BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318F02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 92,652,273 - 92,818,147
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSyt13, LOC100042784
Upstream geneD030051N19Rik, Chrm4, Mdk, Dgkz, Creb3l1, Phf21a, Gyltl1b, Pex16, 1700029I15Rik, Mapk8ip1, Cry2, Slc35c1, LOC100042775, LOC100043205, Chst1
Downstream geneTrp53i11, C230071H18Rik, Tspan18, LOC100042789, LOC639658, Cd82, Alx4, Ext2, 2610203E10Rik, Gm1967, Gm1335, LOC620695
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318F02.bB6Ng01-318F02.g
ACCGA108240GA108241
length1,0301,050
definitionB6Ng01-318F02.b B6Ng01-318F02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,652,273 - 92,653,302)(92,817,112 - 92,818,147)
sequence
gaattccatgcatgccttcctcccagaaaggtacagttatcagtgtggac
atggctgcccagagagaccatactttccagcctgagattcctaacaatgg
gatctgagcagaaaaggtgtgtgcctcatccaagccagtgcctttaagac
aacaggtctgtttctgtcttgctttattttcccctctgcctgcctatagc
catggctgaacccagacttaactatagagacactgctaactccctagggg
acgacaaatgtccctaaacctccagatgactctgctattcctgtggagaa
ggtggcctttgcagagacacaaaagcagatctctacttgttatggcaact
gagttaaatccatagagaaggtataatgatggatgaataacctccttaag
gtggtatgccacagcagccttcttggggaaaatgctgtttaactttggaa
cttgactgaaaagggaattaggactgtgggagggatctgagtgtggatgg
tgccctagagaaggcacagtaggcgatgggataaaagttggatgggtgta
gagtaacaagaatcatagcacgacgggaggggaacggggcaggaatggag
acttgagatttctttcccgaatggaccttgtctggtgttccattacatga
aaggcagctattgcagtggtccaagccatggtgaagcctctgacccaaga
agtgctattagtcaaggagggccggcagatgtgccagggtctcttgtaga
actcaaaggacgcactggatttgggggtgcagaggactgtgaaaggtgac
ccctggaggttcctgtaacaactttgcctgaaaacgagccatagctggag
cagatggtgcattgggggagctgcaggggtgacagctgcaggggctacca
ggtaacaacatcatctgccccttcaaatgagcttggggcacggaggatgc
ggacttggagaagactgcctctgaaaaaaaaattaaaaaagattaccttg
tgtgttcaatggaggaggacagctaaataa
gaattccatatgaagctgaggctggctttgaactccagagcctccgtctc
tacctcccaagcactggggccattgatgggcaccactgcatcttgctttt
agagagaggagcatcttcatggtcagaggctgcttagccagatcgtactt
attgtcgtttttttttttttttttttaatgaaagagtgttgtgtggagcc
cagagctcctggagaggatattctttattcctttgtggttatctttgaag
gatacgagtcgacacacttaggtgatctgtgtgatttgtgtggggattat
aaatttttttctttgatttttatccatgaatgtcgtggaggatttggaat
agaagtcatggtgacctttattaaaggttgtccgtggaccagggatttta
catggaagccacaagttcagaaggctttcctgctcagcctagaaaacatg
ggtgactttatcttccattacagagacaatgagagtcttctgtgatgtaa
cacccagcatcttcaacggtctgatgtctggggagcccaagacgaggcaa
tagggcacccttgacttttcagagattcagcttggcgagcaccccacctg
tcctgtgacacaaataccttgcattacatttttaaaattgaatttgattt
atgtagtgtatgtaatgggtgttttgtcttcatatatgcctgtgtaccgc
atgtatgccagctgcccttttgaggtatcttctgggtaccctgggactag
agtctgtcacagagggttgtgagctgtcatgtgggtgctgggaactgaac
tcaaggtcttttgggagagcattcagagcttccaatctctgagatgtctc
tccagctcacaaaaggcattttttaaaggggctccatctcgctccccgag
cttttctgcagtttctgctggcacagattacaggggcttctgggagccgc
ccgagtgccagtagtccgggaatgaagttgttgcttaaagcatcgcctgt
gaggacagaataaggtaactgtgagtggctttaaactctgctgtgtctgt

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_92652273_92653302
seq2: B6Ng01-318F02.b_47_1076

seq1  GAATTCCATGCATGCCTTCCTCCCAGAAAGGTACAGTTATCAGTGTGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCATGCCTTCCTCCCAGAAAGGTACAGTTATCAGTGTGGAC  50

seq1  ATGGCTGCCCAGAGAGACCATACTTTCCAGCCTGAGATTCCTAACAATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGCCCAGAGAGACCATACTTTCCAGCCTGAGATTCCTAACAATGG  100

seq1  GATCTGAGCAGAAAAGGTGTGTGCCTCATCCAAGCCAGTGCCTTTAAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGAGCAGAAAAGGTGTGTGCCTCATCCAAGCCAGTGCCTTTAAGAC  150

seq1  AACAGGTCTGTTTCTGTCTTGCTTTATTTTCCCCTCTGCCTGCCTATAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTCTGTTTCTGTCTTGCTTTATTTTCCCCTCTGCCTGCCTATAGC  200

seq1  CATGGCTGAACCCAGACTTAACTATAGAGACACTGCTAACTCCCTAGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTGAACCCAGACTTAACTATAGAGACACTGCTAACTCCCTAGGGG  250

seq1  ACGACAAATGTCCCTAAACCTCCAGATGACTCTGCTATTCCTGTGGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACAAATGTCCCTAAACCTCCAGATGACTCTGCTATTCCTGTGGAGAA  300

seq1  GGTGGCCTTTGCAGAGACACAAAAGCAGATCTCTACTTGTTATGGCAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCCTTTGCAGAGACACAAAAGCAGATCTCTACTTGTTATGGCAACT  350

seq1  GAGTTAAATCCATAGAGAAGGTATAATGATGGATGAATAACCTCCTTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTAAATCCATAGAGAAGGTATAATGATGGATGAATAACCTCCTTAAG  400

seq1  GTGGTATGCCACAGCAGCCTTCTTGGGGAAAATGCTGTTTAACTTTGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTATGCCACAGCAGCCTTCTTGGGGAAAATGCTGTTTAACTTTGGAA  450

seq1  CTTGACTGAAAAGGGAATTAGGACTGTGGGAGGGATCTGAGTGTGGATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTGAAAAGGGAATTAGGACTGTGGGAGGGATCTGAGTGTGGATGG  500

seq1  TGCCCTAGAGAAGGCACAGTAGGCGATGGGATAAAAGTTGGATGGGTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTAGAGAAGGCACAGTAGGCGATGGGATAAAAGTTGGATGGGTGTA  550

seq1  GAGTAACAAGAATCATAGCACGACGGGAGGGGAACGGGGCAGGAATGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAACAAGAATCATAGCACGACGGGAGGGGAACGGGGCAGGAATGGAG  600

seq1  ACTTGAGATTTCTTTCCCGAATGGACCTTGTCTGGTGTTCCATTACATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGATTTCTTTCCCGAATGGACCTTGTCTGGTGTTCCATTACATGA  650

seq1  AAGGCAGCTATTGCAGTGGTCCAAGCCATGGTGAAGCCTCTGACCCAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGCTATTGCAGTGGTCCAAGCCATGGTGAAGCCTCTGACCCAAGA  700

seq1  AGTGCTATTAGTCAAGGAGGGCCGGCAGATGTGCCAGGGTCTCTTGTAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTATTAGTCAAGGAGGGCCGGCAGATGTGCCAGGGTCTCTTGTAGA  750

seq1  ACTCAAAGGACGCACTGGATTTGGGGGTGCAGAGGACTGTGAAAGGTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAGGACGCACTGGATTTGGGGGTGCAGAGGACTGTGAAAGGTGAC  800

seq1  CCCTGGAGGTTCCTGTAACAAC-TTGCCTGAAAACGAGCCATAGCTGGAG  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAGGTTCCTGTAACAACTTTGCCTGAAAACGAGCCATAGCTGGAG  850

seq1  CAGATGGTGCATTGGGGGAGCTGCAGGGGTGACAGCTGCAGGGGCTACCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGTGCATTGGGGGAGCTGCAGGGGTGACAGCTGCAGGGGCTACCA  900

seq1  GGTAACAACATCATCTGCCCCTTCAAATGAGCTTGGGCCACGGAGGATGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGTAACAACATCATCTGCCCCTTCAAATGAGCTTGGGGCACGGAGGATGC  950

seq1  GGACTTGGAGAAGACTGCCTCTGAAAAAAAAAATAAAAAAGAATAACCTG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | ||
seq2  GGACTTGGAGAAGACTGCCTCTGAAAAAAAAATTAAAAAAGATTACCTTG  1000

seq1  TGTG-TCCATGGAGGGAGGACAGGCTAAATAA  1030
      |||| || ||||| |||||||| |||||||||
seq2  TGTGTTCAATGGA-GGAGGACA-GCTAAATAA  1030

seq1: chr2_92817112_92818147
seq2: B6Ng01-318F02.g_69_1118 (reverse)

seq1  ACAG-CACAGCAGGGTTT-AAGCCACTCA-AGT--CCCTATTCTGTCCTC  45
      |||| |||||||| |||| |||||||||| |||  || ||||||||||||
seq2  ACAGACACAGCAGAGTTTAAAGCCACTCACAGTTACCTTATTCTGTCCTC  50

seq1  ACAGGCGCTGC-TTAAGCAACAACCTCA-TCCCGGACTCCTGGCACTCGG  93
      ||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||
seq2  ACAGGCGATGCTTTAAGCAACAACTTCATTCCCGGACTACTGGCACTCGG  100

seq1  GCGGCTCCCAGAAGCCCCTGT-ATCTGTGCCAGCAG-AACTGCAG-AAAG  140
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  GCGGCTCCCAGAAGCCCCTGTAATCTGTGCCAGCAGAAACTGCAGAAAAG  150

seq1  CTCGGGG-GCGAGATGGAG-CCCTTTAAAAAATGCCTTTTGTGAGCTGGA  188
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGGAGCGAGATGGAGCCCCTTTAAAAAATGCCTTTTGTGAGCTGGA  200

seq1  GAGACATCTCAGAGATTGGAAGCTCTGGATGCTCTTCCAAAAGACC-TGA  237
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||
seq2  GAGACATCTCAGAGATTGGAAGCTCTGAATGCTCTCCCAAAAGACCTTGA  250

seq1  GTTCAGTTCCCAGCACCCACATGACAGCTCACAACCCTCTGTGACAGACT  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTTCCCAGCACCCACATGACAGCTCACAACCCTCTGTGACAGACT  300

seq1  CTAGTCCCAGGGTACCCAGAAGATACCTC-AAAGGGCAGCTGGCATACAT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCCCAGGGTACCCAGAAGATACCTCAAAAGGGCAGCTGGCATACAT  350

seq1  GCGGTACACAGGCATATATGAAGACAAAACACCCATTACATACACTACAT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGTACACAGGCATATATGAAGACAAAACACCCATTACATACACTACAT  400

seq1  AAATCAAATTCAATTTTAAAAATGTAATGCAAGGTATTTGTGTCACAGGA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAATTCAATTTTAAAAATGTAATGCAAGGTATTTGTGTCACAGGA  450

seq1  CAGGTGGGGTGCTCGCCAAGCTGAATCTCTGAAAAGTCAAGGGTGCCCTA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGGGGTGCTCGCCAAGCTGAATCTCTGAAAAGTCAAGGGTGCCCTA  500

seq1  TTGCCTCGTCTTGGGCTCCCCAGACATCAGACCGTTGAAGATGCTGGGTG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCGTCTTGGGCTCCCCAGACATCAGACCGTTGAAGATGCTGGGTG  550

seq1  TTACATCACAGAAGACTCTCATTGTCTCTGTAATGGAAGATAAAGTCACC  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCACAGAAGACTCTCATTGTCTCTGTAATGGAAGATAAAGTCACC  600

seq1  CATGTTTTCTAGGCTGAGCAGGAAAGCCTTCTGAACTTGTGGCTTCCATG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTCTAGGCTGAGCAGGAAAGCCTTCTGAACTTGTGGCTTCCATG  650

seq1  TAAAATCCCTGGTCCACGGACAACCTTTAATAAAGGTCACCATGACTTCT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCCCTGGTCCACGGACAACCTTTAATAAAGGTCACCATGACTTCT  700

seq1  ATTCCAAATCCTCCACGACATTCATGGATAAAAATCAAAGAAAAAAATTT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAAATCCTCCACGACATTCATGGATAAAAATCAAAGAAAAAAATTT  750

seq1  ATAATCCCCACACAAATCACACAGATCACCTAAGTGTGTCGACTCGTATC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCCCCACACAAATCACACAGATCACCTAAGTGTGTCGACTCGTATC  800

seq1  CTTCAAAGATAACCACAAAGGAATAAAGAATATCCTCTCCAGGAGCTCTG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAGATAACCACAAAGGAATAAAGAATATCCTCTCCAGGAGCTCTG  850

seq1  GGCTCCACACAACACTCTTTCATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGACAAT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCACACAACACTCTTTCATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACGACAAT  900

seq1  AAGTACGATCTGGCTAAGCAGCCTCTGACCATGAAGATGCTCCTCTCTCT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACGATCTGGCTAAGCAGCCTCTGACCATGAAGATGCTCCTCTCTCT  950

seq1  AAAAGCAAGATGCAGTGGTGCCCATCAATGGCCCCAGTGCTTGGGAGGTA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAGATGCAGTGGTGCCCATCAATGGCCCCAGTGCTTGGGAGGTA  1000

seq1  GAGACGGAGGCTCTGGAGTTCAAAGCCAGCCTCAGCTTCATATGGAATTC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGGAGGCTCTGGAGTTCAAAGCCAGCCTCAGCTTCATATGGAATTC  1050