BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319M01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 66,028,194 - 66,130,195
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTtc21b, Scn1a
Upstream geneCobll1, LOC383705, 9330158F14Rik, Scn3a, Scn2a1, A330102K23Rik, Galnt3, LOC620893
Downstream geneLOC100039486, LOC383706, Scn9a, Scn7a, LOC383707, LOC100039540, Gm1322
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319M01.bB6Ng01-319M01.g
ACCGA109305GA109306
length1,1181,131
definitionB6Ng01-319M01.b B6Ng01-319M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,129,067 - 66,130,195)(66,028,194 - 66,029,335)
sequence
gaattcactaatgggcattacttttaattcaaaaccagtcccttcttcaa
aggaaatctctcccatttattacattatgcaaactgctttcttatgcagt
ggttaaatccttagccaggcaagtatgaggactggaatttggatatccag
aaccctcagaaatgtcggatgggcatagtagcttacatgtaattccagag
ctagaaagatgaaactagccctgtcctcaagctctgaattcagttggtgc
aataaataagaaagaatccccccccccgacccctacatctctttcctcta
catctatacatgtatttcccatacagctctatgcttccacatatatgctc
acatatgtgcatgcacacttgcacacatatgtacacttgacacattgaag
catcataatctaacaattggaatataagaaaatatttaactttcacacag
agcagtcagagaaaaccataagaggttgaaactcttgaaaaaacttgcag
gataaacagaaaagagtatgagatgccaattctggtctactttctgaacc
taacttgttttaccttcattagtctaattttccaaatgaaccccaagcac
caaattgtccttattgctctttccagtactaaattataattcctcaattc
gaaggcaaacactctcatctttgttaaggatgtgtagagttagactcaat
aaacgacatgtatatttgagctaaagcctggaggagggagattatttcaa
gggcaagtacttggcagggagtttcaaagaaagaaagctctcaattctca
gactaacaccttagcgtggagtgactgtcacagaggagggtgaagtgtat
gtcaccagttagggaagctgaaaggggaaatgtatcagcttgtgagaatc
cttcagcagccaagtctagcacctgagcacaatccccagaactgacccca
catggtggaaaggagaggatattcctgcaattttcctgtgacctccaccc
aagtgctatagaaaatgcatgcatgccacatgcacaccacaaattaacat
agtgcaactgtttgaaggtaataacctccacaactgtcaggtgatgtatg
ctaagaaagagaatgttt
gaattcttctccattgtctgacagaaacactcagcttattagcatacttc
agttgactaattctattttcttttttgtatttttatgcagtcatgtgttt
aacatatcggatgtgttttaatctattgcagttctcactcctttttgtac
ttggtgtcccaactctgctgttggactgtcttccacgaggctccggagtg
cctggtatgacgcttactgtatttgatagcttttttgccatctggtatgg
caagatgctctagtgttgttttatgctttcttggtccaaatatcagagat
ttccctctaaaattatataattcaaggctcctaagctttgattccggagc
ctctcatgctttcaaatagatatgccaaagcaactgggctgaatgaaggt
tctgaaggagcaaccaagtttaatgttacaaggtgttgctatgtggtcag
tgtagatgagaggcgggattttatccatgtcaaggccttgattcctatgt
caaggttgattaatctcagactaggcgtatagtgttcaactgcacagtag
tttagattttaaagcttatcagcaagtattttgtcttcaaggccaattta
ggttaaaattgatgaaactggtcatttaaagctgtctaccaattgataat
ggacatacattctagggttttcattcctaagattatcttaatactatagg
taatcataattcctccttaagaagtaaatgatccaagttataatataatt
tgcttagagaaaatgaaaaatagatttactgtgattagcatttttagcta
attggtatgaatctgtgaatacaaatagcctcaactttctaagtcaaatg
taattatttctcagcaaacactaatttacacctatattaaaaaatcataa
tacattatcttctttatgtgtttaaatacataagtaaatagggttcacat
tgtatagacttggagattttccatttttcctaaagataaggactttcatt
aaactgatagagccccataatatattatgcatactgtctaataatgtgag
atgacatgcagctgcagtagtcatcaagaacaccttctgaggaagggacg
gacgaaccacatggatactggcaattttcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_66129067_66130195
seq2: B6Ng01-319M01.b_48_1165 (reverse)

seq1  AAACATTTCTCTTTCTTTGGCATTTACATCACTCGACAGTTTGTGAGGTT  50
      ||||| ||||||||| || |||  ||||||||  |||||||   ||||||
seq2  AAACA-TTCTCTTTC-TTAGCA--TACATCACCTGACAGTTGTGGAGGTT  46

seq1  ATTTTCCTCAAAACAGTTTGCAACTATGTTTATTTGT-GTGTGCATGTGG  99
      | || |||  |||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||| |
seq2  A-TTACCTTCAAACAG-TTGC-ACTATGTTAATTTGTGGTGTGCATGT-G  92

seq1  GCATGCATGCATTTTCTATAGCACTTGGGTGGAGGTCACAGGAAAATTTG  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCATGCATGCATTTTCTATAGCACTTGGGTGGAGGTCACAGGAAAA-TTG  141

seq1  CAGGAATTATTCCTCTCCTTTCCACCATGTGGGGTCAGTTCTGGGGATTG  199
      |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAT--ATCCTCTCCTTTCCACCATGTGGGGTCAGTTCTGGGGATTG  189

seq1  TGCTCAGGTGCTAGACTTGGCTGCTGAAGGATTCTCACAAGCCTGATACA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGCTCAGGTGCTAGACTTGGCTGCTGAAGGATTCTCACAAG-CTGATACA  238

seq1  TTTCCCCTTTCAGCTTCCCTAACTGGTGACATACACTTCACCCTCCTCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCTTTCAGCTTCCCTAACTGGTGACATACACTTCACCCTCCTCTG  288

seq1  TGACAGTCACTCCACGCTAAGGTGTTAGTCTGAGAATTGAGAGCCTTCTT  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGACAGTCACTCCACGCTAAGGTGTTAGTCTGAGAATTGAGAGCTTTCTT  338

seq1  TCTTTGAAACTCCCTGCCAAGTACTTGCCCTTGAAATAATCTCCCTCCTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAAACTCCCTGCCAAGTACTTGCCCTTGAAATAATCTCCCTCCTC  388

seq1  CAGGCTTTAGCTCAAATATACATGTCGTTTATTGAGTCTAACTCTACACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTTAGCTCAAATATACATGTCGTTTATTGAGTCTAACTCTACACA  438

seq1  TCCTTAACAAAGATGAGAGTGTTTGCCTTCGAATTGAGGAATTATAATTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAACAAAGATGAGAGTGTTTGCCTTCGAATTGAGGAATTATAATTT  488

seq1  AGTACTGGAAAGAGCAATAAGGACAATTTGGTGCTTGGGGTTCATTTGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGGAAAGAGCAATAAGGACAATTTGGTGCTTGGGGTTCATTTGGA  538

seq1  AAATTAGACTAATGAAGGTAAAACAAGTTAGGTTCAGAAAGTAGACCAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGACTAATGAAGGTAAAACAAGTTAGGTTCAGAAAGTAGACCAGA  588

seq1  ATTGGCATCTCATACTCTTTTCTGTTTATCCTGCAAGTTTTTTCAAGAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCATCTCATACTCTTTTCTGTTTATCCTGCAAGTTTTTTCAAGAGT  638

seq1  TTCAACCTCTTATGGTTTTCTCTGACTGCTCTGTGTGAAAGTTAAATATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACCTCTTATGGTTTTCTCTGACTGCTCTGTGTGAAAGTTAAATATT  688

seq1  TTCTTATATTCCAATTGTTAGATTATGATGCTTCAATGTGTCAAGTGTAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATATTCCAATTGTTAGATTATGATGCTTCAATGTGTCAAGTGTAC  738

seq1  ATATGTGTGCAAGTGTGCATGCACATATGTGAGCATATATGTGGAAGCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTGCAAGTGTGCATGCACATATGTGAGCATATATGTGGAAGCAT  788

seq1  AGAGCTGTATGGGAAATACATGTATAGATGTAGAGGAAAGAGATGTAGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGTATGGGAAATACATGTATAGATGTAGAGGAAAGAGATGTAGGG  838

seq1  GTCGGGGGGGGGGATTCTTTCTTATTTATTGCACCAACTGAATTCAGAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGGGGGGGGGATTCTTTCTTATTTATTGCACCAACTGAATTCAGAGC  888

seq1  TTGAGGACAGGGCTAGTTTCATCTTTCTAGCTCTGGAATTACATGTAAGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGACAGGGCTAGTTTCATCTTTCTAGCTCTGGAATTACATGTAAGC  938

seq1  TACTATGCCCATCCGACATTTCTGAGGGTTCTGGATATCCAAATTCCAGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATGCCCATCCGACATTTCTGAGGGTTCTGGATATCCAAATTCCAGT  988

seq1  CCTCATACTTGCCTGGCTAAGGATTTAACCACTGCATAAGAAAGCAGTTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATACTTGCCTGGCTAAGGATTTAACCACTGCATAAGAAAGCAGTTT  1038

seq1  GCATAATGTAATAAATGGGAGAGATTTCCTTTGAAGAAGGGACTGGTTTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAATGTAATAAATGGGAGAGATTTCCTTTGAAGAAGGGACTGGTTTT  1088

seq1  GAATTAAAAGTAATGCCCATTAGTGAATTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAAAGTAATGCCCATTAGTGAATTC  1118

seq1: chr2_66028194_66029335
seq2: B6Ng01-319M01.g_67_1197

seq1  GAATTCTTCTCCATTGTCTGACAGAAACACTCAGCTTATTAGCATACTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCCATTGTCTGACAGAAACACTCAGCTTATTAGCATACTTC  50

seq1  AGTTGACTAATTCTATTTTCTTTTTTGTATTTTTATGCAGTCATGTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGACTAATTCTATTTTCTTTTTTGTATTTTTATGCAGTCATGTGTTT  100

seq1  AACATATCGGATGTGTTTTAATCTATTGCAGTTCTCACTCCTTTTTGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATCGGATGTGTTTTAATCTATTGCAGTTCTCACTCCTTTTTGTAC  150

seq1  TTGGTGTCCCAACTCTGCTGTTGGACTGTCTTCCACGAGGCTCCGGAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTCCCAACTCTGCTGTTGGACTGTCTTCCACGAGGCTCCGGAGTG  200

seq1  CCTGGTATGACGCTTACTGTATTTGATAGCTTTTTTGCCATCTGGTATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTATGACGCTTACTGTATTTGATAGCTTTTTTGCCATCTGGTATGG  250

seq1  CAAGATGCTCTAGTGTTGTTTTATGCTTTCTTGGTCCAAATATCAGAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGCTCTAGTGTTGTTTTATGCTTTCTTGGTCCAAATATCAGAGAT  300

seq1  TTCCCTCTAAAATTATATAATTCAAGGCTCCTAAGCTTTGATTCCGGAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCTAAAATTATATAATTCAAGGCTCCTAAGCTTTGATTCCGGAGC  350

seq1  CTCTCATGCTTTCAAATAGATATGCCAAAGCAACTGGGCTGAATGAAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATGCTTTCAAATAGATATGCCAAAGCAACTGGGCTGAATGAAGGT  400

seq1  TCTGAAGGAGCAACCAAGTTTAATGTTACAAGGTGTTGCTATGTGGTCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAGGAGCAACCAAGTTTAATGTTACAAGGTGTTGCTATGTGGTCAG  450

seq1  TGTAGATGAGAGGCGGGATTTTATCCATGTCAAGGCCTTGATTCCTATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATGAGAGGCGGGATTTTATCCATGTCAAGGCCTTGATTCCTATGT  500

seq1  CAAGGTTGATTAATCTCAGACTAGGCGTATAGTGTTCAACTGCACAGTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTGATTAATCTCAGACTAGGCGTATAGTGTTCAACTGCACAGTAG  550

seq1  TTTAGATTTTAAAGCTTATCAGCAAGTATTTTGTCTTCAAGGCCAATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATTTTAAAGCTTATCAGCAAGTATTTTGTCTTCAAGGCCAATTTA  600

seq1  GGTTAAAATTGATGAAACTGGTCATTTAAAGCTGTCTACCAATTGATAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAAATTGATGAAACTGGTCATTTAAAGCTGTCTACCAATTGATAAT  650

seq1  GGACATACATTCTAGGGTTTTCATTCCTAAGATTATCTTAATACTATAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATACATTCTAGGGTTTTCATTCCTAAGATTATCTTAATACTATAGG  700

seq1  TAATCATAATTCCTCCTTAAGAAGTAAATGATCCAAGTTATAATATAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCATAATTCCTCCTTAAGAAGTAAATGATCCAAGTTATAATATAATT  750

seq1  TGCTTAGAGAAAATGAAAAATAGATTTACTGTGATTAGCATTTTTAGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGAGAAAATGAAAAATAGATTTACTGTGATTAGCATTTTTAGCTA  800

seq1  ATTGGTATGAATCTGTGAATACAAATAGCCTCAACTTTCTAAGTCAAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTATGAATCTGTGAATACAAATAGCCTCAACTTTCTAAGTCAAATG  850

seq1  TAATTATTTCTCAGCAAACACTAATTTACACCTATATTAAAAAATCATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATTTCTCAGCAAACACTAATTTACACCTATATTAAAAAATCATAA  900

seq1  TACATTATCTTCTTTATGTGTTTAAATAACATAAGTAAATAGGGTTCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTATCTTCTTTATGTGTTTAAAT-ACATAAGTAAATAGGGTTCACA  949

seq1  TTGTATAGACTTGGAGATTTTCCATTTTTCCCTAAAGATAAGGACTTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAGACTTGGAGATTTTCCATTTTT-CCTAAAGATAAGGACTTTCA  998

seq1  TTAAACTGAATTAGAAGCCCCCATATATATTATGCATACTGGTCTAATAA  1050
      |||||||||  ||| ||||||   |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTAAACTGA--TAG-AGCCCCATAATATATTATGCATACT-GTCTAATAA  1044

seq1  TGTGGAGATGACATGCAGCTGCAGTAAGTTCATCAAGAACA-CTTCTTAA  1099
      ||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||||   
seq2  TGT-GAGATGACATGCAGCTGCAGTA--GTCATCAAGAACACCTTCT--G  1089

seq1  AGGGAGGGACAGACG-ACCACAATGAATAATCTGCAATTTTCAT  1142
      ||| |||||| |||| ||||| ||| ||| |  |||||||||||
seq2  AGGAAGGGACGGACGAACCAC-ATGGATACT-GGCAATTTTCAT  1131