAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTACGGACAGCTGAATGTATGCTGGTTCTGAAGTGTGGGTAAAAAT  637

seq1  AAATGAAGTCCATAGTTAGATTACATTTACAAATATTCGACCTTTTCTCT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGTCCATAGTTAGATTACATTTACAAATATTCGACCTTTTCTCT  687

seq1  GTCCCACTTTGTTAAACTGGTTCTTTCCTTTTAACCACAAACTCTGCAGT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACTTTGTTAAACTGGTTCTTTCCTTTTAACCACAAACTCTGCAGT  737

seq1  TCCTCACATATATTCTAGAATTTGATCACTTCATTCGAAATTCAATAGTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCACATATATTCTAGAATTTGATCACTTCATTCGAAATTCAATAGTG  787

seq1  GAGGTTCTTGTGTCAGAGACAGGCAATGGGCCGTGCTCATCTGGGCTTCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCTTGTGTCAGAGACAGGCAATGGGCCGTGCTCATCTGGGCTTCA  837

seq1  GCCAGAGATTTAGGCATCAAATATGTATAGCCTTATTGCTGATGAATACA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGATTTAGGCATCAAATATGTATAGCCTTATTGCTGATGAATACA  887

seq1  GAAATGAAGTAAATTTCATTTCAAATGAAGCTGTGGGTGTAAAGTTGAAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGAAGTAAATTTCATTTCAAATGAAGCTGTGGGTGTAAAGTTGAAT  937

seq1  TTAATTCAGCCAGGAATAAACTTTCATCCTCTCTTGAATCTTTTGCATGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCAGCCAGGAATAAACTTTCATCCTCTCTTGAATCTTTTGCATGT  987

seq1  TTATAAATAGGAGTTATATAATGCTGTGAATGTTGTTCTATTTTACTTAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATAGGAGTTATATAATGCTGTGAATGTTGTTCTATTTTACTTAA  1037

seq1  ATAACACTTAAAAAATCTGTGAACCAAGTAGCAAAATAGGAAATGTTAAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACACTTAAAAAATCTGTGAACCAAGTAGCAAAATAGGAAATGTTAAT  1087

seq1  TCTTCTGAAATACCGAGAAGTTGAATAAAAGTCCGGAACTTGAATTCCGT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGAAATACCGAGAAGTTGAATAAAAGTCCGGAACTTGAATTCCGT  1137

seq1  AAGCACCAAAAACTCAGCTGAGACCACAGCCCAGTGGCTCCCACATGGAT  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACCAAAAACTCAGCTGAGACCACAGCCCAGTGGCTCCCACATGGAT  1187

seq1  GCGTAGGAATTC  1205
      ||||||||||||
seq2  GCGTAGGAATTC  1199