BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320J23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 94,060,317 - 94,200,198
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE530001K10Rik, Ttc17
Upstream geneTspan18, LOC100042789, LOC639658, Cd82, Alx4, Ext2, 2610203E10Rik, Gm1967, Gm1335, LOC620695, Alkbh3, Hsd17b12
Downstream geneItpa-ps1, Api5, LOC100043259
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320J23.bB6Ng01-320J23.g
ACCGA109945GA109946
length1,1921,126
definitionB6Ng01-320J23.b B6Ng01-320J23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,060,317 - 94,061,504)(94,199,077 - 94,200,198)
sequence
gaattctcactgaaaattataaaccctgtgggaagaaaactgcaagggta
ttgcatctgtttctaccttcccgctgtaaacatctggaaagagctgccaa
gacaagcagctaaattgtaccaggaggcagagtctagaagagggacagag
ttctccagccagatgttatctgtccatcaaaaggagataaagctgctccc
gagtcagtggtgttcatactggcacaggatgaccaaaacatcctccgaag
gaaaggcaggaccaggatgtccaacaaggacctccagagaggcaaaagcc
cacccccttgtccttaatcagttccaaaaataaaacagaaatcatccctt
tgactatggggtctaaggaaaaagccagatgctattgtaaaatgcggtca
aaggtcacaaatactgtgaacgtaagtgcatgcaggcttgcaggacgtgc
ctgtagatctgtgtgccatccccagaatccacacgaaggttgaaggaaag
ccaactctgaaactttgtcctctgatgtccacacacatgggctctggcac
acacaccaacacacacatcatacatgtactctcacaaatatatgcacaca
caaactttttaaaaataaaaaaataactgggtataaagacataagagaga
actatctgagcataattatgattttaaaaaatggactgacatatgcaaag
acatatctattcatcaacaccaccctttcccaggaagcaacacacataca
cacacacacacacacacacacacacacacaagaaacagcctagaaaatag
taattcaggaccatgggagatggttcagtgggtaaaatgtgctagctacc
aagcctggtgatgtgatttcaatccccagacctaggttaaaagataaatt
taaaaaccatatctagtgtatgcatctatgattctggcactcctatgttg
agatggggagggagacagagggtcacctggcagttcctagggccagctag
cctgaagtatgtagcatagtcacagaacagaagagacatcatcctaacaa
ggtggaattgagaagggtctgctgacttttttctggtgtgcacactgcac
cacacgcaatcggctcaagcacattaattagatatcatttcaaggaaact
ggggacagtgcctacagttgcatttaactgaaggaggaacct
gaattcttttaactagatctagacaccatctggtgttttacaaaagtatc
accaaatcaaacaaatgttttacaacagcacagcaagatcatcaaaccgc
tgatttcatcagcagataggctttttcccatgatcgatgagttgagtaca
cacagactaaaaggcatcagaacgtacaagcctagatttggacttgaggg
tactgaccgtaaagctcgcactctttttttttttaaagatttatttattg
ttatatgtaaacactatagctgtcttcagacagaccagagaacagagaag
ggtgtcagatctcattatggatggttgtgagccaccatgtggttgctggg
atttgaactcgggacctttggaaaagcagtcagtgctcttaaccgctgag
ccatctctccagccccaagctcgcactcttttaatgcccctaaactaaca
cttcataaaaccaggttgcttattttaaaatgcaacttctttgttttaac
atttcttagtcttttattttaagaatgtttggttttctatgttctcactg
tgatagttcaaactggcctcaaagctcttggtggtcctctgcctctcaag
agctgggatcacaggcatggaccacatgatccaggttaggagcatgaact
gatgctagactaagtcaaggaagctacaaaagttcatgttatatgtgcac
cttagagacgtcgctgtttgattccactcctgtgagctttgtgaagagca
aagttagtgtgtggtggtagaagtcacactgtatcaacactgctgctatg
gagataggactgagaacctctgggctactgcaaacattctcattgtctta
tatttgggggctgagtagcacttacaaggatatgttcatatgtaataatt
tcactgagttacatacttaaaactagttacacgttttagtgggttttgat
ctttataatagctggtgtaataaaagactagttagcagtaaccctttaag
agcaacctaagaagagcctcacagaagaatactgtaagggttccatgctt
cccggaccagcagttcatttatattctgcttgaccttctttttccgttct
tttccagcccttgaacccttttgagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_94060317_94061504
seq2: B6Ng01-320J23.b_43_1234

seq1  GAATTCTCACTGAAAATTATAAACCCTGTGGGAAGAAAACTGCAAGGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTGAAAATTATAAACCCTGTGGGAAGAAAACTGCAAGGGTA  50

seq1  TTGCATCTGTTTCTACCTTCCCGCTGTAAACATCTGGAAAGAGCTGCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCTGTTTCTACCTTCCCGCTGTAAACATCTGGAAAGAGCTGCCAA  100

seq1  GACAAGCAGCTAAATTGTACCAGGAGGCAGAGTCTAGAAGAGGGACAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCAGCTAAATTGTACCAGGAGGCAGAGTCTAGAAGAGGGACAGAG  150

seq1  TTCTCCAGCCAGATGTTATCTGTCCATCAAAAGGAGATAAAGCTGCTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGCCAGATGTTATCTGTCCATCAAAAGGAGATAAAGCTGCTCCC  200

seq1  GAGTCAGTGGTGTTCATACTGGCACAGGATGACCAAAACATCCTCCGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGTGGTGTTCATACTGGCACAGGATGACCAAAACATCCTCCGAAG  250

seq1  GAAAGGCAGGACCAGGATGTCCAACAAGGACCTCCAGAGAGGCAAAAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCAGGACCAGGATGTCCAACAAGGACCTCCAGAGAGGCAAAAGCC  300

seq1  CACCCCCTTGTCCTTAATCAGTTCCAAAAATAAAACAGAAATCATCCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCTTGTCCTTAATCAGTTCCAAAAATAAAACAGAAATCATCCCTT  350

seq1  TGACTATGGGGTCTAAGGAAAAAGCCAGATGCTATTGTAAAATGCGGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTATGGGGTCTAAGGAAAAAGCCAGATGCTATTGTAAAATGCGGTCA  400

seq1  AAGGTCACAAATACTGTGAACGTAAGTGCATGCAGGCTTGCAGGACGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCACAAATACTGTGAACGTAAGTGCATGCAGGCTTGCAGGACGTGC  450

seq1  CTGTAGATCTGTGTGCCATCCCCAGAATCCACACGAAGGTTGAAGGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGATCTGTGTGCCATCCCCAGAATCCACACGAAGGTTGAAGGAAAG  500

seq1  CCAACTCTGAAACTTTGTCCTCTGATGTCCACACACATGGGCTCTGGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCTGAAACTTTGTCCTCTGATGTCCACACACATGGGCTCTGGCAC  550

seq1  ACACACCAACACACACATCATACATGTACTCTCACAAATATATGCACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCAACACACACATCATACATGTACTCTCACAAATATATGCACACA  600

seq1  CAAACTTTTTAAAAATAAAAAAATAACTGGGTATAAAGACATAAGAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTTTTAAAAATAAAAAAATAACTGGGTATAAAGACATAAGAGAGA  650

seq1  ACTATCTGAGCATAATTATGATTTTAAAAAATGGACTGACATATGCAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTGAGCATAATTATGATTTTAAAAAATGGACTGACATATGCAAAG  700

seq1  ACATATCTATTCATCAACACCACCCTTTCCCAGGAAGCAACACACATACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCTATTCATCAACACCACCCTTTCCCAGGAAGCAACACACATACA  750

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACAAGAAACAGCCTAGAAAATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACAAGAAACAGCCTAGAAAATAG  800

seq1  TAATTCAGGACCAT-GGAGATGGTTCAGTGGGTAAAATGTGCTAGCTACC  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCAGGACCATGGGAGATGGTTCAGTGGGTAAAATGTGCTAGCTACC  850

seq1  AAGCCTGGTGATGTGATTTCAATCCCCAGACCTAGGTTAAAAGATAAATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGGTGATGTGATTTCAATCCCCAGACCTAGGTTAAAAGATAAATT  900

seq1  TAAAAACCATATCTAGTGGTATGCATCTATGATTCTGGCACTCCTATGTT  949
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACCATATCTAGT-GTATGCATCTATGATTCTGGCACTCCTATGTT  949

seq1  GAGAT-GGGAGGGAGACAAGAGGGTCACCTGGAAGTTCCTA-GGCCAGCT  997
      ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  GAGATGGGGAGGGAGAC-AGAGGGTCACCTGGCAGTTCCTAGGGCCAGCT  998

seq1  AGCCTGAAGTATGTAGCATAGCCACAGAAACAAGAGAGACACCATCCTAA  1047
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||| ||||||||
seq2  AGCCTGAAGTATGTAGCATAGTCACAG-AACAGAAGAGACATCATCCTAA  1047

seq1  CAAGGTGGAAATTGAGAAGGGTCTGCTGACTTTTCT---GTGTGCACACT  1094
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||
seq2  CAAGGTGG-AATTGAGAAGGGTCTGCTGACTTTTTTCTGGTGTGCACACT  1096

seq1  GGCACACACGC-ATCCGCCCAAGCAACAATAAATAGATA-CAATTCAA-G  1141
      |   ||||||| ||| || ||||| ||| ||| |||||| || ||||| |
seq2  GCACCACACGCAATCGGCTCAAGC-ACATTAATTAGATATCATTTCAAGG  1145

seq1  AAACTGGGGACAAGTGCTTACATGTGCATTTAACTGAA-GAGGAACCT  1188
      ||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||| |||||||||
seq2  AAACTGGGGAC-AGTGCCTACAGTTGCATTTAACTGAAGGAGGAACCT  1192

seq1: chr2_94199077_94200198
seq2: B6Ng01-320J23.g_64_1189 (reverse)

seq1  GCTCAAAAAGG-TCAGGGGCT-GAAAAGAAGGGAAAAAGAA-GTC-AGCA  46
      |||||||| || ||| ||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||
seq2  GCTCAAAAGGGTTCAAGGGCTGGAAAAGAACGGAAAAAGAAGGTCAAGCA  50

seq1  GAATATAAATGAACTGCTGGTCCGGGAAGCATGAAACCTTTACAGTATTC  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  GAATATAAATGAACTGCTGGTCCGGGAAGCATGGAACCCTTACAGTATTC  100

seq1  TTCTGTGA-GCTCTTCTTAGGTTGCTCTGTAAAGGTTACTGCTAACTAGT  145
      |||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGAGGCTCTTCTTAGGTTGCTCTTAAAGGGTTACTGCTAACTAGT  150

seq1  TCCTTTTATTTACACCAGCTATTATAAAGATCAAAACCCACTAAAACGTG  195
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  --CTTTTA-TTACACCAGCTATTATAAAGATCAAAACCCACTAAAACGTG  197

seq1  TAACTAGTTTTAAGTATGTAACTCAGTG-AATTATTACATATGAACATAT  244
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGTTTTAAGTATGTAACTCAGTGAAATTATTACATATGAACATAT  247

seq1  CCTTGTAAGTGCTACTCAG-CCCCAAATATAAGACAATGAGAATGTTTGC  293
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTAAGTGCTACTCAGCCCCCAAATATAAGACAATGAGAATGTTTGC  297

seq1  AGTAGCCCAGAGGTTCTCAGTCCTATCTCCATAGCAGCAGTGTTGATACA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCCCAGAGGTTCTCAGTCCTATCTCCATAGCAGCAGTGTTGATACA  347

seq1  GTGTGACTTCTACCACCACACACTAACTTTGCTCTTCACAAAGCTCACAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACTTCTACCACCACACACTAACTTTGCTCTTCACAAAGCTCACAG  397

seq1  GAGTGGAATCAAACAGCGACGTCTCTAAGGTGCACATATAACATGAACTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGAATCAAACAGCGACGTCTCTAAGGTGCACATATAACATGAACTT  447

seq1  TTGTAGCTTCCTTGACTTAGTCTAGCATCAGTTCATGCTCCTAACCTGGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGCTTCCTTGACTTAGTCTAGCATCAGTTCATGCTCCTAACCTGGA  497

seq1  TCATGTGGTCCATGCCTGTGATCCCAGCTCTTGAGAGGCAGAGGACCACC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGGTCCATGCCTGTGATCCCAGCTCTTGAGAGGCAGAGGACCACC  547

seq1  AAGAGCTTTGAGGCCAGTTTGAACTATCACAGTGAGAACATAGAAAACCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTTTGAGGCCAGTTTGAACTATCACAGTGAGAACATAGAAAACCA  597

seq1  AACATTCTTAAAATAAAAGACTAAGAAATGTTAAAACAAAGAAGTTGCAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCTTAAAATAAAAGACTAAGAAATGTTAAAACAAAGAAGTTGCAT  647

seq1  TTTAAAATAAGCAACCTGGTTTTATGAAGTGTTAGTTTAGGGGCATTAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATAAGCAACCTGGTTTTATGAAGTGTTAGTTTAGGGGCATTAAA  697

seq1  AGAGTGCGAGCTTGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCGAGCTTGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGA  747

seq1  CTGCTTTTCCAAAGGTCCCGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTTCCAAAGGTCCCGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCT  797

seq1  CACAACCATCCATAATGAGATCTGACACCCTTCTCTGTTCTCTGGTCTGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCATCCATAATGAGATCTGACACCCTTCTCTGTTCTCTGGTCTGT  847

seq1  CTGAAGACAGCTATAGTGTTTACATATAACAATAAATAAATCTTTAAAAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGACAGCTATAGTGTTTACATATAACAATAAATAAATCTTTAAAAA  897

seq1  AAAAAAGAGTGCGAGCTTTACGGTCAGTACCCTCAAGTCCAAATCTAGGC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGAGTGCGAGCTTTACGGTCAGTACCCTCAAGTCCAAATCTAGGC  947

seq1  TTGTACGTTCTGATGCCTTTTAGTCTGTGTGTACTCAACTCATCGATCAT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACGTTCTGATGCCTTTTAGTCTGTGTGTACTCAACTCATCGATCAT  997

seq1  GGGAAAAAGCCTATCTGCTGATGAAATCAGCGGTTTGATGATCTTGCTGT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAGCCTATCTGCTGATGAAATCAGCGGTTTGATGATCTTGCTGT  1047

seq1  GCTGTTGTAAAACATTTGTTTGATTTGGTGATACTTTTGTAAAACACCAG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGTAAAACATTTGTTTGATTTGGTGATACTTTTGTAAAACACCAG  1097

seq1  ATGGTGTCTAGATCTAGTTAAAAGAATTC  1122
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTCTAGATCTAGTTAAAAGAATTC  1126